单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3621	2025-02-13	Bulk and single-cell transcriptome datasets of the mouse fetal and adult rete ovarii and surrounding tissues 2024-Apr-13, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03227-x PMID:38615064	研究论文	本文介绍了小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织的批量、单细胞和核水平转录组数据集	首次对小鼠胎儿和成年卵巢网进行转录组分析，揭示了其在卵巢发育和女性成熟中的潜在作用	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	揭示卵巢网在卵巢发育和女性成熟中的功能	小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织	转录组学	NA	转录组分析	NA	转录组数据	Pax8-rtTA; Tre-H2B-GFP小鼠的胎儿和成年卵巢网组织
3622	2025-02-13	Targeting metabolic sensing switch GPR84 on macrophages for cancer immunotherapy 2024-Feb-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03603-3 PMID:38349405	研究论文	本文探讨了通过靶向巨噬细胞上的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的潜力	发现并验证了GPR84作为调控肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）抗肿瘤表型的重要代谢感应开关，并展示了其激动剂6-OAU在增强抗肿瘤免疫反应中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证GPR84激动剂的效果	探索通过调控巨噬细胞的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的策略	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其代谢感应开关GPR84	癌症免疫治疗	癌症	单细胞转录组数据分析	NA	转录组数据	多个肿瘤模型的小鼠数据
3623	2025-02-13	A model of human neural networks reveals NPTX2 pathology in ALS and FTLD 2024-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07042-7 PMID:38355792	研究论文	本文通过建立人类神经网络模型，揭示了ALS和FTLD中NPTX2的病理机制	通过诱导多能干细胞生成的iCoMoNSCs，建立了长期存活的功能性神经网络模型，揭示了TDP-43病理与NPTX2积累的直接联系	模型依赖于体外培养的细胞系统，可能无法完全模拟体内复杂的微环境	探索TDP-43病理的出现及其后果，特别是其在ALS和FTLD中的作用	诱导多能干细胞衍生的神经网络模型	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶变性（FTLD）	单细胞转录组学	iCoMoNSCs和iNets	单细胞转录组数据	NA
3624	2025-02-13	Innovative super-resolution in spatial transcriptomics: a transformer model exploiting histology images and spatial gene expression 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae052 PMID:38436557	研究论文	本文介绍了一种名为TransformerST的创新无监督模型，基于Transformer架构，用于提升空间转录组学数据的分辨率至单细胞水平	TransformerST模型无需参考单细胞RNA测序数据，通过视觉Transformer编码器识别图像-基因表达的潜在共表示，并利用自适应图Transformer模块增强空间相关性，显著提高了模型的准确性	NA	提升空间转录组学数据的分辨率至单细胞水平，并优化利用组织学图像和基因表达数据	空间转录组学数据，特别是Visium平台的数据	数字病理学	NA	空间转录组学	Transformer	图像，基因表达数据	NA
3625	2025-02-13	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:38898928	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明了血管平滑肌细胞（VSMC）增殖的分子决定因素	发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了它们在血管疾病中的潜在作用	研究主要基于体外实验和计算模型，需要进一步的体内实验验证	阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制，以寻找血管疾病的潜在治疗靶点	血管平滑肌细胞（VSMC）	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学、表观遗传分析	基因调控网络	单细胞RNA测序数据、表观遗传数据	NA
3626	2025-02-13	Interstitial macrophage phenotypes in Schistosoma-induced pulmonary hypertension 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1372957 PMID:38779688	研究论文	本文研究了血吸虫病引起的肺动脉高压中，间质巨噬细胞亚群的作用及其表型变化	首次通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术，识别并描述了血吸虫病引起的肺动脉高压中三种不同的间质巨噬细胞亚群及其功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨血吸虫病引起的肺动脉高压中，间质巨噬细胞亚群的作用及其表型变化	小鼠模型中的间质巨噬细胞亚群	生物医学	肺动脉高压	流式细胞术, 单细胞RNA测序 (scRNAseq)	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	未暴露和暴露于血吸虫卵后第1、3、7天的小鼠肺部和血液样本
3627	2025-02-13	The role of SASP in ischemic stroke: a deep dive into cellular mechanisms 2024, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2024.1513357 PMID:39931101	研究论文	本研究通过结合bulk和单细胞转录组分析，探讨了衰老相关分泌表型（SASP）在缺血性卒中（IS）中的作用及其细胞机制	首次通过单细胞测序技术揭示了SASP相关基因在IS中的表达变化及其对细胞间相互作用网络的影响，为IS的临床诊断和治疗提供了新的视角	研究主要基于小鼠模型和人类外周血样本，可能无法完全反映人类IS的复杂性	探讨SASP在IS发病机制中的作用及其对疾病进展的影响	人类外周血样本和MCAO小鼠模型	生物信息学	缺血性卒中	bulk和单细胞转录组分析，RT-qPCR	NA	转录组数据	人类外周血样本和MCAO小鼠模型
3628	2025-02-13	Transcriptional regulators of arterial and venous identity in the developing mammalian embryo 2023-Oct, Current opinion in physiology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.cophys.2023.100691 PMID:38328689	综述	本文综述了哺乳动物胚胎发育过程中动脉和静脉身份的转录调控机制	强调了转录调控在内皮细胞动脉和静脉身份获取中的重要性，并探讨了不同转录因子在这一过程中的作用	NA	探讨内皮细胞在发育过程中如何获得动脉和静脉身份的调控机制	哺乳动物胚胎的内皮细胞	生物医学	NA	单细胞RNA测序、细胞谱系追踪	NA	基因表达数据	NA
3629	2025-02-13	Distinct mechanisms for sebaceous gland self-renewal and regeneration provide durability in response to injury 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113121 PMID:37715952	研究论文	本文研究了皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制	揭示了皮脂腺在稳态下通过专用干细胞池自我更新，并在损伤后通过毛囊来源的干细胞再生，且再生过程依赖于FGFR2信号传导	未提及具体的研究局限性	探讨皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制	皮脂腺及其干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
3630	2025-02-13	Combined multidimensional single-cell protein and RNA profiling dissects the cellular and functional heterogeneity of thymic epithelial cells 2023-07-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39722-9 PMID:37429879	研究论文	本文通过结合多维单细胞蛋白质和RNA分析，解析了胸腺上皮细胞（TEC）的细胞和功能异质性	利用大规模并行流式细胞术和机器学习，将已知的TEC表型分解为新的亚群，并通过CITEseq将这些表型与细胞RNA谱定义的TEC亚型相关联	目前仅有极少数细胞标记物可用于TEC的表型识别	解析胸腺基质细胞的复杂性和TEC亚型的功能	胸腺上皮细胞（TEC）	单细胞分析	NA	大规模并行流式细胞术、CITEseq、机器学习	NA	蛋白质和RNA数据	NA
3631	2025-02-13	Tissue-Resident Memory T Cells in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Coexpress PD-1 and TIGIT and Functional Inhibition Is Reversible by Dual Antibody Blockade 2023-04-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0121 PMID:36689623	研究论文	本文通过飞行时间细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序技术，对胰腺导管腺癌（PDAC）患者肿瘤浸润T细胞群进行了表征，发现大量CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）共表达PD-1和TIGIT，并证明双抗体阻断可逆转其功能抑制	首次详细描述了PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征，特别是TRM细胞的PD-1和TIGIT共表达现象，并验证了双抗体阻断策略的有效性	研究主要基于体外实验，未进行体内验证，且样本量有限	探究PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征及其对免疫检查点阻断的反应	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤浸润T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	飞行时间细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	PDAC患者的肿瘤样本
3632	2025-02-13	Screening cell-cell communication in spatial transcriptomics via collective optimal transport 2023-02, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01728-4 PMID:36690742	研究论文	本文介绍了一种名为COMMOT的新方法，用于在空间转录组学中推断细胞间通讯（CCC），考虑了配体和受体之间的竞争以及细胞间的空间距离	开发了一种集体最优传输方法，以处理复杂的分子相互作用和空间约束，并引入了下游分析工具来推断空间信号方向性和受信号调控的基因	NA	研究空间转录组学中的细胞间通讯（CCC）	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	空间转录组技术	机器学习模型	空间转录组数据	八个空间数据集，使用五种不同技术获取
3633	2024-08-07	Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data 2019-Oct-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.08.003 PMID:31647917	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3634	2025-02-12	Fibroblast Activation Protein-α Expression in Cancer-Associated Fibroblasts Shows the Poor Survival of Colorectal Cancer via Immune-Mediated Pathways : Implications of FAP in Cancer-Associated Fibroblasts Link Immune Dysregulation to Adverse Survival in Colorectal Cancer 2025-Mar, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-024-16593-y PMID:39623187	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中成纤维细胞激活蛋白-α（FAP）的表达对结直肠癌（CRC）患者生存的影响及其与肿瘤免疫微环境（TIME）的关系	通过免疫组织化学染色和单细胞RNA测序技术，揭示了FAP高表达与CRC患者生存率低及免疫抑制性肿瘤微环境的相关性	研究样本量相对较小，且主要依赖于回顾性数据，可能影响结果的普遍性	探讨FAP在CRC患者生存和肿瘤免疫微环境中的作用	178名接受手术切除的CRC患者及10名未治疗的CRC患者的CAFs	数字病理学	结直肠癌	免疫组织化学染色（IHC），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	病理切片图像，基因表达数据	178名患者的180个病理切片，10名未治疗患者的CAFs
3635	2025-02-12	Targeting enteric glial CRF-R1/Cx43 attenuates stress-induced accelerated colonic motility 2025-Mar, Journal of pharmacological sciences IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jphs.2025.01.009 PMID:39929591	研究论文	本研究探讨了应激诱导的结肠运动加速中肠胶质细胞CRF-R1/Cx43的作用	首次揭示了肠胶质细胞中的CRF-R1在应激诱导的结肠运动反应中的作用，并提出了通过靶向CRF-R1/Cx43信号通路来缓解应激引起的结肠运动变化的潜在治疗方法	研究仅使用了雄性C57BL/6小鼠，未涉及其他性别或种属的动物模型	研究应激诱导的结肠运动加速的机制，并探索潜在的治疗方法	雄性C57BL/6小鼠	生物医学	胃肠道疾病	免疫荧光、单细胞RNA测序	NA	实验数据	雄性C57BL/6小鼠
3636	2025-02-12	Exploring the therapeutic efficacy difference in claudin18.2-targeted cell therapy revealed by single-cell sequencing 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111768 PMID:39925434	研究论文	本文通过单细胞测序技术探索了CLDN18.2靶向细胞疗法的疗效差异	首次通过单细胞测序技术分析了CLDN18.2靶向CAR T细胞疗法在胃癌患者中的疗效差异，并发现了与疗效相关的关键因素	样本量较小，仅涉及5名患者，且仅分析了治疗后的3天和7天的数据	探索CLDN18.2靶向CAR T细胞疗法在胃癌患者中的疗效差异及其相关因素	接受CT041 CAR T细胞治疗的CLDN18.2阳性胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	5名患者的外周血和腹水样本
3637	2025-02-12	Single-cell and spatial transcriptomics reveal pre-metastatic subsets and therapeutic targets in penile carcinoma 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111765 PMID:39925432	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了阴茎癌中的预转移亚群及其治疗靶点	发现了MMP3+SPP1+预转移亚群和CK2α过表达，并验证了Silmitasertib作为潜在治疗药物的抗肿瘤效果	样本量相对较小，仅包括6个原发阴茎癌和6个转移淋巴结样本	研究阴茎癌中的肿瘤异质性及其预转移亚群，以优化治疗方案	阴茎癌的原发和转移样本	数字病理学	阴茎癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、细胞实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	6个原发阴茎癌样本、6个转移淋巴结样本、4个晚期阴茎癌样本、98个单细胞数据集、6个空间数据集
3638	2025-02-12	PFKFB3 decreases α-ketoglutarate production while partial PFKFB3 knockdown in macrophages ameliorates arthritis in tumor necrosis factor-transgenic mice 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114102 PMID:39870011	研究论文	本研究探讨了PFKFB3在类风湿性关节炎（RA）患者巨噬细胞中的病理意义及其对巨噬细胞活化的调节作用	揭示了PFKFB3通过调节巨噬细胞活化和α-酮戊二酸产生在RA中的新机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探讨PFKFB3在RA患者巨噬细胞中的作用及其对疾病发展的影响	RA患者的PBMCs、THP-1细胞、条件性PFKFB3敲除小鼠的骨髓源性巨噬细胞	生物医学	类风湿性关节炎	共免疫沉淀、单细胞测序	条件性基因敲除小鼠模型	细胞实验数据、基因表达数据	RA患者PBMCs、THP-1细胞、条件性PFKFB3敲除小鼠
3639	2025-02-12	m6A related metabolic genes in breast cancer and their relationship with prognosis 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114121 PMID:39889412	研究论文	本研究探讨了m6A相关代谢基因在乳腺癌中的作用及其与预后的关系	首次通过单细胞转录组数据分析乳腺癌患者外周血中的m6A相关代谢基因，并构建了乳腺癌风险模型	研究主要基于转录组数据，缺乏对蛋白质水平和功能实验的深入验证	探讨m6A相关代谢基因在乳腺癌中的调控作用及其对预后的影响	乳腺癌患者的外周血单细胞转录组数据和TCGA中的乳腺癌及对照转录组数据	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序（RNA-seq）、实时定量PCR（qRT-PCR）、Western blot（WB）	Lasso-Cox回归模型	转录组数据	乳腺癌患者的外周血单细胞转录组数据和TCGA中的乳腺癌及对照转录组数据
3640	2025-02-12	Dapagliflozin alleviated seizures and cognition impairment in pilocarpine induced status epilepticus via suppressing microglia-mediated neuroinflammation and oxidative stress 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114117 PMID:39889414	研究论文	本研究探讨了Dapagliflozin通过抑制小胶质细胞介导的神经炎症和氧化应激，减轻癫痫持续状态（SE）引起的癫痫发作和认知障碍的效果	首次揭示了Dapagliflozin通过抑制SGLT2调节小胶质细胞介导的神经炎症和氧化应激，对SE及其相关认知障碍的神经保护作用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人类临床试验中验证	探讨Dapagliflozin对癫痫持续状态（SE）引起的癫痫发作和认知障碍的治疗效果	雄性C57BL/6小鼠和BV2细胞	神经科学	癫痫	单细胞转录组分析、免疫荧光染色、免疫组化、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR、ELISA	NA	基因表达数据、行为数据、生化数据	雄性C57BL/6小鼠和BV2细胞