单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3661	2025-02-21	Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model 2025-Feb-19, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387 PMID:39970235	研究论文	本研究通过抑制YAP蛋白在红杜洛克猪伤口中的机械传导，展示了verteporfin一次性治疗足以预防疤痕并促进伤口再生	首次在大型动物模型中验证了YAP抑制对伤口再生的影响，并揭示了YAP/IL-33信号轴在大型动物伤口再生中的作用	研究主要基于红杜洛克猪模型，虽然与人类皮肤相似，但仍存在差异，需进一步验证在人类中的效果	探讨YAP抑制在大型动物伤口再生中的作用及其临床转化潜力	红杜洛克猪伤口及人类新生儿包皮移植到裸鼠的异种移植伤口模型	生物医学工程	皮肤损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间蛋白质组分析	NA	基因表达数据和蛋白质组数据	红杜洛克猪伤口及人类新生儿包皮移植到裸鼠的异种移植伤口模型
3662	2025-02-21	Exploring the Immune-Related Molecular Mechanisms Underlying the Comorbidity of Temporal Lobe Epilepsy and Major Depressive Disorder through Integrated Data Set Analysis 2025-Feb-19, Current molecular pharmacology IF:2.4Q3 DOI:10.2174/0118761429380394250217093030 PMID:39976098	研究论文	本研究通过整合数据集分析，探索了颞叶癫痫（TLE）和重度抑郁症（MDD）共病的免疫相关分子机制	首次通过系统分析基因表达谱，识别了TLE和MDD共有的关键基因，并阐明了其潜在的分子病理机制	研究依赖于公开的基因表达数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索TLE和MDD共病的分子机制，并评估这些基因在诊断和治疗中的潜在应用	颞叶癫痫（TLE）和重度抑郁症（MDD）患者	生物信息学	神经系统疾病	基因表达谱分析、WGCNA、PPI网络构建、LASSO、随机森林模型、ROC曲线分析、免疫浸润分析、单细胞测序	LASSO、随机森林（RF）	基因表达数据	NA
3663	2025-02-21	Age-Associated B Cells in Autoimmune Diseases: Pathogenesis and Clinical Implications 2025-Feb-17, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-025-09021-w PMID:39960645	研究论文	本文探讨了年龄相关B细胞（ABCs）在自身免疫疾病中的发病机制和临床意义	揭示了ABCs在自身免疫疾病中的多种功能及其作为预后、诊断和治疗靶点的潜力	需要进一步的研究来探索和验证针对ABCs的治疗策略	研究ABCs在自身免疫疾病中的作用及其潜在的治疗应用	年龄相关B细胞（ABCs）	免疫学	自身免疫疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
3664	2025-02-21	Molecular subtyping combined with multiomics analysis to study correlation between TACE refractoriness and tumor stemness in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01955-z PMID:39961903	研究论文	本研究通过分子亚型分析与多组学数据结合，探讨了肝细胞癌（HCC）中TACE耐药性与肿瘤干性之间的潜在关联	首次将TACE耐药性与肿瘤干性联系起来，并提出了一种新的亚型分类方法以指导个性化治疗	研究主要基于已有数据集，缺乏前瞻性临床验证	探索TACE耐药性与HCC肿瘤干性之间的相关性及其临床意义	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	RNA测序、微阵列、单细胞RNA测序	无监督聚类	RNA测序数据、微阵列数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	多个HCC数据集，包括RNA测序、微阵列、单细胞RNA测序和临床队列
3665	2025-02-21	Analysis of fatty acid metabolism in prostate cancer and discovery of a new programmed cell death-associated luminal cell subpopulation 2025-Feb-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01982-w PMID:39961915	研究论文	本研究聚焦于脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用，特别是在代谢重编程影响下与程序性细胞死亡相关的致癌性腔细胞	发现了与程序性细胞死亡密切相关的腔细胞亚群，并提出了新的治疗靶点	NA	探讨脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用及其与肿瘤侵袭性和转移能力的关系	前列腺癌中的腔细胞及其亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、NMF、去卷积方法	NA	转录组数据	NA
3666	2025-02-21	A method for the identification of lactate metabolism-related prognostic biomarkers and its validations in non-small cell lung cancer 2025-Feb-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85620-z PMID:39962075	研究论文	本研究提出了一种新的方法来构建非小细胞肺癌（NSCLC）的预后预测模型，并识别与乳酸代谢相关的预后生物标志物	提出了一种结合Cox弹性网络回归和遗传算法（GA-EnCox）的新方法，用于预测预后并优化关键生物标志物的选择	NA	构建NSCLC的预后预测模型并识别与乳酸代谢相关的预后生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	生物信息学	肺癌	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq	Cox弹性网络回归结合遗传算法（GA-EnCox）	RNA-Seq数据	多个NSCLC队列的scRNA-Seq和bulk RNA-Seq数据
3667	2025-02-21	Cooperative Hedgehog/GLI and JAK/STAT signaling drives immunosuppressive tryptophan/kynurenine metabolism via synergistic induction of IDO1 in skin cancer 2025-Feb-17, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02101-6 PMID:39962447	研究论文	本文研究了Hedgehog/GLI和JAK/STAT信号通路在皮肤癌中通过协同诱导IDO1驱动免疫抑制性色氨酸/犬尿氨酸代谢的机制	揭示了IDO1作为GLI-STAT协同活动的靶基因，并提出了同时靶向这些信号轴作为黑色素瘤和非黑色素瘤皮肤癌的合理联合治疗策略	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要进一步的体内实验验证	探讨Hedgehog/GLI和JAK/STAT信号通路在皮肤癌中的协同作用及其对免疫抑制性代谢的影响	基底细胞癌（BCC）和黑色素瘤	癌症研究	皮肤癌	基因表达谱分析、qPCR、Western blot、染色质免疫共沉淀、亚硫酸氢盐焦磷酸测序、HPLC-MS、流式细胞术、RNA-seq	NA	基因表达数据、蛋白质数据、代谢物数据、RNA-seq数据	人类BCC和黑色素瘤模型
3668	2025-02-21	Identification of pro-fibrotic cellular subpopulations in fascia of gluteal muscle contracture using single-cell RNA sequencing 2025-Feb-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05889-y PMID:39962491	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了臀肌挛缩症（GMC）筋膜中的促纤维化细胞亚群	首次应用单细胞RNA测序技术探索深筋膜纤维化中的细胞异质性，并识别出两种促纤维化巨噬细胞亚群	研究仅限于臀肌挛缩症的筋膜样本，未涉及其他纤维化疾病	探索深筋膜纤维化中的细胞异质性及其在病理组织重塑中的作用	臀肌挛缩症（GMC）患者的纤维化筋膜样本	数字病理学	臀肌挛缩症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	GMC患者的纤维化筋膜样本与非纤维化对照样本
3669	2025-02-21	Radiogenomic method combining DNA methylation profiles and magnetic resonance imaging radiomics predicts patient prognosis in skull base chordoma 2025-Feb-17, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01836-w PMID:39962547	研究论文	本研究结合DNA甲基化谱和磁共振成像（MRI）影像，开发了一种放射基因组特征，用于预测颅底脊索瘤患者的预后	创新点在于结合DNA甲基化谱和MRI影像，开发了一种非侵入性且方便的预后分类方法	样本量相对较小，需要进一步验证	开发一种方便有效的预后分类方法，用于脊索瘤患者的康复和管理	颅底脊索瘤患者	数字病理学	脊索瘤	DNA甲基化分析，MRI影像分析，单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化数据，MRI影像数据	40名患者的脊索瘤组织样本，122名患者的验证队列，14名患者的额外数据集
3670	2025-02-21	Comprehensive single-cell analysis deciphered the immunoregulatory mechanism of TPPU in alleviating sepsis-related acute liver injury 2025-Feb-15, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.018 PMID:39956402	研究论文	本研究利用单细胞分析技术探讨了TPPU在缓解脓毒症相关急性肝损伤中的免疫调节机制	首次通过单细胞分辨率全面解析了TPPU对脓毒症相关急性肝损伤的免疫调节作用，揭示了其通过促进抗炎性巨噬细胞和中性粒细胞的扩增以及改变细胞间通讯来发挥保护作用的机制	研究仅限于小鼠模型，未在人体中进行验证	探讨TPPU在缓解脓毒症相关急性肝损伤中的免疫调节机制	脓毒症相关急性肝损伤小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、RNA测序、蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、单细胞数据	小鼠模型
