单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3661	2025-04-09	Transcriptomics in the Study of Antiviral Innate Immunity 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4108-8_10 PMID:39192121	研究论文	本章介绍了多种转录组学技术在抗病毒天然免疫中的应用、意义及实验流程	介绍了单细胞测序和空间转录组学等新兴技术在抗病毒天然免疫研究中的应用	NA	探讨转录组学技术在抗病毒天然免疫研究中的应用	抗病毒天然免疫	分子生物学	NA	微阵列、RNA测序、单细胞测序、空间转录组学	NA	RNA分子	NA
3662	2025-04-09	Tcf21 as a founder transcription factor in specifying Foxd1 cells to the juxtaglomerular cell lineage 2025-Jan-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00235.2024 PMID:39589156	research paper	该研究探讨了转录因子Tcf21在Foxd1祖细胞向肾小球旁细胞（JG细胞）分化过程中的关键作用	首次揭示了Tcf21在早期胚胎阶段对JG细胞谱系分化的调控作用，并整合了scRNA-seq和scATAC-seq技术进行时空动态分析	研究仅在小鼠模型中进行，未验证人类肾脏发育中的保守性	阐明Tcf21在肾脏发育过程中调控JG细胞分化的分子机制	Foxd1阳性基质祖细胞及其分化的肾小球旁细胞	developmental biology	肾脏发育异常	scRNA-seq, scATAC-seq, 免疫染色, 原位杂交	小鼠基因敲除模型	单细胞转录组数据, 表观基因组数据	2054个GFP阳性基质谱系细胞（来自E12、E18、P5、P30阶段小鼠肾脏）
3663	2025-04-09	Identification of Alzheimer's disease biomarkers and their immune function characterization 2025, Archives of medical science : AMS IF:3.0Q1 DOI:10.5114/aoms/188721 PMID:40190307	research paper	本研究通过多组学方法研究阿尔茨海默病的生物标志物及其免疫特征	利用机器学习和单细胞RNA测序技术筛选出五个新的生物标志物，并揭示了它们在AD免疫微环境中的作用	研究依赖于公开数据集，样本量可能有限，且未进行实验验证	探究阿尔茨海默病的生物标志物及其免疫机制	阿尔茨海默病患者和正常样本的RNA-seq和scRNA-seq数据	生物信息学	阿尔茨海默病	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	RNA-seq数据	来自公开数据集GSE122063、GSE97760、GSM4996463和GSM4996462的样本
3664	2025-04-09	Transcriptomic Analysis of Air-Liquid Interface Culture in Human Lung Organoids Reveals Regulators of Epithelial Differentiation 2024-12-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13231991 PMID:39682739	研究论文	通过单细胞RNA测序分析气液界面培养对人肺类器官上皮细胞分化的影响	揭示了气液界面培养在促进纤毛细胞分化和减少基底细胞方面的显著效果，并识别了上皮细胞分化的关键信号	未提及样本量的具体信息，可能影响结果的普遍性	识别影响上皮细胞分化的关键因素，开发体外呼吸模型	人肺类器官中的上皮细胞	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
3665	2025-04-09	Integrative Multiomics in the Lung Reveals a Protective Role of Asporin in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-Oct-15, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.069864 PMID:39167456	研究论文	通过整合多组学方法在肺部研究中发现asporin在肺动脉高压中的保护作用	利用最大的多中心PAH肺生物库，结合多种组学数据，发现asporin作为新的保护性靶点	获取人类PAH肺样本较为困难	揭示肺动脉高压(PAH)的病理生物学机制	肺动脉高压(PAH)患者和对照组的肺组织	生物医学研究	肺动脉高压	转录组分析、全基因组关联研究、贝叶斯调控网络、单细胞转录组学、药物转录组学	NA	转录组数据、临床病理数据	96例PAH患者和52例对照组的肺组织样本
3666	2025-04-09	Heat Inactivation of Nipah Virus for Downstream Single-Cell RNA Sequencing Does Not Interfere with Sample Quality 2024-01-09, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13010062 PMID:38251369	研究论文	本文研究了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）过程中，通过热灭活尼帕病毒（NiV）以确保样本安全性的方法，同时不影响样本质量和下游分析结果	首次验证了在scRNA-seq流程中加入额外热灭活步骤对尼帕病毒的有效灭活作用，且不影响样本质量	研究仅针对尼帕病毒和特定商业化的微流控分区scRNA-seq平台，其他BSL-4病原体或平台可能需要额外验证	开发适用于BSL-4病原体的安全scRNA-seq工作流程	尼帕病毒（NiV）感染的细胞样本	病毒学与单细胞测序技术	尼帕病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但使用了商业化的微流控分区scRNA-seq平台
3667	2025-04-08	Photo-Biomodulation of the Hippocampus Using Near-Infrared Laser to Enhance Cognitive Function in Mice 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417380 PMID:40190133	研究论文	研究探讨了近红外激光对小鼠海马进行光生物调节以增强认知功能的效果	首次展示了近红外激光通过调节海马神经元活动和基因表达来增强认知功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索光生物调节作为认知功能障碍非侵入性治疗方法的潜力	小鼠海马区	神经科学	认知功能障碍	近红外激光照射，单细胞RNA测序	NA	行为学数据，电生理数据，基因表达数据	多组小鼠实验（具体数量未明确说明）
3668	2025-04-08	From Invaginating Site to Deep Lesion: Spatial Transcriptomics Unravels Ectopic Endometrial Penetration Features in Adenomyosis 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411752 PMID:40190183	研究论文	利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究腺肌症中子宫内膜异位穿透特征的分子机制	首次绘制了腺肌症从子宫内膜内陷部位到异位病变的空间转录组图谱，并揭示了SFRP5上皮细胞、ESR1平滑肌细胞和CNN1基质成纤维细胞在病理过程中的作用	研究样本量未明确说明，且体外实验的验证可能无法完全模拟体内环境	阐明腺肌症中子宫内膜异位穿透的分子机制	腺肌症患者的子宫内膜内陷部位和异位病变	数字病理学	腺肌症	空间转录组学、单细胞RNA测序、批量RNA测序解卷积、组织学技术	NA	转录组数据、组织学图像	NA
3669	2025-04-08	Single-Cell Atlas Reveals Tumorigenic Profiles and Immune Dynamics of Adrenal Incidentalomas 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413493 PMID:40190189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫动态	发现了与肿瘤发生相关的肾上腺皮质细胞亚型，提出了clusterin作为肾上腺皮质腺瘤的潜在生物标志物，并揭示了MYCN阳性簇与较差生存率的相关性	研究依赖于公共数据集整合，可能受限于原始数据的质量和覆盖范围	探究肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫微环境动态	非功能性肾上腺皮质腺瘤、Conn综合征和嗜铬细胞瘤	数字病理学	肾上腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	302,696个细胞
3670	2025-04-08	Pyrroloquinoline Quinone Reprograms the Single-Cell Landscape of Immune Aging in Hematopoietic Immune System 2025-Apr-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70050 PMID:40192736	研究论文	本研究探讨了吡咯喹啉醌（PQQ）对造血免疫系统衰老的单细胞景观的重编程作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了PQQ在减少氧化应激和逆转衰老相关表型方面的作用，并鉴定了关键分子靶点如ASPP1、Yy1和CD62L	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索PQQ作为抗氧化剂在改善免疫系统衰老中的潜在治疗作用	小鼠的脾脏和骨髓细胞	免疫学	衰老相关免疫功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习程序	单细胞转录组数据	小鼠模型中的脾脏和骨髓细胞
3671	2025-04-08	Single-cell transcriptomic landscape deciphers intratumoral heterogeneity and subtypes of acral and mucosal melanoma 2025-Apr-07, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3164 PMID:40192737	研究论文	本研究通过单细胞转录组和基因组分析，揭示了肢端黑色素瘤（AM）和黏膜黑色素瘤（MM）的瘤内异质性、微环境特征及亚型特异性治疗策略	首次系统比较AM和MM的单细胞转录组和基因组特征，发现亚型特异性基质-免疫互作及分子程序，并提出精准治疗靶点（如AM中的TIGIT、MM中的CXCL3⁺巨噬细胞）	样本量相对有限（42例），且未涵盖所有黑色素瘤亚型	解析AM和MM的瘤内异质性及微环境特征，探索亚型特异性治疗策略	肢端黑色素瘤（AM）和黏膜黑色素瘤（MM）的肿瘤细胞及微环境	数字病理	黑色素瘤	scRNA-seq（单细胞转录组测序）、全外显子测序、体外迁移实验、共培养系统、异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、基因组数据	42例黑色素瘤样本（28例AM、11例MM、3例非肢端皮肤黑色素瘤）
3672	2025-04-08	CD47-amyloid-β-CD74 signaling triggers adaptive immunosuppression in sepsis 2025-Apr-04, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00442-4 PMID:40185975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和常规RNA测序分析脓毒症的免疫景观，发现适应性免疫受到急性且强烈的抑制	发现CD47通过诱导淀粉样蛋白β（Aβ）的产生，与B细胞上的CD74相互作用，导致B细胞抑制和随后的适应性免疫抑制	研究主要基于小鼠模型，临床数据验证有限	阐明脓毒症中宿主反应失调的机制	脓毒症患者的免疫细胞和小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和常规RNA-seq	NA	RNA测序数据	脓毒症患者和小鼠模型
3673	2025-04-08	Single-cell sequencing reveals the same heterogeneity of neutrophils in heatstroke-induced lung and liver injury 2025-Mar-28, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.03.005 PMID:40158777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了热射病（HS）诱导的肺和肝损伤中中性粒细胞的异质性	发现中性粒细胞通过'Cxcr2-Cxcl2'受体-配体对增强浸润是HS诱导肺损伤的显著特征，并识别了Cd177+中性粒细胞在器官损伤中的关键作用及Cebpe的转录调控功能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索热射病导致多器官功能障碍（MODS）的机制	热射病小鼠模型的肺组织和肝组织	数字病理	热射病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA序列数据	未明确说明样本数量，仅提及使用小鼠模型
3674	2025-04-08	Novel Perspective on Sevoflurane-Induced Cognitive Dysfunction: Implications of Neuronal SIRPα and Microglial Synaptic Remodeling 2024-12-18, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.4c00485 PMID:39644326	研究论文	本研究探讨了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的新生小鼠认知功能障碍中的作用	揭示了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的认知功能障碍中的新机制，并提出了潜在的干预靶点	研究仅基于新生小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究七氟烷麻醉对新生小鼠认知功能的影响及其分子机制	新生小鼠	神经科学	认知功能障碍	单细胞转录组测序、慢病毒介导的基因过表达	小鼠模型	转录组数据、行为学数据	未明确说明数量的新生小鼠
3675	2025-04-08	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	提出了一种名为MultiSC的深度学习流程，用于分析多组学单细胞数据	开发了一个新的流程MultiSC，利用多模态约束自编码器和基于矩阵分解的模型来整合多组学数据并预测转录因子调控的靶基因	未提及具体的局限性	解决多组学单细胞数据整合和分析工具缺乏的问题	多组学单细胞数据	机器学习	NA	NEAT-seq	多模态约束自编码器（single-cell hierarchical constraint autoencoder）、基于矩阵分解的模型（scMF）、多元线性回归模型	基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达	未提及具体样本数量
3676	2025-04-08	Emerging drug targets for triple-negative breast cancer: a guided tour of the preclinical landscape 2022-05, Expert opinion on therapeutic targets IF:4.6Q1 DOI:10.1080/14728222.2022.2077188 PMID:35574694	综述	本文综述了三阴性乳腺癌(TNBC)治疗中的新兴靶点，重点讨论了癌细胞膜分子、细胞内信号通路及肿瘤微环境(TME)的潜在治疗价值	总结了TNBC治疗靶点的最新研究进展，并提出了针对TNBC分子异质性和TME的联合治疗策略	靶点识别和验证面临遗传、分子和免疫学方法的应用挑战，以及临床前研究向临床实践的转化困难	开发针对TNBC的新型有效靶向治疗	三阴性乳腺癌(TNBC)	肿瘤学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、耐热II组内含子逆转录酶测序、人源化小鼠模型	NA	NA	NA
3677	2025-04-07	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-Apr-05, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	研究论文	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇并构建了风险预后模型	开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者预后较差的原因，并发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索乳酸代谢相关基因与DLBCL预后及免疫微环境相互作用的关系	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	数字病理学	淋巴瘤	Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	风险预后模型	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的患者数据
3678	2025-04-07	Injury and obesity differentially and synergistically induce dysregulation of synovial immune cells in osteoarthritis 2025-Apr-04, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.03.001 PMID:40188009	研究论文	研究探讨了损伤和肥胖如何差异性和协同性地影响骨关节炎中滑膜免疫细胞的失调	首次揭示了损伤和肥胖在骨关节炎中独立和协同地改变滑膜免疫细胞景观的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索损伤和肥胖对骨关节炎滑膜免疫细胞的影响	小鼠膝关节囊中的免疫细胞	免疫学	骨关节炎	单细胞转录组学、免疫分析、转基因小鼠模型、遗传命运图谱方法	转基因小鼠模型	转录组数据、免疫细胞表型数据	未明确说明小鼠数量，但涉及正常体重和肥胖小鼠的比较
3679	2025-04-07	Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures 2025-Apr-01, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.011 PMID:40185093	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了色氨酸代谢在肝细胞癌中限制肿瘤内三级淋巴结构成熟的作用	首次发现恶性细胞塑造的色氨酸富集代谢微环境导致三级淋巴结构成熟偏离，并证明抑制色氨酸代谢可促进肿瘤内三级淋巴结构成熟并与抗PD-1治疗产生协同效应	研究仅聚焦于肝细胞癌，其他癌症类型中三级淋巴结构成熟的调控机制尚不明确	探究驱动三级淋巴结构成熟的关键因素及其在肿瘤免疫治疗中的作用	肝细胞癌中的三级淋巴结构及其微环境	空间转录组学	肝细胞癌	近单细胞空间转录组测序	NA	空间转录组数据	NA
3680	2025-04-07	Gene expression patterns of the developing human face at single cell resolution reveal cell type contributions to normal facial variation and disease risk 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.18.633396 PMID:39868299	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了人类颅面发育的综合图谱，揭示了不同细胞类型在正常面部变异和疾病风险中的作用	首次在单细胞分辨率下解析人类颅面发育的基因表达模式，识别了关键细胞类型及其亚型，并揭示了人类特有的基因表达差异	研究仅涵盖了4-8孕周的胚胎样本，未能覆盖整个颅面发育过程	探索人类颅面发育的细胞和遗传机制，及其与面部形态变异和颅面疾病的关系	24个人类胚胎的颅面组织样本	发育生物学	颅面畸形	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据	24个胚胎样本，覆盖6个关键时间点(4-8孕周)