单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3641	2025-04-10	scRNA-Seq reveals age-dependent microglial evolution as a determinant of immune response following spinal cord injury 2024-12, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.111116 PMID:39515654	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了脊髓损伤后不同年龄组小胶质细胞的亚型及其功能差异	首次系统性地鉴定了脊髓损伤后年龄依赖性小胶质细胞亚型演化及其免疫功能差异	研究主要基于生物信息学分析，动物模型验证样本量有限	探究年龄因素如何通过小胶质细胞亚型影响脊髓损伤后的免疫反应	脊髓损伤后的小胶质细胞	生物信息学	脊髓损伤	scRNA-seq, 免疫荧光染色	伪时间轨迹分析, CellChat细胞通讯分析	基因表达数据	整合GEO数据库中多个数据集的小鼠模型样本
3642	2025-04-10	Single-Cell Proteomic and Transcriptomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619905 PMID:39553982	研究论文	本研究通过单细胞蛋白质组学和转录组学技术，揭示了耐药前列腺癌细胞中与形态变化相关的分子特征	采用优化的高通量DIA方法进行单细胞蛋白质组分析，平均每个细胞鉴定和定量超过1,300种蛋白质，并结合scRNA-seq数据发现了一致性改变的基因	样本量相对较小（每天60个样本），且仅针对PC3细胞系进行研究	探究耐药前列腺癌细胞的蛋白质组特征及其与形态变化的关联	耐药前列腺癌细胞（DRCs）和亲本PC3细胞	单细胞组学	前列腺癌	单细胞蛋白质组学（SCP）、数据非依赖采集（DIA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据、转录组数据	每天60个样本（具体总数未明确说明）
3643	2025-04-10	Investigating the mechanisms of inflammation and immune alterations in Parkinson's disease using spatial transcriptomics techniques 2024-10-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.111076 PMID:39306046	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探究帕金森病中炎症和免疫改变的机制	首次在MPTP诱导的帕金森病小鼠模型中应用空间转录组学技术，揭示了中脑黑质区域的病理变化与铁死亡之间的关联	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究帕金森病中炎症和免疫改变的分子机制	MPTP诱导的帕金森病小鼠模型	空间转录组学	帕金森病	空间转录组测序	MPTP诱导的小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量
3644	2025-04-10	Deciphering brain cellular and behavioral mechanisms: Insights from single-cell and spatial RNA sequencing 2024 Jul-Aug, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1865 PMID:38972934	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在脑研究中的应用及其潜在问题和挑战	深入探讨了单细胞和空间RNA测序与神经科学多个方向的整合潜力，包括神经发育、新型脑微结构识别等	未具体说明数据处理中的具体技术限制或样本量限制	理解单个细胞或细胞类型在特定脑功能中的作用	脑细胞及其在脑功能中的作用	神经科学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
3645	2025-04-10	Spatial transcriptomics unravels palmitoylation and zonation-dependent gene regulation by AEG-1 in mouse liver 2024-06, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107322 PMID:38677511	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，揭示了AEG-1蛋白棕榈酰化及其在小鼠肝脏分区依赖性基因调控中的作用	首次利用空间转录组学技术解析AEG-1棕榈酰化对肝脏分区特异性基因调控的影响	研究仅针对小鼠模型，人类肝脏中的情况尚需进一步验证	阐明棕榈酰化如何影响AEG-1介导的肝脏分区特异性基因调控	AEG-1-WT和AEG-1-C75S突变型小鼠的肝脏组织	空间转录组学	肝癌	空间转录组学(ST)	基因敲入小鼠模型	空间转录组数据	AEG-1-WT和AEG-1-C75S同窝小鼠的肝脏样本
3646	2025-04-10	Conditional deletion of miR-204 and miR-211 in murine retinal pigment epithelium results in retinal degeneration 2024-06, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107344 PMID:38705389	研究论文	本研究通过条件性删除小鼠视网膜色素上皮中的miR-204和miR-211，探讨了这些microRNA在视网膜功能维持中的作用及其缺失导致的视网膜退化	首次在成年小鼠中实现了视网膜色素上皮特异性条件性敲除miR-204和miR-211家族，揭示了这些microRNA在维持视网膜功能中的关键作用及其缺失导致的神经视网膜炎症和退化	研究仅限于小鼠模型，人类视网膜中的具体作用机制仍需进一步验证	探究miR-204和miR-211家族在视网膜色素上皮和神经视网膜功能维持中的作用机制	条件性敲除miR-204和miR-211的小鼠视网膜色素上皮和神经视网膜	分子生物学	视网膜退化性疾病	条件性基因敲除、光学相干断层扫描、单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据	两种条件性KO小鼠品系
3647	2025-04-10	Hematopoietic stem and progenitor cells confer cross-protective trained immunity in mouse models 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107596 PMID:37664586	research paper	该研究探讨了造血干细胞和祖细胞（HSPCs）在小鼠模型中通过训练免疫机制赋予交叉保护性免疫的能力	揭示了HSPCs在感染后通过异质性激活干扰素γ反应基因和稀有细胞群扩增，赋予骨髓来源巨噬细胞增强功能并实现对抗原性不同病原体的交叉保护	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究HSPCs在训练免疫中的特异性作用和细胞类型	小鼠造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其衍生的巨噬细胞	免疫学	感染性疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多种病原体挑战实验
3648	2025-04-09	Molecular characterization of benign intracranial glioependymal and arachnoid cysts suggest heterogeneous mechanisms of action 2025-Apr-08, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlaf029 PMID:40197611	研究论文	本研究对良性颅内胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿进行了分子特征分析，揭示了其不同的发病机制	首次通过单细胞测序和RNA表达谱比较，揭示了胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿具有不同的细胞特征和表达谱，并提出了不同的发病机制假说	样本量较小（仅16例患者，其中8例进行了病理分析），且仅分析了4例囊液样本	探究良性颅内囊肿的形成和生长机制	16例接受手术治疗的良性颅内囊肿患者（其中8例囊肿壁病理样本）	神经病理学	颅内囊肿	H&E染色、免疫荧光染色、单细胞测序、RNA表达谱分析	NA	组织病理样本、囊液样本、单细胞测序数据、RNA表达数据	16例患者（8例病理样本，4例囊液样本）
3649	2025-04-09	Fasting-mimicking diet-enriched Bifidobacterium pseudolongum suppresses colorectal cancer by inducing memory CD8+ T cells 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333020 PMID:39870395	研究论文	本研究探讨了模拟禁食饮食(FMD)通过调节肠道微生物群抑制结直肠癌(CRC)的机制，并发现Bifidobacterium pseudolongum及其代谢产物L-精氨酸在增强CD8+ T细胞记忆功能中的关键作用	首次揭示了B. pseudolongum通过产生L-精氨酸促进CD8+ T细胞分化为记忆细胞，从而增强FMD抗肿瘤效应的分子机制	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床研究验证	探究FMD通过调节肠道微生物群保护免受CRC的机制	结直肠癌小鼠模型和CRC患者	肿瘤免疫学	结直肠癌	粪便宏基因组测序、单细胞RNA测序、多色流式细胞术、代谢组学分析	正交小鼠CRC模型	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	小鼠模型和有限数量的CRC患者样本
3650	2025-04-09	Exploring and validating the marmoset as a primate model for chromosomal instability in early development 2025-Apr-07, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf012 PMID:40193493	research paper	本研究探索并验证了狨猴作为灵长类动物模型在研究早期发育中染色体不稳定性（CIN）的适用性	首次将狨猴确立为研究非整倍体的合适模型，并建立了具有内在染色体不稳定性的naïve-like狨猴多能干细胞系（cjPSCs）	研究结果主要基于体外实验，体内验证仍需进一步研究	探索早期发育中染色体不稳定性的分子机制	狨猴胚胎细胞和naïve-like狨猴多能干细胞系（cjPSCs）	developmental biology	early miscarriage	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	狨猴胚胎细胞和cjPSCs
3651	2025-04-09	Multi-omics analysis identifies DLX4 as a novel biomarker for diagnosis, prognosis, and immune infiltration: from pan-cancer to renal cancer 2025-Apr-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02258-z PMID:40186710	研究论文	通过多组学分析，探讨DLX4在泛癌及肾癌中的诊断、预后及免疫浸润作用	首次全面分析DLX4在泛癌中的分子机制，特别是在肾透明细胞癌中的作用，并验证其作为生物标志物的潜力	研究主要基于数据库分析，实验验证部分仅限于肾癌组织	探究DLX4在癌症中的分子机制及其作为生物标志物的潜力	泛癌及肾透明细胞癌（KIRC）	生物信息学	肾癌	多组学分析、Spatial Transcriptomics、RT-PCR、免疫组化	NA	基因表达数据、突变数据、甲基化数据、免疫浸润数据	26种癌症类型的数据及肾癌组织样本
3652	2025-04-09	Multi-omics insights into the roles of CCNB1, PLK1, and HPSE in breast cancer progression: implications for prognosis and immunotherapy 2025-Apr-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02282-z PMID:40186712	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌进展中的作用及其对预后和免疫治疗的潜在影响	首次整合转录组学、蛋白质组学、DNA甲基化分析、免疫浸润分析和单细胞RNA测序，全面解析CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌中的功能机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌进展中的分子机制及其临床意义	乳腺癌患者样本及体外培养的乳腺癌细胞	数字病理	乳腺癌	转录组学、蛋白质组学、DNA甲基化分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、siRNA敲降	NA	基因表达数据、蛋白质数据、甲基化数据、单细胞测序数据	未明确说明样本数量，涉及乳腺癌患者肿瘤样本和体外细胞系
3653	2025-04-09	Single-cell sequencing exposes mast cell-derived CD52's anti-tumor action in breast cancer through the IL-6/JAK/STAT3 axis 2025-Apr-05, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142879 PMID:40194575	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了肥大细胞来源的CD52通过IL-6/JAK/STAT3轴在乳腺癌中的抗肿瘤作用	发现肥大细胞相关基因（特别是CD52）在三阴性乳腺癌预后中的关键作用，并证实CD52通过调控IL-6/JAK/STAT3信号通路发挥抗肿瘤效应	未明确说明样本量大小及实验设计的潜在局限性	探索三阴性乳腺癌（TNBC）患者对免疫疗法反应不佳的预后因素及潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）患者及乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3654	2025-04-09	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1070 PMID:39724973	研究论文	本研究通过实验性过敏小鼠模型探讨了食管上皮IKKβ/NF-κB信号在嗜酸性食管炎(EoE)发病机制中的作用	首次在食管上皮细胞条件性敲除Ikkβ的小鼠模型中揭示IKKβ信号缺失加剧EoE发病的机制	研究仅使用小鼠模型，需进一步验证人类EoE患者的类似机制	阐明食管上皮IKKβ/NF-κB信号通路在EoE发病中的作用	条件性敲除Ikkβ的食管上皮细胞小鼠模型	病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明数量的IkkβEEC-KO小鼠
3655	2025-04-09	Aspartame increases the risk of liver cancer through CASP1 protein: A comprehensive network analysis insights 2025-Apr-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118089 PMID:40139029	research paper	本研究通过综合网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学和单细胞RNA测序分析，系统探讨了阿斯巴甜对肝脏的潜在致癌风险及其机制	首次将网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学和单细胞RNA测序技术结合，系统研究阿斯巴甜的致癌机制，并发现CASP1蛋白是其关键作用靶点	研究结果需要后续实验验证，且样本来源和数量未明确说明	评估阿斯巴甜的潜在致癌风险并探索其分子机制	阿斯巴甜及其对肝脏的毒性作用	network toxicology	liver cancer	network toxicology, mendelian randomization, molecular dynamics, single-cell RNA sequencing	NA	molecular interaction data, genetic data, single-cell transcriptomics data	NA
3656	2025-04-09	In Situ Graphene-Seq: Spatial Transcriptomics and Chronic Electrophysiological Characterization of Tissue Microenvironments 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645278 PMID:40196689	研究论文	本研究介绍了一种名为原位石墨烯测序（graphene-seq）的新型平台，该平台将慢性电生理学与基于成像的空间分辨3D转录组学无缝整合，以克服当前多模态方法的长期限制	开发了一种独特的平台，首次将慢性电生理学与空间分辨3D转录组学无缝整合，提供了对细胞微环境的全面多模态分析	NA	研究细胞功能与分子身份之间复杂的相互作用，以及组织微环境如何塑造细胞行为和分子状态	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞和内皮细胞共培养物	生物医学工程	NA	原位石墨烯测序（graphene-seq），慢性电生理学，成像为基础的空间分辨3D转录组学	NA	电生理记录，光学成像，基因表达数据	NA
3657	2025-04-09	Lignature: A Comprehensive Database of Ligand Signatures to Predict Cell-Cell Communication 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.22.644770 PMID:40196598	研究论文	本文介绍了Lignature，一个包含362种人类配体的细胞内转录组特征的综合数据库，用于预测细胞间通讯	Lignature显著扩展了具有可用细胞内反应特征的配体库，并提供了基因和通路水平的特征	NA	开发一个全面的配体特征数据库，以预测配体-受体相互作用	人类配体的转录组特征	生物信息学	NA	转录组数据分析	NA	转录组数据	362种人类配体
3658	2025-04-09	Streptococcus lutetiensis inhibits CD8+ IL17A+ TRM cells and leads to gastric cancer progression and poor prognosis 2025-Feb-09, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00810-2 PMID:39924593	research paper	研究揭示了胃微生物群中Streptococcus lutetiensis通过抑制IL17信号和减少CD8IL17A组织驻留记忆T细胞的数量，促进胃癌进展的机制	首次发现Streptococcus lutetiensis在胃癌组织中的富集及其通过Nrf2介导的氧化应激反应抑制抗肿瘤免疫的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的临床验证仍需进一步研究	探究胃微生物群对胃癌进展及免疫调控的影响	胃癌患者的肿瘤组织和小鼠模型	肿瘤免疫学	胃癌	16s rRNA测序和单细胞RNA测序	小鼠模型	基因测序数据和流式细胞术数据	胃癌患者的肿瘤组织样本和小鼠模型
3659	2025-04-09	Leveraging programmed cell death patterns to predict prognosis and therapeutic sensitivity in OSCC 2025-Feb, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15139 PMID:39315471	研究论文	该研究整合了12种程序性细胞死亡（PCD）模式，构建了一个新的生物标志物——细胞死亡指数（CDI），用于口腔鳞状细胞癌（OSCC）的预后评估和治疗预测	首次整合多种PCD模式构建CDI，并验证其在OSCC预后和治疗预测中的有效性	研究结果需要在更大规模的临床队列中进行验证	开发新的生物标志物以预测OSCC的预后和治疗敏感性	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归分析	基因表达数据	多个独立患者队列
3660	2025-04-09	Applications of Nanotechnology for Spatial Omics: Biological Structures and Functions at Nanoscale Resolution 2025-01-14, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c11505 PMID:39704725	综述	本文综述了纳米技术在空间组学中的应用，特别是在纳米尺度分辨率下研究生物结构和功能	探讨了纳米技术如何克服传统空间组学方法的局限性，提高分辨率和通量	未具体提及研究的样本量或实验验证的详细数据	综述纳米技术在空间组学中的应用及其对提高分辨率和通量的贡献	生物分子（核酸、蛋白质、脂质和代谢物）在组织或细胞中的分布	空间组学	NA	超分辨率显微镜、质谱成像、微流控芯片、DNA条形码	NA	空间图像	NA