单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3641	2025-02-12	Exploring the dynamic responses of group 3 innate lymphoid cells at different times in response to LPS challenge 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114162 PMID:39889415	研究论文	本研究探讨了第3组先天性淋巴细胞（ILC3s）在不同时间对LPS挑战的动态响应	结合微阵列数据和单细胞RNA测序数据，分析了ILC3亚群的功能，并发现了肠道ILC3s可能迁移至肺部的证据	研究主要依赖于已有数据库的数据，缺乏实验验证	阐明ILC3s在急性炎症中对LPS挑战的动态响应	第3组先天性淋巴细胞（ILC3s）	免疫学	肺炎	微阵列数据、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、qRT-PCR	NA	基因表达数据	NA
3642	2025-02-12	Cardiac Reprogramming and Gata4 Overexpression Reduce Fibrosis and Improve Diastolic Dysfunction in Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-Feb-11, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.067504 PMID:39673349	研究论文	本文研究了心脏重编程和Gata4过表达在保留射血分数心力衰竭（HFpEF）中减少纤维化和改善舒张功能的效果	首次在HFpEF模型中验证了心脏重编程和Gata4过表达的治疗效果，并揭示了其通过抑制心脏成纤维细胞（CFs）激活来减少纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类CFs的效果仍需进一步验证	探讨心脏重编程和Gata4过表达在HFpEF中的治疗效果及其机制	Tcf21iCre/Tomato/MGTH2A转基因小鼠和人类心脏成纤维细胞	心血管疾病	心力衰竭	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠和人类心脏成纤维细胞
3643	2025-02-12	Highly efficient combination of multiple single cells using a deterministic single-cell combinatorial reactor 2025-Feb-11, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00951g PMID:39679936	研究论文	本文介绍了一种新型微流控设备，结合多层互连Si/SiO控制电路，用于高效组合多个单细胞	引入了确定性单细胞组合反应器（DSCR）设备，通过局部电场实现单细胞的高效捕获和组合	NA	实现多个单细胞的高效组合，以促进单细胞转录组分析和细胞间相互作用的研究	PC3细胞	微流控技术	NA	微流控技术	NA	细胞图像	三组不同荧光染料标记的PC3细胞
3644	2025-02-12	Exploring Parkinson's through the Lens of Genomics and Bioinformatics 2025-Feb-10, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041621 PMID:39929729	研究论文	本文探讨了基因组学和生物信息学在帕金森病研究中的应用，旨在揭示该疾病的分子机制并寻找新的治疗靶点	应用单细胞转录组学技术揭示了帕金森病中细胞类型特异性的失调和脆弱性，超越了多巴胺能神经元的损失	未具体提及研究的局限性	通过基因组学和生物信息学技术解析帕金森病的分子机制，寻找新的治疗靶点	帕金森病的遗传和分子机制	生物信息学	帕金森病	基因分型、基因组测序、转录组学、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	大规模人类群体或模式生物
3645	2025-02-12	Mapping T cell dynamics to molecular profiles through behavior-guided transcriptomics 2025-Feb-10, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01126-4 PMID:39930061	研究论文	本文介绍了一种名为行为引导转录组学（BGT）的扩展协议，用于整合T细胞活体成像数据与单细胞转录组学，以分析与动态T细胞行为相关的基因程序	BGT协议结合了BEHAV3D平台的活体成像数据和单细胞RNA测序技术，能够揭示与T细胞动态行为相关的分子驱动因素，从而发现新的生物标志物	该协议需要用户具备基本的细胞培养、成像和编程技能，且实验周期较长，需要一个月时间完成	研究目的是通过整合T细胞活体成像数据和单细胞转录组学，揭示与T细胞动态行为相关的分子机制，以增强癌症免疫治疗的疗效	研究对象为患者来源的肿瘤类器官（PDO）和工程化T细胞的共培养体系	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS）	NA	图像、转录组数据	NA
3646	2025-02-12	Klotho Regulates Club Cell Senescence and Differentiation in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Feb-10, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70000 PMID:39930762	研究论文	本文探讨了Klotho（KL）在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中调节俱乐部细胞衰老和分化的作用	揭示了KL通过调节hnRNPA2/B1和neddylation在俱乐部细胞衰老中的关键作用，并提出了针对neddylation的策略可能逆转肺老化和俱乐部细胞衰老	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类中进行验证	研究KL在COPD中调节俱乐部细胞衰老和分化的机制	COPD患者的肺组织和香烟烟雾诱导的COPD小鼠模型	生物医学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	COPD患者的肺组织和香烟烟雾诱导的COPD小鼠模型
3647	2025-02-12	Exploring the co-morbid relationship between Alzheimer's disease and lung cancer in the 5xFAD transgenic mouse model 2025-Feb-10, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12527 PMID:39930922	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病（AD）与肺癌在5xFAD转基因小鼠模型中的共病关系	首次在5xFAD转基因小鼠模型中建立了AD与肺癌的共病模型，揭示了AD通过铁稳态失衡和氧化应激增加抑制肺癌进展的机制	研究仅限于小鼠模型，未在人类患者中验证	阐明AD如何抑制肺癌进展的机制	5xFAD转基因小鼠	数字病理学	阿尔茨海默病, 肺癌	单细胞测序, 分子病理分析	5xFAD转基因小鼠模型	病理图像, 分子数据	5xFAD转基因小鼠和野生型（WT）小鼠
3648	2025-02-12	CDK16+ Luminal Progenitor Cell-Like Tumor Cells Interacted with POSTN+ Cancer-Associated Fibroblasts Associate with Chemo-Resistance In Breast Cancer 2025-Feb-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401192 PMID:39930931	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，揭示了乳腺癌中CDK16+肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用与化疗耐药性的关联	首次系统性地整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和公共基因表达数据，揭示了CDK16+肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用网络，为化疗耐药性提供了新的治疗靶点	研究主要基于单细胞转录组学数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	揭示乳腺癌中肿瘤异质性和肿瘤微环境相互作用在化疗耐药性中的作用	乳腺癌患者和鼠模型中的肿瘤细胞和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、公共基因表达数据	175,825个单细胞转录组数据，来自接受新辅助化疗的乳腺癌患者的活检样本
3649	2025-02-12	NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf074 PMID:39921568	研究论文	本研究探讨了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺陷背景下对Rett综合征（RTT）中自噬失调的影响	揭示了NEAT1在MeCP2功能中的关键作用，通过调节蛋白质代谢、自噬和神经元形态等途径，阐明了其在RTT中的新机制	研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本，可能无法完全反映体内复杂环境	研究NEAT1在MeCP2缺陷背景下的作用及其对RTT病理机制的影响	人类神经细胞和RTT患者样本	神经科学	Rett综合征	单细胞RNA测序和分子分析	NA	RNA测序数据	人类神经细胞和RTT患者样本
3650	2025-02-12	Single-cell sequencing reveals that AK5 inhibits apoptosis in AD oligodendrocytes by regulating the AMPK signaling pathway 2025-Feb-08, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10311-x PMID:39921763	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了AK5通过调节AMPK信号通路抑制阿尔茨海默病（AD）少突胶质细胞凋亡的机制	首次揭示了AK5在AD少突胶质细胞中的抗凋亡作用及其通过AMPK信号通路的调控机制	研究主要基于生物信息学分析和细胞实验，缺乏体内实验验证	探讨AK5在AD中的能量代谢和神经炎症中的作用及其机制	AD患者和正常人的嗅觉叶组织及少突胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自GEO公共数据库的AD数据集
3651	2025-02-12	Single cell transcriptome profiling reveals pathogenesis of bullous pemphigoid 2025-Feb-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07629-4 PMID:39922909	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了天疱疮（BP）在皮肤和循环系统中的免疫和非免疫细胞的功能变化及其潜在机制	首次通过单细胞转录组分析揭示了天疱疮患者病变和非病变皮肤以及血液样本中的细胞功能变化，并提出了潜在的治疗靶点	研究样本量未明确说明，且未涉及长期随访数据	揭示天疱疮的发病机制及其在细胞水平上的功能变化	天疱疮患者的病变和非病变皮肤以及血液样本	数字病理学	天疱疮	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
3652	2025-02-12	ANO7 expression in the prostate modulates mitochondrial function and lipid metabolism 2025-Feb-08, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02081-7 PMID:39923095	研究论文	本研究探讨了ANO7在前列腺中的表达如何影响线粒体功能和脂质代谢	揭示了ANO7在前列腺细胞中调节代谢途径，特别是氧化磷酸化和脂质代谢的新功能	ANO7在前列腺中的具体作用机制仍需进一步研究	探索ANO7在前列腺癌中的作用及其对代谢途径的影响	ANO7表达的前列腺细胞和前列腺组织	生物医学研究	前列腺癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、代谢组学、脂质组学	NA	RNA测序数据、代谢组学数据、脂质组学数据	RWPE1细胞、前列腺组织样本
3653	2025-02-12	uN2CpolyG-mediated p65 nuclear sequestration suppresses the NF-κB-NLRP3 pathway in neuronal intranuclear inclusion disease 2025-Feb-07, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02079-1 PMID:39920690	研究论文	本研究揭示了uN2CpolyG通过与p65直接相互作用并隔离p65，抑制NF-κB-NLRP3通路并损害自噬的分子机制	首次揭示了uN2CpolyG通过隔离p65抑制NF-κB-NLRP3通路的分子机制，为NIID提供了新的治疗靶点	研究主要基于细胞模型和果蝇模型，尚未在人体中进行验证	阐明uN2CpolyG与NF-κB-NLRP3通路之间的分子相互作用	NIID患者的皮肤组织、HEK-293T和U87-MG细胞模型、果蝇模型	分子生物学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	细胞模型、果蝇模型	基因表达数据	NIID患者的皮肤组织、HEK-293T和U87-MG细胞、果蝇模型
3654	2025-02-12	The Role of Jianpi Jiedu Recipe in Modulating the CRC Microenvironment 2025-Feb-07, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073339913241214051331 PMID:39931853	研究论文	本研究探讨了健脾解毒方（JPJDR）在调节结直肠癌（CRC）微环境中的作用及其机制	首次系统性地研究了JPJDR在CRC微环境中的调节作用，并发现其通过下调HMGB1和MT2A基因表达来调节CRC微环境	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨JPJDR在CRC治疗中的抗肿瘤机制	结直肠癌（CRC）微环境中的细胞类型，包括恶性CRC细胞、免疫细胞和基质细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR	NA	RNA测序数据	多个已发表研究中的单细胞RNA测序数据（PMID: 32451460, 32103181, 32561858）
3655	2025-02-12	Gene Expression Variations Induced by Sevoflurane in Glia and Glioma Cells and the Role of EPHA3 in Sevoflurane's Anti-Glioma Effect 2025-Feb-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673342409241230113947 PMID:39931981	研究论文	本研究通过分析七氟醚处理的单细胞转录组数据，揭示了七氟醚通过免疫炎症反应、神经元分化和血脑屏障维持等信号通路产生麻醉效应，并发现EPHA3基因在七氟醚抗胶质瘤效应中的关键作用	首次揭示了七氟醚通过影响DAAM2和EPHA3等基因表达来影响胶质瘤患者生存率，并发现EPHA3在七氟醚抑制胶质瘤细胞侵袭和迁移中的关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏临床验证	探讨七氟醚对神经系统疾病（如胶质瘤）影响的分子机制	胶质细胞和胶质瘤细胞	生物信息学	胶质瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	NA
3656	2025-02-12	APMAT analysis reveals the association between CD8 T cell receptors, cognate antigen, and T cell phenotype and persistence 2025-Feb-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56659-3 PMID:39915487	研究论文	本文介绍了一种名为APMAT的实验-计算框架，用于高通量捕获和分析CD8 T细胞，结合抗原、TCR序列和单细胞转录组数据，揭示了抗原-TCR对的物理化学特征与T细胞表型和持久性之间的关联	提出了APMAT框架，首次将抗原-TCR配对与单细胞多组学分析相结合，揭示了抗原-TCR对的物理化学特征与T细胞表型和持久性之间的确定性关系	研究样本仅来自HLA A*02:01型的COVID-19患者，可能限制了结果的普适性	阐明I类肽抗原、特异性CD8 T细胞受体（TCR）及抗原刺激后T细胞表型之间的关系	CD8 T细胞	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	62名HLA A*02:01型的COVID-19患者
3657	2025-02-12	Development of a ferroptosis-related gene prognostic model and molecular subgroups characterization in sepsis 2025-Feb, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2024.12.008 PMID:39764891	研究论文	本研究开发了一种基于铁死亡相关基因（FRGs）的脓毒症预后模型，并鉴定了脓毒症的分子亚型	首次构建了基于铁死亡相关基因的脓毒症预后模型，并揭示了TFRC在脓毒症中抑制铁死亡的关键作用	研究依赖于特定数据库和数据集，可能需要进一步的外部验证	开发脓毒症的预后模型并研究铁死亡相关基因的作用	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	单细胞测序、siRNA转染、MDA测定、Western blot、ROS测定	Cox回归模型、LASSO分析	基因表达数据	GSE65682数据集中的脓毒症样本
3658	2025-02-12	Polyamine metabolism dysregulation contributes to muscle fiber vulnerability in ALS 2025-Jan-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115123 PMID:39932195	研究论文	本文通过空间转录组学数据集研究了ALS小鼠模型中骨骼肌的多胺代谢失调及其对肌肉纤维脆弱性的影响	首次将多胺代谢失调与ALS中肌肉纤维的脆弱性联系起来，并展示了恢复多胺稳态可以挽救ALS小鼠的肌肉表型	研究仅限于SOD1小鼠模型，未涉及人类ALS患者	研究ALS中骨骼肌的功能变化及其与多胺代谢失调的关系	SOD1小鼠模型中的骨骼肌	生物医学研究	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	空间转录组学	SOD1小鼠模型	转录组数据	SOD1小鼠模型的骨骼肌样本
3659	2025-02-12	Gut bacterial L-lysine alters metabolism and histone methylation to drive dendritic cell tolerance 2025-Jan-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115125 PMID:39932193	研究论文	本文研究了肠道细菌代谢物L-赖氨酸如何通过调节树突状细胞（DCs）的代谢和组蛋白甲基化来促进免疫耐受	揭示了L-赖氨酸通过AMPK/AcCoA-mTOR轴激活丝氨酸、甘氨酸、一碳（SGOC）代谢，进而增加S-腺苷甲硫氨酸（SAM）和DOT1L表达，增强H3K79me2在Tgfb和Stat3基因启动子上的富集，从而促进DCs的免疫耐受特性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨肠道细菌代谢物L-赖氨酸如何通过代谢和表观遗传调控机制诱导DCs的免疫耐受	树突状细胞（DCs）	免疫学	免疫炎症性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和Phgdh条件性敲除小鼠
3660	2025-02-12	Tgfβ signaling stimulates glycolysis to promote the genesis of synovial joint interzone in developing mouse embryonic limbs 2025-Jan-10, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq4991 PMID:39772668	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠胚胎膝关节原基，发现糖酵解基因在发育中的滑膜关节间区细胞中高度表达，并揭示了Tgfβ信号通过激活mTOR和Hif1α刺激糖酵解，促进软骨细胞向间区细胞的转化	首次揭示了Tgfβ信号通过激活mTOR和Hif1α刺激糖酵解，促进软骨细胞向滑膜关节间区细胞的转化	研究主要基于小鼠胚胎模型，尚未在人类或其他动物模型中验证	研究滑膜关节间区细胞形成的分子机制	小鼠胚胎膝关节原基	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠胚胎膝关节原基