单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3581 - 3600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3581 | 2025-10-06 |
aKNNO: single-cell and spatial transcriptomics clustering with an optimized adaptive k-nearest neighbor graph
2024-Aug-01, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03339-y
PMID:39090647
|
研究论文 | 开发了一种名为aKNNO的单细胞和空间转录组学聚类方法，通过优化自适应k近邻图同时识别丰富和稀有细胞类型 | 提出基于优化自适应k近邻图的聚类方法，能够同时准确识别丰富和稀有细胞类型，解决了现有方法在这两个目标间的权衡问题 | 仅使用基因表达数据，未整合其他多组学信息 | 开发更准确的单细胞和空间转录组学聚类算法 | 单细胞和空间转录组学数据中的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 自适应k近邻图优化 | 基因表达数据 | 38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 3582 | 2025-10-06 |
A robust model for cell type-specific interindividual variation in single-cell RNA sequencing data
2024-Jun-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49242-9
PMID:38898015
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研究论文 | 开发了一种名为CTMM的新模型，用于检测和量化单细胞RNA测序数据中细胞类型特异性个体间变异 | 首次提出专门针对细胞类型特异性个体间变异的线性混合模型，能够识别传统方法难以发现的阶段特异性变异基因 | 单细胞RNA测序样本量相对较小，模型校准具有挑战性 | 开发统计模型来解析单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性个体间变异 | 人类诱导多能干细胞分化过程中的转录组变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3583 | 2025-10-06 |
Dysfunction of infiltrating cytotoxic CD8+ T cells within the graft promotes murine kidney allotransplant tolerance
2024-Jun-18, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI179709
PMID:38888968
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现，小鼠肾脏异体移植耐受性与浸润性CD8+ T细胞在移植物内重编程为耗竭/调节样表型相关 | 首次揭示细胞毒性CD8+ T细胞在移植肾脏内通过IFN-γ介导重编程为耗竭/调节样表型，并提出'防御性耐受'新概念 | 研究仅限于小鼠模型，CD8-KO实验表明调节样表型细胞对耐受诱导并非必需，机制尚未完全阐明 | 探究肾脏异体移植耐受的免疫学机制 | 小鼠肾脏异体移植模型和CD8+ T细胞 | 免疫学 | 移植免疫 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，过继性T细胞转移 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3584 | 2025-10-06 |
A pathologically expanded, clonal lineage of IL-21-producing CD4+ T cells drives inflammatory neuropathy
2024-Jun-11, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178602
PMID:39087473
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术鉴定出驱动炎症性神经病变的IL-21产生型CD4+ T细胞克隆谱系 | 首次发现IL-21表达CD4+ T细胞在炎症性神经病变中的克隆扩增和多功能特性，揭示Tfh/Tph细胞亚群共同谱系分化途径 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明炎症性神经病变中致病性CD4+ T细胞的关键特性 | 炎症性神经病变小鼠模型中外周神经组织 | 免疫学 | 炎症性神经病变 | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 3585 | 2025-10-06 |
Self-regulating CAR-T cells modulate cytokine release syndrome in adoptive T-cell therapy
2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20221988
PMID:38607370
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研究论文 | 本研究开发了能够自我调节的自体CAR-T细胞，通过分泌细胞因子抑制剂减轻细胞因子释放综合征 | 首次设计能够分泌托珠单抗衍生单链可变片段的CAR-T细胞，实现自我调节炎症反应 | 研究基于人源化小鼠模型，尚未进行人体临床试验 | 改善CAR-T细胞治疗的安全性并同时增强疗效 | CD19 CAR-T细胞和细胞因子释放综合征 | 免疫治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人源化NSG-SGM3小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3586 | 2025-10-06 |
Vascular restoration through local delivery of angiogenic factors stimulates bone regeneration in critical size defects
