单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3681	2025-04-07	Gene interactions analysis of brain spatial transcriptome for Alzheimer's disease 2024-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101337 PMID:39281834	研究论文	本研究通过空间转录组学分析阿尔茨海默病（AD）大脑中的基因相互作用，揭示了淀粉样蛋白-β积累过程中的基因关联动态	首次基于空间转录组学识别淀粉样蛋白-β积累过程中的多种基因关联，为从时空依赖的基因相互作用综合分析揭示AD病因提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证部分相对有限	揭示阿尔茨海默病大脑中基因相互作用的时空动态特征	AD小鼠模型和人类大脑样本	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组测序、单核RNA-seq	NA	空间转录组数据、单核RNA-seq数据	AD敲除小鼠和野生型小鼠模型、人类单核RNA-seq数据/AlzData数据库
3682	2025-04-07	Plasma proteomics of acute tubular injury 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51304-x PMID:39191768	研究论文	本研究通过血浆蛋白质组学分析，识别与急性肾小管损伤(ATI)严重程度相关的生物标志物	首次使用SomaScan蛋白质组学平台在434名经活检确诊的肾病患者中识别ATI相关血浆生物标志物，并结合多组学数据探索其表达及富集的生物通路	样本量在不同队列中存在差异，部分队列样本量较小(n=44)	开发非侵入性ATI生物标志物用于早期检测和药物研发	肾病患者血浆样本	生物标志物研究	急性肾小管损伤/肾脏疾病	SomaScan蛋白质组学平台、区域转录组学与蛋白质组学、单细胞RNA测序、通路分析	NA	血浆蛋白质组数据、转录组数据	主要队列434名活检确诊肾病患者，验证队列包括KPMP(n=44)、ARIC(n=4610)和CHROME(n=268)
3683	2025-04-07	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2024-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.05.602313 PMID:39026724	研究论文	本研究探讨了上皮细胞IKKβ/NFκB信号在嗜酸性食管炎（EoE）发病机制中的作用，使用条件性敲除小鼠模型	揭示了上皮IKKβ信号缺失加剧EoE的机制，并提供了scRNA-seq分析揭示的分子变化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	研究IKKβ/NFκB信号在EoE发病机制中的作用	条件性敲除IKKβ的食管上皮细胞小鼠模型	病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3684	2025-04-07	Single-cell analysis identifies PLK1 as a driver of immunosuppressive tumor microenvironment in LUAD 2024-Jun, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011309 PMID:38885192	研究论文	通过单细胞分析发现PLK1是肺腺癌免疫抑制肿瘤微环境的驱动因素	揭示了PLK1通过调控CXCL2细胞因子分泌促进M2型肿瘤相关巨噬细胞极化和抑制抗原呈递过程的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究PLK1在肺腺癌免疫抑制微环境中的作用机制	肺腺癌肿瘤微环境中的PLK1信号通路	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序、基因工程小鼠模型	NA	单细胞转录组数据	基因工程小鼠模型
3685	2025-04-06	Targeting mTOR in myeloid cells prevents infection-associated inflammation 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112163 PMID:40177636	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现mTOR通路在COVID-19患者髓系细胞调控中的关键作用，并开发了一种靶向髓系细胞的mTOR抑制纳米生物制剂	首次开发了靶向髓系细胞及其骨髓祖细胞的mTOR抑制纳米生物制剂，并证明其能有效抑制感染相关炎症	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	探索预防感染相关并发症中有害器官炎症的治疗策略	COVID-19患者的髓系细胞和小鼠高炎症模型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠高炎症模型和急性呼吸窘迫综合征模型	RNA测序数据，流式细胞数据	人类原代免疫细胞和小鼠模型
3686	2025-04-06	Integrated metabolomics and spatial transcriptomics of cystic pancreatic cancer precursors reveals dysregulated polyamine metabolism as a biomarker of progression 2025-Apr-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931 PMID:40184234	研究论文	通过代谢组学和空间细胞转录组学分析囊性胰腺癌前体，揭示多胺代谢紊乱作为进展的生物标志物	首次结合代谢组学和空间转录组学技术，识别出多胺代谢途径的紊乱与胰腺癌前体恶性风险相关	样本量相对较小（125例患者），且仅针对IPMN这一特定胰腺癌前体	识别IPMN恶性风险相关的代谢标志物	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）患者	数字病理学	胰腺癌	代谢组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	125例IPMN患者（低度异型增生和高度异型增生伴/不伴PDAC）
3687	2025-04-06	Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis 2025-Apr-02, JAMA dermatology IF:11.5Q1 DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288 PMID:40172874	研究论文	探讨肥胖和先天免疫标志物与银屑病生物治疗抵抗的关联	揭示了表皮中失调的先天免疫反应和增强的中性粒细胞活性可能是生物治疗反应持续性降低的原因	样本量较小（87名患者），且为横断面研究，无法确定因果关系	明确影响严重银屑病患者持续治疗反应的炎症微环境因素	18岁及以上患有斑块型严重银屑病的患者	皮肤病学	银屑病	空间转录组学通路分析、免疫荧光分析	NA	临床数据、转录组数据、蛋白质表达数据	87名患者（24名女性，63名男性）
3688	2025-04-06	Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal a Tumor Immune Cell Profile for Predicting Bladder Cancer Risk and Immunotherapy Outcomes 2025-Mar-21, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.01.016 PMID:40122457	研究论文	本研究旨在利用肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因开发膀胱癌（BLCA）的预测模型	构建了一个新的TIIC特征评分，用于BLCA的预后和免疫治疗预测，并发现该评分与生存状态、肿瘤分期及PD-L1免疫治疗反应显著相关	未发现非癌性膀胱状况与BLCA之间的显著统计学关联，仅在SNP位点rs3763840上观察到显著关联	开发基于TIIC相关基因的膀胱癌预测模型，并评估其预后和免疫治疗预测能力	膀胱癌（BLCA）患者及其肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因	机器学习	膀胱癌	RNA表达数据分析、scRNA-seq、单变量Cox分析	20种机器学习算法	RNA表达数据、scRNA-seq数据	来自TCGA和GEO数据库的多组RNA表达数据和scRNA-seq数据
3689	2025-04-06	Chemokine Ligands and Receptors Regulate Macrophage Polarization in Atherosclerosis: A Comprehensive Database Mining Study 2025-Mar, CJC open IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.cjco.2024.11.018 PMID:40182401	研究论文	通过生物信息学方法研究趋化因子配体和受体在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用	首次通过公共数据库挖掘和生物信息学分析，揭示了趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的具体机制	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探究趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用机制	巨噬细胞极化和趋化因子	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, GEO2R, IPA分析	巨噬细胞极化调控模型	基因表达数据	公共数据库中的小鼠组织数据
3690	2025-04-06	HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200 PMID:39680021	研究论文	本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌(PDAC)基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的用途	发现HMGA2表达可预测PDAC患者的生存期和治疗反应，并与GATA6状态结合可识别疾病亚型	研究样本量有限，且需要进一步验证HMGA2作为生物标志物的临床应用价值	探索HMGA2在PDAC中的预后和治疗抵抗预测价值	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(RNA-seq)、多重免疫组化(IHC)	NA	RNA-seq数据、免疫组化数据	172例患者样本(单细胞RNA-seq)、580例PDAC样本(多重IHC)、额外30例多样化患者样本
3691	2025-04-06	A prognostic model based on autophagy-and senescence-related genes for gastric cancer: implications for immunotherapy and personalized treatment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1509771 PMID:40182050	研究论文	本研究基于自噬和衰老相关基因构建了一个胃癌预后模型，用于预测免疫浸润、免疫治疗效果并指导个性化治疗	首次结合自噬和衰老相关基因构建胃癌预后模型，并验证其在免疫治疗和个性化治疗中的潜在应用	研究结果需要进一步通过大规模临床试验验证	开发一个能够预测胃癌预后和免疫治疗效果的模型	胃癌患者	数字病理学	胃癌	基因表达分析、单细胞测序	LASSO回归模型	基因表达数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本
3692	2025-04-06	Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416887121 PMID:39705305	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和荧光标记技术，揭示了HGF-Met信号通路在肾脏上皮小管互连中的作用机制	首次发现HGF通过MAPK信号通路和MMPs促进小管吻合，且独立于细胞增殖过程	研究仅在小鼠胚胎肾脏中进行，尚未在人类组织或成年组织中验证	探究上皮小管互连的分子机制及其在肾脏发育中的作用	小鼠胚胎肾脏上皮小管	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序，荧光标记技术	NA	基因表达数据，图像数据	小鼠胚胎肾脏样本
3693	2025-04-06	Automatically Detecting Anchor Cells and Clustering for scRNA-Seq Data Using scTSNN 2024-11, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3460761 PMID:39283774	研究论文	提出了一种名为scTSNN的张量共享最近邻锚点聚类方法，用于自动检测单细胞RNA测序数据中的锚点细胞和聚类	利用张量亲和力学习模块挖掘细胞的局部-全局平衡拓扑结构，设计基于密度的共享最近邻测量方法自动检测锚点细胞	在无监督场景下发现scRNA-seq数据的真实细胞类型仍然具有挑战性	提高单细胞RNA测序数据中细胞异质性研究的精度和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	宫颈癌	scRNA-seq	scTSNN	单细胞RNA测序数据	合成数据集和scRNA-seq数据集（包括哺乳动物细胞和宫颈癌肿瘤细胞）
3694	2025-04-06	Perivascular NOTCH3+ Stem Cells Drive Meningioma Tumorigenesis and Resistance to Radiotherapy 2024-Oct-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1459 PMID:38742767	研究论文	研究发现NOTCH3+干细胞在脑膜瘤的发生和放疗抵抗中起关键作用，并提出了一种新的治疗策略	首次报道了血管周围NOTCH3+干细胞在脑膜瘤发生和放疗抵抗中的作用，并发现了一种通过稳定NOTCH3负调控区域的抗体来抑制肿瘤生长和增强放疗敏感性的治疗方法	研究主要基于小鼠模型和异种移植实验，临床转化效果需进一步验证	探究脑膜瘤发生和放疗抵抗的细胞类型及信号机制，并寻找有效的系统性治疗方法	人类、狗和小鼠的脑膜瘤组织	肿瘤学	脑膜瘤	单细胞转录组学、谱系追踪、成像技术	基因工程小鼠模型和异种移植模型	基因表达数据、影像数据	涉及人类、狗和小鼠的脑膜瘤样本，具体数量未明确说明
3695	2025-04-06	Autofluorescence is a biomarker of neural stem cell activation state 2024-Apr-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.02.011 PMID:38521057	研究论文	利用自发荧光成像技术研究神经干细胞激活状态	首次发现静止和激活状态的神经干细胞具有独特的自发荧光特征，并可作为生物标志物	研究仅限于小鼠神经干细胞，未涉及其他物种或细胞类型	探索神经干细胞激活状态的生物标志物及其与代谢重塑的关系	小鼠神经干细胞（NSCs）	生物医学成像	NA	荧光寿命成像（FLIM）和单细胞RNA测序	NA	图像和转录组数据	未明确说明样本数量，但研究涉及单细胞分辨率分析
3696	2025-04-06	Progesterone attenuates Th17-cell pathogenicity in autoimmune uveitis via Id2/Pim1 axis 2023-Jun-21, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-023-02829-3 PMID:37344856	研究论文	本研究探讨了孕酮（PRG）通过Id2/Pim1轴减弱Th17细胞在自身免疫性葡萄膜炎（AU）中的致病性	首次通过单细胞RNA测序构建了PRG治疗的EAU模型小鼠的高维免疫图谱，揭示了PRG通过调节Th17/Treg平衡及Id2/Pim1轴缓解炎症的机制	研究仅使用动物模型，尚未在人体中进行验证	探究孕酮治疗自身免疫性葡萄膜炎的作用机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）模型小鼠	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序	EAU动物模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
3697	2025-04-06	Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues 2023-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-05795-1 PMID:36922587	research paper	该研究开发了两种空间表观基因组和转录组联合分析技术，用于在小鼠和人类脑组织中同时检测染色质可及性、组蛋白修饰和基因表达	首次实现了空间分辨的全基因组表观组和转录组联合分析，能够在近单细胞分辨率下同时检测多种分子层信息	技术尚未应用于更广泛的生物样本和疾病模型	研究表观遗传机制如何控制组织中的转录表型和细胞动态	小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织	空间组学	NA	空间转录组学、空间表观组学、共测序技术	NA	空间组学数据（表观组+转录组）	小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织样本
3698	2025-04-06	Ensembles of endothelial and mural cells promote angiogenesis in prenatal human brain 2022-09-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.09.004 PMID:36179668	研究论文	研究揭示了人类胎儿大脑中血管细胞成熟的关键机制及其与神经发生的相互作用	首次在妊娠中期人类大脑中发现内皮细胞和周细胞亚型的组合，并揭示其通过胶原蛋白、层粘连蛋白和中期因子等信号机制促进细胞间通讯和成熟	研究主要关注妊娠中期，未涵盖整个胎儿发育过程	探索人类胎儿大脑血管细胞成熟的机制及其与神经发生的相互作用	人类胎儿大脑中的血管细胞（内皮细胞和周细胞）	发育生物学	NA	荧光激活细胞分选、单细胞转录组学、组织学和超微结构分析	NA	单细胞转录组数据、组织学图像、超微结构数据	妊娠中期人类胎儿大脑样本
3699	2025-04-06	Single-cell analysis identifies the interaction of altered renal tubules with basophils orchestrating kidney fibrosis 2022-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01200-7 PMID:35552540	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了肾脏纤维化中肾小管细胞与嗜碱性粒细胞的相互作用机制	首次发现促纤维化肾小管细胞通过分泌CXCL1招募CXCR2嗜碱性粒细胞，并证实后者通过产生IL-6促进T17辅助T细胞募集从而驱动肾脏纤维化	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需进一步扩展	阐明肾脏纤维化的免疫调控机制	肾脏纤维化模型小鼠及人类肾脏组织	单细胞生物学	慢性肾脏病	单细胞测序、免疫染色	NA	单细胞基因表达数据、批量基因表达数据、免疫组织化学数据	小鼠模型及人类肾脏组织样本（具体数量未明确说明）
3700	2025-04-06	Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram 2021-11, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01264-7 PMID:34711971	研究论文	提出Tangram方法，用于将单细胞/单核RNA测序数据与空间数据对齐，以重建器官的生物图谱	Tangram方法能够将sc/snRNA-seq数据与多种空间数据形式对齐，包括MERFISH、STARmap、smFISH、Spatial Transcriptomics (Visium)和组织学图像，支持多模态数据如SHARE-seq	未提及具体样本量的限制或方法在特定数据集上的性能限制	克服现有技术在空间分辨率和基因通量上的限制，重建器官的生物图谱	健康小鼠脑组织	数字病理	NA	sc/snRNA-seq, MERFISH, STARmap, smFISH, Spatial Transcriptomics (Visium), SHARE-seq	深度学习	单细胞转录组数据、空间数据、组织学图像	未明确提及样本量