单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3681	2025-02-24	Tumor infiltration of inactive CD8 + T cells was associated with poor prognosis in Gastric Cancer 2025-Mar, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association IF:6.0Q1 DOI:10.1007/s10120-024-01577-4 PMID:39722065	研究论文	本研究探讨了胃癌复杂肿瘤免疫微环境中各种免疫细胞的功能，特别是CD8 + T细胞的浸润与预后的关系	通过单细胞RNA测序和免疫组化分析，揭示了CD8 + T细胞在胃癌中的活性状态及其与预后的关联	样本量相对较小（34例患者进行单细胞RNA测序），且仅分析了Epstein-Barr病毒阴性病例的TCR库	探讨胃癌肿瘤免疫微环境中CD8 + T细胞的功能及其对预后的影响	胃癌患者及其肿瘤组织中的CD8 + T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	34例胃癌患者的肿瘤和正常组织进行单细胞RNA测序，157例胃癌患者进行免疫组化分析
3682	2025-02-24	Sciatic nerve stimulation enhances NK cell cytotoxicity through dopamine signaling and synergizes immunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101212 PMID:39951881	研究论文	本研究探讨了坐骨神经刺激对三阴性乳腺癌（TNBC）抗肿瘤免疫反应和免疫治疗效果的影响	揭示了坐骨神经刺激通过多巴胺信号通路增强NK细胞毒性，并与免疫治疗协同作用的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究坐骨神经刺激对TNBC抗肿瘤免疫反应和免疫治疗效果的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）小鼠模型	癌症免疫治疗	乳腺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学	小鼠模型	基因表达数据、免疫细胞数据	未明确提及具体样本数量
3683	2025-02-24	Spatiotemporal Transcriptomic Profiling Reveals the Dynamic Immunological Landscape of Alveolar Echinococcosis 2025-Feb-22, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405914 PMID:39985260	研究论文	本文通过整合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组技术，揭示了宿主对多房棘球蚴的免疫反应机制，并构建了感染病灶的高分辨率空间图谱	首次结合多种转录组技术，从时空维度揭示多房棘球蚴感染过程中的宿主免疫反应机制，并发现中性粒细胞和巨噬细胞亚群在疾病进展中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证	研究多房棘球蚴感染过程中的宿主免疫反应机制	感染多房棘球蚴的小鼠肝脏样本	数字病理学	棘球蚴病	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组技术	NA	RNA-seq数据	感染后多个时间点（最长15个月）的小鼠肝脏样本
3684	2025-02-24	Age-Dependent Clonal Expansion of Non-Sperm-Forming Spermatogonial Stem Cells in Mouse Testes 2025-Feb-22, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70019 PMID:39985763	研究论文	本文研究了老年小鼠睾丸中非精子形成型精原干细胞（SSCs）的克隆扩展行为及其对精子生成的影响	揭示了老年小鼠睾丸中非精子形成型SSCs的克隆扩展现象，并发现这些克隆在老年小鼠中占据生态位空间，可能影响精子生成和遗传多样性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的相关研究	探讨生理老化对睾丸开放生态位中精原干细胞克隆命运行为的影响	老年小鼠睾丸中的精原干细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序、谱系追踪、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	老年小鼠睾丸样本
3685	2025-02-24	Therapeutic implications of endoplasmic reticulum stress gene CCL3 in cervical squamous cell carcinoma 2025-Feb-20, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09949-3 PMID:39976849	研究论文	本研究探讨了宫颈鳞状细胞癌（CESC）中内质网应激（ERS）相关基因的表达，识别了两种分子亚型P1和P2，并基于这些亚型构建了精确的预后模型	通过识别新的分子亚型和构建预后模型，发现了CCL3基因在CESC治疗中的潜在作用，特别是在CD8+ T细胞中的表达差异	研究主要依赖于TCGA和GSE数据集，可能受到数据来源的限制，且动物模型的结果需要进一步临床验证	探讨CESC中ERS相关基因的表达及其对预后的影响，寻找新的治疗靶点	宫颈鳞状细胞癌（CESC）患者和健康个体的CD8+ T细胞	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, Lasso Cox回归分析	预后模型	基因表达数据	TCGA和GSE数据集中的CESC患者样本
3686	2025-02-24	Corticosteroid premedication on anti-tumor effect of immune checkpoint blockade in murine hepatocellular carcinoma models 2025-Feb-20, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009704 PMID:39979068	研究论文	本研究探讨了皮质类固醇预用药是否会影响双重免疫检查点阻断（dICB）在肝细胞癌（HCC）模型中的抗肿瘤效果	首次在HCC模型中系统评估了不同剂量皮质类固醇预用药对dICB抗肿瘤效果的影响，并利用单细胞RNA测序技术深入分析了T细胞亚群的变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	评估皮质类固醇预用药对dICB治疗HCC抗肿瘤效果的影响	小鼠肝细胞癌模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两种小鼠HCC模型（原位BNL 1MEA.7R.1和皮下Hepa1-6）
3687	2025-02-24	STANCE: a unified statistical model to detect cell-type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57117-w PMID:39979358	研究论文	本文提出了一种名为STANCE的统一统计模型，用于在空间转录组学中检测细胞类型特异性空间可变基因（ctSVGs）	STANCE模型在线性混合效应模型框架下整合了基因表达、空间位置和细胞类型组成信息，确保了组织旋转不变的结果，并通过两阶段方法进行初始SVG/ctSVG检测和ctSVG特异性测试	NA	检测空间转录组学中的细胞类型特异性空间可变基因（ctSVGs）	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	线性混合效应模型	基因表达数据、空间位置数据、细胞类型组成数据	公共数据集
3688	2025-02-24	A novel HVEM-Fc recombinant protein for lung cancer immunotherapy 2025-Feb-20, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03324-8 PMID:39979981	研究论文	本文研究了一种新型HVEM-Fc重组蛋白在肺癌免疫治疗中的应用	HVEM-Fc是一种新型重组融合蛋白，具有激活和抑制免疫反应的双重功能，首次在肺癌模型中展示了其抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行大规模临床试验	评估HVEM-Fc在肺癌免疫治疗中的抗肿瘤效果及其机制	C57BL/6小鼠肺癌模型、KP原位小鼠肺癌模型、患者来源的类器官	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	C57BL/6小鼠模型、KP原位小鼠肺癌模型、患者来源的类器官
3689	2025-02-24	Spatial transcriptomics in autoimmune rheumatic disease: potential clinical applications and perspectives 2025-Feb-20, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00369-2 PMID:39980019	综述	本文综述了空间转录组学技术的发展及其在自身免疫性风湿病中的潜在临床应用	空间转录组学技术结合高plex RNA测序与空间数据，提供了单细胞水平的精确空间评估，增强了对疾病过程中细胞相互作用的理解	NA	探讨空间转录组学在自身免疫性风湿病中的临床应用潜力	自身免疫性风湿病，如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮和干燥综合征	数字病理学	风湿病	空间转录组学，原位杂交，原位测序，原位空间条形码，显微切割方法	NA	基因表达数据	NA
3690	2025-02-24	Comprehensive analysis of long non-coding RNA and mRNA expression patterns during seminiferous tubules maturation in Guanzhong dairy goats 2025-Feb-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11320-7 PMID:39966702	研究论文	本研究通过测序和分析关中奶山羊精曲小管在两个发育阶段（45天未成熟和240天成熟）的长链非编码RNA（lncRNA）和mRNA表达模式，揭示了这些分子在精曲小管成熟过程中的关键作用	首次在关中奶山羊中系统地分析了精曲小管在不同发育阶段的lncRNA和mRNA表达模式，并构建了lncRNA-mRNA相互作用网络，为精曲小管发育和精子发生提供了新的见解	研究仅关注了关中奶山羊的两个发育阶段，未涵盖更广泛的发育时间点或不同品种的奶山羊	研究关中奶山羊精曲小管在不同发育阶段的lncRNA和mRNA表达模式及其在精子发生中的作用	关中奶山羊的精曲小管	转录组学	NA	RNA测序	NA	RNA序列数据	两个发育阶段的关中奶山羊精曲小管样本（45天未成熟和240天成熟）
3691	2025-02-20	Publisher Correction: Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data 2025-Feb-18, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02152-8 PMID:39966937	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3692	2025-02-24	Efficient Identification of Monoclonal Antibodies Against Rift Valley Fever Virus Using High-Throughput Single Lymphocyte Transcriptomics of Immunized Mice 2025-Feb-04, Antibodies (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antib14010012 PMID:39982227	研究论文	本文报告了使用10x Genomics技术进行高通量单细胞分析，以识别针对裂谷热病毒（RVFV）的稀有且强效的抗体	采用高通量单细胞转录组学技术，结合生物信息学分析，从免疫小鼠中筛选出针对RVFV表面糖蛋白Gc和Gn的单克隆抗体	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体试验	开发针对RVFV的高效治疗性抗体	裂谷热病毒（RVFV）及其表面糖蛋白Gc和Gn	生物信息学	裂谷热	10x Genomics高通量单细胞转录组学技术	NA	单细胞转录组数据	从小鼠脾脏中分选的记忆B细胞群体
3693	2025-02-24	A Review and New Insights Into Spermatogenesis From Single-Cell RNA Sequencing 2025-Feb, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene DOI:10.1111/rda.70019 PMID:39985199	综述	本文综述了单细胞RNA测序在精原干细胞（SSCs）鉴定及其发育轨迹研究中的进展	利用单细胞RNA测序技术详细分类细胞亚群，挖掘不同细胞类型中特异性表达的基因，并准确识别特定细胞类型	睾丸中存在高度的细胞异质性，缺乏特定的分子标记物（尤其是家畜中），这限制了SSCs的筛选、纯化和应用	探讨精原干细胞的维持、自我更新和分化机制	精原干细胞（SSCs）及其发育轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3694	2025-02-24	Generation of super-resolution images from barcode-based spatial transcriptomics by deep image prior 2025-Jan-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100937 PMID:39729996	研究论文	本文提出了一种名为SuperST的算法，通过深度图像先验从低分辨率空间转录组学库中重建高分辨率图像矩阵	SuperST算法利用深度图像先验技术，解决了现有空间转录组学方法在从稀疏分布的条形码重建高分辨率图像时的局限性，生成的图像更接近免疫荧光图像	未明确提及具体局限性	提高空间转录组学图像的分辨率，解决零膨胀问题	空间转录组学数据	数字病理学	NA	深度图像先验	NA	图像	NA
3695	2025-02-24	TimeFlies: an snRNA-seq aging clock for the fruit fly head sheds light on sex-biased aging 2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625273 PMID:39896546	研究论文	本文介绍了TimeFlies，一种基于单细胞RNA测序的果蝇头部衰老时钟，揭示了性别差异在衰老过程中的作用	TimeFlies是首个基于全基因组基因表达谱的泛细胞类型单细胞RNA测序衰老时钟，能够识别与年龄相关的关键标记基因，并揭示性别差异在衰老中的不同作用	研究主要局限于果蝇头部，未涉及其他组织或物种	开发一种基于单细胞RNA测序的衰老时钟，以研究果蝇头部衰老过程中的性别差异	果蝇头部细胞	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3696	2025-02-24	Integrating Bulk and Single-Cell Transcriptomic Data to Identify Ferroptosis-Associated Inflammatory Gene in Alzheimer's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S497418 PMID:39959647	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铁死亡相关炎症基因SLC11A1在阿尔茨海默病中的关键作用	首次从细胞类型特异性角度探讨了铁死亡、免疫炎症与阿尔茨海默病之间的分子机制，并发现了一个与铁死亡高度相关的小胶质细胞亚群	研究主要基于转录组数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探讨铁死亡、免疫炎症与阿尔茨海默病之间的分子联系	阿尔茨海默病患者脑组织和外周血的RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 免疫荧光	NA	RNA测序数据	阿尔茨海默病患者脑组织和外周血的RNA测序数据，以及实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠脑组织的scRNA-seq数据
3697	2025-02-24	Systemic immune profiling analysis identifying M2-TAM related genes predicted colon cancer prognosis and chemotherapy responses 2024-Dec-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040979 PMID:39969348	研究论文	本研究通过系统性免疫分析，识别了与M2型肿瘤相关巨噬细胞相关的基因，这些基因能够预测结肠癌的预后和化疗反应	开发了新的M2型巨噬细胞标志物，用于预测结肠癌患者的预后，并验证了这些标志物在外部数据集中的有效性	研究依赖于现有数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索与M2型巨噬细胞相关的基因标志物，以预测结肠癌的预后和化疗反应	结肠癌患者	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析，最小绝对收缩和选择算子，Cox回归	风险模型	转录组数据，单细胞RNA测序数据，临床数据	来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的结肠癌患者数据
3698	2025-02-23	Revealing the therapeutic targets, mechanisms, and heterogeneity of Huatan Jieyu Granules for Parkinson's disease through single-cell sequencing 2025-May-15, Journal of pharmaceutical and biomedical analysis IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jpba.2025.116679 PMID:39864142	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探索了化痰解郁颗粒（HGs）对帕金森病（PD）的治疗靶点、机制和异质性	首次使用单细胞测序技术揭示了HGs治疗PD的分子机制和关键细胞类型	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探索HGs对PD的治疗效果及其分子机制	MPTP诱导的PD小鼠模型	数字病理学	帕金森病	单细胞测序	小鼠PD模型	单细胞RNA测序数据	未明确提及样本数量，但涉及空白组、PD模型组和药物治疗组的小鼠
3699	2025-02-23	Differential expression of the MYC-Notch axis drives divergent responses to the front-line therapy in central and peripheral extensive-stage small-cell lung cancer 2025-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70112 PMID:39974662	研究论文	本研究比较了中央型和周围型广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）对一线治疗的反应差异，并通过单细胞RNA测序探讨了潜在的生物学机制	首次揭示了中央型和周围型ES-SCLC对一线治疗的不同反应，并发现MYC-Notch-non-NE轴的差异激活状态可能是导致这些差异的原因	样本量较小（9个治疗初期的ES-SCLC样本），需要更大规模的研究来验证结果	探讨中央型和周围型ES-SCLC对一线治疗的反应差异及其生物学机制	广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）患者	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	265名患者（临床数据）和9个治疗初期的ES-SCLC样本（scRNA-seq数据）
3700	2025-02-23	Single-cell multiomics reveals a gene regulatory circuit driving leukemia cell differentiation 2025-Feb-22, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03309-z PMID:39984714	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析揭示了全反式维甲酸（ATRA）治疗后急性早幼粒细胞白血病（APL）细胞系NB4的分化调控轨迹	整合单细胞染色质可及性和单细胞转录组分析，发现了一个由SPI1和CEBPE转录因子组成的正反馈基因调控回路，该回路驱动白血病细胞分化	研究主要基于细胞系实验，未涉及体内实验或临床样本验证	探索ATRA诱导白血病细胞分化的分子机制	急性早幼粒细胞白血病（APL）细胞系NB4，以及非APL白血病细胞系HL60和K562	单细胞多组学	白血病	单细胞染色质可及性分析，单细胞转录组分析	NA	单细胞多组学数据	NB4、HL60和K562细胞系