单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3661 - 3680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3661 | 2025-10-06 |
scRegulate: Single-Cell Regulatory-Embedded Variational Inference of Transcription Factor Activity from Gene Expression
2025-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.17.649372
PMID:40654959
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研究论文 | 开发了一种名为scRegulate的生成式深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据推断转录因子活性 | 通过结合变分推断和基因调控网络先验知识，能够捕获新颖、动态和上下文特异性的调控相互作用 | NA | 从单细胞RNA测序数据准确推断转录因子活性和基因调控网络 | 转录因子活性和基因调控网络 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序，深度学习，变分推断 | 生成式深度学习框架，变分推断模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共实验数据集和合成数据集，包括PBMC单细胞RNA测序数据和Perturb-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3662 | 2025-10-06 |
CXCL12+ fibroblastic reticular cells in lymph nodes facilitate immune tolerance by regulating T cell-mediated alloimmunity
2025-May-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182709
PMID:40309773
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现淋巴结中CXCL12高表达的成纤维网状细胞通过调节T细胞介导的同种免疫反应促进移植耐受 | 首次鉴定出淋巴结中特定的CXCL12hi FRCs亚群，并证明其在调节移植免疫耐受中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步深入 | 探究特定FRC亚群在控制同种免疫反应中的作用机制 | 小鼠和人类淋巴结中的成纤维网状细胞及T细胞 | 免疫学 | 移植免疫 | 单细胞RNA测序, 遗传缺失技术, 纳米递送技术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 心脏移植小鼠的初始和引流淋巴结, 人类淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3663 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals targeted modulation of inflammatory repertoire by SOCE blockers
2025-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.28.651042
PMID:40654653
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示SOCE阻断剂对免疫细胞炎症反应的靶向调控作用 | 首次在单细胞水平系统揭示SOCE阻断剂对不同免疫细胞亚群的差异化调控机制 | 研究仅使用体外刺激的正常人PBMCs，未涉及疾病模型或体内验证 | 探究SOCE阻断剂对免疫细胞功能的特异性调控机制 | 正常人外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞组学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 正常人PBMCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 多重单细胞RNA测序 |
| 3664 | 2025-10-06 |
The dynamic immune behavior of primary and metastatic ovarian carcinoma
2025-Apr-25, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00818-8
PMID:40281242
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术揭示了高级别浆液性卵巢癌原发灶和转移灶的免疫微环境动态特征 | 首次结合单细胞测序和空间转录组学技术系统比较卵巢癌原发灶与转移灶的免疫微环境差异，并发现上皮细胞与免疫细胞间的交叉通讯在免疫抑制中的关键作用 | 样本来源仅限于卵巢癌患者，未涉及其他癌症类型；研究结果需要更大样本量验证 | 探究高级别浆液性卵巢癌免疫抑制的分子机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者的原发肿瘤和网膜转移肿瘤 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 未明确指定样本数量，但包含原发肿瘤和转移肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3665 | 2025-10-06 |
Dissection of tumoral niches using spatial transcriptomics and deep learning
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112214
PMID:40230519
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研究论文 | 本研究开发了TG-ME计算框架，通过整合空间转录组学数据和形态学图像来解析肿瘤微环境中的生态位 | 提出结合Transformer和图变分自编码器(GraphVAE)的创新计算框架，能够同时利用空间转录组数据和形态学图像进行肿瘤生态位分析 | NA | 开发计算工具解析肿瘤微环境的空间组织结构 | 肿瘤生态位和肿瘤微环境 | 空间转录组学，深度学习 | 非小细胞肺癌 | 空间转录组学，深度学习 | Transformer，GraphVAE | 空间转录组数据，形态学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3666 | 2025-10-06 |
Progesterone signaling in oviductal epithelial cells modulates the immune response to support preimplantation embryonic development
2025-Apr-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt6113
PMID:40249812
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研究论文 | 本研究探讨孕酮信号通过调控输卵管上皮细胞免疫反应支持胚胎着床前发育的机制 | 首次揭示输卵管上皮细胞中孕酮受体通过抑制IL-22等促炎基因表达来保障胚胎正常发育的新机制 | 研究仅使用小鼠模型，人类临床适用性需进一步验证 | 阐明孕酮信号在胚胎着床前发育过程中的免疫调节作用 | 条件性敲除孕酮受体的小鼠模型及其胚胎 | 生殖生物学 | 妊娠丢失 | 单细胞RNA测序，药理学抑制，共培养实验 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，胚胎发育表型数据 | 未明确样本数量的小鼠模型和胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3667 | 2025-10-06 |
Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2025-Apr-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204346
PMID:40177910
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研究论文 | 本研究通过多尺度成像和单细胞转录组学揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制 | 发现了鸡特有的表达KRT14的肺泡细胞类型（命名为腔细胞），并揭示了肺分支融合形成副支气管和径向肺泡生成的新机制 | 研究主要集中于鸡肺发育过程，与哺乳动物肺的比较分析相对有限 | 阐明鸟类肺中单向气流的发育适应机制及其与哺乳动物双向气流的差异 | 鸡肺发育过程中的关键阶段 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多尺度3D成像 | NA | 基因表达数据, 成像数据 | 鸡肺发育关键阶段的多个样本 | 华大基因 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | Stereo-seq | Stereo-seq空间转录组技术 |
| 3668 | 2025-10-06 |
ATM-dependent DNA damage response constrains cell growth and drives clonal hematopoiesis in telomere biology disorders
2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI181659
PMID:40179146
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了端粒功能障碍通过激活ATM依赖性DNA损伤反应通路导致细胞衰老和凋亡，从而驱动克隆造血的机制 | 首次系统性地在端粒生物学疾病患者中发现ATM依赖性DNA损伤反应的过度激活是疾病发病的关键机制，并提出ATM抑制可能成为潜在治疗策略 | 研究样本量相对有限（166例患者），且主要基于观察性数据，需要进一步的功能验证和临床试验 | 探究端粒生物学疾病中造血系统异常和克隆造血的分子机制 | 166例儿童和成人端粒生物学疾病患者的造血细胞 | 分子生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞测序, ATM激活检测, 端粒功能障碍诱导灶分析, 细胞生长实验 | NA | 基因组数据, 单细胞测序数据, 细胞功能数据 | 166例端粒生物学疾病患者（儿童和成人） | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3669 | 2025-10-06 |
The essential role of connective-tissue cells during axolotl limb regeneration
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.30.645595
PMID:40236065
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中构成高达75%的芽基细胞并证明其必要性 | 首次通过空间转录组学量化结缔组织细胞在再生芽基中的比例，并利用基因消融实验证实其功能必要性 | 未详细探讨其他类型细胞在再生过程中的具体作用机制 | 阐明结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中的细胞组成和功能必要性 | 墨西哥钝口螈（Ambystoma mexicanum）的肢体再生过程 | 发育生物学 | 组织再生 | 空间转录组学、基因消融 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 选择性探针阵列 |
| 3670 | 2025-10-06 |
Whole-Genome Sequencing Reveals Individual and Cohort Level Insights into Chromosome 9p Syndromes
2025-Mar-30, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.28.25324850
PMID:40196253
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序对100名9p相关综合征患者进行分析，揭示了染色体9p缺失和重复综合征的基因组结构特征 | 首次大规模应用全基因组测序研究9p相关综合征，识别了两个新的晚复制区域，并开发了基于机器学习的9p缺失综合征预测模型 | 样本量相对有限（100名个体），需要进一步扩大研究规模 | 深入理解染色体9p缺失和重复综合征的基因组结构和发病机制 | 100名来自9p相关综合征家庭的个体，包括85名无关先证者 | 基因组学 | 染色体异常综合征 | 全基因组测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 基因组测序数据, 基因表达数据 | 100名个体（85名无关先证者） | NA | 全基因组测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3671 | 2025-10-06 |
A Single-Cell Transcriptome Atlas of Epithelial Subpopulations in HPV-Positive and HPV-Negative Head and Neck Cancers
2025-03-24, Viruses
DOI:10.3390/v17040461
PMID:40284904
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研究论文 | 通过分析HPV阳性和阴性头颈癌的单细胞转录组数据，识别上皮肿瘤细胞亚群及其特征 | 首次系统比较HPV阳性和阴性头颈癌中上皮细胞亚群的转录组特征，重点关注共享或富集的亚群 | 基于已发表的单细胞RNA测序数据进行分析，未进行新的实验验证 | 优化头颈癌治疗方案，识别新的生物标志物和治疗靶点 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的上皮细胞亚群 | 单细胞转录组学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3672 | 2025-10-06 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞测序数据解复用和环境RNA分析的计算工具包CellBouncer | 提出能够分离和量化多物种、多个体细胞混合物，识别未知线粒体单倍型，分配脂质偶联条形码或CRISPR sgRNAs处理，并推断池组成的统一工具包 | NA | 开发用于分析混合单细胞测序数据的计算方法 | 多物种和多个体细胞混合物，四倍体复合细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 计算工具包 | 单细胞测序数据 | 10个细胞融合系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 液滴单细胞测序 |
| 3673 | 2025-10-06 |
Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636
PMID:39946238
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研究论文 | 提出一种从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱的计算协议 | 开发了scResolve协议，能够在集群计算环境中通过并行计算加速数据处理，从多细胞分辨率数据中恢复单细胞级表达谱 | NA | 解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组技术 |
| 3674 | 2025-10-06 |
Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643943
PMID:40166305
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研究论文 | 通过空间转录组学分析发现IPMN中存在具有恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群 | 首次在组织学低级别IPMN中识别出表达恶性转录特征的KRT17阳性上皮细胞亚群 | 需要进一步研究验证该细胞亚群与癌症进展的直接因果关系 | 研究IPMN进展过程中的转录变化，识别高风险病变特征 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,图像数据 | 包含IPMN疾病全谱系的多个患者样本 | Nanostring | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | Nanostring GeoMx | GeoMx空间转录组平台 |
| 3675 | 2025-10-06 |
Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets
2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.038465
PMID:40094187
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据探索人类脂肪组织中保守的周细胞亚群及其成脂分化潜力 | 首次在人类多种脂肪组织中鉴定出表达PPARG的周细胞亚群，并发现其具有独特的组织特异性基因表达特征 | 人类与小鼠脂肪细胞群体的差异可能限制动物模型研究的直接应用 | 分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群体并测试人类周细胞的成脂潜力 | 人类脂肪组织中的周细胞和脂肪祖细胞，包括血管周围、棕色和白色脂肪组织 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光染色，体外分化实验 | NA | 单细胞RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3676 | 2025-10-06 |
Exploring and mitigating shortcomings in single-cell differential expression analysis with a new statistical paradigm
2025-Mar-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03525-6
PMID:40098192
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研究论文 | 提出GLIMES统计框架以解决单细胞差异表达分析中的关键挑战 | 开发了基于广义泊松/二项混合效应模型的新统计范式，直接利用UMI计数和零比例而非相对丰度 | 方法验证主要基于模拟数据和三个案例研究，需要更广泛的实验验证 | 改进单细胞转录组学中的差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义泊松/二项混合效应模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3677 | 2025-10-06 |
Androgen Signaling in Type 2 Innate Lymphoid Cells Drives Sex Differences in Helicobacter -Induced Gastric Inflammation and Atrophy
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643321
PMID:40166158
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研究论文 | 本研究揭示雄激素通过调控2型先天淋巴细胞活性抑制幽门螺杆菌诱导的胃部炎症的机制 | 首次发现雄激素通过调控ILC2细胞活性介导幽门螺杆菌感染中性别差异的免疫机制 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究雄激素如何影响幽门螺杆菌感染的胃部炎症反应及性别差异 | C57BL/6小鼠的胃部免疫细胞 | 免疫学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，基因敲除模型 | 动物模型 | 基因表达数据，病理学数据 | 未明确样本数量的小鼠实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3678 | 2025-10-06 |
Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.641843
PMID:40093090
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研究论文 | 本研究验证了血流紊乱与高胆固醇血症共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫细胞的机制 | 首次通过遗传谱系示踪模型验证了血流紊乱诱导的内皮细胞重编程（FIRE）假说，发现了内皮细胞向免疫样细胞转变（EndIT）和内皮细胞来源的泡沫细胞（EndFT）等新现象 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过重新分析公开数据集获得，需要进一步的人类样本验证 | 探究血流紊乱和高胆固醇血症在动脉粥样硬化发生中的协同作用机制 | 小鼠颈动脉内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学染色，谱系示踪 | NA | 单细胞转录组数据，组织染色图像 | 95只小鼠的98,553个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3679 | 2025-10-06 |
The XCL1-XCR1 axis supports intestinal tissue residency and antitumor immunity
2025-Mar-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20240776
PMID:39841133
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研究论文 | 本研究揭示了XCL1-XCR1轴在肠道组织驻留记忆T细胞形成和抗肿瘤免疫中的关键作用 | 首次证明XCL1-XCR1轴通过非细胞自主方式指导肠道CD8+ TRM空间分化和肿瘤控制 | NA | 探索组织驻留记忆T细胞分化调控机制及其在抗肿瘤免疫中的作用 | 小鼠模型和人类肿瘤浸润淋巴细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3680 | 2025-10-06 |
Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation
2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009
PMID:39837466
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点关注数据处理和分析方法 | 通过保留细胞空间定位信息，为传统转录组学方法无法获取的组织结构和细胞相互作用提供关键见解 | NA | 总结空间转录组学领域的最新进展及其在过敏和炎症研究中的应用 | 过敏和炎症疾病，包括特应性皮炎和慢性阻塞性肺疾病 | 空间转录组学 | 过敏性疾病,炎症性疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞分辨率平台 | NA | NA |