2024-Jun, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.07.003
PMID:39100886
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析骨缺损修复机制，并开发了搭载Spp1和Cxcl12的PCL/PLGA支架材料促进血管生成和骨再生 | 首次在单细胞水平揭示临界尺寸骨缺损中血管生成障碍的关键机制，并创新性地开发了可局部缓释Spp1和Cxcl12的双电纺支架材料 | 研究仅在小鼠模型中进行验证，尚未在大型动物或临床实验中测试 | 探索临界尺寸骨缺损的修复机制并开发促进骨再生的新型治疗方法 | 小鼠临界尺寸骨缺损模型及再生组织中的细胞群体 | 骨组织工程 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序，电纺丝技术，电喷雾技术 | NA | 单细胞RNA测序数据，组织学数据，行为学数据 | 小鼠骨缺损模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3587 | 2025-10-06 |
Integrated Single-cell Multiomic Analysis of HIV Latency Reversal Reveals Novel Regulators of Viral Reactivation
2024-05-09, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae003
PMID:38902848
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研究论文 | 通过整合单细胞多组学分析揭示HIV潜伏逆转的新调控因子 | 首次结合scRNA-seq和scATAC-seq技术同时分析潜伏感染细胞的转录组和表观基因组特征，并利用机器学习预测病毒再激活 | 研究仅针对CD4+ T细胞，未涉及其他潜在HIV潜伏库细胞类型 | 揭示HIV潜伏逆转的分子机制和新型调控因子 | 约125,000个潜伏感染的原代CD4+ T细胞 | 单细胞多组学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 约125,000个原代CD4+ T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 3588 | 2025-10-06 |
Young glial progenitor cells competitively replace aged and diseased human glia in the adult chimeric mouse brain
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01798-5
PMID:37460676
|
研究论文 | 本研究通过移植年轻健康的人类胶质祖细胞成功替代成年嵌合小鼠大脑中的衰老和病变胶质细胞 | 首次发现年轻健康胶质祖细胞在成年大脑中具有竞争优势，能够通过YAP1/MYC/E2F信号通路取代衰老和病变胶质细胞 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床环境中验证 | 探究健康胶质细胞是否能在成年前脑中竞争取代病变人类胶质细胞 | 人类胶质祖细胞和亨廷顿病模型小鼠 | 神经科学 | 亨廷顿病 | 单细胞RNA测序 | 嵌合小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3589 | 2025-10-06 |
Marmosets contain multitudes
2024-Apr-25, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97866
PMID:38661001
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示狨猴携带来自其兄弟姐妹的遗传差异细胞的程度 | 利用单细胞RNA测序技术首次在狨猴中量化了来自兄弟姐妹的遗传嵌合细胞 | NA | 研究狨猴体内遗传嵌合现象 | 狨猴细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3590 | 2025-10-06 |
Stimulator of Interferon Genes Pathway Activation through the Controlled Release of STINGel Mediates Analgesia and Anti-Cancer Effects in Oral Squamous Cell Carcinoma
2024-Apr-21, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12040920
PMID:38672274
|
研究论文 | 本研究开发了STINGel缓释制剂，通过激活干扰素基因刺激因子通路，在口腔鳞状细胞癌模型中同时实现镇痛和抗癌效果 | 开发了延长STING激动剂可用时间的缓释制剂STINGel，首次系统研究其在口腔鳞癌疼痛管理中的作用机制 | 研究局限于动物模型，尚未进行临床试验验证 | 研究STINGel缓释制剂对口腔鳞状细胞癌疼痛的镇痛作用及其机制 | 口腔鳞状细胞癌动物模型 | 癌症研究 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，行为学检测 | NA | 基因表达数据，行为学数据 | 两种口腔鳞癌模型 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3591 | 2025-10-06 |
BuDDI: BulkDeconvolution withDomainInvariance to predict cell-type-specific perturbations from bulk
2024-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.20.549951
PMID:37503097
|
研究论文 | 提出BuDDI方法，通过域适应技术整合单细胞和批量RNA-seq数据来预测细胞类型特异性扰动效应 | 使用变分自编码器学习四个独立潜在空间，能够模拟细胞类型特异性扰动响应，无需单细胞扰动数据训练 | NA | 开发从批量数据推断细胞类型特异性扰动效应的方法 | 单细胞RNA-seq数据和批量RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | 变分自编码器(VAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3592 | 2025-10-06 |
Uncover spatially informed variations for single-cell spatial transcriptomics with STew
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae064
PMID:38827413
|
研究论文 | 提出一种名为STew的空间转录组多视图表示学习方法，用于联合分析空间信息和基因表达 | 开发了首个空间转录组多视图表示学习方法，能够有效利用空间信息揭示与基因表达共享的变异 | NA | 解决空间转录组数据分析中有效利用空间信息的挑战 | 人类背外侧前额叶皮层、小鼠主嗅球和银屑病皮肤组织 | 空间转录组学 | 银屑病 | 空间转录组学 | 多视图表示学习 | 空间转录组数据 | 多个数据集，包含数千个空间位置 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium, Slide-seqV2 | 10x Visium空间转录组技术、Slide-seqV2技术、10x Xenium单细胞空间转录组技术 |
| 3593 | 2025-10-06 |
Genetic and Functional Analyses of Cutibacterium Acnes Isolates Reveal the Association of a Linear Plasmid with Skin Inflammation
2024-01, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.05.029
PMID:37478901
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研究论文 | 本研究通过遗传和功能分析揭示痤疮丙酸杆菌携带线性质粒与皮肤炎症的关联 | 发现线性质粒的存在与痤疮丙酸杆菌的促炎能力相关，表明菌株类型不足以预测炎症反应 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，需要进一步人体验证 | 探究不同痤疮丙酸杆菌菌株类型与皮肤炎症的关系 | 痤疮丙酸杆菌分离株 | 微生物学 | 痤疮 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 从健康受试者和痤疮患者皮肤拭子分离的痤疮丙酸杆菌菌株 | NA | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3594 | 2025-10-06 |
Aggressive high-grade NF2 mutant meningiomas downregulate oncogenic YAP signaling via the upregulation of VGLL4 and FAT3/4
2024 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdae148
PMID:39380691
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研究论文 | 本研究揭示侵袭性高级别NF2突变脑膜瘤通过上调VGLL4和FAT3/4下调致癌YAP信号通路 | 首次发现侵袭性NF2突变脑膜瘤中YAP1靶基因表达降低与VGLL4和FAT3/4表达升高相关 | 研究主要基于体外细胞系实验，需要更多体内实验验证 | 探究不同级别NF2突变脑膜瘤对YAP活性的依赖性差异 | 人类脑膜瘤组织和细胞系 | 肿瘤生物学 | 脑膜瘤 | RNA-Seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大型人类脑膜瘤队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3595 | 2025-10-06 |
Evaluating methods for integrating single-cell data and genetics to understand inflammatory disease complexity
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1454263
PMID:39703500
|
研究论文 | 评估整合单细胞数据与遗传学数据以理解炎症疾病复杂性的方法 | 首次对三种整合GWAS和scRNA-seq的算法进行系统性基准测试，并评估非编码SNP整合方法 | 依赖现有单细胞技术，缺乏疾病特异性图谱时结果可能产生误导 | 开发评估整合遗传学和单细胞数据方法的框架，以识别炎症疾病中遗传相关的细胞状态和基因 | 类风湿性关节炎和溃疡性结肠炎患者 | 生物信息学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | scGWAS, scDRS, scPagwas, MAGMA | 单细胞RNA测序数据, GWAS数据 | 单细胞数据：183,742和228,211个细胞；GWAS数据：97,173和45,975个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3596 | 2025-10-06 |
Proteostasis governs differential temperature sensitivity across embryonic cell types
2023-11-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.10.013
PMID:37949057
|
研究论文 | 本研究通过全动物单细胞RNA测序揭示了不同胚胎细胞类型对温度敏感性的差异机制 | 首次使用全动物单细胞RNA测序技术系统分析温度胁迫下斑马鱼胚胎发育，发现脊索鞘细胞因蛋白质稳态失衡导致发育缺陷 | 研究仅针对斑马鱼胚胎，结果在其他物种中的普适性需要进一步验证 | 探究胚胎发育过程中不同细胞类型对温度敏感性的分子基础 | 斑马鱼胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数百个斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 全动物单细胞RNA测序 |
| 3597 | 2025-10-06 |
Identification of PHACTR4 as A New Biomarker for Diabetic Nephropathy and Its Correlation with Glomerular Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration
2023-11, Iranian journal of kidney diseases..
IF:0.8Q4
DOI:10.52547/ijkd.7858
PMID:38043109
|
研究论文 | 本研究通过整合微阵列和单细胞测序数据，鉴定出PHACTR4作为糖尿病肾病的新型生物标志物，并揭示其与肾小球内皮功能障碍和免疫浸润的关联 | 首次发现PHACTR4在糖尿病肾病中的关键作用，并阐明其与肾小球内皮细胞功能障碍和免疫细胞浸润的分子机制 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于体外细胞模型，缺乏动物模型和临床样本的进一步验证 | 鉴定与糖尿病肾病肾小球内皮细胞功能障碍相关的生物标志物 | 糖尿病肾病患者的基因表达数据和肾小球内皮细胞 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 微阵列测序,单细胞RNA测序,RT-PCR,WGCNA,LASSO回归,ssGSEA | 逻辑回归模型 | 基因表达数据 | GSE30528和GSE131882数据集中的糖尿病肾病和对照组样本 | NA | 单细胞RNA-seq,微阵列 | NA | NA |
| 3598 | 2025-10-06 |
Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.19.558548
PMID:37786667
|
研究论文 | 提出一种名为Bering的图深度学习模型，用于空间转录组数据的联合细胞分割和分子注释 | 利用转录共定位关系进行联合噪声感知细胞分割，通过转移图嵌入实现多模态输入，并构建预训练模型提高泛化能力 | 未明确说明模型在特定组织类型或技术平台上的性能限制 | 解决空间转录组学中细胞分割和注释的准确性问题 | 空间转录组数据中的单个细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序技术 | 图深度学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3599 | 2025-10-06 |
A spatially mapped gene expression signature for intestinal stem-like cells identifies high-risk precursors of gastric cancer
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.558462
PMID:37786704
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法识别了胃肠化生中高风险前体病变的26基因表达特征 | 首次通过空间转录组学定位了高风险胃肠化生前体病变中异常肠干样细胞的基因表达特征 | 样本量相对有限，特别是空间验证队列仅包含5个样本 | 识别胃肠化生高风险前体病变的分子生物标志物以改善癌症预防 | 胃肠化生患者组织样本和胃癌样本 | 空间转录组学 | 胃癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 单分子多重荧光原位杂交 | NA | 基因组数据, 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 组织学图像 | 303个GIM样本, 198个TCGA样本, 40个scRNA-seq样本, 5个空间验证样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3600 | 2025-10-06 |
DISCERN: deep single-cell expression reconstruction for improved cell clustering and cell subtype and state detection
2023-09-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03049-x
PMID:37730638
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研究论文 | 提出DISCERN深度学习网络，通过参考数据集精确重建单细胞基因表达缺失数据 | 开发新型深度生成网络，能准确重建缺失的单细胞基因表达数据，显著改善细胞聚类和细胞亚型检测 | NA | 改进单细胞测序数据分析中的细胞聚类和细胞亚型识别 | 单细胞基因表达数据 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞测序 | 深度生成网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |