单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3661 - 3680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3661 | 2025-10-06 |
ATM-dependent DNA damage response constrains cell growth and drives clonal hematopoiesis in telomere biology disorders
2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI181659
PMID:40179146
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了端粒功能障碍通过激活ATM依赖性DNA损伤反应通路导致细胞衰老和凋亡，从而驱动克隆造血的机制 | 首次系统性地在端粒生物学疾病患者中发现ATM依赖性DNA损伤反应的过度激活是疾病发病的关键机制，并提出ATM抑制可能成为潜在治疗策略 | 研究样本量相对有限（166例患者），且主要基于观察性数据，需要进一步的功能验证和临床试验 | 探究端粒生物学疾病中造血系统异常和克隆造血的分子机制 | 166例儿童和成人端粒生物学疾病患者的造血细胞 | 分子生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞测序, ATM激活检测, 端粒功能障碍诱导灶分析, 细胞生长实验 | NA | 基因组数据, 单细胞测序数据, 细胞功能数据 | 166例端粒生物学疾病患者（儿童和成人） | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3662 | 2025-10-06 |
The essential role of connective-tissue cells during axolotl limb regeneration
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.30.645595
PMID:40236065
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中构成高达75%的芽基细胞并证明其必要性 | 首次通过空间转录组学量化结缔组织细胞在再生芽基中的比例，并利用基因消融实验证实其功能必要性 | 未详细探讨其他类型细胞在再生过程中的具体作用机制 | 阐明结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中的细胞组成和功能必要性 | 墨西哥钝口螈（Ambystoma mexicanum）的肢体再生过程 | 发育生物学 | 组织再生 | 空间转录组学、基因消融 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 选择性探针阵列 |
| 3663 | 2025-10-06 |
Whole-Genome Sequencing Reveals Individual and Cohort Level Insights into Chromosome 9p Syndromes
2025-Mar-30, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.28.25324850
PMID:40196253
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序对100名9p相关综合征患者进行分析，揭示了染色体9p缺失和重复综合征的基因组结构特征 | 首次大规模应用全基因组测序研究9p相关综合征，识别了两个新的晚复制区域，并开发了基于机器学习的9p缺失综合征预测模型 | 样本量相对有限（100名个体），需要进一步扩大研究规模 | 深入理解染色体9p缺失和重复综合征的基因组结构和发病机制 | 100名来自9p相关综合征家庭的个体，包括85名无关先证者 | 基因组学 | 染色体异常综合征 | 全基因组测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 基因组测序数据, 基因表达数据 | 100名个体（85名无关先证者） | NA | 全基因组测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3664 | 2025-10-06 |
A Single-Cell Transcriptome Atlas of Epithelial Subpopulations in HPV-Positive and HPV-Negative Head and Neck Cancers
2025-03-24, Viruses
DOI:10.3390/v17040461
PMID:40284904
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研究论文 | 通过分析HPV阳性和阴性头颈癌的单细胞转录组数据，识别上皮肿瘤细胞亚群及其特征 | 首次系统比较HPV阳性和阴性头颈癌中上皮细胞亚群的转录组特征，重点关注共享或富集的亚群 | 基于已发表的单细胞RNA测序数据进行分析，未进行新的实验验证 | 优化头颈癌治疗方案，识别新的生物标志物和治疗靶点 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的上皮细胞亚群 | 单细胞转录组学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3665 | 2025-10-06 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞测序数据解复用和环境RNA分析的计算工具包CellBouncer | 提出能够分离和量化多物种、多个体细胞混合物，识别未知线粒体单倍型，分配脂质偶联条形码或CRISPR sgRNAs处理，并推断池组成的统一工具包 | NA | 开发用于分析混合单细胞测序数据的计算方法 | 多物种和多个体细胞混合物，四倍体复合细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 计算工具包 | 单细胞测序数据 | 10个细胞融合系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 液滴单细胞测序 |
| 3666 | 2025-10-06 |
Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636
PMID:39946238
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研究论文 | 提出一种从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱的计算协议 | 开发了scResolve协议，能够在集群计算环境中通过并行计算加速数据处理，从多细胞分辨率数据中恢复单细胞级表达谱 | NA | 解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组技术 |
| 3667 | 2025-10-06 |
Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643943
PMID:40166305
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研究论文 | 通过空间转录组学分析发现IPMN中存在具有恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群 | 首次在组织学低级别IPMN中识别出表达恶性转录特征的KRT17阳性上皮细胞亚群 | 需要进一步研究验证该细胞亚群与癌症进展的直接因果关系 | 研究IPMN进展过程中的转录变化，识别高风险病变特征 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,图像数据 | 包含IPMN疾病全谱系的多个患者样本 | Nanostring | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | Nanostring GeoMx | GeoMx空间转录组平台 |
| 3668 | 2025-10-06 |
Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets
2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.038465
PMID:40094187
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据探索人类脂肪组织中保守的周细胞亚群及其成脂分化潜力 | 首次在人类多种脂肪组织中鉴定出表达PPARG的周细胞亚群，并发现其具有独特的组织特异性基因表达特征 | 人类与小鼠脂肪细胞群体的差异可能限制动物模型研究的直接应用 | 分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群体并测试人类周细胞的成脂潜力 | 人类脂肪组织中的周细胞和脂肪祖细胞，包括血管周围、棕色和白色脂肪组织 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光染色，体外分化实验 | NA | 单细胞RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3669 | 2025-10-06 |
Exploring and mitigating shortcomings in single-cell differential expression analysis with a new statistical paradigm
2025-Mar-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03525-6
PMID:40098192
|
研究论文 | 提出GLIMES统计框架以解决单细胞差异表达分析中的关键挑战 | 开发了基于广义泊松/二项混合效应模型的新统计范式，直接利用UMI计数和零比例而非相对丰度 | 方法验证主要基于模拟数据和三个案例研究，需要更广泛的实验验证 | 改进单细胞转录组学中的差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义泊松/二项混合效应模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3670 | 2025-10-06 |
Androgen Signaling in Type 2 Innate Lymphoid Cells Drives Sex Differences in Helicobacter -Induced Gastric Inflammation and Atrophy
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643321
PMID:40166158
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研究论文 | 本研究揭示雄激素通过调控2型先天淋巴细胞活性抑制幽门螺杆菌诱导的胃部炎症的机制 | 首次发现雄激素通过调控ILC2细胞活性介导幽门螺杆菌感染中性别差异的免疫机制 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究雄激素如何影响幽门螺杆菌感染的胃部炎症反应及性别差异 | C57BL/6小鼠的胃部免疫细胞 | 免疫学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，基因敲除模型 | 动物模型 | 基因表达数据，病理学数据 | 未明确样本数量的小鼠实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3671 | 2025-10-06 |
Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.641843
PMID:40093090
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研究论文 | 本研究验证了血流紊乱与高胆固醇血症共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫细胞的机制 | 首次通过遗传谱系示踪模型验证了血流紊乱诱导的内皮细胞重编程（FIRE）假说，发现了内皮细胞向免疫样细胞转变（EndIT）和内皮细胞来源的泡沫细胞（EndFT）等新现象 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过重新分析公开数据集获得，需要进一步的人类样本验证 | 探究血流紊乱和高胆固醇血症在动脉粥样硬化发生中的协同作用机制 | 小鼠颈动脉内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学染色，谱系示踪 | NA | 单细胞转录组数据，组织染色图像 | 95只小鼠的98,553个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3672 | 2025-10-06 |
The XCL1-XCR1 axis supports intestinal tissue residency and antitumor immunity
2025-Mar-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20240776
PMID:39841133
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研究论文 | 本研究揭示了XCL1-XCR1轴在肠道组织驻留记忆T细胞形成和抗肿瘤免疫中的关键作用 | 首次证明XCL1-XCR1轴通过非细胞自主方式指导肠道CD8+ TRM空间分化和肿瘤控制 | NA | 探索组织驻留记忆T细胞分化调控机制及其在抗肿瘤免疫中的作用 | 小鼠模型和人类肿瘤浸润淋巴细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3673 | 2025-10-06 |
Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation
2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009
PMID:39837466
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点关注数据处理和分析方法 | 通过保留细胞空间定位信息，为传统转录组学方法无法获取的组织结构和细胞相互作用提供关键见解 | NA | 总结空间转录组学领域的最新进展及其在过敏和炎症研究中的应用 | 过敏和炎症疾病，包括特应性皮炎和慢性阻塞性肺疾病 | 空间转录组学 | 过敏性疾病,炎症性疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞分辨率平台 | NA | NA |
| 3674 | 2025-10-06 |
Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice
2025-Mar, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70276
PMID:40108792
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研究论文 | 本研究探讨杂合GAA基因敲除对高脂饮食诱导肥胖小鼠肝脏代谢和空间转录组的影响 | 首次使用空间转录组学技术分析高脂饮食对门静脉周围和肝静脉周围肝细胞转录组的差异影响 | 研究仅使用小鼠模型，结果可能不直接适用于人类 | 评估GAA基因杂合敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响 | 高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠模型 | 空间转录组学 | 代谢疾病 | 空间转录组学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3675 | 2025-10-06 |
Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data
2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf023
PMID:40109353
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研究论文 | 提出了一种基于真实数据集信号扰动的实验构建方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法 | 开发了基于真实数据集信号扰动的实验构建新方法，解决了单细胞RNA测序数据分析方法评估中缺乏真实基准数据集的挑战 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GOF（基于单变量分布的特征选择方法套件） | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3676 | 2025-10-06 |
Myelin-reactive CD8+ T cells influence conventional dendritic cell subsets towards a mature and regulatory phenotype in experimental autoimmune encephalomyelitis
2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03377-8
PMID:40022134
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研究论文 | 本研究揭示了髓鞘反应性CD8+ T细胞通过调节传统树突状细胞亚群表型抑制实验性自身免疫性脑脊髓炎的机制 | 首次发现髓鞘反应性CD8+ T细胞可直接与cDC1相互作用并通过旁分泌机制调节CD11b cDC，诱导成熟调节性树突状细胞表型 | 研究主要基于小鼠EAE模型，人类多发性硬化症的适用性需要进一步验证 | 阐明髓鞘反应性CD8+ T细胞在实验性自身免疫性脑脊髓炎中的免疫调节机制 | 小鼠模型中的髓鞘反应性CD8+ T细胞和传统树突状细胞亚群(cDC1和CD11b cDC) | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序，过继性T细胞转移，体外共培养 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3677 | 2025-10-06 |
Estimating the cis -heritability of gene expression using single cell expression profiles controls false positive rate of eGene detection
2025-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639892
PMID:40060452
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研究论文 | 开发了一种名为scGeneHE的新统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确估计基因表达的顺式遗传力 | 提出了首个能够直接使用单细胞表达谱而非伪批量数据来估计基因表达遗传力的方法，解决了传统方法导致的假阳性率膨胀问题 | 方法性能依赖于模拟参数设置，需要在实际应用中进一步验证 | 开发准确估计基因表达顺式遗传力的统计方法，控制eGene检测的假阳性率 | 基因表达性状和遗传调控 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 单细胞RNA测序 | 泊松混合效应模型 | 单细胞基因表达数据 | 来自969个个体、11种免疫细胞类型、总计822,552个细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3678 | 2025-10-06 |
MAIT cells protect against sterile lung injury
2025-Feb-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275
PMID:39918959
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术发现MAIT细胞在无菌性肺损伤中发挥保护作用 | 首次揭示MAIT细胞通过促进cDC1细胞积累来防御无菌性肺损伤的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限 | 探究MAIT细胞在无菌性肺损伤中的功能作用 | 小鼠肺组织MAIT细胞和特发性肺纤维化患者样本 | 免疫学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 光谱分析, 过继转移 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠模型和特发性肺纤维化患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3679 | 2025-10-06 |
Unveiling the cell-type-specific landscape of cellular senescence through single-cell transcriptomics using SenePy
2025-Feb-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57047-7
PMID:39987255
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研究论文 | 开发了基于单细胞转录组学的细胞衰老分析算法SenePy，用于识别不同细胞类型和组织中的衰老细胞 | 创建了首个能够定义细胞类型特异性衰老特征的分析平台，优于体外研究获得的衰老特征 | NA | 开发识别细胞衰老的分析工具并研究其在衰老和疾病中的作用 | 小鼠和人类细胞 | 生物信息学 | 肿瘤发生、炎症、心肌梗死 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 72个小鼠样本和64个人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3680 | 2025-10-06 |
Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis
2025-Feb-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07589-9
PMID:39987372
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Hermansky-Pudlak综合征相关肺纤维化中炎症性成纤维细胞随年龄增长而出现的机制 | 首次在HPS小鼠模型中鉴定出年龄依赖性的SAA3炎症性肺成纤维细胞增加，并发现HPS1和HPS2亚型中不同的细胞相互作用机制 | 研究样本量有限，仅包含小鼠模型和三名HPS1患者 | 探究肺纤维化发生和发展的纵向细胞相互作用机制 | 年轻和年老HPS小鼠模型及HPS1患者的肺组织 | 单细胞基因组学 | 肺纤维化 | scRNA-seq, 共培养实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多亚型HPS小鼠模型和3名HPS1患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |