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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3681 - 3700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3681 | 2025-10-06 |
Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637521
PMID:39990382
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研究论文 | 本研究通过时空脉冲追踪实验和单细胞RNA测序技术，揭示了棘鼠复杂组织再生过程中特定细胞状态的作用机制 | 首次发现棘鼠基质细胞在损伤后能快速重新进入细胞周期，并保持严格的时空控制，同时鉴定出与再生和瘢痕组织相关的关键细胞类型（CRABP1+、αSMA+）及其特异性基因表达谱 | 研究主要聚焦于基质细胞，可能未完全涵盖所有参与再生过程的细胞类型；对细胞状态转变的具体分子机制仍需进一步探索 | 探究哺乳动物复杂组织再生过程中的细胞增殖动态和特定细胞状态的作用 | 棘鼠（Acomys spp.）和实验室小鼠的耳组织再生过程 | 发育生物学 | 组织损伤与再生 | 时空脉冲追踪实验、免疫染色、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞增殖数据、图像数据 | 棘鼠和实验室小鼠的耳组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3682 | 2025-10-06 |
Single-Cell Omics for Transcriptome CHaracterization (SCOTCH): isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.29.590597
PMID:38746128
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研究论文 | 开发了一套名为SCOTCH的计算方法套件，用于长读长单细胞RNA测序数据的转录组表征 | 利用Oxford Nanopore R10流动池降低测序错误率的优势，无需传统短读长条形码空间构建方法，通过亚外显子识别策略和动态阈值实现精确的异构体比对和新异构体发现 | NA | 开发针对长读长单细胞RNA测序数据的计算方法，提升转录组复杂性分析能力 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 长读长单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore, PacBio, 10X Genomics, Parse Biosciences, Illumina | 单细胞RNA测序, 长读长测序 | Nanopore R9流动池, Nanopore R10流动池, PacBio测序平台 | 支持Nanopore和PacBio测序平台，兼容10X Genomics和Parse Biosciences单细胞文库制备方案 |
| 3683 | 2025-10-06 |
Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states
2025-Feb-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002
PMID:39818203
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研究论文 | 通过单细胞转录组学结合谱系追踪技术研究流感感染后小鼠肺再生的细胞动态变化 | 发现了损伤诱导的毛细血管内皮细胞(iCAP)状态，该状态在损伤后持续存在并具有发育肺内皮和人类退行性肺疾病的特征 | 研究仅基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证 | 解析肺损伤后气体交换表面功能再生的细胞协调机制 | 小鼠肺组织细胞 | 单细胞生物学 | 肺疾病 | 单细胞转录组学, 谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠肺组织单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3684 | 2025-10-06 |
Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility
2025-02-03, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021
PMID:39579769
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研究论文 | 本研究揭示了Frizzled5通过调控染色质可及性控制小鼠肠道上皮细胞可塑性的机制 | 首次发现Fzd5通过调控染色质可及性来协调肠道上皮细胞命运决定，揭示了Wnt通路受体在表观遗传调控中的新功能 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证；未详细阐明Fzd5调控染色质可及性的具体分子机制 | 探究Frizzled5在肠道上皮细胞可塑性调控中的作用机制 | 小鼠肠道上皮细胞，特别是Lgr5肠道干细胞和Krt19细胞 | 单细胞多组学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 3685 | 2025-10-06 |
Ag-driven CD8 + T cell clonal expansion is a prominent feature of MASH in humans and mice
2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000971
PMID:39047085
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研究论文 | 本研究揭示了抗原驱动的CD8+T细胞克隆扩增是MASH（代谢功能障碍相关脂肪性肝炎）在人类和小鼠中的一个显著特征 | 首次证实T细胞在MASH进展过程中经历抗原依赖性克隆扩增和功能分化 | T细胞在肝脏中积累的具体原因和后果尚未完全阐明 | 解析MASH中T细胞的功能及其在疾病中的作用 | 人类肝硬化患者和饮食诱导MASH小鼠模型中的肝脏驻留T细胞 | 免疫学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 5'单细胞测序,流式细胞术 | NA | 单细胞测序数据,流式细胞数据 | 人类肝硬化患者和MASH小鼠模型的肝脏T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3686 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation
2025-Feb, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-024-02651-0
PMID:39103533
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研究论文 | 通过单细胞空间转录组学分析Trem2R47H阿尔茨海默病风险基因突变对非神经元和神经元细胞的差异性调控模式 | 首次使用MERFISH空间转录组技术系统揭示Trem2突变在不同脑区细胞类型中的特异性转录调控，发现独立于淀粉样蛋白病理的神经元BDNF信号通路改变 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证；样本数量相对有限（19个脑切片） | 探究Trem2R47H突变在阿尔茨海默病背景下对大脑不同细胞类型的转录调控影响 | 野生型、Trem2突变、5xFAD和Trem2;5xFAD基因型小鼠的皮层和皮层下脑区细胞 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | MERFISH空间转录组学 | 自定义分析流程 | 空间基因表达数据、神经病理学数据 | 19个小鼠脑切片 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | MERFISH空间转录组技术 |
| 3687 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing
2025-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08334-8
PMID:39695234
|
研究论文 | 本研究通过构建空间分辨单细胞转录组脑图谱，开发空间衰老时钟模型揭示细胞邻近效应对脑衰老的影响 | 首次开发空间衰老时钟模型，系统揭示T细胞和神经干细胞通过邻近效应对脑组织衰老与再生的调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，在人类组织中的适用性需要进一步验证 | 探究细胞间邻近效应在脑组织衰老过程中的作用机制 | 420万个脑细胞，涵盖20个不同年龄阶段和两种再生干预措施（运动和部分重编程） | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组测序，空间转录组学 | 机器学习，深度学习 | 空间转录组数据 | 420万个细胞，20个年龄阶段 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3688 | 2025-10-06 |
Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics
2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029
PMID:39919554
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研究论文 | 利用单细胞转录组学解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运蛋白和转录因子的细胞类型特异性及区域分布 | 首次系统性地表征了药物处理基因在不同肝脏细胞类型和区域中的基线mRNA富集情况 | 基于已发表的单细胞和细胞核转录组数据集进行分析，未进行新的实验验证 | 解析小鼠肝脏中药物处理基因的细胞类型特异性和区域分布特征 | 小鼠肝脏细胞（包括肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、库普弗细胞、星状细胞、肌成纤维细胞和免疫细胞） | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | Seurat V5 | 单细胞转录组数据, 细胞核转录组数据 | 已发表的单细胞和细胞核转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3689 | 2025-10-06 |
Cell-specific transcriptional signatures of vascular cells in Alzheimer's disease: perspectives, pathways, and therapeutic directions
2025-Jan-29, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-025-00798-0
PMID:39876020
|
综述 | 本文综述了阿尔茨海默病中脑血管细胞特异性转录特征及其治疗前景 | 整合单细胞转录组学研究揭示AD脑血管细胞特异性转录特征及细胞间通讯异常 | 基于已发表文献的综述，未包含新的实验数据 | 探讨阿尔茨海默病中脑血管细胞的转录特征及潜在治疗方向 | 人脑尸检组织中的脑血管细胞（内皮细胞、壁细胞等）及其亚型 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,神经影像数据,神经病理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3690 | 2025-10-06 |
Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease
2025-Jan-29, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298
PMID:39879321
|
研究论文 | 本研究通过非人灵长类动物模型探索急性移植物抗宿主病中组织特异性T细胞免疫反应的机制 | 首次在aGVHD模型中系统揭示不同器官微环境驱动T细胞转录程序分化的机制，证明这种分化与抗原特异性无关 | 研究基于非人灵长类动物模型，结果向人类临床转化的有效性需要进一步验证 | 探究组织特异性微环境在急性移植物抗宿主病中对T细胞编程的影响机制 | 非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型中的组织浸润T细胞 | 系统免疫学 | 移植物抗宿主病 | 多参数流式细胞术, 转录组分析, 单细胞RNA测序, TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据, 流式细胞数据 | 非人灵长类动物aGVHD模型 | NA | 单细胞RNA测序, TCR测序 | NA | NA |
| 3691 | 2025-10-06 |
Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer
2025-Jan-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01432-w
PMID:39825401
|
研究论文 | 通过小鼠和人类前列腺单细胞转录组的荟萃分析，揭示组织回归、再生和癌症中广泛的上皮细胞可塑性 | 首次使用随机矩阵理论去噪和最优传输方法比较跨物种上皮细胞群体，发现雄激素依赖的细胞可塑性机制 | 基于已有数据集的分析，可能受原始数据质量和样本来源限制 | 阐明前列腺组织稳态和肿瘤进展过程中上皮细胞状态的动态变化 | 小鼠和人类前列腺组织 | 单细胞转录组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 随机矩阵理论，最优传输算法 | 单细胞转录组数据 | 多个已发表和新的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3692 | 2025-10-06 |
Transformer-based modeling of Clonal Selection and Expression Dynamics reveals resistance mechanisms in breast cancer
2025-Jan-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00485-8
PMID:39794360
|
研究论文 | 提出一种基于Transformer的深度学习模型TraCSED，用于分析乳腺癌中克隆选择和基因表达动态，揭示耐药机制 | 开发了首个基于Transformer的动态深度学习方法来建模克隆选择过程，能够识别与克隆选择相关的可解释基因程序及其时间动态 | 仅针对乳腺癌特定治疗药物进行研究，未验证在其他癌症类型或治疗方案的普适性 | 研究癌症细胞转录异质性及其对治疗反应的影响，识别耐药机制 | 乳腺癌细胞系，使用giredestrant（选择性ER拮抗剂和降解剂）或palbociclib（CDK4/6抑制剂）处理的细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，克隆条形码技术 | Transformer | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3693 | 2025-10-06 |
CSI-GEP: A GPU-based unsupervised machine learning approach for recovering gene expression programs in atlas-scale single-cell RNA-seq data
2025-Jan-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100739
PMID:39788105
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研究论文 | 开发了一种基于GPU的无监督机器学习方法CSI-GEP，用于从大规模单细胞RNA测序数据中恢复基因表达程序 | 提出首个基于GPU的无监督学习方法，能够在大规模单细胞RNA测序数据中一致且可扩展地推断基因表达程序 | 未详细说明参数选择的具体方法，且仅在小鼠脑图谱和人类肿瘤数据集上验证 | 开发可扩展的无监督学习方法以更好地分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达程序 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督机器学习 | 基因表达数据 | 220万个小鼠脑细胞及人类肿瘤和细胞系数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3694 | 2025-10-06 |
Hypoxia-inducible factor 2 regulates alveolar regeneration after repetitive injury in three-dimensional cellular and in vivo models
2025-Jan-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adk8623
PMID:39772774
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研究论文 | 本研究通过三维细胞和体内模型揭示了缺氧诱导因子2在重复损伤后肺泡再生中的调控作用 | 首次发现HIF2信号通路在异常上皮细胞中的持续激活，并证明靶向抑制HIF2可促进功能性肺泡修复 | 研究主要基于动物模型和类器官，需要进一步验证在人类患者中的效果 | 探究特发性肺纤维化中异常上皮细胞出现和持续存在的机制 | IPF患者、小鼠模型、小鼠肺泡类器官、人远端肺类器官 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | IPF患者和小鼠模型的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3695 | 2025-10-06 |
YAP Overcomes Mechanical Barriers to Induce Mitotic Rounding and Adult Cardiomyocyte Division
2025-Jan-07, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究揭示了YAP5SA如何克服机械屏障诱导成年心肌细胞有丝分裂圆化和细胞分裂 | 首次发现YAP5SA能克服心肌机械微环境限制，诱导成年哺乳动物心肌细胞进行有丝分裂圆化和细胞分裂 | 研究主要基于基因工程模型，在人类心肌细胞中的适用性尚需验证 | 探究YAP5SA诱导成年心肌细胞重新进入细胞周期的机制 | 成年哺乳动物心肌细胞 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,克隆分析,标志基因分析,功能研究 | NA | 基因表达数据,细胞成像数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3696 | 2025-10-06 |
A single-cell compendium of human cerebrospinal fluid identifies disease-associated immune cell populations
2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI177793
PMID:39744938
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研究论文 | 通过整合公共数据集和自身研究，构建了包含139名受试者的人类脑脊液单细胞转录组图谱，揭示了神经系统疾病相关的免疫细胞群体 | 发现了CSF中特有的AREG+树突状细胞新亚群，并在多发性硬化症患者中更为丰富 | 研究主要基于现有数据集整合，可能受到原始数据质量和一致性的限制 | 建立脑脊液免疫细胞的单细胞转录组参考图谱，用于神经系统疾病研究 | 人类脑脊液和血液样本中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 数据整合分析 | 单细胞转录组数据 | 139名受试者，包含135份脑脊液样本和58份血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3697 | 2025-10-06 |
Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease
2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877241299119
PMID:39584353
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研究论文 | 本研究利用空间转录组技术探索早期阿尔茨海默病模型中背缝核不同亚区的基因表达差异 | 首次在阿尔茨海默病模型中揭示背缝核不同亚区对病理变化的差异性易感性，并发现长链非编码RNA Map2k3os可能参与tau蛋白磷酸化调控 | 空间转录组技术存在局限性，需要结合其他验证方法 | 识别与5-羟色胺神经元对AD病理易感性或抵抗性相关的遗传成分 | 过表达人tau蛋白的小鼠模型(htau小鼠)的背缝核组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间基因表达分析,RNAscope,免疫组织化学 | NA | 空间基因表达数据,图像数据 | htau小鼠背缝核组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间基因表达平台 |
| 3698 | 2025-10-06 |
Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions
2025-Jan, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-02031-y
PMID:39753771
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研究论文 | 通过多族群精细定位分析192个风险区域，完善乳腺癌遗传风险和生物学机制 | 首次对已知乳腺癌风险位点进行多族群精细定位分析，发现131个新关联信号并将50个信号的因果变异缩小至单个变异 | 因果变异和目标基因的确认仍需进一步功能验证 | 精细定位乳腺癌遗传风险位点并探索其生物学机制 | 172,737例女性乳腺癌病例和242,009例对照（非洲、亚洲和欧洲 ancestry） | 基因组学 | 乳腺癌 | 全基因组关联研究（GWAS）, 单细胞RNA测序, 体外实验 | NA | 基因组数据, 功能基因组学数据 | 414,746个样本（172,737病例 + 242,009对照） | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组关联分析 | NA | NA |
| 3699 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing before and after Light Chain Escape Reveals Intrapatient Multiple Myeloma Subpopulations with Divergent Osteolytic Gene Expression
2025-01-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0170
PMID:39699274
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究多发性骨髓瘤患者轻链逃逸现象，揭示与骨溶解基因表达相关的肿瘤亚群 | 首次在单细胞水平追踪轻链逃逸现象，发现LAMP5过表达与骨溶解风险的新关联 | 研究基于单个患者的纵向样本，样本量有限 | 理解多发性骨髓瘤中轻链逃逸现象的分子机制和临床意义 | 多发性骨髓瘤患者骨髓活检样本 | 单细胞组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序，药物敏感性测试，拷贝数变异推断 | NA | 单细胞转录组数据，临床血清数据 | 1名患者在诊断时、首次复发和复发/难治时间点的系列骨髓活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3700 | 2025-10-06 |
Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues
2025, BME frontiers
IF:5.0Q1
DOI:10.34133/bmef.0110
PMID:40084126
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研究论文 | 开发了3D空间基因邻域网络嵌入方法，用于识别亚细胞基因邻近关系和细胞间通讯中的关键亚细胞模式 | 结合3D成像空间转录组学和图深度学习，首次在三维空间中分析亚细胞基因邻近关系 | 三维空间数据复杂度增加，需要新的分析方法，未明确说明样本量大小 | 识别亚细胞基因邻近关系和细胞间通讯中的关键亚细胞模式 | 间充质干细胞、外周血单核细胞、小鼠下丘脑和皮层中的星形胶质细胞与神经元 | 空间转录组学 | NA | 3D成像空间转录组学、多重误差鲁棒荧光原位杂交(MERFISH) | 图自编码器 | 3D空间转录组数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学、3D成像 | NA | NA |