单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 37421 篇文献,本页显示第 3661 - 3680 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
3661 2026-01-21
Cellular and molecular determinants of lymph node metastasis in papillary thyroid carcinoma: Integrated multi-omics profiling and machine learning models
2026-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大块转录组数据,系统解析了甲状腺乳头状癌淋巴结转移的细胞和分子决定因素,并构建了基于随机森林的预测模型 首次整合多组学数据揭示PTC淋巴结转移的免疫微环境变化、恶性细胞异质性及FN1-SDC4轴的关键调控作用,并开发了17个关键基因的预测签名 研究主要基于计算分析和体外实验,缺乏体内模型验证;样本量可能有限,需进一步临床队列验证 阐明甲状腺乳头状癌淋巴结转移的机制并开发预测工具 甲状腺乳头状癌的原发灶和转移灶组织 数字病理学 甲状腺癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 大块转录组测序 随机森林 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 大块转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
3662 2026-01-21
scGImpute: A hybrid BiLayer multi-head graph attention-based imputation framework for zero dropout in single-cell sequencing datasets
2026-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 本文提出了一种名为scGImpute的混合双层多头图注意力神经网络框架,用于在单细胞测序数据中恢复技术性零值同时保留生物性零值 提出了一种新颖的混合双层多头图注意力神经网络框架,专门针对单细胞测序数据中的零值丢失问题,并适用于多种组学数据类型 NA 解决单细胞测序数据中高频零读计数或丢失事件的技术挑战,以降低技术噪声并改善下游分析 单细胞测序数据集,包括scRNA-seq、scATAC-seq和CITE-seq数据 机器学习 NA 单细胞测序 混合双层多头图注意力神经网络 单细胞测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, CITE-seq NA NA
3663 2026-01-21
RUNX1 N6-methyladenosine methylation enhances cytoskeleton remodeling and boosts cardiac fibrosis
2026-Jan-20, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 本研究揭示了YTHDF1通过识别m6A修饰的Runx1 mRNA增强其翻译,进而驱动RUNX1介导的Ctgf转录,从而促进心脏成纤维细胞增殖和纤维化的新表观转录组学通路 首次阐明了m6A介导的YTHDF1-RUNX1轴在心脏纤维化中的调控机制,特别是发现了peak_21317位点特异性m6A修饰对于YTHDF1结合和促进Runx1翻译的关键作用 当前转录因子结合模型很少整合RNA修饰,且包含这些修饰的最新方法仍然有限,这阻碍了转录因子亲和力的准确分析 探究m6A介导的机制在心脏纤维化过程中调控RUNX转录因子的作用 人心房颤动组织、心脏成纤维细胞特异性Ythdf1条件性敲除小鼠、ISO/TAC诱导的心脏纤维化模型、TGF-β1刺激的心脏成纤维细胞 表观转录组学 心血管疾病 MeRIP-seq, 单细胞RNA-seq, RNA-seq, ChIP-seq, RNA测序, 组织学和生化分析 条件性敲除小鼠模型, AAV9介导的基因敲低模型 RNA测序数据, 单细胞RNA-seq数据, ChIP-seq数据, 组织学图像, 生化数据 人心房颤动组织样本、多组小鼠模型(包括Ythdf1条件性敲除鼠、Cre对照、野生型对照) NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
3664 2026-01-21
Integrated multi-omics identifies MCRS1 as a causal hub linking aging, metabolic syndrome, and breast cancer progression
2026-Jan-20, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究通过整合多组学数据,识别出MCRS1是连接衰老、代谢综合征和乳腺癌进展的核心因果枢纽 首次通过整合乳腺癌、代谢综合征和衰老队列的转录组数据集,结合机器学习、孟德尔随机化和单细胞RNA测序,识别并验证了MCRS1作为连接这些状态的核心因果驱动因子 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需要在人类患者中进行进一步验证 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
3665 2026-01-21
S3RL: Enhancing Spatial Single-Cell Transcriptomics With Separable Representation Learning
2026-Jan-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本文提出了一种名为S3RL的可分离表示学习框架,用于增强空间单细胞转录组数据的保真度,以解码复杂的组织微环境 S3RL通过有效去噪稀疏测量和放大生物学相关信号,能够恢复原本会丢失的细粒度空间表达模式和调控关系,在空间域识别和多切片对齐方面实现了高达170%的调整兰德指数改进 未在摘要中明确说明 增强空间转录组数据的保真度,以更好地解码复杂的组织微环境 人类、小鼠和植物等多种组织的空间转录组数据 空间转录组学 肿瘤免疫交互 空间转录组学 可分离表示学习框架 空间转录组数据 多种人类、小鼠和植物组织 NA 空间转录组学 NA NA
3666 2026-01-21
Deciphering CD4+ Naive T cell-mediated divergent pathogenic links between type 2 diabetes and pathologic scarring via an integrated multi-omics approach
2026-Jan-19, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究通过整合多组学方法,揭示了2型糖尿病通过CD4+初始T细胞介导的免疫微环境调控,对增生性瘢痕和瘢痕疙瘩产生相反因果效应的潜在机制 首次采用表型范围孟德尔随机化结合单细胞RNA测序等多组学技术,系统阐明了2型糖尿病与不同病理性瘢痕之间的因果关联及CD4+初始T细胞的介导作用 研究主要基于遗传学和转录组学数据,缺乏直接的体内功能验证实验 探究糖尿病与病理性瘢痕(增生性瘢痕和瘢痕疙瘩)之间的因果关系及免疫细胞机制 糖尿病(1型和2型)与病理性瘢痕(增生性瘢痕和瘢痕疙瘩) 多组学整合分析 糖尿病与皮肤纤维化疾病 单细胞RNA测序、孟德尔随机化、细胞间通讯推断、代谢通路分析、转录组差异表达分析 孟德尔随机化模型、伪时间轨迹分析 遗传数据、单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
3667 2026-01-21
Molecular Mechanisms of DBNL in Heart Failure: From Macrophage Immunometabolism to Therapeutic Implications
2026-Jan-02, Journal of visualized experiments : JoVE
研究论文 本研究采用整合多组学方法,结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序,揭示了DBNL基因在心力衰竭中的关键作用,并预测了其作为治疗靶点的潜力 首次通过整合GWAS、eQTL、mQTL、pQTL和单细胞RNA测序数据,系统性地将DBNL鉴定为与心力衰竭风险相关的关键基因,并利用分子对接模拟预测了其潜在调节剂吡啶酸 研究结果主要基于计算预测和生物信息学分析,缺乏直接的实验验证,其临床疗效需要通过额外的实验验证和临床前研究来证实 识别心力衰竭的潜在生物标志物和治疗靶点,并阐明其分子机制 心力衰竭相关的遗传机制、心脏巨噬细胞的基因表达、DBNL基因的动态调控 生物信息学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 多组学分析, 分子对接模拟, 伪时间分析 NA 基因组关联研究数据, 表达数量性状位点数据, 甲基化数量性状位点数据, 蛋白质数量性状位点数据, 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
3668 2026-01-21
SHC Adaptor Protein 1 Drives Cancer-Associated Fibroblast-Mediated Immune Exclusion and Notch-Dependent Angiogenesis
