单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3641	2025-03-19	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641843 PMID:40093090	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症条件下内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重编程	首次验证了d-flow和高胆固醇血症共同作用下内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重编程，并提供了单细胞RNA测序和免疫组化染色证据	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究动脉粥样硬化形成过程中内皮细胞的重编程机制	小鼠的颈动脉内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组化染色	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	95只小鼠，98,553个单细胞
3642	2025-03-19	Dynamic responses to rejection in the transplanted human heart revealed through spatial transcriptomics 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640852 PMID:40093136	研究论文	本研究利用基于图像的空间转录组学在亚细胞分辨率下对纵向人类心脏活检样本进行分析，以表征62名成人和儿童心脏移植受者在组织学诊断的排斥反应期间和之后的转录异质性	首次在亚细胞分辨率下应用空间转录组学技术，揭示了心脏移植排斥反应期间的转录异质性，并识别了与长期预后相关的基因	研究样本量相对较小（62名受者），且主要依赖于组织学诊断的排斥反应，可能存在诊断变异性的问题	研究心脏移植后排斥反应的分子表型，以分层治疗反应并改善移植后的短期和长期结果	62名成人和儿童心脏移植受者	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	图像	62名心脏移植受者
3643	2025-03-19	Altered Arginine Metabolism Affects Proliferation and Radiosensitivity of Keloids 2025-Mar, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70077 PMID:40095415	研究论文	本文通过代谢组学、转录组学和单细胞RNA测序数据，研究了瘢痕疙瘩中精氨酸和脯氨酸代谢的改变及其对细胞增殖和放射敏感性的影响	首次通过多组学整合分析揭示了瘢痕疙瘩中精氨酸和脯氨酸代谢的上调，并发现精氨酸剥夺疗法（ADT）可以抑制瘢痕疙瘩来源的成纤维细胞增殖并增强其放射敏感性	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨瘢痕疙瘩中细胞代谢与生物学行为之间的关系，以发现新的治疗策略	瘢痕疙瘩及其邻近皮肤组织	代谢组学	瘢痕疙瘩	代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩及邻近皮肤组织样本
3644	2025-03-19	Novel therapeutic strategy: Nrf2 activation in targeting senescence-related changes in chronic obstructive pulmonary disease 2025-Feb-28, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-24-710 PMID:40083491	研究论文	本研究探讨了核因子红细胞2相关因子2（Nrf2）激活在靶向衰老相关变化以缓解慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的治疗潜力	首次提出Nrf2激活作为靶向衰老相关分泌表型（SASP）以缓解COPD进展的治疗策略	研究主要基于体外细胞模型和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨Nrf2激活在缓解COPD进展中的治疗潜力	COPD患者的衰老纤毛上皮细胞及COPD小鼠模型	NA	慢性阻塞性肺疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	COPD患者样本及COPD小鼠模型
3645	2025-03-19	Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.20.639313 PMID:40060435	研究论文	本研究通过全脑转录组分析，揭示了怀孕和产后经历对母体大脑神经可塑性的长期影响，特别是背侧海马体在转录重塑中的关键作用	首次将多巴胺确定为怀孕诱导的神经适应的核心调节因子，揭示了女性生殖经历通过转录机制重塑母体大脑以维持长期行为适应的基本机制	研究主要关注背侧海马体，可能忽略了其他脑区在怀孕和产后神经适应中的作用	探讨怀孕和产后经历对母体大脑神经可塑性的分子机制	母体大脑，特别是背侧海马体	神经科学	NA	单细胞RNA测序，化学遗传学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及母体小鼠及其幼崽
3646	2025-03-19	A cell atlas of the human fallopian tube throughout the menstrual cycle and menopause 2025-Jan-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55440-2 PMID:39753552	研究论文	本文通过单细胞RNA和ATAC测序技术，构建了人类输卵管在月经周期和更年期期间的全面细胞图谱	首次在单细胞水平上揭示了输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化，包括细胞类型频率、基因表达、转录因子活性和细胞间通讯的显著变化	研究主要关注健康人类输卵管，未涉及疾病状态下的输卵管变化	研究人类输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化	健康人类输卵管细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序	NA	单细胞RNA和ATAC测序数据	85,107个更年期前和46,111个更年期后输卵管细胞
3647	2025-03-19	Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues 2025, BME frontiers IF:5.0Q1 DOI:10.34133/bmef.0110 PMID:40084126	研究论文	本文开发了一种基于图的三维空间基因邻域网络嵌入方法（3D-spaGNN-E），用于发现亚细胞基因邻近关系并识别细胞间通讯中的关键亚细胞模式	结合3D成像空间转录组学和基于图的深度学习，首次在三维空间中解析亚细胞基因邻近关系，并通过可解释性分析识别亚细胞通讯模式	三维数据的复杂性增加了分析难度，且需要新的分析方法来处理这些数据	研究细胞间通讯中的亚细胞基因邻近关系及其模式	间充质干细胞（MSCs）、外周血单核细胞（PBMCs）、小鼠下丘脑和皮质的星形胶质细胞与神经元	数字病理学	NA	3D成像空间转录组学、MERFISH	图自编码器	3D空间转录组数据	间充质干细胞、外周血单核细胞、小鼠下丘脑和皮质组织
3648	2025-03-19	Multi-Omics Profiling Identifies a High-Risk Subgroup of Breast Cancer Stem Cells for Prognostic Stratification and Personalized Treatment 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.109589 PMID:40092692	研究论文	本研究通过多组学分析识别出乳腺癌干细胞中的一个高风险亚群，用于预后分层和个性化治疗	利用单细胞RNA测序数据集将乳腺癌干细胞分为两个亚群，并研究了它们的伪时间发育动态，揭示了BCSCs-2亚群的预后和治疗重要性	研究主要基于单细胞RNA测序和TCGA-BRCA的转录组数据，可能缺乏其他类型的数据验证	研究乳腺癌干细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的动态作用，以提供预后和治疗的生物标志物	乳腺癌干细胞（BCSCs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	459个乳腺癌干细胞
3649	2025-03-19	Multi-omics analysis reveals lysosome-associated molecular subtype characterization and prognostic modeling system in lung adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105351 PMID:40092704	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肺腺癌中与溶酶体相关的分子亚型特征，并构建了一个预后模型系统	首次通过多组学整合分析开发了基于溶酶体相关基因（LRGs）评分的肺腺癌预后风险分层系统，并验证了关键预后靶点SLC2A1的功能	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏大规模临床样本的验证	探索溶酶体相关基因在肺腺癌中的作用，并构建预后风险分层系统	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	多组学分析、单细胞测序、Western blotting、PCR、集落形成实验、Transwell实验	LASSO回归、单变量和多变量Cox分析	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本
3650	2025-03-19	Identification of M2 macrophage markers for predicting outcome and therapeutic response in osteosarcoma: Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.104855 PMID:40092698	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别了骨肉瘤中M2巨噬细胞的标志物，并构建了风险评分模型，以预测患者的预后和免疫治疗反应	本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别了骨肉瘤中M2巨噬细胞的标志物，并构建了风险评分模型，揭示了M2巨噬细胞在骨肉瘤发展中的作用及其与免疫治疗反应的关系	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制，且需要进一步实验验证	提高骨肉瘤患者免疫治疗的疗效，识别有效的生物标志物	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的M2巨噬细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	风险评分模型	RNA测序数据	来自GEO数据库的多个数据集
3651	2025-03-19	T cell receptor usage and epitope specificity amongst CD8+ and CD4+ SARS-CoV-2-specific T cells 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1510436 PMID:40092978	研究论文	本研究探讨了COVID-19康复者中SARS-CoV-2特异性CD8+和CD4+ T细胞的表位特异性、T细胞受体（TCR）使用情况及表型变化	揭示了SARS-CoV-2特异性T细胞的长期动态变化，包括从记忆样状态向初始样状态的转变，以及共享的TCR库，为疫苗策略优化提供了新见解	样本量较小（28人），且仅针对未接种疫苗的个体进行研究	研究SARS-CoV-2特异性T细胞的长期免疫反应及其在长期保护中的作用	COVID-19康复者的外周血单核细胞（PBMCs）	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据	28名未接种疫苗的COVID-19康复者
3652	2025-03-19	Metabolic pathway activation and immune microenvironment features in non-small cell lung cancer: insights from single-cell transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546764 PMID:40092988	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据深入探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤微环境（TME）及其代谢特征，并利用机器学习算法构建了具有强预测能力的风险特征	利用单细胞RNA测序数据揭示了NSCLC中肿瘤微环境与代谢途径的关系，并构建了具有强预测能力的风险特征模型	未来研究需要进一步探索这些代谢途径的具体机制及其在临床应用中的潜力	理解NSCLC中肿瘤微环境与代谢途径的关系，以开发新的治疗策略	非小细胞肺癌（NSCLC）的肿瘤微环境及其代谢特征	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）	机器学习算法	RNA测序数据	29,053个细胞
3653	2025-03-19	Unveiling the immunological landscape of disseminated tuberculosis: a single-cell transcriptome perspective 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1527592 PMID:40092995	研究论文	本文通过单细胞转录组和T细胞受体测序，揭示了血行播散性结核病的免疫学特征	首次通过单细胞RNA转录组和TCR测序揭示了DTB患者的免疫细胞组成和T细胞功能耗竭的特征，并发现了独特的TCR签名	样本量较小，仅包括7名DTB患者，可能限制了结果的普适性	阐明血行播散性结核病的免疫学特征及其发病机制	血行播散性结核病（DTB）患者	免疫学	结核病	单细胞RNA转录组测序，T细胞受体（TCR）测序	NA	单细胞RNA测序数据，TCR测序数据	7名DTB患者，2名潜伏性结核感染患者，3名活动性结核患者，2名健康对照
3654	2025-03-19	Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq to reveal the association and potential molecular mechanisms of metabolic reprogramming regulated by lactylation and chemotherapy resistance in ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1513806 PMID:40093000	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了乳酸化在卵巢癌化疗耐药中的关联及其潜在分子机制	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与卵巢癌化疗耐药相关的乳酸化基因ALDH1A1和S100A4，并深入探讨了这些基因在肿瘤耐药中的作用和分子机制	研究主要基于RNA测序数据，缺乏对蛋白质水平和功能实验的深入验证	阐明卵巢癌化疗耐药相关的乳酸化机制，为克服化疗耐药提供新的理论基础和治疗策略	卵巢癌组织和细胞	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	铂耐药和敏感卵巢癌患者的组织和细胞样本
3655	2025-03-19	Identification of glycolysis-related gene signatures for prognosis and therapeutic targeting in idiopathic pulmonary fibrosis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1486357 PMID:40093327	研究论文	本研究通过分析特发性肺纤维化（IPF）中的糖酵解相关基因（GRGs），识别出与预后和治疗靶向相关的基因特征	首次系统地识别了IPF中的糖酵解相关基因，并构建了预后模型，揭示了这些基因在纤维化肺微环境中的免疫调节作用	研究主要基于公共数据集，实验验证仅限于小鼠模型，未进行大规模临床验证	探索IPF中糖酵解相关基因的作用及其作为预后和治疗靶点的潜力	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	生物信息学	肺纤维化	基因表达分析、LASSO回归、SVM-RFE、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫浸润分析、GSEA、GSVA、RT-qPCR	LASSO回归模型	基因表达数据	三个IPF基因表达数据集和一个小鼠模型
3656	2025-03-19	Dehydrodiisoeugenol targets the PLK1-p53 axis to inhibit breast cancer cell cycle 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545498 PMID:40093330	研究论文	本研究探讨了中药高良姜中的脱氢二异丁香酚（DHIE）通过调控PLK1-p53信号轴抑制乳腺癌细胞周期的机制	首次筛选并验证了高良姜中的DHIE作为主要抗乳腺癌活性成分，并通过多组学分析揭示了其通过PLK1-p53信号轴抑制乳腺癌细胞周期的机制	DHIE在不同亚型乳腺癌细胞中对p53的调控机制及其与其他化疗药物联合使用的优势仍需进一步探索	探索高良姜中主要抗乳腺癌活性成分及其作用机制	乳腺癌细胞及小鼠模型	癌症研究	乳腺癌	LC-MS、WGCNA、网络药理学、分子对接、转录组测序分析、免疫浸润分析、单细胞测序、CCK-8、流式细胞术、Western blot	NA	分子数据、细胞数据、动物模型数据	NA
3657	2025-03-19	Current status and future perspectives of the diagnostic of plant bacterial pathogens 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1547974 PMID:40093602	综述	本文综述了植物细菌病原体诊断的现状和未来展望，从基于培养的策略发展到无培养检测	介绍了微拉曼光谱技术在单细胞水平上快速、无标记、非侵入性地鉴别存活但不可培养的病原体的创新应用	光谱学方法在检测先前未知的植物病原体方面仍显不足	探讨植物细菌病原体诊断技术的发展及其应用前景	植物细菌病原体	植物病理学	NA	微拉曼光谱技术、单细胞测序、合成生物学	NA	光谱数据	NA
3658	2025-03-19	From Gene to Intervention: NLRC4 and WIPI1 Regulate Septic Acute Lung Injury Through Autophagy 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S510691 PMID:40093959	研究论文	本研究探讨了NLRC4和WIPI1通过自噬调节脓毒症急性肺损伤（SALI）的分子机制	首次揭示了NLRC4和WIPI1在SALI中的关键作用，并通过自噬调节机制提供了新的治疗靶点	研究主要依赖于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索自噬在脓毒症急性肺损伤中的分子机制及其治疗潜力	脓毒症急性肺损伤（SALI）	分子生物学	脓毒症	流式细胞术、免疫荧光、qPCR、Western Blotting、siRNA	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	两个微阵列数据集（GSE33118和GSE131761）和三个单细胞测序数据集（SCP43、SCP548和SCP2156）
3659	2025-03-19	The aggrephagy-related gene TUBA1B influences clinical outcomes in glioma patients by regulating the cell cycle 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1531465 PMID:40094001	研究论文	本研究探讨了与聚集自噬相关的基因TUBA1B如何通过调控细胞周期影响胶质瘤患者的临床结果	首次将TUBA1B基因与胶质瘤的聚集自噬亚型联系起来，并验证了其作为独立预后标志物的潜力	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏多中心验证	阐明胶质瘤的潜在机制并识别新的生物标志物以改善治疗策略和预后模型	胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序、qRT-PCR、体外功能实验、小鼠异种移植模型	机器学习、多变量Cox回归	基因表达数据、临床数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的胶质瘤数据集
3660	2025-03-19	Altered Purinergic Signaling and CD8+ T Cell Dysregulation in STAT3 GOF Syndrome 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.12.626682 PMID:39713308	研究论文	本文研究了STAT3功能获得性突变（GOF）导致的CD8+ T细胞功能失调及其分子机制	揭示了STAT3 GOF通过改变嘌呤能信号通路导致CD8+ T细胞功能失调的新机制	研究主要基于STAT3 GOF患者和小鼠模型，可能不适用于其他类型的免疫失调疾病	探讨STAT3 GOF变异如何导致CD8+ T细胞功能失调及其分子机制	STAT3 GOF患者和小鼠模型中的CD8+ T细胞	免疫学	自身免疫性疾病	高维免疫分析、单细胞RNA测序、功能评估	NA	基因表达数据、功能数据	STAT3 GOF患者和小鼠模型的CD8+ T细胞