单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3581	2025-03-25	Targeting Fibroblast-Endothelial Interactions in LAM Pathogenesis: 3D Spheroid and Spatial Transcriptomic Insights for Therapeutic Innovation 2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.12.544372 PMID:37398026	研究论文	本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并通过3D球体模型和空间转录组学提出了治疗创新	使用空间转录组学技术识别了与肌成纤维细胞相关的激酶信号通路基因簇，并验证了多激酶抑制剂sorafenib在减少LAMF-LEC球体侵袭中的效果优于Rapamycin	研究主要基于体外3D球体模型，尚未进行体内实验验证	探索LAM发病机制中成纤维细胞-内皮细胞相互作用的分子机制并寻找潜在治疗靶点	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者的肺组织、原代LAM相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴管内皮细胞（LECs）	分子病理学	淋巴管平滑肌瘤病	空间转录组学、3D共培养球体模型、激酶阵列分析	3D球体共培养模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明样本数量（使用原代LAMFs和LECs）
3582	2025-03-25	Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident 2024-06-28, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356 PMID:38941479	research paper	该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并建立驻留记忆的能力	发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)虽然不能分化为其他循环记忆群体，但仍保留进入组织并建立驻留记忆的灵活性	研究主要基于小鼠模型，人类KLRG1+ T细胞是否具有相同特性尚需验证	探究KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染中的行为特征和功能	KLRG1+ CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
3583	2025-03-25	Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj9173 PMID:38905344	研究论文	构建了跨物种的背根神经节和半月神经节细胞图谱，以促进不同研究和物种间细胞类型的比较	创建了一个协调的细胞图谱，涵盖了六个物种和31个数据集中的18种神经元和11种非神经元细胞类型，改进了稀疏神经元亚型的注释	研究中未明确指出样本量的具体限制，但跨物种比较可能存在生物学差异的挑战	比较不同物种间背根神经节和半月神经节细胞类型的转录组差异，为未来镇痛药物开发提供指导	背根神经节（DRG）和半月神经节（TG）的神经元和非神经元细胞	生物信息学	NA	单细胞/核RNA测序（scRNA-seq/snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	六个物种的31个数据集，包括人类和蝾螈的DRG样本
3584	2025-03-25	Emerging measurements for tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer 2024-Jun-01, Japanese journal of clinical oncology IF:1.9Q3 DOI:10.1093/jjco/hyae033 PMID:38521965	review	本文综述了乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法，从传统病理学方法到人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术	介绍了使用人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术评估肿瘤浸润淋巴细胞的方法	传统方法在标准化方面存在限制，且无法预测免疫检查点抑制剂的反应	探讨乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法及其在个性化医疗中的应用	乳腺癌中的肿瘤浸润淋巴细胞	digital pathology	breast cancer	immunohistochemistry, flow cytometry, multi-omics analyses, single-cell analysis, spatial transcriptomics	NA	image, omics data	NA
3585	2025-03-25	Integrated temporal transcriptional and epigenetic single-cell analysis reveals the intrarenal immune characteristics in an early-stage model of IgA nephropathy during its acute injury 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1405748 PMID:39493754	研究论文	该研究通过纵向单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，揭示了IgA肾病早期模型中肾内免疫细胞的动态变化及其与肾实质细胞的相互作用	首次在IgA肾病模型中结合scRNAseq和scATACseq技术，发现具有独特表观遗传特征的巨噬细胞亚群(Nlrp1b Mac)和早期效应T细胞亚群(CX3CR1-transTeff)	研究仅基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证	阐明IgA肾病急性损伤期肾内免疫细胞的动态变化特征	IgA肾病小鼠模型中的CD45+免疫细胞和肾实质细胞	单细胞组学	IgA肾病	scRNAseq, scATACseq	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据、单细胞表观基因组数据	4-5只小鼠/组，共分析72304个单细胞转录组
