单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3661	2025-02-12	APMAT analysis reveals the association between CD8 T cell receptors, cognate antigen, and T cell phenotype and persistence 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631993 PMID:39829843	研究论文	本文介绍了一种名为APMAT的实验-计算框架，用于高通量捕获和分析CD8 T细胞，结合抗原、TCR序列和单细胞转录组数据，揭示了CD8 T细胞受体、抗原和T细胞表型及持久性之间的关联	APMAT框架首次实现了抗原-TCR配对与多组学分析的整合，提供了关于CD8 T细胞表型决定因素的新见解	研究主要基于HLA A*02:01型COVID-19患者的数据，可能限制了结果的普适性	探索CD8 T细胞受体、抗原和T细胞表型及持久性之间的关系	CD8 T细胞	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	62名HLA A*02:01型COVID-19参与者
3662	2025-02-12	TDO2 + cancer-associated fibroblasts mediate cutaneous squamous cell carcinoma immune escape via impeding infiltration of CD8 + T cells 2025-Jan-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03921-0 PMID:39751882	研究论文	本研究探讨了TDO2在皮肤鳞状细胞癌（cSCC）相关成纤维细胞中的表达及其在免疫逃逸中的作用	首次报道了TDO2在cSCC相关成纤维细胞中的高表达及其通过抑制CD8+T细胞浸润介导免疫逃逸的机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索cSCC的发病机制及TDO2在其中的作用	皮肤鳞状细胞癌（cSCC）及其相关成纤维细胞	癌症研究	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括小鼠模型
3663	2025-02-12	Identification of EGR1 as a Key Diagnostic Biomarker in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease (MASLD) Through Machine Learning and Immune Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S499396 PMID:39925925	研究论文	本研究通过机器学习和免疫分析，识别出EGR1作为代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的关键诊断生物标志物	首次结合机器学习方法和免疫分析技术，识别出EGR1作为MASLD的关键基因，并验证其在疾病发病机制中的重要作用	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	识别MASLD的有效诊断生物标志物，以帮助理解其发病机制	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）	机器学习	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	微阵列数据分析、单细胞RNA测序	LASSO、SVM、随机森林（RF）	基因表达数据	六个GEO数据集，包括训练集和验证集
3664	2025-02-12	Accurate identification of single-cell types via correntropy-based Sparse PCA combining hypergraph and fusion similarity 2025, Journal of applied statistics IF:1.2Q2 DOI:10.1080/02664763.2024.2369955 PMID:39926175	研究论文	本文提出了一种新的单细胞类型识别方法CHLSPCA，通过结合correntropy和PCA处理scRNA-seq数据中的噪声和异常值，并利用超图提取数据的局部结构信息，以提高聚类效果	创新性地将correntropy与PCA结合处理噪声和异常值，并引入超图提取局部结构信息，同时使用高斯核函数和欧几里得度量挖掘细胞间的相似性信息，并引入稀疏约束以获得稀疏主成分	未提及具体的数据集规模或实验限制	提高单细胞RNA测序数据的聚类效果，促进对细胞异质性的理解	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CHLSPCA（结合correntropy的稀疏PCA）	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
3665	2025-02-12	Crosstalk of SPINK4 Expression With Patient Mortality, Immunotherapy and Metastasis in Pan-Cancer Based on Integrated Multi-Omics Analyses 2025, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3 DOI:10.2147/OTT.S487126 PMID:39926372	研究论文	本文通过整合多组学分析，探讨了SPINK4表达与患者死亡率、免疫治疗和转移在泛癌中的相互作用	揭示了SPINK4在泛癌过程中的关键作用，特别是在肿瘤微环境、干细胞评分和化疗敏感性中的关联	研究主要基于TCGA数据集，可能缺乏对其他独立数据集的验证	探讨SPINK4在不同癌症类型中的具体功能和影响	泛癌患者和结肠腺癌细胞	生物信息学	癌症	多组学分析、单细胞测序、伤口愈合实验、Transwell实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据集中的泛癌患者样本和结肠腺癌细胞系（HCT116和RKO）
3666	2025-02-12	Progress in Assessing Retinal Microglia Using Single-Cell RNA Sequencing 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-76550-6_24 PMID:39930187	研究论文	本文比较了两种视网膜细胞制备方法和三种数据库整合算法，以研究健康视网膜中的小胶质细胞	比较了不同的视网膜细胞制备方法和数据库整合算法，发现Pap/Whole解离方法产生较少的活化小胶质细胞，且Harmony整合方法在小胶质细胞亚群分离上表现最佳	研究仅限于健康视网膜，未涉及视网膜退化过程中的小胶质细胞变化	评估视网膜小胶质细胞的单细胞RNA测序方法，以优化细胞制备和数据分析	健康视网膜中的小胶质细胞	数字病理学	视网膜退化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3667	2025-02-12	Proximity sequencing for the detection of mRNA, extracellular proteins and extracellular protein complexes in single cells 2024-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01030-x PMID:39147984	研究论文	本文介绍了一种名为邻近测序的逐步操作流程，用于在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和数百种位于细胞外膜的蛋白质复合物	提出了一种新的邻近测序方法，能够在单细胞水平上同时测量多种蛋白质复合物，结合转录状态和细胞功能的测量	需要具备基础分子生物学和单细胞测序的专业知识，且整个流程需要大约16小时，分散在几天内完成	开发一种能够在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和蛋白质复合物的方法，以研究转录状态与细胞功能之间的相互作用	单细胞中的mRNA、细胞外蛋白质和细胞外蛋白质复合物	单细胞测序	NA	邻近测序	NA	mRNA、蛋白质、蛋白质复合物	单细胞
3668	2025-02-12	Leveraging Single-Cell RNA-Seq to Generate Robust Microglia Aging Clocks 2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.05.616811 PMID:39554035	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据开发并比较了生成微胶质细胞衰老时钟的计算方法	通过单细胞RNA测序数据开发微胶质细胞衰老时钟，提供了单细胞水平的衰老过程洞察	研究主要依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和多样性	开发并比较计算方法来建立稳健的微胶质细胞衰老时钟	微胶质细胞	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督、基于频率的特征化方法	RNA测序数据	NA
3669	2025-02-12	Influence of Vitamin D Receptor Signalling and Vitamin D on Colonic Epithelial Cell Fate Decisions in Ulcerative Colitis 2024-Oct-15, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae074 PMID:38747639	研究论文	本文研究了维生素D受体信号和维生素D对溃疡性结肠炎中结肠上皮细胞命运决定的影响	揭示了维生素D-VDR信号轴在支持结肠上皮细胞分化中的重要作用，并提出了其作为治疗溃疡性结肠炎的新靶点	研究主要基于体外实验和患者样本，未进行大规模临床试验验证	探讨维生素D和维生素D受体信号在溃疡性结肠炎中的作用机制	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本	NA	溃疡性结肠炎	免疫组织化学、RNA表达阵列、单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因敲除	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本
3670	2024-08-08	Correction to: Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data 2024-Sep-27, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad022 PMID:37226813	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3671	2025-02-12	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2024-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.04.611293 PMID:39282389	研究论文	本文介绍了一种名为CLEANSER的混合模型，用于在单细胞CRISPR筛选实验中识别和过滤环境gRNA噪声	开发了CLEANSER模型，利用gRNA和细胞特定的归一化参数，有效过滤环境gRNA噪声，提高gRNA-细胞分配的准确性	未明确提及具体局限性	提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA-细胞分配的准确性，减少假阳性结果	单细胞CRISPR筛选实验中的环境gRNA噪声	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合模型（CLEANSER）	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3672	2025-02-12	Single-cell and spatial transcriptomics of vulvar lichen sclerosus reveal multi-compartmental alterations in gene expression and signaling cross-talk 2024-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.14.607986 PMID:39211101	研究论文	本文利用单细胞和空间转录组学技术，分析了外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤，揭示了VLS的分子发病机制	首次使用单细胞和空间转录组学技术全面分析VLS的分子异质性，并揭示了不同细胞类型中的分子变化和信号通路激活	研究样本量有限，且未进行长期随访以验证潜在生物标志物和治疗靶点的临床效果	揭示外阴硬化性苔藓（VLS）的分子发病机制，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组学, 空间转录组学	单层和器官型培养模型	基因表达数据	VLS患者和健康对照的外阴皮肤样本
3673	2025-02-12	Defining the Regulatory Logic of Breast Cancer Using Single-Cell Epigenetic and Transcriptome Profiling 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598858 PMID:38948758	研究论文	本文通过单细胞表观遗传和转录组分析，定义了乳腺癌的调控逻辑	引入了一种新的方法，使用线性混合效应模型系统量化恶性细胞与正常乳腺上皮细胞中染色质可及性区域与基因表达之间的关联	NA	提高对肿瘤生物学的理解，特别是乳腺癌的调控机制	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织	生物信息学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞表观遗传和转录组数据	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织样本
3674	2025-02-12	Gene regulatory landscape of cerebral cortex folding 2024-Jun-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn1640 PMID:38838158	研究论文	本文研究了大脑皮层折叠的基因调控景观，揭示了其在哺乳动物大脑发育和进化中的关键作用	首次描述了大脑皮层折叠的转录组原图在早期胚胎阶段的出现及其涉及的细胞命运信号通路，并揭示了H3K27ac表观遗传景观在发育细胞命运限制中的作用	研究主要基于雪貂模型，可能不完全适用于人类大脑发育	探索大脑皮层折叠的基因调控机制及其在神经系统疾病中的作用	雪貂大脑皮层的基因表达和表观遗传景观	表观遗传学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3675	2025-02-12	Age-related loss of Notch3 underlies brain vascular contractility deficiencies, glymphatic dysfunction, and neurodegeneration in mice 2024-Jan-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI166134 PMID:38015629	研究论文	本文探讨了年龄相关的Notch3信号丢失如何导致小鼠脑血管收缩功能缺陷、淋巴功能障碍和神经退行性变	揭示了Notch3信号在脑血管老化中的关键作用，并发现其缺失导致血管反应性下降和神经退行性变	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	研究年龄相关Notch3信号丢失对脑血管功能和神经退行性变的影响	小鼠和人类脑血管	神经科学	血管性痴呆	单细胞转录组学、MRI	Notch3-null小鼠模型	基因表达数据、影像数据	小鼠和人类脑血管样本
3676	2025-02-12	Deciphering the role of metal ion transport-related genes in T2D pathogenesis and immune cell infiltration via scRNA-seq and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1479166 PMID:39926598	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习探索2型糖尿病（T2D）的发病机制，特别是免疫细胞浸润的作用	结合scRNA-seq和12种机器学习算法，识别与金属离子转运相关的关键基因，并通过蛋白质-蛋白质相互作用网络和细胞间通讯分析揭示T2D的潜在治疗靶点	研究主要基于T2D和ND患者的胰岛细胞数据，可能无法完全反映其他组织或细胞类型在T2D中的作用	探索T2D的分子机制，特别是免疫细胞浸润和金属离子转运相关基因的作用	T2D和非糖尿病（ND）患者的胰岛细胞	机器学习	2型糖尿病	scRNA-seq, ssGSEA, 机器学习, AlphaFold 3	Stepglm[backward] plus GBM	RNA测序数据	T2D和ND患者的胰岛细胞数据
3677	2025-02-12	Single-cell sequencing uncovers the mechanistic role of DAPK1 in glioma and its diagnostic and prognostic implications 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1463747 PMID:39926603	研究论文	本文通过单细胞测序技术探索了DAPK1在胶质瘤中的机制作用及其诊断和预后意义	利用单细胞RNA测序数据识别与生存相关的基因簇，并开发基于DAPK1的预后模型	DAPK1在胶质瘤中的具体机制尚未完全阐明	开发基于DAPK1的预后标志物以预测胶质瘤患者的预后	胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO和逐步回归算法	RNA-seq和微阵列数据	来自TCGA和GEO的胶质瘤患者数据
3678	2025-02-12	Cellular underpinnings of the selective vulnerability to tauopathic insults in Alzheimer's disease 2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.548027 PMID:38076913	研究论文	本文探讨了阿尔茨海默病（AD）中tau病理选择性脆弱性的细胞基础，通过单细胞RNA测序（scRNAseq）数据和转基因小鼠模型，揭示了不同细胞类型对tau病理的脆弱性和抗性	首次在全脑水平上探索了细胞类型对tau病理选择性脆弱性的影响，并发现细胞类型分布比区域基因表达更能预测tau病理	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类AD的复杂性	揭示阿尔茨海默病中tau病理选择性脆弱性的细胞基础	小鼠脑中的神经元和非神经元细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	转基因小鼠模型	基因表达数据	12种不同的PS19小鼠模型
3679	2025-02-11	Mesenchymal retinoic acid signaling is required for normal diaphragm development in mice 2025-Feb-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402182R PMID:39921473	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析发育中的膈肌，并生成条件性视黄酸受体显性负性敲入以抑制发育中膈肌间充质中的视黄酸信号传导，揭示了视黄酸信号在膈肌间充质中的正常发育是必需的	首次通过单细胞RNA测序分析发育中的膈肌，并生成条件性视黄酸受体显性负性敲入模型，直接证明视黄酸信号在膈肌间充质中的重要性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	更好地理解膈肌发育和先天性膈疝（CDH）的病因	小鼠发育中的膈肌	发育生物学	先天性膈疝	单细胞RNA测序	条件性视黄酸受体显性负性敲入模型	RNA测序数据	小鼠胚胎
3680	2025-02-11	Exploring Origin-Dependent Susceptibility of Smooth Muscle Cells to Aortic Diseases Through Intersectional Genetics 2025-Feb-10, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070782 PMID:39925267	研究论文	本文通过开发一种先进的双重组酶介导的交集遗传系统，研究不同发育起源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性	开发了一种新的双重组酶介导的交集遗传系统，能够精确靶向不同发育起源的平滑肌细胞，并结合单细胞RNA测序技术研究TGF-β信号在不同主动脉段的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索不同发育起源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性，并研究其机制	小鼠的平滑肌细胞	遗传学	主动脉疾病	双重组酶介导的交集遗传系统，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型