2026-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 本研究探讨了SHC适配蛋白1在肺腺癌肿瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用,开发了基于液相分离风险的预测模型 首次将SHC1的液相分离特性与肺腺癌的血管生成和免疫微环境联系起来,并构建了基于机器学习算法的液相分离风险特征模型 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,体内验证仅限于斑马鱼模型,缺乏更复杂的动物模型验证 探索SHC1在肺腺癌肿瘤血管生成和肿瘤微环境调控中的作用机制 肺腺癌患者、肿瘤相关成纤维细胞、肿瘤源性内皮细胞 机器学习 肺癌 单细胞转录组学、多重免疫组化、RNA测序、Western blotting 机器学习算法组合 转录组数据、图像数据 未明确样本数量,但使用了101种机器学习算法组合进行分析 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3669 2026-01-21
Bacterial cellulose repairs asthmatic epithelial injury by reprogramming CDS1-mediated phosphatidylinositol metabolism to inhibit PI3K/AKT signaling
2026-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 本研究评估了细菌纤维素(BC)通过调控CDS1介导的磷脂酰肌醇代谢来修复哮喘气道上皮损伤并抑制PI3K/AKT信号通路的治疗潜力 首次揭示了细菌纤维素通过下调上皮细胞CDS1,重编程磷脂酰肌醇代谢,从而抑制PI3K/AKT信号通路并修复上皮屏障的双重作用机制 研究主要基于小鼠模型和体外样本,尚未在人类临床试验中验证BC的疗效和安全性 探索针对哮喘气道上皮损伤的新型治疗策略 屋尘螨诱导的过敏性哮喘小鼠模型以及人类哮喘患者的上皮样本 NA 哮喘 单细胞RNA测序,代谢组学 NA NA NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
3670 2026-01-21
CXCL10high Microglia in Cerebral Malaria: Toward Translational Validation
2026-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1
评论 本文对Wang等人关于CXCL10高表达小胶质细胞在实验性脑疟疾中驱动CD8 T细胞招募的研究进行了保守性重构,提出将其视为候选“神经免疫内型”,并强调其在人类疾病中的转化验证需求 提出将CXCL10小胶质细胞重新定义为需要转化验证的候选神经免疫内型,而非完全验证的新分类,并优先推荐人类尸检组织的单核与空间转录组学等验证步骤 研究基于实验性脑疟疾模型,其治疗推断需谨慎,转化工作需先建立可重复的人类小胶质细胞特征和临床相关性 探讨CXCL10高表达小胶质细胞在脑疟疾中的转化验证路径和临床相关性 小胶质细胞、CD8 T细胞、人类尸检组织、血浆/脑脊液生物标志物 神经免疫学 脑疟疾 单核转录组学、空间转录组学、生物标志物相关性分析、抗原呈递机制检测 NA 转录组数据、生物标志物数据 NA NA 单核转录组学, 空间转录组学 NA NA
3671 2026-01-21
Surface Marker Identification to Capture Live Circulating Tumor Cells in Metastatic Triple-Negative Breast Cancer
2026-Jan-01, Cancer research communications IF:2.0Q3
研究论文 本文开发了一种用于捕获活循环肿瘤细胞并进行单细胞RNA测序的工作流程,以增强转移性三阴性乳腺癌中CTC的检测 识别了四个新的CTC表面标志物(AHNAK2、CAVIN1、ODR4和TRIML2),结合传统标志物提高了检测灵敏度和覆盖率 NA 提高转移性三阴性乳腺癌中活循环肿瘤细胞的捕获和检测效率 转移性三阴性乳腺癌的循环肿瘤细胞 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序 NA RNA 多个TNBC小鼠模型和患者样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3672 2026-01-21
The role of IRF-1 in mediating T-cell immune imbalance in systemic lupus erythematosus and the construction of a diagnostic model
2025-12-31, Autoimmunity IF:3.3Q3
研究论文 本研究探讨了IRF-1在系统性红斑狼疮中T细胞免疫失衡的作用,并构建了一个基于机器学习的诊断模型 整合单细胞转录组、批量转录组和临床样本数据,首次系统分析了IRF-1在SLE不同疾病阶段T细胞亚群中的动态变化,并开发了基于IRF-1相关基因的机器学习诊断模型 NA 阐明IRF-1在系统性红斑狼疮免疫失衡中的作用,并开发一种非侵入性诊断工具 系统性红斑狼疮患者和对照个体的T细胞亚群 自然语言处理 系统性红斑狼疮 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 广义线性模型, 偏最小二乘法, 以及其他四种机器学习模型 转录组数据, 临床数据 单细胞数据集GSE254176,6个批量转录组数据集(共1079名SLE患者和137名对照),以及临床样本(70名SLE患者和58名对照) NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
3673 2026-01-21
Transcriptome-wide mapping reveals an RNA-dependent mechanism of platinum cancer drugs
2025-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过开发PlatRNA-seq技术,系统性地研究了铂类抗癌药物(如顺铂)与RNA的相互作用,揭示了其RNA依赖性作用机制 首次开发了PlatRNA-seq技术,在全转录组水平上绘制顺铂的RNA结合图谱,并发现顺铂通过结合RNA G-四链体结构介导细胞毒性,为非经典RNA作用机制提供了直接证据 研究主要聚焦于顺铂,其他铂类药物的RNA结合特性尚未全面探索;临床样本分析仅限于卵巢癌患者,需在其他癌症类型中验证 探究临床抗癌药物(特别是顺铂)与RNA的相互作用及其在化疗中的功能意义 临床批准的抗癌药物(以顺铂为代表)及其在癌细胞中的RNA靶标 转录组学 卵巢癌 PlatRNA-seq(点击化学增强的全转录组分析)、单细胞RNA-seq、基因组学、生物物理学和计算分析 NA RNA-seq数据 来自初治卵巢癌患者肿瘤活检的单细胞RNA-seq数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3674 2026-01-21
PD-1 regulates CD4+ T cell-mediated CD8+ T cell responses in the brain to balance viral control and neuroinflammation
2025-Dec-12, Research square
研究论文 本研究探讨了PD-1在鼠多瘤病毒脑炎中如何通过调节CD4+ T细胞介导的CD8+ T细胞反应,平衡病毒控制与神经炎症 揭示了PD-1在脑部自主性作用中,通过CD4 T细胞内在信号调节CD8 T细胞效应功能,平衡抗病毒防御与神经损伤的新机制 研究基于鼠模型,可能不完全反映人类进行性多灶性白质脑病的复杂情况,且未详细探讨PD-1阻断治疗在患者中效果多变的临床因素 探究PD-1在多瘤病毒中枢神经系统感染中调节T细胞反应以平衡病毒清除与神经炎症的机制 鼠多瘤病毒感染模型中的脑部CD4和CD8 T细胞 免疫学 神经感染性疾病 单细胞RNA测序 NA RNA序列数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
3675 2026-01-21
Single-cell transcriptomic datasets of the amphibious plant Water wisteria
2025-Nov-29, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了水蓑衣在陆生和水生环境中的叶片细胞,以探索异叶性的分子机制 首次对水蓑衣这一新兴异叶性模型植物进行单细胞转录组测序,为在单细胞水平解析植物环境适应机制提供了基础数据 未明确提及实验样本量或技术重复次数,可能影响统计可靠性 探索异叶性(植物根据环境改变叶片形态的适应策略)的分子机制 水蓑衣(Hygrophila difformis)在陆生和水生环境中的叶片原生质体 植物生物学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
3676 2026-01-21
LMNA-PRKDC axis enhances DNA repair and promotes chemoresistance in glioblastoma
2025-Nov-21, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 本研究揭示了胶质母细胞瘤中LMNA-PRKDC轴通过增强DNA修复能力驱动替莫唑胺耐药的新机制 首次发现LMNA-PRKDC轴通过形成DNA修复复合物增强胶质母细胞瘤的DNA修复能力,并鉴定PRKDC抑制剂可作为逆转耐药的新策略 研究主要基于患者来源的异种移植模型和单细胞测序数据,临床转化效果仍需进一步验证 探究胶质母细胞瘤对替莫唑胺产生耐药性的分子机制,并寻找逆转耐药的潜在治疗靶点 胶质母细胞瘤患者来源的肿瘤组织、异种移植模型以及原发和复发肿瘤标本 肿瘤生物学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析、免疫共沉淀 NA 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 患者来源的异种移植模型和原发/复发胶质母细胞瘤标本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3677 2026-01-21
Spatial transcriptomics of glioblastoma defines biologically and clinically significant reprogramming patterns across unique spatial microenvironments
2025-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用空间转录组学技术分析胶质母细胞瘤,揭示了其在独特空间微环境中的生物学重编程模式及其临床意义 开发了一种新颖的空间信息整合方法,将基因共表达网络模块识别的生物学重编程与细胞间通讯的特定变化相结合,提供了对转录因子调控、细胞相互作用和生物通路活性的空间模式的新见解 研究样本量相对较小(14个样本),可能限制了结果的普遍性 定义胶质母细胞瘤的生物学重编程、肿瘤微环境重组和细胞间相互作用,以揭示空间微环境对肿瘤行为和治疗反应的影响 胶质母细胞瘤(GBM)肿瘤样本,特别是来自Ivy胶质母细胞瘤图谱项目的空间定义区域 数字病理学 胶质母细胞瘤 空间转录组学 基因共表达网络模块 空间转录组数据 14个胶质母细胞瘤样本 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium Visium空间转录组学平台
3678 2026-01-21
Clinical Interventions and Inflammatory Signaling Shape the Transcriptional and Cellular Architecture of the Early Postnatal Lung
2025-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞测序技术构建了人类出生后早期(0-2岁)肺部的细胞图谱,揭示了肺泡II型细胞的两种新转录状态及其与炎症信号和临床干预的关联 首次在人类出生后早期肺部发现了肺泡II型细胞的两种互斥转录状态,并建立了其与炎症信号通路及临床抗炎干预的直接联系 样本量相对有限(23例),且均为组织学正常的标本,可能无法完全代表疾病状态下的情况 探究人类出生后早期肺部的细胞发育和重塑机制,及其与肺部疾病的关系 人类出生后早期(0-2岁)的肺部组织 单细胞组学 肺部疾病 单核RNA测序,空间转录组学 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据 23例个体的组织学正常肺部标本 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
3679 2026-01-21
Cell and molecular profiles in peripheral nerves shift toward inflammatory phenotypes in diabetic peripheral neuropathy
2025-Oct-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究通过转录组学和空间转录组学分析,揭示了糖尿病周围神经病变(DPN)中周围神经的细胞和分子谱向炎症表型转变,并探讨了感觉轴突mRNA转运在神经退行性变中的潜在作用 首次在人类DPN神经中结合转录组学和空间转录组学分析,揭示了神经类型特异性免疫特征,并发现了感觉轴突中mRNA(如SCN9A和TRPV1)的显著定位现象 样本主要来自截肢手术的糖尿病患者,对照组来自跨面神经移植手术,可能存在组织来源和疾病状态的异质性 深入探究糖尿病周围神经病变的分子机制和细胞表型变化 糖尿病患者的胫神经和腓肠神经,以及对照组的腓肠神经 数字病理学 糖尿病周围神经病变 转录组学, 空间转录组学 NA 转录组数据, 空间转录组数据 来自下肢截肢术的胫神经和腓肠神经(主要来自糖尿病患者),以及来自跨面神经移植手术的对照腓肠神经 NA 空间转录组学 NA NA
3680 2026-01-21
Spatia: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes
2025-Jul-07, ArXiv
PMID:40671942
研究论文 本文介绍了一种名为Spatia的多模态模型,用于预测和生成空间细胞表型,通过融合细胞形态、基因表达和空间上下文信息来学习统一表示 Spatia首次提出了一种多尺度生成和预测模型,能够整合图像衍生的形态标记和转录组向量标记,并通过跨注意力机制和Transformer模块在单细胞、生态位和组织水平上捕获空间依赖性,同时利用生成扩散解码器合成高分辨率细胞图像 NA 学习统一的、空间感知的表示,以整合细胞形态、基因表达和空间上下文,从而理解组织功能 细胞形态、基因表达和空间组织 数字病理学 NA 空间转录组学 Transformer, 生成扩散模型 图像, 基因表达数据 涉及49名捐赠者、17种组织类型和12种疾病状态,包括1700万个细胞-基因对、100万个生态位-基因对和1万个组织-基因对 NA 空间转录组学 NA NA
回到顶部