3586	2025-03-25	Single-Cell and Population Transcriptomics Reveal Pan-epithelial Remodeling in Type 2-High Asthma 2020-07-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107872 PMID:32640237	研究论文	通过单细胞RNA测序研究IL-13对人呼吸道上皮细胞的影响，揭示了2型细胞因子高表达哮喘（T2H）中上皮细胞的全域重塑	发现IL-13在所有细胞类型中诱导了一种独特的转录状态，特别是诱导了所有细胞类型的黏液分泌程序，导致黏液和防御分泌细胞转化为具有新生黏蛋白产生和分泌的化生状态	研究主要基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂的环境	探究IL-13在2型细胞因子高表达哮喘中对上皮细胞的影响	人呼吸道上皮细胞	单细胞转录组学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
3587	2025-03-24	Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System 2025-Mar-22, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251325204 PMID:40119776	综述	本文探讨了空间转录组学（ST）在解码中枢神经系统（CNS）中的作用，特别是在神经退行性疾病研究中的应用	空间转录组学通过提供空间分辨的基因表达数据，革新了我们对中枢神经系统的理解，特别是在神经退行性疾病中的应用	当前面临的挑战包括数据解释和分辨率的限制	探索空间转录组学在中枢神经系统研究中的影响，特别是在神经退行性疾病中的应用	中枢神经系统，特别是神经退行性疾病如阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化和肌萎缩侧索硬化症	数字病理学	神经退行性疾病	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
3588	2025-03-24	DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity 2025-Mar-21, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01141-z PMID:40119004	研究论文	本文介绍了一种名为DARLIN的小鼠模型，用于在体内进行高效且具有克隆多样性的谱系追踪	DARLIN模型通过结合Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）来提高每个条形码阵列的编辑多样性，理论上可生成10个不同的谱系条形码，并在单细胞分析中恢复超过70%细胞的谱系条形码	需要熟悉测序文库生成和Linux操作，实验数据收集需要约1周时间，计算分析需要约1天时间	研究细胞在组织发育和稳态过程中的历史和动态	小鼠模型	生物信息学	NA	Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）	DARLIN小鼠模型	测序数据	NA
3589	2025-03-24	Spatially resolved multiomics of human cardiac niches 2023-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06311-1 PMID:37438528	研究论文	本文结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了人类心脏八个区域内的细胞微环境，并绘制了细胞到微观解剖位置的图谱	结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了心脏传导系统细胞的独特离子通道、G蛋白偶联受体和调控网络，并引入了新的药物靶点预测工具drug2cell	研究仅限于人类心脏的八个区域，可能无法全面反映整个心脏的复杂性	揭示人类心脏不同区域的细胞微环境及其功能	人类心脏的八个区域及其细胞微环境	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	单细胞数据、空间转录组数据	人类心脏的八个区域
3590	2025-03-23	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2025-Apr, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	本研究揭示了USP4水平降低介导的RAB7A泛素化如何破坏正常的溶酶体运输和自噬体-溶酶体融合，从而显著促进牙周炎的进展	首次揭示了USP4和RAB7A之间的相互作用在牙周炎中的关键作用，并验证了USP4上调可减轻牙周炎	研究主要基于小鼠模型和临床牙龈样本，尚未在更广泛的人群中进行验证	探讨自噬与牙周炎发病机制之间的精确相互作用	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠	分子生物学	牙周炎	基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析	NA	基因组数据、组织样本数据	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠
3591	2025-03-23	Bioinformatic analysis of serpina1 expression in papillary thyroid carcinoma and its potential association with Hashimoto's thyroiditis 2025-Mar-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02079-0 PMID:40106166	研究论文	本文通过生物信息学分析探讨了SERPINA1在甲状腺乳头状癌（PTC）中的表达及其与桥本甲状腺炎（HT）的潜在关联	首次结合单细胞转录组数据和细胞间相互作用分析，揭示了SERPINA1在PTC和HT中的复杂作用机制	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源局限于TCGA和GEO数据库	探讨SERPINA1基因在PTC中的作用及其与HT的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）患者和桥本甲状腺炎（HT）患者	生物信息学	甲状腺癌	转录组数据分析、单细胞转录组分析、CIBERSORT工具、GSVA分析、CellChat分析	NA	转录组数据、单细胞转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的PTC患者数据
3592	2025-03-23	Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone 2025-Mar-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452 PMID:40118056	研究论文	本文通过整合六个已发表的单细胞RNA测序数据集，探讨了不同方法在识别小鼠脑室下区神经干细胞（NSCs）时的选择性差异	首次比较了不同NSC标记物在识别特定NSC状态时的选择性，并提供了一个优化NSC状态富集方法的框架	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类数据，且未验证所有可能的NSC标记物	探讨不同方法在识别脑室下区神经干细胞时的选择性差异，并优化NSC状态富集方法	小鼠脑室下区的神经干细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	六个已发表的小鼠脑室下区单细胞RNA测序数据集
