单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3681	2025-03-05	Enhancing Single-Cell RNA-seq Data Completeness with a Graph Learning Framework 2024-Nov-06, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384 PMID:39504287	研究论文	本文提出了一种基于图学习的框架VAImpute，用于增强单细胞RNA测序数据的完整性，通过变分图自编码器技术预测并填补数据中的缺失值	开发了VAImpute，一种基于变分图自编码器的填补技术，利用细胞/基因之间的copula相关性来学习scRNA-seq数据中的固有分布，从而预测并填补缺失值	未提及具体的数据集规模或实验条件的限制	提高单细胞RNA测序数据的完整性，减少由于RNA量低导致的缺失事件	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分图自编码器（VAE）	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
3682	2025-03-05	Genetic variation and molecular profiling of congenital malformations of the female genital tract based on whole-genome sequencing 2024-11, World journal of pediatrics : WJP IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s12519-024-00839-6 PMID:39251565	研究论文	本研究通过全基因组测序分析了590名中国个体的数据，揭示了女性生殖道先天性畸形（CM-FGT）的遗传变异和分子特征	首次在全基因组范围内识别出与CM-FGT相关的7个新发拷贝数变异、12个罕见单核苷酸变异和10个罕见3'UTR突变，并特别强调了ASH1L作为致病基因的重要性	样本主要来自中国人群，可能限制了结果的普遍性	探索女性生殖道先天性畸形的遗传变异和分子机制	590名中国个体，包括95名患者、442名病例对照和53名家族对照	基因组学	女性生殖道先天性畸形	全基因组测序，单细胞测序	NA	基因组数据	590名个体（95名患者，442名病例对照，53名家族对照）
3683	2025-03-05	Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339 PMID:39303666	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了甲氨蝶呤（MTX）和TNF抑制剂对类风湿性关节炎相关间质性肺病（RA-ILD）的影响	揭示了MTX通过促进免疫细胞浸润、Th17激活和纤维化加剧肺炎症，而TNF抑制剂则改善这些特征并抑制ILD进展	研究主要基于SKG小鼠模型，人类数据仅来自一个RA-ILD队列，样本量有限	探讨MTX和TNF抑制剂对RA-ILD的影响	SKG小鼠模型和人类RA-ILD患者	数字病理学	间质性肺病	单细胞转录组学	SKG小鼠模型	转录组数据	SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列
3684	2025-03-05	Joint trajectory inference for single-cell genomics using deep learning with a mixture prior 2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2316256121 PMID:39226366	研究论文	本文介绍了一种名为VITAE的统计方法，通过结合潜在层次混合模型和变分自编码器来推断单细胞测序数据集中的细胞发育轨迹	VITAE方法通过整合潜在层次混合模型和变分自编码器，提高了轨迹推断的准确性和可解释性，并提供了细胞投影的不确定性量化	尽管VITAE在多种轨迹拓扑结构上表现优异，但其在更广泛的数据集和应用中的通用性仍需进一步验证	研究目标是开发一种能够同时进行轨迹推断和数据整合的统计方法，以提高单细胞测序数据分析的准确性和鲁棒性	研究对象是单细胞测序数据集中的细胞发育轨迹	机器学习	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器（VAE）	单细胞测序数据	三个不同的小鼠新皮层单细胞RNA测序数据集
3685	2025-03-05	Acyl-coenzyme a binding protein (ACBP) - a risk factor for cancer diagnosis and an inhibitor of immunosurveillance 2024-Sep-06, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02098-5 PMID:39242519	研究论文	本文研究了酰基辅酶A结合蛋白（ACBP/DBI）在癌症诊断和免疫监视中的作用	发现ACBP/DBI水平升高是癌症发展的风险因素，并证明其中和可以增强化疗免疫疗法的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模临床试验	探讨ACBP/DBI在癌症发展和免疫监视中的作用	癌症高风险个体、携带TP53或BRCA1/2突变的患者、非综合征健康个体以及小鼠模型	癌症研究	肺癌、乳腺癌、肉瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	血浆样本、小鼠模型数据	癌症高风险个体、携带TP53或BRCA1/2突变的患者、非综合征健康个体以及小鼠模型
3686	2025-03-05	Modulation of blood-tumor barrier transcriptional programs improves intra-tumoral drug delivery and potentiates chemotherapy in GBM 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.26.609797 PMID:39253453	研究论文	本文研究了通过调节血肿瘤屏障（BTB）的转录程序来改善药物在胶质母细胞瘤（GBM）中的递送，并增强化疗效果	发现了一个与BTB相关的12基因特征，并确认了CDH5在这一特征中的核心作用，使用BIA下调CDH5和其他BTB特征基因，从而破坏内皮屏障，提高了化疗药物在肿瘤中的积累	BTB的异质性和特征不明确，可能影响治疗效果的普遍性	改善GBM中的药物递送并增强化疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）患者样本和肿瘤小鼠模型	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	GBM患者样本和肿瘤小鼠模型
3687	2025-03-05	Single-cell analysis identifies distinct CD4+ T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity-related asthma 2024-Aug-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607447 PMID:39211259	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，识别了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次揭示了肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的CDC42上调、Th1炎症和类固醇抵抗的分子机制	研究样本量有限，且未涉及其他免疫细胞类型的影响	探讨儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的分子特征及其在疾病中的作用	肥胖相关哮喘儿童的CD4+ T细胞	生物信息学	哮喘	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	肥胖相关哮喘儿童、健康体重哮喘儿童、肥胖儿童及健康体重对照儿童的CD4+ T细胞
3688	2025-03-05	Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.19.563173 PMID:37905060	研究论文	本文开发了一个名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种的单细胞转录组数据的比较和预测	Icebear框架能够将单细胞测量数据分解为细胞身份、物种和批次因子，从而实现了跨物种的单细胞基因表达谱的准确预测，并首次揭示了哺乳动物X染色体上调的进化和多样化适应	单细胞数据在某些生物学背景下难以获取，限制了假设生成的范围	理解进化过程中的调控变化，并将从模型生物中学到的知识转移到人类	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	单细胞基因表达数据	NA
3689	2025-03-05	Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone 2024-Aug-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1 PMID:39149484	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E是生长板静止区软骨细胞的新标记物	首次发现载脂蛋白E作为生长板静止区软骨细胞的全面标记物，解决了以往标记物只能部分标记的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚需进一步扩展	寻找生长板静止区软骨细胞的全面标记物，以更精确地定义和研究这一细胞群体	小鼠和人类生长板静止区的软骨细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq），荧光原位杂交（FISH）	NA	基因表达数据，图像数据	小鼠生长板软骨细胞，人类生长板静止区软骨细胞
3690	2025-03-05	Emerging advances in defining the molecular and therapeutic landscape of small-cell lung cancer 2024-Aug, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-024-00914-x PMID:38965396	综述	本文综述了小细胞肺癌（SCLC）的分子和治疗领域的最新进展，特别是基因组和转录组特征的研究，以及转化为新治疗方法的潜力	提出了SCLC的四种转录因子表达状态定义的分子亚型，并探讨了MYC同源基因的过表达和扩增对SCLC生物学和治疗脆弱性的影响	快速发展的治疗耐药性和缺乏有效的患者选择生物标志物是当前的主要挑战	改善小细胞肺癌患者的治疗效果	小细胞肺癌（SCLC）	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组和转录组数据	NA
3691	2025-03-05	Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (Class, Heterotrichea) using single-cell transcriptomes 2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.29.596006 PMID:38854132	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据，对Spirostomum属的纤毛虫进行了系统发育和物种界定分析	首次利用单细胞转录组数据和多物种溯祖模型（MSC）对Spirostomum属的纤毛虫进行系统发育分析，揭示了该属中至少存在九个隐存种	样本主要来自韩国和美国，可能无法全面代表该属的全球多样性	界定Spirostomum属纤毛虫的物种边界并阐明其系统发育关系	Spirostomum属的纤毛虫	生物信息学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	多物种溯祖模型（MSC）	转录组数据	25个物种群体（代表6个形态种），37个种群和265个蛋白质编码基因
3692	2025-03-05	Letter to editor: single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells of published cases 2024-Apr-02, Neurosurgical review IF:2.5Q1 DOI:10.1007/s10143-024-02375-3 PMID:38561568	comments	本文对最近关于ECM重塑脑膜瘤细胞的单细胞转录组分析研究进行了细致评估	强调了在肿瘤异质性和微环境影响方面更全面的研究视角的重要性	数据解释和验证存在挑战，且ECM重塑的研究焦点可能忽视了肿瘤生物学的其他关键方面	评估单细胞转录组分析在ECM重塑脑膜瘤细胞研究中的应用及其局限性	ECM重塑的脑膜瘤细胞	digital pathology	脑膜瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
3693	2025-03-05	Single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells 2024-Mar-16, Neurosurgical review IF:2.5Q1 DOI:10.1007/s10143-024-02349-5 PMID:38491247	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性	首次在单细胞水平上对ECM重塑脑膜瘤细胞进行了全面的转录组分析，揭示了其与细胞粘附和细胞外基质组织相关的基因表达特征	研究样本量未明确说明，可能限制了结果的普遍性	研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性	脑膜瘤细胞	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明
3694	2025-03-05	Brain-wide correspondence of neuronal epigenomics and distant projections 2023-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06823-w PMID:38092919	研究论文	本文通过单细胞分析技术，将小鼠大脑中的神经元与其远程投射联系起来，揭示了神经元表观基因组与细胞类型之间的关系	使用epi-retro-seq技术，首次将单细胞表观基因组与远程投射的细胞类型联系起来，提供了全面的神经元投射类型与转录组和表观基因组关系的分析	研究仅限于小鼠大脑，未涉及其他物种或人类大脑	研究神经元表观基因组与远程投射之间的关系，解析细胞类型及其功能	小鼠大脑中的33,034个神经元，来自32个不同区域，投射到24个不同目标	神经科学	NA	epi-retro-seq, 空间转录组学	NA	表观基因组数据, 转录组数据	33,034个神经元，来自32个不同区域，投射到24个不同目标
3695	2025-03-05	Single-cell resolution of MET- and EMT-like programs in osteoblasts during zebrafish fin regeneration 2022-Feb-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103784 PMID:35169687	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的转录程序	揭示了成骨祖细胞在再生过程中与上皮-间质转化（EMT）及其反向过程（MET）相关的成分富集，并提供了EMT标记物在去分化细胞和分化成骨细胞中共同表达的证据	研究局限于斑马鱼模型，可能不直接适用于其他物种	阐明斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的转录程序	斑马鱼尾鳍再生过程中的成骨细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3696	2025-03-04	RNA research for drug discovery: Recent advances and critical insight 2025-May-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149342 PMID:39983851	综述	本文探讨了RNA研究领域的最新进展及其在药物开发中的关键作用	强调了反义寡核苷酸（ASOs）、mRNA疗法和RNA干扰（RNAi）等重要发现，以及高通量测序、单细胞RNA测序和表观转录组学等技术在揭示RNA生物学复杂性方面的进展	RNA稳定性、递送和脱靶效应等挑战仍然存在，需要持续创新和伦理考量	探讨RNA研究在药物发现中的转化潜力	RNA生物学及其在治疗多种疾病中的应用	生物信息学	多种疾病	高通量测序、单细胞RNA测序、表观转录组学	NA	RNA序列数据	NA
3697	2025-03-04	TCF7 functions as a prognostic biomarker in bladder cancer by strengthening EMT and stemness associated with TGF-β/SMAD3 signaling 2025-Mar-01, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05241-y PMID:40025258	研究论文	本研究探讨了TCF7在膀胱癌进展中的作用及其调控机制，发现TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路，从而促进EMT和干细胞特性	揭示了TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路的新机制，为膀胱癌的诊断、治疗和预后提供了潜在策略	TCF7在膀胱癌中的具体生物学功能和转录调控机制仍需进一步研究	研究TCF7在膀胱癌进展中的作用及其调控机制	膀胱癌	癌症研究	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
3698	2025-03-04	IL-1β and associated molecules as prognostic biomarkers linked with immune cell infiltration in colorectal cancer: an integrated statistical and machine learning approach 2025-Feb-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01989-3 PMID:40019680	研究论文	本研究提出了一种结合生物信息学和机器学习的框架，用于增强结直肠癌（CRC）的诊断和预后生物标志物的识别	通过整合统计和机器学习方法，识别出27个枢纽基因，并验证了IL-1β作为预后和诊断生物标志物的潜力	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	增强结直肠癌的诊断和预后生物标志物的识别	结直肠癌（CRC）	生物信息学	结直肠癌	甲基化差异表达基因（MeDEGs）分析、scRNA-seq分析、启动子甲基化分析	K-最近邻（KNN）、人工神经网络（ANN）、随机森林（RF）	基因表达数据、甲基化数据	使用TCGA数据集，具体样本量未明确说明
3699	2025-03-04	Immunogenic cell death signature predicts survival and reveals the role of VEGFA + Mast cells in lung adenocarcinoma 2025-Feb-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91401-5 PMID:40021802	研究论文	本研究通过构建免疫原性细胞死亡（ICD）相关基因签名（IRS），预测肺腺癌患者的生存期，并揭示了VEGFA+肥大细胞在肿瘤微环境中的作用	首次构建了ICD相关基因签名（IRS），并验证了其在预测免疫治疗效果中的作用，同时揭示了肥大细胞在肿瘤微环境中的促癌机制	研究主要基于已有数据集，缺乏前瞻性临床验证	探索免疫原性细胞死亡（ICD）在肺腺癌中的作用，并开发预测免疫治疗效果的生物标志物	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七个独立数据集
3700	2025-03-04	Complex regulation of cardiac fibrosis: insights from immune cells and signaling pathways 2025-Feb-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06260-5 PMID:40022104	综述	本文探讨了心脏纤维化过程中免疫细胞的作用及其调控机制	揭示了免疫细胞在心脏纤维化中的多面性作用，并提出了针对纤维化的免疫治疗新策略	尚不清楚免疫细胞如何具体调控纤维化过程以及不同免疫细胞亚群的具体作用	研究心脏纤维化的调控机制，特别是免疫细胞的作用	心脏纤维化过程中的免疫细胞和信号通路	NA	心血管疾病	单细胞测序、多组学分析	NA	NA	NA