单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3601	2025-05-02	FOXM1 could serve as a bridge mediating prognosis and immunity for clear cell renal cell carcinoma via single-cell and bulk RNA-sequencing 2025-Apr-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02438-x PMID:40293585	研究论文	本研究探讨了FOXM1在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的预后和免疫调节作用	首次通过单细胞和批量RNA测序验证了FOXM1在ccRCC中作为预后和免疫调节桥梁的作用	研究主要基于公共数据库数据，需要更多实验验证	探究FOXM1在ccRCC预后和免疫治疗中的作用机制	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织和患者	癌症基因组学	肾细胞癌	批量RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化, qRT-PCR	Cox回归分析	RNA测序数据, 临床数据	TCGA数据库中的ccRCC样本
3602	2025-05-02	Mapping immune cell dynamics and macrophage plasticity in breast cancer tumor microenvironment through single-cell analysis 2025-Apr-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02419-0 PMID:40293603	研究论文	通过单细胞分析研究乳腺癌肿瘤微环境中免疫细胞动态和巨噬细胞可塑性	使用单细胞RNA测序技术和多种计算工具，全面分析乳腺癌中的免疫细胞亚群和巨噬细胞亚型，揭示了巨噬细胞亚型与乳腺癌细胞之间的潜在相互作用机制	NA	理解乳腺癌肿瘤微环境中免疫细胞与癌细胞之间的相互作用机制	乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和巨噬细胞亚型	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	Sc-Type, infercnv, CellChat, CytoTRACE, Monocle	单细胞RNA测序数据	NA
3603	2025-05-02	Epigenetic silencing of DNA sensing pathway by FOXM1 blocks stress ligand-dependent antitumor immunity and immune memory 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59186-3 PMID:40295473	研究论文	研究揭示了转录因子FOXM1通过表观遗传沉默DNA感知通路，抑制应激配体依赖的抗肿瘤免疫和免疫记忆的机制	首次发现FOXM1通过DNMT1-UHRF1复合物表观遗传沉默STING蛋白，从而抑制ULBP1表达，影响肿瘤免疫微环境	未涉及FOXM1在不同癌症类型中的普遍性验证	探究FOXM1在肿瘤免疫微环境中的作用机制	肿瘤细胞及其微环境	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3604	2025-05-02	Strigolactones optimise plant water usage by modulating vessel formation 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59072-y PMID:40295470	研究论文	研究揭示了独脚金内酯（SL）信号通路通过调节导管形成优化植物水分利用的机制	首次在单细胞水平上揭示了SL信号通路在导管形成中的负调控作用及其对植物水分利用的影响	研究仅限于拟南芥，未在其他植物物种中验证	探究植物维管组织发育调控机制及其与水分利用的关系	拟南芥的维管形成层干细胞（CSCs）及导管分子	植物生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
3605	2025-05-02	Unveiling fine-scale spatial structures and amplifying gene expression signals in ultra-large ST slices with HERGAST 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59139-w PMID:40295488	研究论文	提出HERGAST系统，用于超大规模和高分辨率空间转录组数据的空间结构识别和信号放大	设计了Divide-Iterate-Conquer框架处理超大规模空间转录组数据，构建异构图网络结合局部和全局空间关系	未明确提及	提升超大规模空间转录组数据的分析能力	超大规模和高分辨率空间转录组数据	空间转录组学	结直肠癌, 乳腺癌	空间转录组学技术	异构图网络	空间转录组数据	未明确提及
3606	2025-05-02	Disulfidptosis in tumor progression 2025-Apr-28, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02495-9 PMID:40295497	review	本文系统阐述了二硫键凋亡在肿瘤代谢重编程中的关键作用，重点关注其分子机制及与其他细胞死亡途径的区别	通过整合多组学数据和单细胞转录组学，全面解析了二硫键凋亡相关基因的异质性表达模式及其与免疫微环境重塑的动态相互作用	NA	探讨二硫键凋亡在肿瘤进展中的作用及其在精准肿瘤学中的潜在应用	二硫键凋亡相关基因（DRGs）和二硫键凋亡相关长链非编码RNA（DRLs）	肿瘤学	肿瘤	多组学数据整合、单细胞转录组学	NA	多组学数据、单细胞转录组数据	NA
3607	2025-05-02	DNA damage in proximal tubules triggers systemic metabolic dysfunction through epigenetically altered macrophages 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59297-x PMID:40295524	研究论文	研究发现肾近端小管上皮细胞的DNA损伤通过表观遗传学改变的巨噬细胞引发全身代谢功能障碍	揭示了肾脏DNA损伤通过巨噬细胞的表观遗传学改变影响全身代谢的新机制	未明确DNA损伤如何具体导致巨噬细胞基因低甲基化的分子机制	探究肾近端小管上皮细胞DNA损伤对全身代谢功能的影响	肾近端小管上皮细胞、巨噬细胞、脂肪组织和肝脏	表观遗传学	代谢功能障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3608	2025-05-02	Single-nucleus RNA sequencing reveals a preclinical model for the most common subtype of glioblastoma 2025-Apr-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08092-x PMID:40295632	研究论文	通过单核RNA测序技术，研究了一种免疫活性小鼠模型中胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤微环境（TME）的特征，并验证了该模型与人类GBM中最常见亚型的相似性	利用单核RNA测序（snRNA-seq）和Visium空间转录组学技术，首次在免疫活性小鼠模型中详细描述了GBM及其TME的特征，并识别了与神经回路整合、免疫逃逸和免疫抑制相关的关键靶点	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证，且样本量有限	探索胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤微环境（TME）特征，为开发新的治疗方法提供临床前模型	免疫活性小鼠模型中的胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）、Visium空间转录组学	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据、空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及不同阶段和处理的GBM干细胞
3609	2025-05-02	Integrated spatial and single cell transcriptomics identifies PRKDC as a dual prognostic biomarker and therapeutic target in hepatocellular carcinoma 2025-Apr-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98866-4 PMID:40295654	research paper	该研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学，揭示了PRKDC作为肝细胞癌（HCC）的双重预后生物标志物和治疗靶点	首次整合空间转录组学、单细胞转录组学和批量RNA-seq技术，揭示了PRKDC在HCC中的新角色及其与肿瘤免疫微环境的关联	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索PRKDC在HCC预后和治疗中的潜在作用	肝细胞癌（HCC）组织和细胞系	digital pathology	liver cancer	spatial transcriptomics, scRNA-seq, bulk RNA-seq, CNV analysis	NA	RNA sequencing data, genomic data	HCC组织样本和细胞系（具体数量未明确说明）
3610	2025-05-02	Unveiling the heterogeneity and immunotherapy potency of tumor-associated neutrophils in the tumor microenvironment of gastric cancer 2025-Apr-28, BMC gastroenterology IF:2.5Q2 DOI:10.1186/s12876-025-03920-0 PMID:40295944	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据集分析了胃癌肿瘤微环境中肿瘤相关中性粒细胞（TANs）的异质性及其与恶性胃上皮细胞的相互作用	揭示了TANs在胃癌肿瘤微环境中的异质性及其与恶性胃上皮细胞的相互作用模块，并发现RGS2在N4亚群中高表达，可能成为免疫治疗的潜在靶点	样本量较小（12个样本），且仅基于转录组数据，缺乏功能实验验证	探究胃癌肿瘤微环境中TANs的异质性及其免疫治疗潜力	胃癌肿瘤微环境中的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）和恶性胃上皮细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	12个样本（包括胃原发肿瘤、非肿瘤组织和转移性肿瘤）
3611	2025-05-02	Characterization of T cells in the progression of dry eye disease using single-cell RNA sequencing in mice 2025-Apr-28, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02607-2 PMID:40296131	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究小鼠干眼病进展过程中T细胞的特征	首次使用单细胞RNA测序和CyTOF技术揭示干眼病中T细胞的动态变化及其功能状态	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	阐明T细胞在干眼病进展中的调控作用	小鼠干眼病模型中的T细胞	免疫学	干眼病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 飞行时间质谱流式细胞术(CyTOF)	NA	基因表达数据	小鼠干眼病模型在不同时间点(D3和D7)的样本
3612	2025-05-02	Cardiac endothelial cells and cardiomyocytes alter their communication properties in diabetic mice 2025-Apr-28, Biological research IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s40659-025-00602-9 PMID:40296165	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了糖尿病小鼠心脏中心肌细胞和内皮细胞的异质性及其通讯特性	揭示了糖尿病心脏中内皮细胞和心肌细胞的异质性变化及其通讯网络的改变，特别是ANGPTL和SEMA4信号通路的增强	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	探索糖尿病心脏中心肌细胞和内皮细胞的异质性及其通讯特性	糖尿病小鼠心脏中的心肌细胞和内皮细胞	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自对照和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠的心脏组织
3613	2025-05-02	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	研究论文	研究揭示了中年时期脂肪祖细胞（APCs）在促进内脏脂肪生成中的关键作用	发现了一种新型的脂肪祖细胞亚群CP-A，其在中年时期显著增加并驱动活跃的脂肪生成	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究年龄依赖性脂肪重塑的分子机制及其与代谢疾病的关联	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
3614	2025-05-02	Prunella vulgaris: A potential molecule for the treatment of hepatocellular carcinoma 2025-Apr-25, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042267 PMID:40295240	研究论文	本研究评估了夏枯草（PV）在肝细胞癌（HCC）治疗中的潜力及其分子机制	首次系统性地识别了PV在HCC治疗中的关键生物活性成分及其分子机制，并提出了这些靶点作为新型生物标志物的潜力	研究主要基于体外实验，未来需要在体内实验和临床研究中进一步验证	探索夏枯草（PV）在肝细胞癌（HCC）治疗中的潜力及其分子机制	夏枯草（PV）的活性成分及其对HCC的作用靶点	药物发现	肝细胞癌	单细胞RNA测序、分子对接、体外实验	NA	基因表达数据	185个药物靶点和635个HCC相关靶点
3615	2025-05-02	Vitamin A treatment restores vision failures arising from Leber's hereditary optic neuropathy-linked mtDNA mutation 2025-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188962 PMID:40036074	research paper	该研究探讨了维生素A治疗对Leber遗传性视神经病变（LHON）相关mtDNA突变引起的视力障碍的恢复作用	揭示了LHON相关mtDNA突变导致视网膜细胞特异性缺陷的机制，并首次证明维生素A补充能显著改善视网膜功能和结构	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索LHON相关mtDNA突变的视网膜细胞特异性效应机制并寻找有效治疗方法	携带LHON相关ND6P25L突变的小鼠模型	mitochondrial retinopathy	Leber hereditary optic neuropathy (LHON)	single-cell RNA sequencing, electrophysiological analysis	mouse model	RNA sequencing data, electrophysiological data, morphological data	未明确说明小鼠数量
3616	2025-05-02	Spatial transcriptomics delineates potential differences in intestinal phenotypes of cardiac and classical necrotizing enterocolitis 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112166 PMID:40201118	研究论文	通过空间转录组学比较心脏性和经典坏死性小肠结肠炎（NEC）的肠道表型差异	首次使用空间转录组学揭示心脏性和经典NEC在免疫和上皮细胞层面的通路和网络差异	样本量较小，未明确说明具体样本数量	探究心脏性和经典坏死性小肠结肠炎的潜在病理机制差异	坏死性小肠结肠炎患者的回肠组织	数字病理学	坏死性小肠结肠炎	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
3617	2025-05-02	Regulatory T Cell Mimicry by a Subset of Mesenchymal GBM Stem Cells Suppresses CD4 and CD8 Cells 2025-04-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14080592 PMID:40277917	研究论文	本研究揭示了胶质母细胞瘤（GBM）中一类具有免疫抑制特性的间充质胶质瘤干细胞（GSCs）通过模仿调节性T细胞（Tregs）抑制CD4+和CD8+T细胞的机制	首次发现间充质GSCs通过TGFBR2依赖的机制模仿Tregs，形成免疫抑制性Treg样（ITL）状态，并鉴定出六基因ITL特征	研究主要基于体外实验和患者来源的细胞模型，临床样本验证仍需进一步扩展	阐明GBM免疫抑制微环境中GSCs的分子机制及其对T细胞功能的抑制作用	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）、CD4+和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、生物信息学分析、转基因表达、shRNA干扰	患者来源的GBM神经球模型	测序数据、临床数据、实验数据	患者来源的GSCs和临床GBM标本
3618	2025-05-02	Integrative bioinformatics analysis reveals mitochondrial-Immune crosstalk in depression and stroke: a multi-omics mechanistic exploration 2025-Apr-02, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111308 PMID:40058518	research paper	该研究通过生物信息学分析揭示了线粒体代谢与免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的相互作用	首次整合多组学数据探索线粒体-免疫串扰在抑郁症和中风中的作用机制，并识别了10个潜在治疗靶点药物	研究主要基于生物信息学分析，需要后续实验验证	阐明线粒体代谢和免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的相互作用	抑郁症和中风患者的基因表达数据	生物信息学	抑郁症,中风	基因表达分析,单细胞RNA测序	蛋白-蛋白相互作用网络分析	基因表达数据	来自抑郁症和中风数据集的多个基因表达谱
3619	2025-05-02	Application of bioinformatic tools in cell type classification for single-cell RNA-seq data 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108332 PMID:39793515	研究论文	本文比较和评估了支持向量机（SVM）四种不同核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	通过实验证明SVM的线性和sigmoid核函数在细胞分类中具有高准确率（约99%），且线性核函数计算速度显著快于其他核函数	仅测试了三种标准scRNA-seq数据集，可能无法代表所有情况	评估不同SVM核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	支持向量机（SVM）	基因表达数据	三种标准scRNA-seq数据集
3620	2025-05-02	PcoCas12a: A novel CRISPR enzyme from Prevotella copri enhancing TCR-T-cell tumor suppression 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139740 PMID:39800033	研究论文	本研究鉴定了一种新型基因编辑酶CRISPR/PcoCas12a，源自Prevotella copri，并展示了其在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制的能力	发现了一种新型CRISPR酶PcoCas12a，具有更广泛的编辑位点和更高的编辑效率，特别是在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制效果	未提及具体局限性	寻找并验证一种高效的基因编辑酶用于免疫细胞编辑，特别是T细胞治疗	CRISPR/PcoCas12a酶及其在TCR-T细胞中的应用	基因编辑	肿瘤	CRISPR基因编辑技术	NA	基因序列数据	未提及具体样本数量