单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3581	2025-02-27	Meta-atlas of Juvenile and Adult Enteric Neuron scRNA-seq for Dataset Comparisons and Consensus on Transcriptomic Definitions of Enteric Neuron Subtypes 2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.31.621315 PMID:39574584	研究论文	本文通过整合多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集，旨在识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	通过数据整合生成肠神经元类型的共识视图，提高了稀有神经元类别的分辨率，为疾病状态下肠神经元的变化提供了新的理解	未来的研究需要将这些深度转录组数据与历史分类系统连接起来	识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	小鼠的肠神经系统	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集
3582	2025-02-27	Characterization of an orthotopic mouse transplant model reveals early changes in the tumor microenvironment of lung cancer 2024-Nov, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:39044458	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了Lewis肺癌细胞系在小鼠原位移植模型中的早期肿瘤微环境变化	利用单细胞RNA测序技术，首次在Lewis肺癌细胞系中观察到Kras G12C突变细胞的分子动态变化，并揭示了肿瘤微环境中的早期基因表达变化	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类肺癌的复杂性	研究肺癌早期阶段的细胞和分子动态变化	Lewis肺癌细胞系（LLC）及其在小鼠模型中的原位移植	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠原位移植模型	RNA测序数据	NA
3583	2025-02-27	Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07571-1 PMID:39567783	研究论文	本文通过整合25个单细胞RNA测序数据集，构建了一个包含约110万细胞和136种精细细胞状态的健康胃肠道参考图谱，并在此基础上分析了12种胃肠道疾病数据集，揭示了炎症性肠道疾病中的上皮细胞化生现象	开发了新的自动化质量控制方法（scAutoQC），并构建了一个包含160万细胞的资源库（gutcellatlas.org），首次揭示了炎症性肠道疾病中干细胞来源的上皮细胞化生现象	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	研究胃肠道组织在健康和疾病状态下的细胞组成，特别是炎症性肠道疾病中的细胞变化	健康对照和胃肠道疾病患者的单细胞RNA测序数据	基因组学	胃肠道疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	385个样本，来自189名健康对照
3584	2025-02-27	A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07944-6 PMID:39567784	研究论文	本文通过建立胸腺的定量形态学框架，结合多模态单细胞图谱、空间转录组学和高分辨率多重成像数据，绘制了人类胸腺细胞的空间图谱，揭示了胎儿发育早期胸腺细胞成熟和选择过程的微观解剖基础	提出了胸腺的定量形态学框架——皮质-髓质轴，并应用于多模态数据，揭示了胎儿发育早期胸腺细胞成熟和选择的关键过程	研究主要集中于胎儿发育早期，未涵盖青春期胸腺退化的过程	揭示人类胸腺细胞在胎儿发育早期的空间分布和成熟过程	人类胸腺细胞，特别是胸腺上皮细胞和T细胞	数字病理学	NA	空间转录组学、高分辨率多重成像	NA	单细胞图谱、空间转录组数据、成像数据	胎儿发育早期的胸腺组织样本
3585	2025-02-27	A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08189-z PMID:39567793	研究论文	本文通过多组学分析，构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱，揭示了骨骼和关节形成过程中的细胞状态、表观遗传过程和关键调控因子	结合转录组和表观遗传数据，揭示了胚胎骨骼中区域特异的骨祖细胞轨迹，并描述了调控网络；开发了新工具ISS-Patcher和SNP2Cell，用于细胞簇的空间定位和多基因性状的细胞类型特异性调控网络分析	研究主要聚焦于5至11周的人类胚胎发育阶段，可能无法完全反映整个骨骼发育过程	揭示人类胚胎骨骼发育过程中的细胞命运决定机制	人类胚胎骨骼和关节发育	生物信息学	NA	转录组分析、表观遗传分析、空间转录组学	NA	转录组数据、表观遗传数据、空间转录组数据	约336,000个核滴
3586	2025-02-27	Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.07.611010 PMID:39282370	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析，研究了多发性硬化症（MS）患者脑脊液和血液中的CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性	首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，揭示了MS患者脑脊液中高度扩增和激活的CD8+ T细胞的抗原特异性，并识别了EBV抗原和多个新的模拟表位	样本量相对较小，且仅针对未接受治疗的患者，可能无法全面反映所有MS患者的情况	研究多发性硬化症（MS）中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性	多发性硬化症（MS）患者和对照参与者的脑脊液和血液样本	生物医学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（RNA-seq）、T细胞受体测序（TCR-seq）	NA	RNA序列数据、T细胞受体序列数据	一组未接受治疗的MS患者和对照参与者
3587	2025-02-27	MCAM is a prognostic biomarker in patients with liver cirrhosis and HCC 2024-Oct-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000532 PMID:39992088	研究论文	本研究探讨了MCAM在慢性肝病、肝硬化和肝细胞癌（HCC）患者中的表达，并评估了可溶性MCAM（sMCAM）作为预后血液生物标志物的潜力	首次将sMCAM作为血液生物标志物，用于预测肝硬化和HCC患者的疾病进展和生存率	样本量相对较小，尤其是健康对照组仅有8例	评估sMCAM作为肝硬化和HCC患者预后血液生物标志物的潜力	慢性肝病、肝硬化和HCC患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学分析	NA	转录组数据、血浆样本	健康对照组8例，慢性肝病患者66例，肝硬化患者236例，HCC患者72例
3588	2025-02-27	Bin2cell reconstructs cells from high resolution Visium HD data 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae546 PMID:39250728	研究论文	本文介绍了一种名为Bin2cell的工具，用于从高分辨率Visium HD数据中重建细胞	Bin2cell通过结合形态学图像分割和基因表达信息，从2微米分辨率的数据中重建细胞，提高了下游分析的准确性	未明确提及具体局限性	开发一种工具以从高分辨率Visium HD数据中重建细胞，以改进单细胞和空间转录组学分析	小鼠脑组织和人类结直肠癌数据	数字病理学	结直肠癌	Visium HD平台	NA	转录组数据和形态学图像	未明确提及具体样本数量
3589	2025-02-27	Adaptation to ex vivo culture reduces human hematopoietic stem cell activity independently of the cell cycle 2024-08-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021426 PMID:38805639	研究论文	本研究通过时间分辨单细胞RNA测序和体内功能分析，揭示了人类长期造血干细胞（LT-HSC）在体外培养中的功能丧失机制	研究发现LT-HSC在体外培养中的功能丧失与细胞周期进展无关，并提出了通过抑制JAK/STAT信号通路来改善HSC功能的策略	研究主要关注LT-HSC在体外培养中的早期适应过程，未涉及长期培养的影响	研究旨在揭示人类LT-HSC在体外培养中功能丧失的机制，并探索改善HSC功能的策略	人类长期造血干细胞（LT-HSC）	细胞生物学	NA	时间分辨单细胞RNA测序，体内功能分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3590	2025-02-27	Patient-derived organoid biobank identifies epigenetic dysregulation of intestinal epithelial MHC-I as a novel mechanism in severe Crohn's Disease 2024-Aug-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332043 PMID:38857990	研究论文	本研究通过建立患者来源的肠道类器官生物库，揭示了肠道上皮MHC-I表观遗传失调在严重克罗恩病中的新机制	首次发现并验证了肠道上皮MHC-I的表观遗传调控在克罗恩病发病机制中的关键作用，并开发了疾病预后的表观遗传分子标志物	研究主要基于体外类器官模型和小鼠模型，需要进一步在人体内验证其临床适用性	探讨肠道上皮DNA甲基化在克罗恩病发病机制中的作用	168名患者的312个肠道上皮类器官（包括克罗恩病、溃疡性结肠炎患者及健康对照）	数字病理学	克罗恩病	全基因组分子分析、DNA甲基化分析、批量及单细胞RNA测序、基因编辑	NA	DNA甲基化数据、RNA测序数据	168名患者的312个肠道上皮类器官
3591	2025-02-27	POSTN+ cancer-associated fibroblasts determine the efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2024-Jul-27, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008721 PMID:39067872	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据集，结合空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了POSTN+癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝细胞癌（HCC）免疫治疗抵抗中的关键作用	首次系统性地研究了CAF亚群的特征及其在肿瘤微环境中的动态交流，特别是POSTN+ CAFs在特定肿瘤位置作为免疫反应屏障的作用	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，可能缺乏对CAF功能机制的深入实验验证	探讨肝细胞癌免疫治疗抵抗的机制，以提高患者预后	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学，多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据，免疫荧光图像	220个样本，来自六个数据集
3592	2025-02-27	Double-negative B cells and DNASE1L3 colocalise with microbiota in gut-associated lymphoid tissue 2024-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48267-4 PMID:38744839	研究论文	本文通过空间转录组学和多路单细胞技术，揭示了双阴性2型B细胞在健康肠道相关淋巴组织中的存在及其与树突状细胞的相互作用	首次发现双阴性2型B细胞在健康肠道相关淋巴组织中的存在，并揭示其与表达DNASE1L3和C1q的树突状细胞的相互作用	研究主要基于人类样本，未在小鼠中观察到相同现象，可能限制了结果的普适性	探讨肠道相关淋巴组织对细菌的初始反应及细菌处理机制	双阴性2型B细胞、树突状细胞、DNASE1L3、C1q	免疫学	自身免疫疾病	空间转录组学、多路单细胞技术	NA	单细胞数据	人类肠道相关淋巴组织样本
3593	2025-02-27	Adult Human, but Not Rodent, Spermatogonial Stem Cells Retain States with a Foetal-like Signature 2024-04-24, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13090742 PMID:38727278	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了人类和啮齿动物精原干细胞（SSCs）的转录状态，揭示了人类成年精原干细胞保留胎儿样特征的状态	研究发现人类成年精原干细胞中存在一种胎儿样特征的状态0B，这种状态在啮齿动物中不会持续到成年，表明不同物种在确保生育力和基因组完整性方面采取了不同的进化策略	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证来确认这些转录状态的功能意义	研究旨在揭示人类和啮齿动物精原干细胞在发育和物种间的转录异质性	人类和啮齿动物的精原干细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	34个青春期后人类睾丸样本，28个胎儿和青春期前样本，以及来自绵羊、猪、水牛、猕猴、大鼠和小鼠的数据
3594	2025-02-27	The rise of single-cell transcriptomics in yeast 2024-04, Yeast (Chichester, England) DOI:10.1002/yea.3934 PMID:38403881	review	本文回顾了酵母单细胞转录组学（scRNA-seq）的当前技术，探讨了其优缺点，并展望了新技术的发展潜力	本文首次系统性地总结了酵母单细胞转录组学技术的现状，并提出了未来技术发展的方向	由于酵母细胞壁、细胞体积小和RNA含量少等固有特性，scRNA-seq在酵母中的应用受到技术限制	探讨酵母单细胞转录组学技术的现状及其在基础和应用研究中的潜力	酵母	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3595	2025-02-27	A single-cell atlas enables mapping of homeostatic cellular shifts in the adult human breast 2024-Apr, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01688-9 PMID:38548988	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，构建了一个包含55名接受乳房缩小术或风险降低乳房切除术的捐赠者的人类乳腺细胞图谱	首次通过单细胞RNA测序技术构建了人类乳腺细胞图谱，并揭示了年龄、生育史和基因突变对乳腺细胞稳态的影响	研究样本主要来自接受手术的捐赠者，可能无法完全代表普通人群	研究人类乳腺细胞的稳态变化及其与乳腺癌风险的关系	55名接受乳房缩小术或风险降低乳房切除术的捐赠者的乳腺细胞	单细胞测序	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	55名捐赠者，超过800,000个细胞
3596	2025-02-27	Gene module reconstruction elucidates cellular differentiation processes and the regulatory logic of specialized secretion 2023-Dec-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.29.573643 PMID:38234833	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）发育轨迹重建分化过程，以斑马鱼脊索和孵化腺为模型系统，揭示基因模块识别方法及其在细胞分化过程中的应用	提出了一种整合表达和功能相似性的基因模块识别方法，揭示了已知和新关联的分化过程及其时间顺序	研究局限于斑马鱼脊索和孵化腺，未涉及其他生物或组织	研究细胞分化过程中的基因模块重建及其调控逻辑	斑马鱼脊索和孵化腺	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	斑马鱼胚胎
3597	2025-02-27	Mitochondrial integrated stress response controls lung epithelial cell fate 2023-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06423-8 PMID:37558881	研究论文	本文研究了线粒体复合物I在肺上皮细胞命运调控中的作用，特别是在出生后肺泡发育中的重要性	揭示了线粒体复合物I依赖的NAD再生在细胞命运决定中的新机制，通过防止病理性的综合应激反应（ISR）诱导	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨线粒体复合物I在肺上皮细胞命运调控中的作用	小鼠肺上皮细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
3598	2025-02-27	Dynamic Changes in the Gene Expression Patterns and Lipid Profiles in the Developing and Maturing Meibomian Glands 2022-Jul-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23147884 PMID:35887230	研究论文	本研究通过分析小鼠从新生儿到成年期睑板腺的脂质组和转录组，揭示了睑板腺发育和成熟过程中的生理变化	首次使用单细胞RNA测序技术分析了年轻和成年小鼠的睑板腺转录组，揭示了多种独特的睑板腺细胞群体及其在脂质生成中的不同作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类睑板腺的类似研究	揭示睑板腺发育和成熟过程中的分子机制和脂质生成变化	小鼠的睑板腺	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据、脂质组数据	从新生儿到成年期的小鼠睑板腺样本
3599	2025-02-26	Exploring immune gene expression and potential regulatory mechanisms in anaplastic thyroid carcinoma using a combination of single-cell and bulk RNA sequencing data 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108311 PMID:39674047	研究论文	本研究通过结合单细胞和批量RNA测序数据，探索了未分化甲状腺癌（ATC）中的免疫基因表达及其潜在调控机制	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了ATC中的差异表达免疫基因，并发现了潜在的调控转录因子和药物靶点	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	识别ATC中的新型治疗靶点，以改善ATC的诊断和治疗	未分化甲状腺癌（ATC）和乳头状甲状腺癌（PTC）	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的ATC和PTC样本
3600	2025-02-26	Development of a centrosome amplification-associated signature in kidney renal clear cell carcinoma based on multiple machine learning models 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108317 PMID:39675190	研究论文	本研究通过多种机器学习模型开发了与肾透明细胞癌（KIRC）中心体扩增相关的特征，并评估了其对预后和治疗反应的预测能力	首次构建了与KIRC中心体扩增相关的预后指数（CAAPI），并揭示了其在肿瘤微环境调节和免疫治疗反应中的重要作用	研究主要依赖于TCGA-KIRC数据集，外部验证数据集较少，可能影响结果的普适性	探索中心体扩增相关特征在KIRC预后和治疗反应预测中的作用	肾透明细胞癌（KIRC）患者	机器学习	肾癌	随机生存森林分析、Cox回归分析、单细胞RNA测序	随机生存森林、Cox回归模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA-KIRC数据集、ICGC和GEO数据集用于验证，单细胞RNA测序数据来自GSE159115