单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3701	2025-03-15	Image-based spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis 2023-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.15.571954 PMID:38168317	研究论文	本文利用基于图像的空间转录组学技术，分析了19个独特肺部的超过100万个细胞的基因表达，揭示了肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调	通过亚细胞分辨率的图像空间转录组学，首次在PF和对照肺中识别出多种分子定义的空间生态位，并利用机器学习和轨迹分析方法，从正常到最严重重塑的梯度上分段和排序空气空间，揭示了渐进性远端肺病理的组成和分子变化序列	研究样本量相对较小，仅包括19个肺部样本，可能限制了结果的普遍性	研究肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调及其与疾病进展的关系	19个独特肺部的超过100万个细胞	数字病理学	肺纤维化	基于图像的空间转录组学	机器学习	图像	19个肺部样本，超过100万个细胞
3702	2025-03-14	Integrated multi-omics characterization of neuroblastoma with bone or bone marrow metastasis 2025-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101511 PMID:40070366	研究论文	本文通过整合多组学方法，研究了伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤（NB-BBM）的发病机制及其复杂的免疫微环境	使用Swin-Transformer进行病理组织学特征识别，预测NB-BBM的发生，并通过单细胞转录组学识别与BBM密切相关的肿瘤细胞亚群和肿瘤相关巨噬细胞亚群，突出了转酮醇酶（TKT）作为NB转移进展的关键分子标志物	研究样本量较小，仅涉及142例石蜡包埋的苏木精-伊红染色肿瘤切片图像	阐明NB-BBM的发病机制及其免疫微环境，以促进更有效的风险预测和治疗策略的开发	伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤（NB-BBM）	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组学	Swin-Transformer	图像	142例石蜡包埋的苏木精-伊红染色肿瘤切片图像
3703	2025-03-14	Loss of N-6 adenine-specific DNA methyltransferase 1 leads to meiotic prophase abnormalities and male sub-fertility in mice 2025-Mar-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf052 PMID:40079145	研究论文	本文研究了N-6腺嘌呤特异性DNA甲基转移酶1（N6AMT1）在小鼠精子发生过程中对减数分裂进展的关键作用	首次揭示了N6AMT1在减数分裂前期中的关键作用，特别是在性染色体失活（MSCI）和DNA双链断裂（DSB）修复中的功能	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨N6AMT1在小鼠精子发生过程中的作用及其对雄性生育能力的影响	小鼠生殖细胞，特别是精母细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq，批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	N6amt1基因敲除小鼠及其对照小鼠
3704	2025-03-14	Single-cell RNA sequencing generates an atlas of normal tibia cartilage under mechanical loading conditions 2025-Mar-12, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05234-x PMID:40072674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）深入探讨了机械负荷对软骨细胞的影响，并生成了正常胫骨软骨在机械负荷条件下的图谱	首次使用单细胞RNA测序技术系统地分析了机械负荷对软骨细胞的影响，并鉴定了不同负荷条件下的关键基因	样本量相对较小，仅涉及6名捐赠者的11个软骨组织样本	研究机械负荷对软骨细胞的影响及其生物学过程	胫骨软骨组织中的软骨细胞	单细胞测序	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6名捐赠者的11个软骨组织样本，共132,685个细胞
3705	2025-03-14	Heterogeneous cellular responses to hyperthermia support combined intraperitoneal hyperthermic immunotherapy for ovarian cancer mouse models 2025-Mar-12, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adp2124 PMID:40073154	研究论文	本研究探讨了高温腹腔化疗（HIPEC）在卵巢癌中的效果，并通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤和微环境对高温的异质性反应	通过单细胞RNA测序和CUT&Tag技术，揭示了高温下肿瘤细胞和癌症相关成纤维细胞的转录调控机制，并提出了高温与免疫检查点阻断联合治疗的新策略	研究仍处于初步阶段，需要进一步的临床试验验证其效果	探索高温腹腔化疗在卵巢癌治疗中的效果及其与免疫治疗的联合应用	卵巢癌小鼠模型	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序, CUT&Tag	小鼠模型	RNA测序数据	NA
3706	2025-03-14	EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses 2025-Mar-12, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf004 PMID:40073167	研究论文	本文研究了组蛋白H3赖氨酸27甲基转移酶EZH2在流感感染后记忆B细胞形成中的作用	揭示了EZH2在记忆B细胞分化和功能潜力中的关键表观遗传调控作用	EZH2敲除并未完全有效，表明存在维持EZH2甲基转移酶活性的强烈选择压力	探讨EZH2在记忆B细胞编程和回忆反应中的调控机制	小鼠（Mus musculus）	表观遗传学	流感	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
3707	2025-03-14	CAD manipulates tumor intrinsic DHO/UBE4B/NF-κB pathway and fuels macrophage cross-talk, promoting hepatocellular carcinoma metastasis 2025-Mar-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001304 PMID:40073276	研究论文	本文探讨了CAD通过操纵肿瘤内在的DHO/UBE4B/NF-κB通路，促进肝细胞癌（HCC）转移的机制	首次揭示了CAD在HCC转移中的关键作用及其通过DHO/UBE4B/NF-κB通路的具体机制	研究主要基于体外和体内实验，临床应用的直接证据尚需进一步验证	阐明PVTT形成和肿瘤转移的机制，并识别临床干预的潜在靶点	159名HCC患者（包括37例PVTT病例）	肿瘤学	肝细胞癌	代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序	NA	多组学数据	159名HCC患者
3708	2025-03-14	Large-scale dependency and drug screens characterize the therapeutic vulnerabilities of Multiple Myeloma with 1q 2025-Mar-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025102 PMID:40073369	研究论文	本研究通过大规模依赖性和药物筛选，系统性地描述了1q+多发性骨髓瘤的治疗脆弱性，并展示了其对MCL1和PI3K抑制剂的敏感性增加	首次系统性地描述了1q+多发性骨髓瘤的治疗脆弱性，并揭示了MCL1和PI3K抑制剂在1q+多发性骨髓瘤中的协同作用及其作用机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的临床试验验证	开发针对1q+多发性骨髓瘤的靶向治疗	1q+多发性骨髓瘤患者	癌症研究	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3709	2025-03-14	ZNF385A was identified as a novel colorectal cancer-related functional gene by analysis of the interaction and immune characteristics of oxidative stress and the inflammatory response 2025-Mar-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02024-1 PMID:40064736	研究论文	本研究通过分析氧化应激和炎症反应的相互作用及免疫特性，识别出ZNF385A作为结直肠癌相关的新功能基因	首次发现ZNF385A作为结直肠癌的新型致癌基因，并构建了包含七个特征的预后风险模型	需要进一步研究以验证模型在其他数据集中的普适性及ZNF385A的具体作用机制	探讨氧化应激和炎症反应与结直肠癌的关系，并识别相关功能基因	结直肠癌的单细胞RNA测序数据及肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量聚合酶链反应（qPCR）、免疫组化	LASSO-Cox模型	RNA测序数据、临床病理参数	结直肠癌的单细胞RNA测序数据及肿瘤细胞样本
3710	2025-03-14	Tumor Prognostic Risk Model Related to Monocytes/Macrophages in Hepatocellular Carcinoma Based on Machine Learning and Multi-Omics 2025-Mar-10, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00270-9 PMID:40065214	研究论文	本研究基于机器学习和多组学数据，探索了肝细胞癌中单核细胞/巨噬细胞相关基因表达谱，构建了一个预后模型，并研究了其与药物耐药性和免疫治疗反应的关系	首次基于单核细胞/巨噬细胞相关基因构建了肝细胞癌的预后模型，并验证了其与药物敏感性和免疫治疗反应的关系	样本量较小，仅使用了10个HCC组织活检样本的scRNA-seq数据	构建肝细胞癌的预后模型，并研究其与药物耐药性和免疫治疗反应的关系	肝细胞癌患者	机器学习	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Western blot, 空间转录组学分析	单基因模型	RNA测序数据, 蛋白质印迹数据, 空间转录组数据	10个HCC组织活检样本，共24,597个细胞
3711	2025-03-14	Systemic coordination of whole-body tissue remodeling during local regeneration in sea anemones 2025-Mar-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.11.001 PMID:39615481	研究论文	本文研究了海葵在局部再生过程中全身组织的系统性协调重塑	揭示了局部再生触发全身稳态反应，并通过空间转录组学、内源蛋白标记和活体成像技术在生物体尺度上全面解析了这一系统性反应	未明确提及研究的局限性	探讨局部再生过程中全身分子过程的功能相关性和协调性	海葵（Nematostella vectensis）	生物再生	NA	空间转录组学、内源蛋白标记、活体成像	NA	分子数据、图像数据	未明确提及样本数量
3712	2025-03-14	Nuclear receptor 4A1 facilitates complete Freund's adjuvant-induced inflammatory pain in rats by promoting ferroptosis in spinal glial cells 2025-Mar, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.12.152 PMID:39722371	研究论文	本研究探讨了核受体4A1（NR4A1）在完全弗氏佐剂（CFA）诱导的炎症性疼痛中的作用，发现NR4A1通过促进脊髓胶质细胞的铁死亡来加剧疼痛	首次揭示了NR4A1在CFA诱导的炎症性疼痛中通过促进铁死亡的机制，并发现MAPK3是NR4A1的靶蛋白	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨炎症性疼痛中铁死亡发生的分子机制	大鼠脊髓胶质细胞（星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞）	神经科学	炎症性疼痛	RNA测序（bulk和单细胞RNA测序）、Western blotting、免疫染色、蛋白质组学分析、染色质免疫共沉淀、双荧光素酶报告基因检测	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	CFA处理的大鼠
