单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3601	2025-02-13	Endothelial Heterogeneity in the Response to Autophagy Drives Small Vessel Muscularization in Pulmonary Hypertension 2024-Aug-06, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.068726 PMID:38873770	研究论文	本文研究了内皮细胞在缺氧条件下对自噬的不同反应如何导致肺动脉高压中的小血管肌肉化	揭示了自噬激活在肺动脉内皮细胞（PAECs）和微血管内皮细胞（MVECs）中的不同作用，以及这种差异如何导致血管重塑	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨内皮细胞在肺动脉高压中的异质性反应及其对血管重塑的影响	小鼠、大鼠和人类的内皮细胞	生物医学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织样本	小鼠、大鼠和人类肺组织样本
3602	2025-02-13	Single-cell RNA sequencing reveals placental response under environmental stress 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50914-9 PMID:39095385	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠胎盘在砷暴露下的反应，揭示了细胞类型特异性基因表达、功能和病理变化	首次在26种胎盘细胞类型中发现Prap1基因显著上调，并揭示了PRAP1在砷暴露下的性别偏向性增加及其在胎盘中的定位	研究主要基于小鼠模型，人类胎盘的反应可能有所不同	研究环境压力（如砷暴露）对胎盘的影响	小鼠胎盘细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠胎盘细胞
3603	2025-02-13	Characterisation of HBV and co-infection with HDV and HIV through spatial transcriptomics 2024-Aug, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2024-100067 PMID:39149129	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，评估了慢性乙型肝炎（CHB）患者肝内转录景观、细胞组成和生物途径，特别是在乙型肝炎病毒（HBV）与丁型肝炎病毒（HDV）或HIV共感染的情况下的特征	首次使用NanoString GeoMx数字空间分析平台，结合人类肝脏细胞图谱的训练矩阵，对HBV、HDV和HIV共感染患者的肝活检样本进行空间转录组学分析，揭示了与疾病状态和免疫反应相关的空间离散转录组特征和生物途径	样本量较小，仅包括三名未接受过治疗的患者，可能限制了结果的普遍性	评估空间转录组学方法在描述HBV、HDV和HIV共感染患者肝内转录景观、细胞组成和生物途径中的应用	慢性乙型肝炎（CHB）患者，特别是与HDV或HIV共感染的患者	数字病理学	乙型肝炎	NanoString GeoMx数字空间分析平台，人类全转录组图谱分析	加权基因相关网络分析	空间转录组数据	三名未接受过治疗的慢性HBV和HDV或HIV共感染患者的肝活检样本
3604	2025-02-13	Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive, and early onset prostate cancer using Mendelian Randomisation and tumour spatial transcriptomics 2024-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105168 PMID:38878676	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素	结合孟德尔随机化和空间转录组学数据，首次系统性地识别了与前列腺癌风险相关的蛋白质，并验证了其在肿瘤侵袭性中的作用	研究依赖于遗传预测的蛋白质水平，可能无法完全反映实际蛋白质表达情况	揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点	前列腺癌患者（总体、侵袭性和早发性）	生物信息学	前列腺癌	孟德尔随机化（MR）、空间转录组学	NA	遗传数据、转录组数据	2002种遗传预测的循环蛋白质水平，两个独立的癌症GWAS数据集（欧洲和非洲血统）
3605	2025-02-13	Single-cell analysis reveals lasting immunological consequences of influenza infection and respiratory immunization in the pig lung 2024-Jul, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1011910 PMID:39024231	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术，研究了猪肺部在H1N1pdm09感染或呼吸道免疫后21天的主要白细胞亚群，揭示了流感感染和呼吸道免疫在猪肺部中的持久免疫影响	首次在猪模型中结合单细胞RNA测序和流式细胞术，详细描述了流感感染和呼吸道免疫后的免疫细胞变化，并揭示了IL-1β在黏膜免疫中的作用	研究仅关注了感染或免疫后21天的免疫反应，未探讨更长时间点的免疫变化	研究流感感染和呼吸道免疫对猪肺部免疫细胞的持久影响	猪肺部的白细胞亚群	免疫学	流感	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	猪肺部样本
3606	2025-02-13	Hofbauer cells and fetal brain microglia share transcriptional profiles and responses to maternal diet-induced obesity 2024-06-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114326 PMID:38848212	研究论文	本研究探讨了母体饮食诱导的肥胖对胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞转录组的影响，并发现它们具有共同的转录程序和反应	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞在母体肥胖条件下的共同转录变化，并提出了霍夫鲍尔细胞作为胎儿大脑小胶质细胞编程的非侵入性生物标志物的潜力	研究主要基于小鼠模型，尽管与人类数据集进行了比较，但仍需进一步验证其在人类中的适用性	探索母体肥胖对胎儿大脑小胶质细胞编程的影响，并寻找非侵入性生物标志物以早期识别易患神经发育障碍的后代	小鼠模型中的胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞	生物医学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型和人类数据集的比较
3607	2025-02-13	Apolipoprotein E controls Dectin-1-dependent development of monocyte-derived alveolar macrophages upon pulmonary β-glucan-induced inflammatory adaptation 2024-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01830-z PMID:38671323	研究论文	本文研究了肺部低度炎症环境下，载脂蛋白E（ApoE）依赖的单核细胞源性肺泡巨噬细胞（ApoECD11b AMs）的发育及其功能	揭示了ApoE信号在单核细胞向ApoECD11b AMs分化中的关键作用，并发现这些细胞在肺部适应性和组织韧性中的重要性	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨肺部巨噬细胞在环境刺激下的功能和发育适应机制	小鼠模型中的单核细胞源性肺泡巨噬细胞	免疫学	肺部疾病	单细胞转录组学、高维成像、流式细胞术	NA	基因表达数据、图像数据	小鼠模型
3608	2025-02-13	Bulk and single-cell transcriptome datasets of the mouse fetal and adult rete ovarii and surrounding tissues 2024-Apr-13, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03227-x PMID:38615064	研究论文	本文介绍了小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织的批量、单细胞和核水平转录组数据集	首次对小鼠胎儿和成年卵巢网进行转录组分析，揭示了其在卵巢发育和女性成熟中的潜在作用	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	揭示卵巢网在卵巢发育和女性成熟中的功能	小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织	转录组学	NA	转录组分析	NA	转录组数据	Pax8-rtTA; Tre-H2B-GFP小鼠的胎儿和成年卵巢网组织
3609	2025-02-13	Targeting metabolic sensing switch GPR84 on macrophages for cancer immunotherapy 2024-Feb-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03603-3 PMID:38349405	研究论文	本文探讨了通过靶向巨噬细胞上的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的潜力	发现并验证了GPR84作为调控肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）抗肿瘤表型的重要代谢感应开关，并展示了其激动剂6-OAU在增强抗肿瘤免疫反应中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证GPR84激动剂的效果	探索通过调控巨噬细胞的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的策略	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其代谢感应开关GPR84	癌症免疫治疗	癌症	单细胞转录组数据分析	NA	转录组数据	多个肿瘤模型的小鼠数据
3610	2025-02-13	A model of human neural networks reveals NPTX2 pathology in ALS and FTLD 2024-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07042-7 PMID:38355792	研究论文	本文通过建立人类神经网络模型，揭示了ALS和FTLD中NPTX2的病理机制	通过诱导多能干细胞生成的iCoMoNSCs，建立了长期存活的功能性神经网络模型，揭示了TDP-43病理与NPTX2积累的直接联系	模型依赖于体外培养的细胞系统，可能无法完全模拟体内复杂的微环境	探索TDP-43病理的出现及其后果，特别是其在ALS和FTLD中的作用	诱导多能干细胞衍生的神经网络模型	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶变性（FTLD）	单细胞转录组学	iCoMoNSCs和iNets	单细胞转录组数据	NA
3611	2025-02-13	Innovative super-resolution in spatial transcriptomics: a transformer model exploiting histology images and spatial gene expression 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae052 PMID:38436557	研究论文	本文介绍了一种名为TransformerST的创新无监督模型，基于Transformer架构，用于提升空间转录组学数据的分辨率至单细胞水平	TransformerST模型无需参考单细胞RNA测序数据，通过视觉Transformer编码器识别图像-基因表达的潜在共表示，并利用自适应图Transformer模块增强空间相关性，显著提高了模型的准确性	NA	提升空间转录组学数据的分辨率至单细胞水平，并优化利用组织学图像和基因表达数据	空间转录组学数据，特别是Visium平台的数据	数字病理学	NA	空间转录组学	Transformer	图像，基因表达数据	NA
3612	2025-02-13	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:38898928	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明了血管平滑肌细胞（VSMC）增殖的分子决定因素	发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了它们在血管疾病中的潜在作用	研究主要基于体外实验和计算模型，需要进一步的体内实验验证	阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制，以寻找血管疾病的潜在治疗靶点	血管平滑肌细胞（VSMC）	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学、表观遗传分析	基因调控网络	单细胞RNA测序数据、表观遗传数据	NA
3613	2025-02-13	Interstitial macrophage phenotypes in Schistosoma-induced pulmonary hypertension 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1372957 PMID:38779688	研究论文	本文研究了血吸虫病引起的肺动脉高压中，间质巨噬细胞亚群的作用及其表型变化	首次通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术，识别并描述了血吸虫病引起的肺动脉高压中三种不同的间质巨噬细胞亚群及其功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨血吸虫病引起的肺动脉高压中，间质巨噬细胞亚群的作用及其表型变化	小鼠模型中的间质巨噬细胞亚群	生物医学	肺动脉高压	流式细胞术, 单细胞RNA测序 (scRNAseq)	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	未暴露和暴露于血吸虫卵后第1、3、7天的小鼠肺部和血液样本
3614	2025-02-13	The role of SASP in ischemic stroke: a deep dive into cellular mechanisms 2024, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2024.1513357 PMID:39931101	研究论文	本研究通过结合bulk和单细胞转录组分析，探讨了衰老相关分泌表型（SASP）在缺血性卒中（IS）中的作用及其细胞机制	首次通过单细胞测序技术揭示了SASP相关基因在IS中的表达变化及其对细胞间相互作用网络的影响，为IS的临床诊断和治疗提供了新的视角	研究主要基于小鼠模型和人类外周血样本，可能无法完全反映人类IS的复杂性	探讨SASP在IS发病机制中的作用及其对疾病进展的影响	人类外周血样本和MCAO小鼠模型	生物信息学	缺血性卒中	bulk和单细胞转录组分析，RT-qPCR	NA	转录组数据	人类外周血样本和MCAO小鼠模型
3615	2025-02-13	Transcriptional regulators of arterial and venous identity in the developing mammalian embryo 2023-Oct, Current opinion in physiology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.cophys.2023.100691 PMID:38328689	综述	本文综述了哺乳动物胚胎发育过程中动脉和静脉身份的转录调控机制	强调了转录调控在内皮细胞动脉和静脉身份获取中的重要性，并探讨了不同转录因子在这一过程中的作用	NA	探讨内皮细胞在发育过程中如何获得动脉和静脉身份的调控机制	哺乳动物胚胎的内皮细胞	生物医学	NA	单细胞RNA测序、细胞谱系追踪	NA	基因表达数据	NA
3616	2025-02-13	Distinct mechanisms for sebaceous gland self-renewal and regeneration provide durability in response to injury 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113121 PMID:37715952	研究论文	本文研究了皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制	揭示了皮脂腺在稳态下通过专用干细胞池自我更新，并在损伤后通过毛囊来源的干细胞再生，且再生过程依赖于FGFR2信号传导	未提及具体的研究局限性	探讨皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制	皮脂腺及其干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
3617	2025-02-13	Combined multidimensional single-cell protein and RNA profiling dissects the cellular and functional heterogeneity of thymic epithelial cells 2023-07-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39722-9 PMID:37429879	研究论文	本文通过结合多维单细胞蛋白质和RNA分析，解析了胸腺上皮细胞（TEC）的细胞和功能异质性	利用大规模并行流式细胞术和机器学习，将已知的TEC表型分解为新的亚群，并通过CITEseq将这些表型与细胞RNA谱定义的TEC亚型相关联	目前仅有极少数细胞标记物可用于TEC的表型识别	解析胸腺基质细胞的复杂性和TEC亚型的功能	胸腺上皮细胞（TEC）	单细胞分析	NA	大规模并行流式细胞术、CITEseq、机器学习	NA	蛋白质和RNA数据	NA
3618	2025-02-13	Tissue-Resident Memory T Cells in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Coexpress PD-1 and TIGIT and Functional Inhibition Is Reversible by Dual Antibody Blockade 2023-04-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0121 PMID:36689623	研究论文	本文通过飞行时间细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序技术，对胰腺导管腺癌（PDAC）患者肿瘤浸润T细胞群进行了表征，发现大量CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）共表达PD-1和TIGIT，并证明双抗体阻断可逆转其功能抑制	首次详细描述了PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征，特别是TRM细胞的PD-1和TIGIT共表达现象，并验证了双抗体阻断策略的有效性	研究主要基于体外实验，未进行体内验证，且样本量有限	探究PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征及其对免疫检查点阻断的反应	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤浸润T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	飞行时间细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	PDAC患者的肿瘤样本
3619	2025-02-13	Screening cell-cell communication in spatial transcriptomics via collective optimal transport 2023-02, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01728-4 PMID:36690742	研究论文	本文介绍了一种名为COMMOT的新方法，用于在空间转录组学中推断细胞间通讯（CCC），考虑了配体和受体之间的竞争以及细胞间的空间距离	开发了一种集体最优传输方法，以处理复杂的分子相互作用和空间约束，并引入了下游分析工具来推断空间信号方向性和受信号调控的基因	NA	研究空间转录组学中的细胞间通讯（CCC）	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	空间转录组技术	机器学习模型	空间转录组数据	八个空间数据集，使用五种不同技术获取
3620	2024-08-07	Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data 2019-Oct-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.08.003 PMID:31647917	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA