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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3621 | 2026-04-04 |
"Eye-Conic" Spatial Transcriptomics Reveals the Layer-Specific Molecular Alterations in Corneas of Patients With Keratoconus
2026-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.4.7
PMID:41931003
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了圆锥角膜患者角膜各层的分子变化 | 首次应用空间转录组学技术系统分析圆锥角膜的层特异性分子改变,并识别了与疾病进展相关的细胞间通讯模式 | 样本量有限,且主要依赖空间转录组学数据,需要进一步验证 | 探究圆锥角膜形成过程中的层特异性细胞和分子改变 | 圆锥角膜患者和对照组的角膜组织 | 空间转录组学 | 圆锥角膜 | 空间转录组学、bulk RNA-seq、免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据、RNA-seq数据、图像数据 | 未明确具体样本数量,涉及圆锥角膜和对照组角膜 | NA | 空间转录组学、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3622 | 2026-04-04 |
Complement 5a receptor 2 attenuates diabetic kidney disease by promoting mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane formation mediated by PSS-MFN2 interaction
2026-Mar-31, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-026-00873-w
PMID:41916963
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研究论文 | 本研究揭示了补体5a受体2(C5aR2)通过促进PSS-MFN2相互作用介导的线粒体相关内质网膜形成,从而改善糖尿病肾病(DKD)的新机制 | 首次阐明了C5aR2在DKD中的非经典代谢调控作用,发现其通过c-FOS/PSS/MFN2信号轴促进MAM形成和磷脂酰丝氨酸生物合成,并证实C5aR2特异性激动剂P59的治疗潜力 | 研究主要基于动物模型和体外机制探索,在人体中的治疗效应和长期安全性仍需进一步临床验证 | 探究C5aR2在糖尿病肾病代谢调控中的非经典功能及其分子机制 | 糖尿病肾病患者组织样本、糖尿病模型小鼠(包括C5aR2缺陷型)、db/db小鼠、近端肾小管细胞 | 单细胞组学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 糖尿病肾病患者组织样本及多种基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3623 | 2026-04-04 |
Biology and preclinical models of colorectal cancer metastasis
2026-Mar-26, Intestinal research
IF:3.4Q2
DOI:10.5217/ir.2025.00315
PMID:41882926
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综述 | 本文总结了结直肠癌转移的生物学机制及当前用于研究转移性结直肠癌的临床前模型,并讨论了新兴技术如何整合以改进模型系统 | 系统性地比较了现有实验模型在模拟转移级联关键步骤和器官特异性微环境方面的优缺点,并提出了整合单细胞、空间转录组学和纵向追踪技术的新框架 | 现有模型在模拟免疫和基质影响方面存在概念性差距,且纵向采样和转移负荷的定量读出存在实际障碍 | 理解转移性结直肠癌的生物学机制并改进其临床前研究模型 | 转移性结直肠癌的生物学过程及其实验模型系统 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3624 | 2026-04-04 |
Developmental determinants of male bias in medulloblastoma
2026-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.25.714163
PMID:41929097
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研究论文 | 本研究探讨了髓母细胞瘤中男性发病率偏高的发育决定因素 | 通过整合多组学数据、构建性别匹配的小鼠小脑单细胞转录组图谱,并结合基因工程小鼠模型和人小脑类器官,揭示了男性偏倚的遗传和神经发育机制,特别是雄性激素睾酮的主导作用 | 研究主要基于小鼠模型和类器官,其结论在人体中的普适性仍需进一步验证;对性染色体失活丢失的具体机制及其功能影响探讨有限 | 探究髓母细胞瘤(一种儿童小脑肿瘤)中男性发病率显著高于女性的生物学原因 | 儿童髓母细胞瘤患者样本、发育中小鼠的小脑细胞、基因工程小鼠模型、人小脑类器官 | 癌症生物学/发育神经生物学 | 髓母细胞瘤(儿童脑肿瘤) | 多组学分析(基因组学、转录组学、表观基因组学)、单细胞转录组测序、染色质可及性分析、基因工程小鼠模型、类器官培养 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观基因组数据、单细胞RNA-seq数据 | 大型多组学数据集(来自儿童髓母细胞瘤患者),具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3625 | 2026-04-04 |
Heterogeneity and prognostic significance of mast cell subsets in the tumor microenvironment of prostate cancer
2026-Mar-24, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-026-04363-6
PMID:41874654
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析,揭示了前列腺癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其与预后的关联 | 首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序将肥大细胞分为两个功能相反的亚群,并鉴定出亚群特异性标记基因作为预后因子 | 研究样本量相对较小(39个肿瘤样本),且主要依赖生物信息学分析,缺乏实验验证 | 探究前列腺癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其对预后的影响 | 前列腺癌肿瘤微环境中的肥大细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 生物信息学分析 | 非负矩阵分解 | RNA测序数据 | 39个前列腺癌肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3626 | 2026-04-04 |
Combined single-cell transcriptome and immune repertoire analysis reveals hepatic and renal immune injury by heat stroke
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.189825
PMID:41869724
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学、T细胞受体测序和流式细胞术分析,揭示了热射病(特别是劳力性热射病)中肝脏和肾脏免疫损伤的机制 | 首次结合单细胞转录组和免疫受体分析,识别了热射病中富集的颗粒酶阳性T细胞、CD56dim NK细胞和IL-1B+NLRP3+单核细胞,并揭示了它们通过NLRP3炎症小体通路诱导肝、肾细胞焦亡的相互作用机制 | 样本量较小(仅27名参与者),且仅分析了外周血单个核细胞,未直接研究肝脏和肾脏组织 | 探索热射病(特别是劳力性热射病)的免疫病理学机制 | 热射病患者、热衰竭患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 热射病 | 单细胞转录组学、T细胞受体测序、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA-seq数据、免疫受体序列数据、流式细胞数据 | 27名参与者(9名健康对照、9名热衰竭患者、9名劳力性热射病患者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3627 | 2026-04-04 |
Hypothyroidism impairs skeletal muscle regeneration after injury by altering myogenic and nonmyogenic pathways
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197761
PMID:41869726
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和细胞周期报告小鼠模型,揭示了甲状腺功能减退通过改变肌源性及非肌源性通路损害骨骼肌损伤后再生过程 | 首次结合单细胞转录组测序与FUCCI细胞周期报告系统,系统阐明甲状腺功能减退对肌源性细胞多样性、细胞周期进程及非肌源性微环境(FAPs与巨噬细胞)的双重调控机制 | 研究基于小鼠模型,临床转化需进一步验证;未探讨甲状腺激素替代治疗的干预效果 | 探究甲状腺激素信号在骨骼肌损伤修复过程中的具体调控通路 | 小鼠胫骨前肌的骨骼肌干细胞、纤维脂肪祖细胞及巨噬细胞等 | 单细胞组学 | 甲状腺功能减退相关肌病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞周期荧光报告系统(FUCCI)、转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据、细胞周期成像数据 | 小鼠胫骨前肌损伤模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3628 | 2026-04-04 |
Macrophages expressing macrophage receptor with collagen structure attenuate liver fibrosis through a tissue restoration phenotype
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193172
PMID:41869728
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,揭示了MARCO+巨噬细胞在肝脏纤维化中通过促进组织修复表型来减轻纤维化的作用机制 | 首次在肝脏纤维化模型中识别出MARCOhi巨噬细胞亚群,并证明其通过增强吞噬作用和抗炎基因表达,直接与肝星状细胞相互作用减少胶原沉积,为肝脏纤维化治疗提供了新的潜在靶点 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证;MARCO+巨噬细胞的具体分子调控机制仍需进一步探索 | 探究巨噬细胞在肝脏纤维化中的作用,特别是MARCO+巨噬细胞对纤维化进程的影响 | 小鼠肝脏纤维化模型中的巨噬细胞和肝星状细胞 | 单细胞组学 | 肝脏纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肝脏纤维化模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3629 | 2026-04-04 |
[Mechanism of MDA5 in macrophages in SiO(2)-induced epithelial-mesenchymal transition]
2026-Mar-20, Zhonghua lao dong wei sheng zhi ye bing za zhi = Zhonghua laodong weisheng zhiyebing zazhi = Chinese journal of industrial hygiene and occupational diseases
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研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞来源的MDA5在二氧化硅诱导的肺上皮细胞上皮-间质转化中的调控作用及分子机制 | 首次在矽肺模型中结合单细胞RNA测序和体外细胞实验,系统阐明了巨噬细胞MDA5通过促炎级联反应调控肺上皮细胞EMT的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和THP-1/A549细胞系,尚未在人体组织或原代细胞中进行验证;体内实验样本量较小 | 探究二氧化硅暴露下巨噬细胞MDA5对肺上皮细胞EMT的调控机制 | C57BL/6小鼠、THP-1细胞系、A549细胞系 | 单细胞组学 | 肺纤维化/矽肺 | 单细胞RNA测序、Western blot、qRT-PCR、siRNA敲低 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、基因表达数据 | 16只C57BL/6雄性小鼠(每组8只),THP-1细胞实验设3个重复 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3630 | 2026-04-04 |
Targeting the MICA-mediated oxidative stress-immune axis: a novel therapeutic strategy for ankylosing spondylitis
2026-Mar-18, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/ngvjin
PMID:41930655
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析,揭示了MICA蛋白作为强直性脊柱炎风险的关键调节因子,其作用部分通过特定T细胞亚群介导 | 首次通过整合基因组学、蛋白质组学和单细胞转录组学,系统阐明了氧化应激相关基因(尤其是MICA)通过免疫失调途径驱动强直性脊柱炎的因果机制 | 研究主要基于生物信息学分析和公共数据集,实验验证部分相对有限;介导分析的结果需要更大样本的独立队列进一步验证 | 阐明氧化应激与免疫失调在强直性脊柱炎发病中的分子联系,并寻找新的治疗靶点 | 强直性脊柱炎患者相关的基因表达数据、蛋白质数据和免疫细胞表型 | 生物信息学与计算生物学 | 强直性脊柱炎 | mRNA微阵列、孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、Western blotting | 逻辑回归模型、孟德尔随机化模型 | 基因表达数据、蛋白质丰度数据、单细胞转录组数据 | 731个免疫表型的遗传信息,以及未明确数量的临床样本和单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq, mRNA微阵列 | NA | NA |
| 3631 | 2026-04-04 |
Smarca4 maintains mitochondrial homeostasis and energy metabolism during cardiac development
2026-Mar-07, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-026-06168-3
PMID:41794942
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研究论文 | 本研究揭示了Smarca4在心脏发育过程中作为关键染色质重塑因子,通过调控线粒体稳态和能量代谢来维持心脏和骨骼肌功能 | 首次将SWI/SNF染色质重塑ATP酶亚基Smarca4确定为线粒体稳态和细胞能量代谢的关键调控因子,并建立了其与脊椎动物肌肉发育中核调控与线粒体能量稳态之间的直接联系 | 研究主要基于斑马鱼模型,虽在人类心肌细胞和小鼠肌管中进行了验证,但体内复杂调控机制仍需进一步探索 | 探究表观遗传机制如何调控线粒体结构和功能,特别是在心脏发育过程中的作用 | 斑马鱼(smarca4a缺陷模型)、人类心肌细胞和小鼠肌管 | 表观遗传学 | 代谢性肌病 | RNA-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 高分辨率共聚焦成像, Seahorse代谢分析, AAV介导的基因敲低 | NA | 基因组学数据、成像数据、代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 3632 | 2026-04-04 |
CNS-resident B cells develop locally into a pro-inflammatory age-associated phenotype during aging and after stroke
2026-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.02.709112
PMID:41847014
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术、单细胞RNA测序和B细胞受体测序,揭示了衰老和缺血性中风后中枢神经系统内B细胞亚群的局部发育和促炎性表型转变 | 首次在小鼠和人类中鉴定出中枢神经系统内独特的B1b祖细胞池,并揭示其向年龄相关B细胞(ABC)亚群的分化轨迹及中风后的克隆扩增 | 研究主要基于小鼠模型和死后人类脑组织,缺乏活体人类动态观察数据 | 阐明衰老和缺血性中风后中枢神经系统内B细胞亚群的发育动态和免疫表型特征 | 老年雄性和雌性小鼠的未损伤及中风后脑组织、老年人类供体的死后脑实质组织 | 免疫学 | 缺血性中风 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, B细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, 序列数据 | 老年小鼠脑组织B细胞、老年人类死后脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3633 | 2026-04-04 |
Influence of body composition on the efficacy of nivolumab plus ipilimumab for metastatic clear cell renal cell carcinoma
2026-Mar-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014363
PMID:41775432
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研究论文 | 本研究探讨了身体成分(皮下脂肪和骨骼肌质量)对转移性透明细胞肾细胞癌患者接受一线纳武利尤单抗联合伊匹木单抗治疗疗效的影响 | 首次使用人工智能分割工具量化身体成分,并结合单细胞RNA测序探索其与肿瘤微环境的关系,超越了传统BMI指标的局限性 | 回顾性研究设计,样本量有限,OS关联结果不明确,需要前瞻性验证 | 评估身体成分与免疫检查点抑制剂治疗转移性透明细胞肾细胞癌疗效之间的关联 | 转移性透明细胞肾细胞癌患者 | 数字病理学 | 肾癌 | 人工智能图像分割,单细胞RNA测序 | Cox回归模型,立方样条 | CT图像,临床数据,单细胞RNA测序数据 | 309名患者用于回顾性分析,12名患者用于单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3634 | 2026-04-04 |
Confidence-Based Batch Ordering in Continual Learning: A Curriculum Learning Approach for Single-Cell RNA Sequencing Data
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3654772
PMID:41543966
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研究论文 | 本研究提出了一种基于置信度的批量排序策略,用于单细胞RNA测序数据的持续学习,通过按置信度升序排列训练批次来提升分类性能 | 引入置信度估计来优先处理训练样本,首次在持续学习中系统研究批量排序对学习效率和模型性能的影响 | 未探讨自适应置信度指标在动态数据集中的应用,且策略在其他领域的扩展性有待验证 | 优化持续学习算法在数据密集型任务中的工作流程,提高模型在单细胞RNA测序数据上的分类性能和泛化能力 | 单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 持续学习算法 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3635 | 2026-04-04 |
scDGCL: A Dual-Level and Graph-Constrained Contrastive Learning Method for Single-Cell RNA Sequencing Data Clustering
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3655670
PMID:41557577
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研究论文 | 本文提出了一种名为scDGCL的双层图约束对比学习方法,用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 该方法通过同时考虑细胞和簇级别的相似性与差异性,并利用图的关系先验对齐表示,从而优化细胞表示并提升聚类性能 | NA | 提升单细胞RNA测序数据的聚类性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习 | 基因表达数据 | 12个真实数据集和8个模拟数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3636 | 2026-04-04 |
HFFST: A Hierarchical Feature Fusion Algorithm for Spatial Gene Expression Prediction Using Histopathology Images
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3658320
PMID:41591852
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研究论文 | 本文提出了一种名为HFFST的分层特征融合算法,用于从H&E染色的病理图像预测空间基因表达 | 该方法首次充分利用病理图像中的分层信息,采用从粗到细的回归框架和多层次特征提取与融合技术来预测空间转录组图谱 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种从H&E染色病理图像预测空间基因表达的计算方法,以降低空间转录组技术的成本和复杂性 | H&E染色的全切片病理图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 分层特征融合算法(HFFST) | 图像 | 五个公共数据集和高分辨率Visium数据 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | 高分辨率Visium数据 |
| 3637 | 2026-04-04 |
From noise to models to numbers: Evaluating negative binomial models and parameter estimations in single-cell RNA-seq
2026-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014014
PMID:41838800
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研究论文 | 本文通过计算高效的模型选择技术,评估了负二项分布模型在单细胞RNA测序数据中的适用性及其参数估计的准确性 | 揭示了负二项分布近似模拟数据的条件范围,并指出其在多种参数机制下适用,无需仅指示转录爆发 | 在稳态条件下,基因特异性参数估计即使经过技术噪声校正,仍可能显示较大的相对误差 | 评估负二项模型在单细胞RNA测序数据中的拟合效果及参数估计的可靠性 | 单细胞RNA测序数据中的转录计数分布 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 负二项分布、Beta-Poisson(Telegraph)、Poisson模型 | 模拟数据和scRNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3638 | 2026-04-04 |
Bayesian Hyperspherical Graph Mixture-of-Experts Deciphers Cell-Cell Interaction in Spatial Transcriptomics
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3660060
PMID:41628049
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研究论文 | 本文提出了一种名为B-HGME的无监督贝叶斯框架,用于从空间转录组数据中联合推断空间域和细胞-细胞相互作用网络 | 提出了首个结合超球面嵌入和贝叶斯混合专家模型的框架,用于无监督地推断具有方向性和长程性的细胞-细胞相互作用,并提供了原则性的不确定性量化 | 未明确说明模型的计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性限制 | 开发一种计算框架,以无监督和可解释的方式从空间转录组数据中准确推断细胞-细胞相互作用和空间域 | 空间转录组数据中的细胞及其相互作用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯超球面图混合专家模型 | 空间转录组数据 | 来自六个主要空间转录组平台的多个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3639 | 2026-04-04 |
scDBic: a novel deep learning-based biclustering algorithm for analyzing scRNA-seq data
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag095
PMID:41746287
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研究论文 | 本文提出了一种名为scDBic的新型深度学习双聚类算法,专门用于分析单细胞RNA测序数据,以改善细胞聚类性能并识别关键基因 | scDBic结合了深度自编码器进行细胞聚类、基因聚类以及使用反向策略识别关键基因簇,解决了传统聚类算法在捕获局部一致性和双聚类算法在细胞丢失、高维数据适应性及迭代选择方面的不足 | NA | 开发一种针对单细胞RNA测序数据的深度学习双聚类算法,以更有效地发现细胞群并识别其关键基因 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3640 | 2026-03-01 |
Single-cell RNA sequencing of adenoid cystic carcinoma of the breast reveals cellular heterogeneity and tumor microenvironment features
2026-Feb-27, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-026-02329-2
PMID:41761191
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |