单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3681	2025-03-17	Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging 2024-Jun-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.04.013 PMID:38714197	研究论文	本文通过单细胞转录组学和蛋白质组学成像技术，绘制了人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间组织图谱	结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CODEX技术，首次揭示了人类骨髓中非造血细胞的转录异质性及其与造血细胞的相互作用，并构建了空间解析的多组学图谱	研究主要基于单细胞技术，可能无法完全捕捉细胞间的动态相互作用和功能变化	研究人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间组织，以揭示其在造血过程中的作用	人类骨髓中的非造血细胞和造血细胞	单细胞组学	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CODEX成像	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组成像数据	29,325个非造血细胞和53,417个造血细胞，以及超过120万个细胞的CODEX成像数据
3682	2024-08-07	Prediction of cell-cell communication patterns of dorsal root ganglion cells: single-cell RNA sequencing data analysis 2024-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/1673-5374.384067 PMID:37905887	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3683	2025-03-17	Androgen deprivation induces double-null prostate cancer via aberrant nuclear export and ribosomal biogenesis through HGF and Wnt activation 2024-Feb-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45489-4 PMID:38336745	研究论文	本文研究了雄激素剥夺疗法（ADT）如何通过异常的核输出和核糖体生物合成诱导双阴性前列腺癌（DNPC），并揭示了HGF/MET和Wnt/β-catenin信号通路的共激活在这一过程中的作用	揭示了当前ADT通过异常的HGF/MET信号激活进一步升高Wnt/β-catenin信号，从而诱导DNPC的机制，并提出了XPO1和核糖体蛋白作为潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和临床样本，尚未在更大规模的人体试验中验证	探讨雄激素剥夺疗法（ADT）诱导双阴性前列腺癌（DNPC）的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	前列腺癌患者和小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	人类DNPC样本和小鼠模型
3684	2025-03-17	Brief literature review and comprehensive bioinformatics analytics unravel the potential mechanism of curcumin in the treatment of periodontitis 2023-07-08, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-023-03181-x PMID:37422651	研究论文	本研究通过计算模拟揭示了姜黄素治疗牙周炎的潜在作用机制	通过单细胞分析和批量RNA测序数据的整合，结合分子对接和分子动力学模拟，揭示了姜黄素与CXCL1、FOS和CXCL8的结合模式	研究主要依赖于计算模拟，缺乏实验验证	揭示姜黄素治疗牙周炎的潜在机制	牙周炎	生物信息学	牙周炎	单细胞分析, 批量RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟	NA	基因表达数据	数据集GSE164241、GSE10334和GSE16134
3685	2025-03-16	Case report: single-cell transcriptome sequencing reveals the clonal origin of mature plasmacytoid dendritic cell proliferation in early T-cell precursor lymphoblastic leukemia 2025-Mar-14, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06301-5 PMID:40085211	病例报告	本文报告了一例69岁男性患者，通过单细胞转录组测序技术揭示了成熟浆细胞样树突状细胞增殖（MPDCP）与早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病（T-ALL）的克隆起源	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了T-ALL原始细胞与浆细胞样树突状细胞（pDC）之间的转录连续性，表明这两种细胞类型之间可能存在发育关系	需要进一步研究以确认这些发现并探索其临床意义	探讨MPDCP与淋巴系统恶性肿瘤的关联及其细胞发育关系	69岁男性患者，患有早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病并伴有MPDCP	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	1例患者
3686	2025-03-16	Mature Megakaryocytes Acquire Immune Characteristics in a Mouse Model of Aplastic Anemia 2025-Mar-14, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015621 PMID:40086077	研究论文	本文探讨了在免疫性骨髓衰竭小鼠模型中，成熟巨核细胞获得免疫特性的现象	揭示了成熟巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中的新角色，包括其作为抗原呈递细胞的能力和对T细胞的激活作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚不充分	研究巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中的功能和特性	小鼠模型中的巨核细胞和T细胞	血液学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序（scRNA-seq），电子显微镜	小鼠模型	基因表达数据，显微镜图像	小鼠模型中的巨核细胞和T细胞，以及再生障碍性贫血患者的样本
3687	2025-03-16	Mapping glioma progression: single-cell RNA sequencing illuminates cell-cell interactions and immune response variability 2025-Mar-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01903-x PMID:40072722	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胶质瘤微环境的复杂性，特别是恶性胶质瘤细胞与巨噬细胞/单核细胞之间的相互作用及其对肿瘤进展和治疗反应的影响	利用单细胞RNA测序技术深入分析了胶质瘤样本，识别了多种细胞亚群和巨噬细胞/单核细胞亚型，揭示了它们通过特定途径的相互作用，并开发了一个基于风险评分的预后模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	探索胶质瘤微环境中恶性细胞与免疫细胞的相互作用及其对肿瘤进展和治疗反应的影响	胶质瘤细胞和巨噬细胞/单核细胞	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序	预后模型	RNA-seq数据	来自TCGA和CGGA数据库的胶质瘤样本
3688	2025-03-16	Transcription factor networks and novel immune biomarkers reveal key prognostic and therapeutic insights in ovarian cancer 2025-Mar-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01788-w PMID:40074978	研究论文	本研究通过分析卵巢癌单细胞RNA测序数据，构建了一个基于转录因子调控网络的9基因风险模型，用于预测卵巢癌的预后和免疫治疗效果	首次利用单细胞RNA测序数据构建卵巢癌的转录因子调控网络，并开发了一个9基因风险模型，同时鉴定了三个新的免疫相关生物标志物	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量可能有限，且需要进一步验证模型在其他独立队列中的有效性	研究卵巢癌肿瘤微环境中的转录因子调控网络，开发预后预测模型并探索新的免疫治疗靶点	卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞和转录因子	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR，免疫组化（IHC）	Lasso回归，ConsensusClusterPlus	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	未明确提及具体样本数量，但使用了138种GDSC数据库药物进行敏感性预测
3689	2025-03-16	Integrative whole slide image and spatial transcriptomics analysis with QuST and QuPath 2025-Mar-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00841-9 PMID:40075141	研究论文	本文介绍了一种名为QuST的QuPath扩展工具，用于在单细胞水平上整合全切片图像（WSI）和空间转录组学（ST）分析	提出了QuST工具，首次在单细胞水平上整合WSI和ST分析，为疾病生物学研究提供了新的视角	面临训练模式准备和分辨率差异等挑战	增强对疾病的理解，特别是在数字病理学领域	全切片图像（WSI）和空间转录组学（ST）数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	NA	图像和转录组数据	NA
3690	2025-03-16	Fatty acid metabolism shapes immune responses in chronic lymphocytic leukemia 2025-Mar-12, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00753-7 PMID:40075418	研究论文	本研究探讨了脂肪酸代谢在慢性淋巴细胞白血病（CLL）中的特征及其对免疫反应的影响，构建了相关的预后评分，并研究了脂肪酸代谢在CLL发展中的调控作用和机制	构建了基于脂肪酸代谢基因表达的预后风险评分，揭示了相关的免疫表型差异，并探索了脂肪酸氧化在CLL发展中的调控作用	研究主要基于RNA测序数据，缺乏对脂肪酸代谢在CLL中具体分子机制的深入实验验证	阐明脂肪酸代谢在CLL中的特征及其对免疫反应的影响，构建预后评分并探索其调控机制	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者和健康对照	肿瘤免疫学	慢性淋巴细胞白血病	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	Cox-LASSO回归	RNA测序数据	CLL患者和健康对照的RNA测序数据
3691	2025-03-16	From inflammation to remodelling: A novel BASP1+ monocyte subset as a catalyst for acute aortic dissection 2025-Mar-06, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.003 PMID:40057028	研究论文	本文研究了BASP1+单核细胞亚群在急性主动脉夹层（AAD）发展中的作用及其机制	首次揭示了BASP1+单核细胞亚群在AAD中的关键作用及其通过特定信号通路促进炎症和血管重塑的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	探讨BASP1+单核细胞亚群在AAD发展中的作用及其机制	人类外周血和主动脉组织中的单核细胞/巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	scRNA-seq, 免疫荧光, 激光散斑成像, 超声成像, Co-IP, ChIP测序	BASP1-CreER/Lyz2-DreER-tdT报告小鼠	基因表达数据, 图像数据	人类外周血和主动脉组织样本, BASP1-CreER/Lyz2-DreER-tdT报告小鼠
3692	2025-03-16	Single-cell transcriptomics of clinical grade adipose-derived regenerative cells reveals consistency between donors independent of gender and BMI 2025-Mar-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04234-4 PMID:40038777	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术研究了临床级脂肪来源再生细胞（ADRCs）的异质性，发现不同供体之间的ADRCs组成和质量具有高度一致性，不受性别和BMI的影响	首次通过单细胞RNA测序技术全面绘制了ADRCs的异质性图谱，并发现供体、性别和BMI对ADRCs组成的影响较小	研究仅基于两项细胞试验干预研究，样本量可能有限，且未探讨其他潜在影响因素	探讨供体、性别和BMI对脂肪来源再生细胞（ADRCs）组成和质量的影响	临床级脂肪来源再生细胞（ADRCs）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	两项细胞试验干预研究中的ADRCs样本
3693	2025-03-16	Single-Cell RNA Sequencing Reveals an Atlas of Meihua Pig Testis Cells 2025-Mar-05, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15050752 PMID:40076035	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了梅花猪睾丸细胞的转录组图谱，并鉴定了不同发育阶段的细胞类型及其潜在标记基因	首次在梅花猪中应用单细胞RNA测序技术，构建了睾丸发育过程中生殖细胞和体细胞的单细胞发育图谱，并鉴定了精原细胞的候选标记基因TKTL1	研究仅限于梅花猪，未涉及其他物种或更广泛的样本	解析梅花猪睾丸发育过程中的细胞异质性及其转录组特征	梅花猪睾丸细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	13,839个梅花猪睾丸细胞
3694	2025-03-16	MLLT3 Regulates Melanoma Stemness and Progression by Inhibiting HMGB1 Nuclear Entry and MAGEA1 M5C Modification 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408529 PMID:39716999	研究论文	本研究揭示了MLLT3作为转录因子在调节黑色素瘤干细胞特性和进展中的作用	首次发现MLLT3通过与HMGB1和YBX1的相互作用，抑制HMGB1核进入和MAGEA1的m5C修饰，从而调控黑色素瘤的干细胞特性和进展	NA	探讨MLLT3在黑色素瘤干细胞特性和进展中的调控机制	黑色素瘤干细胞	分子生物学	黑色素瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
3695	2025-03-16	Spatial Transcriptomics Reveals Novel Mechanisms Involved in Perineural Invasion in Pancreatic Ductal Adenocarcinomas 2025-Mar-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17050852 PMID:40075699	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中神经周围侵袭（PNI）的新机制	通过空间转录组学技术，首次揭示了PNI病灶对肿瘤微环境（TME）免疫景观的影响，并发现了内源性大麻素和多胺代谢在PNI、癌症生长和癌症疼痛中的作用	样本量较小，仅涉及13名PDAC患者	探索胰腺导管腺癌中神经周围侵袭的分子机制及其对肿瘤微环境的影响	胰腺导管腺癌患者的癌症和神经细胞	数字病理学	胰腺癌	Nanostring GeoMx Digital Spatial Profiler	NA	转录组数据	13名PDAC患者
3696	2025-03-16	Cancer-Associated Fibroblasts Genes and Transforming Growth Factor Beta Pathway in Gastric Cancer for Novel Therapeutic Strategy 2025-Feb-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17050795 PMID:40075643	综述	本文综述了胃癌中癌症相关成纤维细胞基因（CAFGs）的分子特征及其在肿瘤进展和预后中的作用，探讨了其与TGFB通路的相互作用，以开发新的治疗策略	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了CAFGs不仅在CAFs中表达，还可能反映周围细胞的激活状态，并验证了多个CAFGs在胃癌中的预后相关性	与其他癌症相比，CAFGs在胃癌中的功能机制尚不明确，且由于现有微解剖数据的限制，CAFGs在胃癌中的表达模式尚未得到确认	探讨CAFGs在胃癌中的分子特征及其与TGFB通路的相互作用，以开发新的治疗策略	胃癌中的癌症相关成纤维细胞基因（CAFGs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3697	2025-03-16	Uncovering the Signatures of Cellular Senescence in the Human Dorsolateral Prefrontal Cortex 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639091 PMID:40027780	研究论文	本文通过Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，构建了人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）衰老和细胞衰老的转录组图谱	结合空间转录组学和单核RNA测序技术，首次在非病理人类组织中揭示了dlPFC衰老和细胞衰老的异质性特征	研究局限于非病理组织，未涉及疾病状态下的细胞衰老特征	探索人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）衰老和细胞衰老的转录组特征	人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）的非病理组织	生物信息学	NA	Visium空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
3698	2025-03-16	Differences in immune cells and gene expression in human milk by parity on integrated scRNA sequencing 2025-Feb, Clinical and experimental pediatrics IF:3.2Q1 DOI:10.3345/cep.2024.01585 PMID:39810510	研究论文	本研究通过整合和分析公开的单细胞RNA测序数据集，探讨了胎次对人类母乳中免疫细胞异质性和基因表达的影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统地分析了胎次对人类母乳中免疫细胞组成和基因表达的影响	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的多样性和样本量	阐明胎次对人类母乳中免疫细胞异质性和基因表达的影响	人类母乳中的免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了公开的单细胞RNA测序数据集
3699	2025-03-16	Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.19.604364 PMID:39071335	研究论文	本文介绍了一种名为lr-kallisto的工具，用于长读长测序数据的转录组定量分析	开发了lr-kallisto工具，将kallisto的RNA-seq定量方法适配到长读长测序技术，提高了长读长数据的定量准确性和速度	未提及具体的研究局限性	实现长读长测序数据的快速准确转录组定量	长读长测序数据	生物信息学	NA	ONT（Oxford Nanopore Technologies）	kallisto	RNA-seq数据	未提及具体样本数量
3700	2025-03-16	Spatial Transcriptomics in Inflammatory Skin Diseases Using GeoMx Digital Spatial Profiling: A Practical Guide for Applications in Dermatology 2025-Jan, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2024.100317 PMID:39559817	研究论文	本文讨论了使用NanoString的GeoMx数字空间分析仪进行炎症性皮肤疾病转录组空间分析的技术和用户体验概述	提供了制造商指南中未涵盖的RNA捕获优化方法和潜在陷阱，并通过具体实验示例展示了这些策略	NA	探讨数字空间分析在炎症性皮肤疾病中的应用，为其他皮肤生物学研究者提供框架	炎症性皮肤疾病，包括银屑病、扁平苔藓和盘状红斑狼疮	数字病理学	炎症性皮肤疾病	GeoMx数字空间分析	NA	转录组数据	NA