3671	2025-02-21	Interpretable AI for inference of causal molecular relationships from omics data 2025-Feb-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk0837 PMID:39951525	研究论文	本文提出了一种新的工具CIMLA，用于从高维数据中发现分子关系，并应用于阿尔茨海默病的基因调控网络分析	CIMLA工具通过机器学习模型和特征归因模型，在特定假设下估计因果量，从而提供基因调控关系的精确定义，并在处理混杂变量方面表现出更高的鲁棒性和准确性	CIMLA的性能依赖于特定假设，且在实际应用中可能受到数据质量和样本量的限制	从高维数据中发现分子关系，特别是基因调控网络的差异	基因调控网络	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	机器学习模型	高维数据	已发表的单细胞RNA测序数据集，包括患有和未患有阿尔茨海默病的受试者
3672	2025-02-21	ERK plays a conserved dominant role in pancreas cancer cell EMT heterogeneity driven by diverse growth factors and chemotherapies 2025-Feb-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.08.637251 PMID:39975093	研究论文	本文通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息建模，研究了胰腺癌细胞中EMT异质性的信号蛋白水平	使用互信息建模预测了ERK在胰腺癌细胞EMT异质性中的主导作用，并发现JNK在MEK抑制时的补偿作用	单细胞转录组学仅限于基于本体的间接推断，细胞群体水平的研究存在固有困难	研究胰腺癌细胞中EMT异质性的信号通路，以促进化疗反应	胰腺癌细胞和肿瘤	生物信息学	胰腺癌	迭代间接免疫荧光成像，互信息建模	互信息模型	蛋白质测量数据	NA
3673	2025-02-21	NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf074 PMID:39970285	研究论文	本文研究了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺陷背景下对Rett综合征（RTT）中蛋白质稳态和mRNA定位的调控作用及其对自噬失调的影响	揭示了NEAT1在MeCP2功能中的关键作用，特别是通过RNA-RNA相互作用调控自噬基因的表达和亚细胞定位，从而影响自噬复合物的生物发生	研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨NEAT1在MeCP2缺陷导致的Rett综合征中的作用机制	人类神经细胞和RTT患者样本	神经科学	Rett综合征	单细胞RNA测序和分子分析	NA	RNA测序数据	人类神经细胞和RTT患者样本
3674	2025-02-21	Targeting FGFR4 Abrogates HNF1A-driven Metastasis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.06.636643 PMID:39974881	研究论文	本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的机制，并验证了FGFR4抑制剂在减少HNF1A驱动的转移中的有效性	首次发现HNF1A通过上调FGFR4驱动PDAC转移，并验证了FGFR4抑制剂在减少转移中的潜在治疗作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证FGFR4抑制剂的效果	探索HNF1A在PDAC转移中的作用，并寻找针对HNF1A依赖性表型的靶向治疗方法	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞和小鼠模型	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、组织微阵列（TMA）分析、UMAP空间分析、RNA干扰、FGFR4抑制剂（H3B-6527和U3-1784）	小鼠异种移植模型	RNA测序数据、组织微阵列数据	ATCC和患者来源的PDAC细胞、小鼠模型
3675	2025-02-21	Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.31.634947 PMID:39975181	研究论文	本研究探讨了门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制，特别是VCAM-1和表达骨桥蛋白的巨噬细胞的作用	揭示了肝动脉血流增加通过VCAM-1和Spp1+巨噬细胞介导的门管区纤维化的新机制	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制	Sprague-Dawley大鼠	病理生理学	门静脉高压症	microCT、单细胞RNA测序、RNA-FISH	NA	图像、转录组数据	Sprague-Dawley大鼠
