单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3661	2025-03-06	Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics 2025-Mar-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57377-6 PMID:40025015	研究论文	本文提出了一种名为BEANIE的非参数统计方法，用于临床单细胞RNA测序数据中基因签名的差异表达分析，以解决现有方法在假阳性率高、患者特异性层次结构表示不足及样本驱动混杂因素处理上的问题	BEANIE方法在特异性上优于现有方法，同时保持敏感性，能够提供跨不同肿瘤状态的独特和共享差异表达基因签名的生物学见解	NA	开发一种更稳健的差异表达分析方法，以支持临床癌症单细胞RNA测序研究中的病例/对照分析	乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的临床单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	非参数统计方法	单细胞RNA测序数据	模拟和真实世界的临床数据集
3662	2025-03-06	Chenodeoxycholic acid modulates cholestatic niche through FXR/Myc/P-selectin axis in liver endothelial cells 2025-Mar-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57351-2 PMID:40025016	研究论文	本文研究了胆汁淤积性肝病中内皮细胞通过FXR/Myc/P-选择素轴在肝损伤中的作用	发现了内皮细胞在胆汁淤积性肝损伤中的关键作用，并提出了通过靶向CDCA/FXR/Myc/P-选择素轴的治疗方法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探讨内皮细胞在胆汁淤积性肝病中的作用及其机制	小鼠模型和胆汁淤积性肝病患者的肝脏样本	生物医学	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种小鼠模型和胆汁淤积性肝病患者的肝脏样本
3663	2025-03-06	Unraveling the role of neuregulin-mediated astrocytes-OPCs axis in the pathogenesis of age-related macular degeneration and Parkinson's disease 2025-Mar-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92103-8 PMID:40025106	研究论文	本研究探讨了年龄相关性黄斑变性（AMD）和帕金森病（PD）的共同分子和病理机制，特别是通过单细胞RNA测序和计算分析揭示的星形胶质细胞-少突胶质前体细胞（OPCs）信号轴	首次揭示了NRG介导的星形胶质细胞-OPCs信号轴在AMD和PD发病机制中的作用，并识别了与神经退行性损伤和线粒体功能障碍相关的基因模块	研究主要基于计算分析，需要进一步的实验验证来确认这些发现的生物学意义	探索AMD和PD的共同分子和病理机制，特别是星形胶质细胞-OPCs信号轴的作用	干性AMD视网膜和PD脑组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	年龄相关性黄斑变性, 帕金森病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 加权基因共表达网络分析（WGCNA）, 基因集富集分析（GSEA）	NA	RNA测序数据	干性AMD视网膜和PD脑组织的单细胞RNA测序数据集
3664	2025-03-06	Unveiling tumor-infiltrating immune cell-driven immune-mediated drug resistance in clear cell renal cell carcinoma: prognostic insights and therapeutic strategies 2025-Mar-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01890-z PMID:40025304	研究论文	本研究探讨了肿瘤浸润免疫细胞（TIICs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后和治疗意义，旨在揭示药物抵抗的分子基础及潜在对策	通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，构建了基于TIIC的预后模型，并验证了其在预测患者结果方面的优越性	研究依赖于现有数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	揭示ccRCC中TIICs在药物抵抗中的作用，并开发针对肿瘤微环境的精准治疗策略	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	转录组分析，单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	多个队列的转录组和单细胞RNA测序数据
3665	2025-03-06	Association between cancer-associated fibroblasts and prognosis of neoadjuvant chemoradiotherapy in esophageal squamous cell carcinoma: a bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing 2025-Mar-01, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03709-x PMID:40025479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新辅助放化疗（NCRT）对食管鳞状细胞癌（ESCC）微环境的影响，并构建了预后模型	首次系统性地描述了NCRT后ESCC微环境中肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）的亚型及其与预后的关系，并构建了基于myCAFs标志基因的预后模型	需要进一步的研究来验证这些发现并探索其临床意义	探讨新辅助放化疗对食管鳞状细胞癌微环境的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	生物信息学	食管癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3666	2025-03-06	cGAMP promotes inner blood-retinal barrier breakdown through P2RX7-mediated transportation into microglia 2025-Mar-01, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03391-w PMID:40025497	研究论文	本文揭示了cGAMP通过P2RX7介导的转运进入小胶质细胞，导致内血视网膜屏障（iBRB）破坏和视网膜变性的机制	研究发现cGAMP通过P2RX7转运进入小胶质细胞，激活STING通路，导致iBRB破坏和视网膜变性，这一机制在糖尿病视网膜病变（DR）中具有重要意义	研究主要基于动物模型和患者样本，尚未在更大规模的人群中进行验证	探讨cGAMP在iBRB破坏中的作用及其机制	糖尿病视网膜病变患者和db/db糖尿病小鼠	生物医学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序、组织学分析、分子生物学分析、生物信息学分析	NA	组织样本、行为数据	糖尿病视网膜病变患者和db/db糖尿病小鼠
3667	2025-03-06	The role of oxidative stress-mediated fibro-adipogenic progenitor senescence in skeletal muscle regeneration and repair 2025-Mar-01, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04242-4 PMID:40025535	研究论文	本研究探讨了氧化应激介导的纤维脂肪祖细胞（FAPs）衰老在骨骼肌再生和修复中的作用	首次发现FAPs在损伤后经历衰老和氧化还原稳态失衡，并利用褪黑素通过激活AMPK信号通路增强FAPs的再生和修复能力	NA	研究骨骼肌损伤后FAPs的变化及其在再生和修复中的作用机制	C57BL/6小鼠的胫骨前肌（TA）和纤维脂肪祖细胞（FAPs）	生物医学	骨骼肌损伤	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、Western blot、SA-β-Gal染色	CTX损伤模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	C57BL/6小鼠的胫骨前肌（TA）
3668	2025-03-06	Identification and multi-omics analysis of essential coding and long non-coding genes in colorectal cancer 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101938 PMID:40034256	研究论文	本文通过整合CRISPR/Cas9基因筛选和单细胞RNA测序数据，识别了结直肠癌中的关键编码基因和长非编码基因，并进行了多组学分析	首次在单细胞水平上识别结直肠癌中的关键基因，并揭示了这些基因对肿瘤微环境的影响	研究主要基于细胞系和组织样本，未涉及临床患者数据的验证	识别结直肠癌中的关键基因并探索其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌细胞系和组织样本	数字病理学	结直肠癌	CRISPR/Cas9基因筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Hypergeometric Test (HT)、Personalized PageRank (PPR)	基因表达数据、DNA突变数据、DNA甲基化数据	8个全基因组CRISPR功能缺失筛选数据集和结直肠癌组织的单细胞RNA测序数据
3669	2025-03-06	Single-cell analyses reveal metastasis mechanism and microenvironment remodeling of lymph node in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101275 PMID:40041119	研究论文	本研究通过单细胞和多组学分析，系统探索了肝内胆管癌（iCCA）淋巴结转移（LNM）相关微环境的异质性，并验证了转移相关细胞亚群	首次通过单细胞转录组学分析揭示了iCCA淋巴结转移的独特生态系统，并识别了CD36+巨噬细胞和SAA1+肿瘤细胞在转移过程中的关键作用	样本量较小，仅分析了4名患者的单细胞转录组数据，可能限制了结果的普适性	探索iCCA淋巴结转移的微环境异质性及其机制	肝内胆管癌（iCCA）患者的原发肿瘤、癌旁肝组织和肿瘤引流淋巴结	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、差异基因表达分析、功能富集分析、单细胞拷贝数变异评估、伪时间分析	NA	单细胞转录组数据、组织切片	4名患者的单细胞转录组数据，81份肿瘤及匹配的淋巴结组织切片
3670	2025-03-06	Anti-inflammatory actions of ripasudil ameliorate experimental autoimmune uveoretinitis in the acute phase 2025-Feb-27, BMJ open ophthalmology IF:2.0Q2 DOI:10.1136/bmjophth-2024-001981 PMID:40021201	研究论文	本研究评估了Rho相关蛋白激酶（ROCK）抑制剂ripasudil在实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎（EAU）急性期对眼部炎症的抑制作用及其机制	首次在EAU模型中从疾病发作开始使用ripasudil，并通过单细胞RNA测序揭示了其对T细胞分化的抑制作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	评估ripasudil对EAU的抑制作用并阐明其机制	C57BL/6小鼠	生物医学	葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	C57BL/6小鼠
3671	2025-03-06	ETVs dictate hPSC differentiation by tuning biophysical properties 2025-Feb-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56591-6 PMID:40011454	研究论文	本文探讨了ETV转录因子在调控人类多能干细胞（hPSCs）生物物理特性和细胞命运决定中的关键作用	揭示了ETV转录因子通过调控细胞生物物理特性影响细胞命运的新机制，并提出了通过操纵这些特性改进体外细胞和组织工程策略的可能性	研究主要基于体外模型，尚未在体内验证其生理相关性	研究ETV转录因子在调控细胞生物物理特性和细胞命运中的作用	人类多能干细胞（hPSCs）、胃胚体和胰腺分化模型	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、PI3K/AKT信号通路分析	NA	基因表达数据	NA
3672	2025-03-06	Investigating Gene Expression Noise Reduction by MicroRNAs and MiRISC Reinforcement by Self-Feedback Regulation of mRNA Degradation 2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637731 PMID:39990448	研究论文	本文通过数学建模和单细胞RNA测序数据分析，研究了miRNA介导的基因表达噪声减少机制，特别是通过自我反馈调节mRNA降解的miRISC增强作用	首次报告了同时进行的mRNA降解和表达噪声分析，以及通过自我反馈控制mRNA降解的噪声减少	NA	研究miRNA介导的基因表达噪声减少机制	miRNA诱导的沉默复合体（miRISC）及其自我反馈调节机制	系统生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	数学建模	RNA测序数据	NA
3673	2025-03-06	Diffusion-based generation of gene regulatory networks from scRNA-seq data with DigNet 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279551.124 PMID:39694856	研究论文	本文提出了一种名为DigNet的离散扩散生成模型，用于从高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据生成基因调控网络（GRN）	DigNet通过多步恢复过程和马尔可夫性质嵌入网络生成过程，确保全局网络结构和调控模块之间的兼容性，并通过iMetacell集成和非欧几里得离散空间建模，对scRNA-seq数据中的噪声和GRN的稀疏性具有鲁棒性	未明确提及具体局限性	从scRNA-seq数据中逆向工程生成细胞特异性基因调控网络（GRN）	基因调控网络（GRN）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	离散扩散生成模型（DigNet）	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3674	2025-03-06	The retinoic acid family-like nuclear receptor SmRAR identified by single-cell transcriptomics of ovarian cells controls oocyte differentiation in Schistosoma mansoni 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1228 PMID:39676663	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了曼氏血吸虫卵巢细胞中的基因表达，特别是与卵母细胞分化相关的基因	首次在曼氏血吸虫中鉴定了视黄酸受体家族转录因子SmRAR，并揭示了其在卵母细胞分化中的关键作用	研究局限于曼氏血吸虫，未涉及其他寄生虫或扁形动物	研究曼氏血吸虫卵巢发育和卵母细胞分化的分子机制	曼氏血吸虫的卵巢细胞和卵母细胞	单细胞转录组学	血吸虫病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	1967个卵母细胞，表达7872个基因
3675	2025-03-06	Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.07.637114 PMID:39975212	研究论文	本文通过深度表型分析，研究了人类皮肤中单个黑色素细胞的克隆扩展，揭示了不同突变负担的黑色素细胞亚群的基因表达谱和形态特征	发现了在阳光损伤皮肤中保持低突变负担的黑色素细胞亚群，并揭示了这些细胞的空间分布和迁移模式	样本量相对较小，仅涉及31名捐赠者的297个黑色素细胞	了解黑色素细胞的稳态机制	人类皮肤中的黑色素细胞	数字病理学	NA	单细胞空间转录组学（10X Xenium）	NA	基因表达谱、形态特征	31名捐赠者的297个黑色素细胞
3676	2025-03-06	scHNTL: single-cell RNA-seq data clustering augmented by high-order neighbors and triplet loss 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf044 PMID:39878904	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据聚类算法scHNTL，通过高阶邻居和三重损失增强聚类效果	scHNTL算法通过构建辅助相似图、使用图注意力自编码器学习细胞初始嵌入，并通过探索相似图的高阶结构和利用对比学习的三重损失来改进嵌入，从而在保持结构信息的同时分离不相似对，提高了聚类的性能	现有方法通常只关注最小化重构损失和保持直接相关细胞的嵌入相似性，而忽略了不相似性，导致聚类性能受限	改进单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图注意力自编码器	单细胞RNA测序数据	16个真实世界数据集
3677	2025-03-06	Identification of Wnt-5a Receptors Important in Diabetic and Non-Diabetic Corneal Epithelial Wound Healing 2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.2.64 PMID:39998459	研究论文	本研究旨在确定Wnt-5a在糖尿病和非糖尿病角膜上皮伤口愈合中起重要作用的受体	通过单细胞RNA测序和DNA甲基化分析，揭示了Wnt受体ROR2在糖尿病角膜上皮细胞中的关键作用，并发现Frizzled-5可能作为共受体	研究主要基于体外实验，未涉及体内模型的验证	确定Wnt-5a在糖尿病角膜上皮伤口愈合中的受体机制	糖尿病和非糖尿病供体的人角膜缘上皮细胞（LECs）	生物医学	糖尿病角膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、DNA甲基化分析、qRT-PCR、Western blot、免疫染色	NA	RNA测序数据、DNA甲基化数据、蛋白质表达数据	糖尿病和非糖尿病供体的人角膜缘上皮细胞
3678	2025-03-06	ANKRD22 participates in the proinflammatory activities of macrophages in the colon cancer tumor microenvironment 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03930-z PMID:39891675	研究论文	本文研究了ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞的促炎活动中的作用	揭示了ANKRD22在调节巨噬细胞功能状态转变中的关键作用，并发现了一种小分子ANKRD22上调剂，可能有助于开发针对TAM重塑的新疗法	ANKRD22在结肠TAMs中的具体作用及其对肿瘤增殖的影响仍需进一步研究	研究ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞功能状态转变中的作用	结肠癌肿瘤微环境中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学研究、小鼠皮下异种移植实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	结肠癌患者的巨噬细胞样本
3679	2025-03-06	Elevated SAMD3 expression in T cells predicts improved survival in pancreatic ductal adenocarcinoma patients 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03948-x PMID:39891760	研究论文	本研究探讨了SAMD3在胰腺导管腺癌（PDAC）患者T细胞中的表达及其与生存率的关系	首次发现SAMD3在T细胞中的高表达与PDAC患者的生存率改善相关，并揭示了其在T细胞功能中的重要作用	研究样本量有限，且需要进一步验证SAMD3作为生物标志物的临床实用性	探讨SAMD3在PDAC患者T细胞中的表达及其与生存率的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）、免疫组织化学（IHC）分析	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	人类PDAC样本和OT-I/卵白蛋白（OVA）小鼠模型
3680	2025-03-06	Pre-immunotherapy alters stereotactic ablative radiotherapy-induced systemic T cell responses in early-stage NSCLC 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03935-8 PMID:39891774	研究论文	本文通过单细胞RNA和T细胞受体（TCR）测序，研究了早期非小细胞肺癌（NSCLC）患者在立体定向消融放疗（SABR）前后，有或没有预先免疫治疗/化疗的情况下，系统性T细胞反应的高分辨率转录组分析	揭示了SABR和免疫治疗之间复杂的相互作用，为NSCLC患者的治疗策略提供了新的见解	样本量较小，仅涉及7名患者	研究SABR和免疫治疗/化疗对NSCLC患者系统性T细胞反应的影响	早期非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，T细胞受体（TCR）测序	NA	RNA-seq数据	7名早期NSCLC患者