单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3601	2025-03-20	Integrating machine learning and single-cell sequencing to identify shared biomarkers in type 1 diabetes mellitus and clear cell renal cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1543806 PMID:40098701	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞测序技术，识别了1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同生物标志物	首次结合WGCNA、LASSO和SVM算法，从多组公开数据集中识别出1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同枢纽基因，并通过临床样本和单细胞测序数据验证其表达模式和细胞类型特异性	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	识别1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同生物标志物，以促进高风险人群的预防和早期检测	1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌	生物信息学	1型糖尿病, 透明细胞肾细胞癌	单细胞测序, WGCNA, LASSO, SVM	LASSO, SVM	基因表达数据, 单细胞测序数据	多个公开数据集和临床样本
3602	2025-03-20	STsisal: a reference-free deconvolution pipeline for spatial transcriptomics data 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1512435 PMID:40098978	研究论文	本文介绍了一种名为STsisal的无参考解卷积方法，专门用于处理空间转录组学数据，以揭示复杂组织中的细胞类型组成	STsisal方法创新性地结合了标记基因选择、混合比例分解和细胞类型特征矩阵分析，能够精确高效地识别复杂组织中的不同细胞类型	方法的有效性依赖于空间转录组学数据的质量，且未提及在特定组织类型或疾病中的应用效果	开发一种无参考解卷积方法，用于空间转录组学数据分析，以解决单细胞分辨率不足的问题	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	SISAL算法	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量，但包括模拟数据和真实数据
3603	2025-03-20	Integration of single-nuclei and spatial transcriptomics to decipher tumor phenotype predictive of relapse-free survival in Wilms tumor 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1539897 PMID:40098972	研究论文	本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，识别出与Wilms肿瘤复发相关的肿瘤亚型，并开发了一个预后集成机器学习模型来预测患者的无复发生存期	首次整合单核RNA测序和空间转录组学数据，识别出与Wilms肿瘤复发相关的肿瘤亚型，并开发了一个预后集成机器学习模型	研究依赖于公共数据库中的数据，可能受到数据质量和可用性的限制	识别与Wilms肿瘤复发相关的分子特征，并发现新的治疗靶点	Wilms肿瘤患者	数字病理学	Wilms肿瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST）、bulk RNA-seq、突变/拷贝数数据分析	集成机器学习模型	RNA测序数据、空间转录组数据	公共数据库中的Wilms肿瘤患者数据
3604	2025-03-20	The Role of PLIN3 in Prognosis and Tumor-Associated Macrophage Infiltration: A Pan-Cancer Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S509245 PMID:40098998	研究论文	本文通过多数据库数据分析，探讨了PLIN3在多种癌症中的预后作用及其与肿瘤相关巨噬细胞浸润的关系	首次系统评估了PLIN3在肿瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗反应预后指标的潜力	研究主要基于数据库分析，实验验证部分仅限于肺腺癌细胞，缺乏更广泛的体内实验验证	探讨PLIN3在癌症中的诊断和预后价值及其对免疫细胞浸润的影响	多种正常和癌变组织中的PLIN3 mRNA和蛋白质表达	肿瘤学	多种癌症，特别是肺腺癌	批量转录组学、单细胞转录组学、空间转录组学、多色荧光染色技术、分子对接	NA	mRNA和蛋白质表达数据、转录组数据、荧光染色图像	多种癌症类型的组织和细胞样本
3605	2025-03-20	A spatiotemporal molecular atlas of mouse spinal cord injury identifies a distinct astrocyte subpopulation and therapeutic potential of IGFBP2 2024-Oct-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.06.016 PMID:39029468	研究论文	本研究解析了小鼠脊髓损伤后的时空分子图谱，并定量评估了损伤后的细胞间通讯	识别了一类表达Igfbp2的星形胶质细胞亚群Astro-GMii，并揭示了IGFBP2在促进星形胶质细胞迁移、增殖和反应性中的作用及其治疗潜力	NA	解析脊髓损伤后的分子和细胞变化，评估细胞间通讯，探索治疗潜力	小鼠脊髓损伤模型	分子生物学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3606	2025-03-20	The SWI/SNF chromatin remodelling complex regulates pancreatic endocrine cell expansion and differentiation in mice in vivo 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06211-7 PMID:38958700	研究论文	本研究探讨了SWI/SNF染色质重塑复合体在小鼠胰腺内分泌细胞扩展和分化中的调控作用	揭示了BRG1和BRM ATPase亚基在内分泌细胞发育中的关键作用，并通过单细胞RNA-seq技术分析了基因表达的变化	研究主要基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	研究SWI/SNF染色质重塑复合体在内分泌细胞发育中的作用	小鼠的胰腺内分泌细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	胚胎15.5天的小鼠内分泌细胞
3607	2025-03-20	TREM2 macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2024-Sep-18, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001098 PMID:39292863	研究论文	本研究探讨了减肥手术通过TREM2+巨噬细胞改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的机制	揭示了TREM2+巨噬细胞在减肥手术改善MASH中的关键作用，提供了疾病逆转机制的新见解	研究主要基于小鼠模型，人类中的效果和机制尚需进一步验证	探究减肥手术改善MASH的免疫调节机制	小鼠模型	NA	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型
3608	2025-03-20	Spatial microenvironments tune immune response dynamics in the Drosophila larval fat body 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612587 PMID:39345471	研究论文	本文研究了果蝇幼虫脂肪体中抗菌肽的异质表达，揭示了免疫反应在空间上的动态模式	首次使用活体光片荧光显微镜在单细胞分辨率下捕捉整个幼虫组织的免疫反应动态，并发现抗菌肽表达的空间模式与微生物定位相关但不受其驱动	研究仅限于果蝇幼虫脂肪体，未涉及其他组织或物种	探讨组织免疫反应的空间动态模式及其机制	果蝇幼虫脂肪体	生物医学	NA	活体光片荧光显微镜、空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	果蝇幼虫
3609	2025-03-20	Single-Cell Sequencing Technology and Its Application in the Study of Central Nervous System Diseases 2024-Jun, Cell biochemistry and biophysics IF:1.8Q4 DOI:10.1007/s12013-023-01207-3 PMID:38133792	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术及其在中枢神经系统疾病研究中的应用	单细胞测序技术能够对混合细胞群体中的单个细胞进行精确分析，并从中枢神经系统的不同空间位置、时间阶段和细胞类型中收集细胞，从而发现与特定疾病相关的细胞亚群及其相关基因	NA	探索单细胞测序技术在中枢神经系统疾病研究中的应用	中枢神经系统中的细胞，包括神经元和胶质细胞（如星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞）	生物信息学	中枢神经系统疾病	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	NA
3610	2025-03-20	Bioengineered vascular grafts with a pathogenic TGFBR1 variant model aneurysm formation in vivo and reveal underlying collagen defects 2024-May-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg6298 PMID:38718134	研究论文	本研究通过结合人类诱导多能干细胞、生物工程血管移植物和基因编辑技术，在动物宿主中建立了功能性的人类胸主动脉瘤模型，揭示了胶原缺陷在疾病形成中的作用	首次在动物宿主中结合hiPSCs、BVGs和基因编辑技术，成功模拟了人类胸主动脉瘤的形成，并揭示了胶原修饰酶活性降低在疾病中的关键作用	研究主要依赖于动物模型，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	建立更好的人类胸主动脉瘤疾病模型，以深入理解其发病机制	人类诱导多能干细胞、生物工程血管移植物、裸鼠	生物医学工程	胸主动脉瘤	基因编辑、空间转录组学分析、组织学分析、蛋白质测定	NA	基因表达数据、蛋白质数据、组织学数据	NA
3611	2025-03-20	Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells from Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway 2024-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.18.585556 PMID:38562805	研究论文	本研究探讨了Ibudilast在保护视网膜双极细胞免受兴奋性毒性视网膜损伤中的作用，并激活了mTOR通路	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了Ibudilast在视网膜损伤中的神经保护机制，并发现其通过激活mTOR通路发挥作用	研究主要基于鸡的兴奋性毒性视网膜损伤模型，尚未在人体中进行验证	研究Ibudilast在保护视网膜神经元免受兴奋性毒性损伤中的作用及其机制	视网膜双极细胞和Müller胶质细胞	神经科学	视网膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	鸡的兴奋性毒性视网膜损伤模型
3612	2025-03-20	The BCL-2 inhibitor APG-2575 resets tumor-associated macrophages toward the M1 phenotype, promoting a favorable response to anti-PD-1 therapy via NLRP3 activation 2024-01, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01112-y PMID:38062129	研究论文	本文研究了BCL-2抑制剂APG-2575如何通过激活NLRP3信号通路，将肿瘤相关巨噬细胞从M2型转化为M1型，从而增强抗PD-1疗法的效果	首次发现APG-2575通过直接结合NF-κB p65激活NLRP3信号通路，介导巨噬细胞重极化，从而改善肿瘤免疫微环境	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索APG-2575如何通过改变肿瘤微环境增强抗PD-1疗法的效果	小鼠模型和人类肿瘤样本	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序，多重免疫组化	小鼠模型	RNA测序数据，免疫组化数据	小鼠模型和人类肿瘤样本
3613	2025-03-20	Hepatic lipid-associated macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2023-Nov-02, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3446960/v1 PMID:37961666	研究论文	本文探讨了垂直袖状胃切除术（VSG）通过肝脏脂质相关巨噬细胞（LAMs）改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的机制	研究发现VSG通过增加表达TREM2的LAMs的溶酶体活性和抑制炎症来改善MASH，且这一过程与体重减轻无关	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究旨在揭示VSG改善MASH的免疫调节机制	肥胖和代谢综合征患者	NA	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型
3614	2025-03-20	FRC transplantation restores lymph node conduit defects in laminin α4-deficient mice 2023-04-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.167816 PMID:37092548	研究论文	本研究揭示了细胞外基质Lama4在调节淋巴结导管中的特定作用，并探讨了FRC移植对Lama4缺陷小鼠淋巴结导管缺陷的修复作用	首次揭示了FRC衍生的Lama4在维持导管纤维完整性中的关键作用，并展示了通过FRC移植修复Lama4缺陷小鼠的淋巴结导管结构和功能的创新方法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨FRC衍生的Lama4在调节淋巴结导管结构和功能中的作用，并评估FRC移植对Lama4缺陷小鼠的修复效果	Lama4缺陷小鼠及其淋巴结导管	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Lama4缺陷小鼠及其淋巴结组织
3615	2025-03-20	LAL deficiency induced myeloid-derived suppressor cells as targets and biomarkers for lung cancer 2023-03, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-006272 PMID:36914206	研究论文	本文探讨了溶酶体酸性脂肪酶（LAL）缺乏诱导的髓系来源抑制细胞（MDSCs）在肺癌中的潜在作用及其作为抗癌免疫治疗靶点和生物标志物的可能性	揭示了LAL缺乏如何通过改变代谢途径诱导MDSCs的产生，并展示了这些细胞在肿瘤免疫抑制和促进肿瘤生长中的作用	研究主要基于小鼠模型和人类血液样本，缺乏直接的人体组织验证	探索LAL缺乏诱导的MDSCs在肺癌中的机制及其作为治疗靶点的潜力	小鼠骨髓来源的Ly6G+髓系细胞和非小细胞肺癌（NSCLC）患者的血液样本	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	基因表达数据，细胞表型数据	小鼠骨髓细胞和NSCLC患者的血液样本
3616	2025-03-19	Insight into perfluorooctanoic acid-induced impairment of mouse embryo implantation via single-cell RNA-seq 2025-May-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137375 PMID:39892134	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了全氟辛酸（PFOA）对小鼠胚胎植入的影响及其机制	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了PFOA通过干扰ANGPTL信号通路影响子宫内膜上皮细胞功能和发育的具体机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨PFOA对子宫内膜接受性和胚胎植入的影响及其分子机制	小鼠子宫内膜	生殖医学	不孕症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
3617	2025-03-19	SPP1 + macrophages in colorectal cancer: Markers of malignancy and promising therapeutic targets 2025-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101340 PMID:40092488	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组学以及批量测序技术，探讨了SPP1+巨噬细胞在结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中的角色和机制	揭示了SPP1+巨噬细胞在CRC中的显著升高及其作为恶性肿瘤标志物的潜力，提出了这些巨噬细胞作为治疗靶点的可能性	研究中未明确提及样本量，且对于SPP1+巨噬细胞的具体作用机制仍需进一步探索	探讨SPP1+巨噬细胞在结直肠癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中的SPP1+巨噬细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学, 空间转录组学, 批量测序	NA	转录组数据	NA
3618	2025-03-19	Comprehensive analysis of immune subtype characterization on identification of potential cells and drugs to predict response to immune checkpoint inhibitors for hepatocellular carcinoma 2025-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101471 PMID:40092490	研究论文	本文通过免疫亚型分类，研究了肝细胞癌（HCC）患者对免疫检查点抑制剂（ICIs）反应的预测，并探讨了细胞异质性和候选药物的作用	本研究首次整合了细胞异质性和免疫表型分析，以预测HCC患者对ICIs的反应，并识别了与ICI反应相关的关键细胞和候选药物	研究样本量有限，且未进行大规模临床试验验证	预测肝细胞癌患者对免疫检查点抑制剂的反应，并探索相关细胞和药物	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	151个免疫相关基因集
3619	2025-03-19	The scRNA-sequencing landscape of pancreatic ductal adenocarcinoma revealed distinct cell populations associated with tumor initiation and progression 2025-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101323 PMID:40092486	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中与肿瘤起始和进展相关的不同细胞群体	首次在PDAC患者中通过单细胞RNA测序技术识别了与肿瘤起始和淋巴结转移相关的关键细胞群体和基因	样本量较小，仅包括8名PDAC患者，且未涉及其他类型的胰腺癌	探索胰腺导管腺癌（PDAC）的转录组景观，以理解其发展机制并寻找新的治疗策略	8名不同淋巴结转移状态的PDAC患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	8名PDAC患者
3620	2025-03-19	Radiation from frequent whole-body CT scans induces systemic immunosuppression and immune activation of tumor tissue 2025-Apr, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102326 PMID:40014978	研究论文	本研究探讨了重复全身CT扫描对系统性免疫、肿瘤免疫微环境及肿瘤控制的影响	首次揭示了重复全身CT扫描辐射诱导系统性免疫抑制和肿瘤组织免疫激活的现象	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明重复全身CT扫描对免疫系统及肿瘤控制的影响	Lewis肺癌小鼠模型	医学影像学	肺癌	ELISA、流式细胞术、免疫组化、RNA测序、单细胞测序	NA	生物样本数据	两组小鼠（对照组和多次全身CT扫描辐射组）