3676	2025-02-21	Single-cell Transcriptomics Unravel Stereocilia Degeneration as a Key Contributor to Age-related Vestibular Dysfunction in Mice and Humans 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636113 PMID:39975332	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了年龄相关前庭功能障碍（ARVD）中毛细胞（HCs）老化的分子机制，并指出毛束退化是ARVD的关键因素	首次在单细胞水平上揭示了小鼠和人类前庭毛细胞老化的分子特征，并发现毛束退化在HCs丢失之前发生，强调了机械转导退化在ARVD中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尽管在人类样本中也观察到类似特征，但仍需进一步验证	探究年龄相关前庭功能障碍（ARVD）的分子机制，特别是毛细胞老化的影响	小鼠和人类的前庭毛细胞（HCs）	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	年轻和年老小鼠的前庭毛细胞，以及老年人类前庭毛细胞
3677	2025-02-21	Model Architecture Analysis and Implementation of TENET for Cell-Cell Interaction Network Reconstruction Using Spatial Transcriptomics Data 2025-Feb-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5205 PMID:39968356	研究论文	本文提出了一种基于三重增强的图神经网络（TENET）方法，用于从空间转录组学（ST）数据中重建细胞-细胞相互作用（CCI）网络	提出了一种新的三重增强图神经网络（TENET）方法，结合了多种CCI模式和下游基因调控网络（GRN）作为输入，考虑了全局和局部的细胞及遗传特征	未明确提及具体局限性	实现更全面和精确的细胞-细胞相互作用网络重建	细胞-细胞相互作用网络	机器学习	NA	空间转录组学（ST）	图神经网络（GNN）	空间转录组学数据	真实和合成的ST数据集
3678	2025-02-21	Hypoxia-induced histone methylation and NF-κB activation in pancreas cancer fibroblasts promote EMT-supportive growth factor secretion 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635486 PMID:39974981	研究论文	本文研究了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中缺氧诱导的组蛋白甲基化和NF-κB激活如何促进癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌支持上皮-间质转化（EMT）的生长因子	揭示了缺氧条件下CAFs通过IGF-2和HGF促进PDAC癌细胞EMT的机制，并发现活性氧激活的NF-κB与缺氧依赖性组蛋白甲基化共同作用促进这些生长因子的表达	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨缺氧条件下CAFs如何通过生长因子介导的细胞间通讯促进PDAC癌细胞的EMT	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和癌细胞	癌症生物学	胰腺癌	单细胞转录组分析、抑制剂筛选	NA	转录组数据、小鼠模型数据	患者肿瘤样本和小鼠模型
3679	2025-02-21	Identification of High-Risk Cells in Single-Cell Spatially Resolved Transcriptomics Data Using Deep Transfer Learning 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635803 PMID:39975321	研究论文	本文介绍了一种名为DEGAS的深度迁移学习算法，用于在单细胞空间分辨转录组数据中识别高风险细胞和区域	DEGAS算法通过基因表达数据的潜在表示和领域适应，将疾病属性从患者转移到单个细胞，解决了现有方法无法将单个细胞与疾病属性关联的问题	NA	识别单细胞空间分辨转录组数据中的高风险细胞和区域，以深入了解特定疾病过程	肿瘤样本中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	深度迁移学习	单细胞空间分辨转录组数据	包括10X Genomics Xenium和Nanostring CosMx平台的数据，以及新生成的T2D Xenium数据集和公开的黑色素瘤Xenium数据集
3680	2025-02-21	Nicotinamide N-methyltransferase negatively regulates metastasis-promoting property of cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma 2025-Feb, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12633 PMID:39623600	研究论文	本研究探讨了烟酰胺N-甲基转移酶（NNMT）在肺腺癌（LUAD）中的代谢和表观遗传调控作用	揭示了NNMT在癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的代谢和表观遗传调控功能，扩展了对LUAD转移调控的理解	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探索NNMT在LUAD中的代谢和表观遗传调控机制	肺腺癌（LUAD）及其癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症研究	肺癌	非靶向代谢组学分析、单细胞RNA测序（RNA-seq）、多重免疫荧光分析、染色质免疫共沉淀-PCR	NA	代谢组数据、RNA-seq数据、免疫组化数据	NA