3713	2025-03-14	Primed Mesenchymal Stem Cells by IFN-γ and IL-1β Ameliorate Acute Respiratory Distress Syndrome through Enhancing Homing Effect and Immunomodulation 2025-Mar-01, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.004 PMID:39973472	研究论文	本研究探讨了通过IFN-γ和IL-1β预处理的间充质干细胞（MSCs）在急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的治疗潜力及其机制	研究发现，IFN-γ和IL-1β预处理的MSCs相比未处理的MSCs，在抑制T细胞活性和调节巨噬细胞炎症反应方面表现出更强的效果，并揭示了其通过调节NFκB和TNF-α信号通路增强疗效的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索预处理的MSCs在ARDS中的治疗潜力及其作用机制	间充质干细胞（MSCs）和LPS诱导的ARDS小鼠模型	细胞治疗	急性呼吸窘迫综合征	RNA测序、混合淋巴细胞反应（MLR）实验、空间转录组学分析	NA	基因表达数据、细胞实验数据	LPS诱导的ARDS小鼠模型
3714	2025-03-14	Deciphering Precursor Cell Dynamics in Esophageal Preneoplasia via Genetic Barcoding and Single-Cell Transcriptomics 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.637920 PMID:40060545	研究论文	本文通过整合遗传条形码和单细胞RNA测序技术，揭示了食管癌前病变中前体细胞的动态变化	开发了一种结合遗传条形码和单细胞RNA测序的谱系追踪工具，并引入了eXamined Ridge (XR)评分来准确识别高可塑性细胞	未提及具体样本量，可能限制了结果的普适性	研究食管癌前病变中前体细胞的起源和谱系轨迹	食管癌前病变中的前体细胞	数字病理学	食管癌	遗传条形码，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3715	2025-03-14	The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638733 PMID:40027766	研究论文	本文研究了叉头转录因子FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的作用，揭示了其在幼虫进入发育停滞的dauer阶段决策中的功能	首次描述了FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能，并展示了人类FOXP1可以替代FKH-7的功能，同时通过单细胞转录组学发现了与自闭症相关的钙激活钾通道的下调表达	研究主要集中在特定神经元类型和发育阶段，可能无法全面反映FOXP1在其他神经元类型或发育阶段的功能	研究FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能及其在发育决策中的作用	化学感应神经元和幼虫发育决策	神经科学	自闭症	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
3716	2025-03-14	General and individualized changes in T cell immunity during aging 2025-Feb-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkae033 PMID:40073079	研究论文	本文探讨了T细胞免疫在衰老过程中的普遍和个体化变化	利用单细胞测序技术，识别了新的T细胞亚群，并描述了T细胞转录组和TCR克隆型随年龄的变化	未提及具体的研究限制	研究T细胞免疫在衰老过程中的变化	T细胞亚群、转录组和TCR库	免疫学	老年疾病	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
3717	2025-03-14	Opportunities and challenges in the application of single-cell transcriptomics in plant tissue research 2025-Feb, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s12298-025-01558-6 PMID:40070535	综述	本文综述了单细胞转录组学在植物组织研究中的应用、挑战及整合多源数据的方法	探讨了整合多源单细胞RNA测序和多模态数据的方法，以构建全面的细胞图谱并揭示基因调控机制	单细胞RNA测序实验无法全面捕获所有细胞和基因，单模态数据不足以解释细胞状态和系统性变化	总结单细胞转录组学整合方法的基本原理、应用价值及其在揭示生物变化中的作用	植物组织中的单细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据、多模态数据	NA
3718	2025-03-14	Portable-CELLxGENE: standalone executables of CELLxGENE for easy installation 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.151 PMID:40070474	研究论文	本文介绍了Portable-CELLxGENE，一个易于安装和运行的CELLxGENE独立版本，旨在为非生物信息学家提供便利	Portable-CELLxGENE通过图形界面简化了安装和运行过程，使非生物信息学家能够独立进行单细胞转录组数据分析	未提及具体的技术限制或性能问题	为非生物信息学家提供易于使用的单细胞转录组数据分析工具	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	NA
3719	2025-03-14	Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570640 PMID:38106186	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，在酵母中进行了表达数量性状位点（eQTL）的定位研究，揭示了生长与繁殖之间的权衡关系	开发了一种单细胞RNA测序的一体化方法，用于在单细胞水平上定位eQTL，并揭示了基因表达噪声的等位基因特异性效应	研究仅限于酵母，未涉及其他生物体或更复杂的多细胞系统	研究基因变异对基因表达及下游性状的影响	酵母单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	超过100,000个单细胞，来自三个杂交系
3720	2025-03-14	Bone-marrow macrophage-derived GPNMB protein binds to orphan receptor GPR39 and plays a critical role in cardiac repair 2024-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00555-4 PMID:39455836	研究论文	本文研究了糖蛋白非转移性黑色素瘤蛋白B（GPNMB）在心肌梗死后的心脏修复中的作用	首次揭示了骨髓来源的巨噬细胞是损伤心脏中GPNMB的主要来源，并发现GPNMB通过GPR39信号通路在心脏修复中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨GPNMB在心肌梗死后的心脏损伤和功能中的作用	人类和小鼠的心脏组织	心血管疾病	心肌梗死	单细胞转录组学	遗传功能缺失模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量