3593	2025-03-23	SAMD4A inhibits abdominal aortic aneurysm development and VSMC phenotypic transformation through targeting KDM2B 2025-Mar-11, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.018 PMID:40081568	研究论文	本文研究了RNA结合蛋白SAMD4A在抑制血管平滑肌细胞（VSMC）表型转化和腹主动脉瘤（AAA）形成中的作用	首次揭示了SAMD4A通过靶向KDM2B抑制AAA发展和VSMC表型转化的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	确定SAMD4A是否抑制VSMC表型转化并抑制AAA形成	血管平滑肌细胞（VSMC）和腹主动脉瘤（AAA）	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA免疫沉淀（RIP）测序、染色质免疫沉淀（ChIP）-qPCR	小鼠AAA模型	RNA测序数据	小鼠模型
3594	2025-03-23	Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung 2025-Mar-10, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012 PMID:40118721	研究论文	本文通过高通量空间转录组学技术，构建了小鼠肺发育的时空转录组图谱，涵盖了从E12.5到P0的关键发育事件	首次报道了小鼠肺发育的全面时空转录组图谱，整合了单细胞RNA测序数据，识别了10个对功能性肺组织至关重要的空间域	研究局限于小鼠模型，未直接涉及人类肺发育	研究小鼠肺发育过程中的空间和时间转录组变化	小鼠肺发育过程中的细胞类型及其状态	生物信息学	NA	高通量空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从小鼠E12.5到P0的肺组织样本
3595	2025-03-23	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4397799/v1 PMID:40092444	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症如何共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫细胞	首次验证了紊乱血流和高胆固醇血症共同作用下的内皮细胞重编程假说，并发现了内皮细胞向免疫样细胞（EndIT）和泡沫细胞（EndFT）的转变	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究紊乱血流和高胆固醇血症在动脉粥样硬化形成中的作用机制	小鼠内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学染色	小鼠模型	单细胞RNA测序数据，免疫组织化学数据	95只小鼠，98,553个单细胞
3596	2025-03-23	Single-Cell Landscape of Bronchoalveolar Lavage Fluid Identifies Specific Neutrophils during Septic Immunosuppression 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406218 PMID:39887584	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了脓毒症患者支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞景观，揭示了中性粒细胞驱动的肺部免疫抑制程序	首次在脓毒症免疫抑制阶段的中性粒细胞中发现了CXCR2和CD274IL1RN亚群的显著增加，并揭示了从CXCR2到CD274IL1RN中性粒细胞亚群的发展轨迹	研究主要基于支气管肺泡灌洗液的样本，可能无法全面反映全身免疫状态	探索脓毒症免疫抑制阶段的肺部免疫细胞变化及其潜在治疗靶点	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液样本
3597	2025-03-23	Lepidopteran scale cells derive from sensory organ precursors through a canonical lineage 2025-Mar-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204501 PMID:40052482	研究论文	本文通过发育和转录组学证据，揭示了鳞翅目昆虫鳞片的分化源自感觉器官前体细胞（SOP）	首次通过活体成像和单核RNA测序技术，揭示了鳞翅目昆虫鳞片分化的细胞谱系和基因表达模式，并发现了一个新的转录因子pdm3在鳞片分化中的作用	研究主要基于鳞翅目昆虫的早期蛹期翅膀，可能无法完全代表其他发育阶段或物种的鳞片分化机制	探索鳞翅目昆虫鳞片的起源和分化机制	鳞翅目昆虫的鳞片和感觉器官前体细胞（SOP）	发育生物学	NA	活体成像、单核RNA测序	NA	基因表达数据、影像数据	早期蛹期翅膀的细胞样本
3598	2025-03-23	Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal transcriptional cell lineage heterogeneity in extracranial arteriovenous malformation 2025-Feb-24, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.005 PMID:40118698	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组分析，揭示了颅外动静脉畸形（eAVMs）中细胞谱系的转录异质性	首次在单细胞水平上揭示了eAVMs中内皮细胞、血管周围细胞和免疫细胞的不同状态及其相互作用	样本量较小，仅包括9个eAVMs样本和2个非病变组织样本	生成eAVMs在单细胞水平上的分子信息概览	颅外动静脉畸形（eAVMs）	数字病理学	血管畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq），10x Visium空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	9个eAVMs样本和2个非病变组织样本
3599	2025-03-23	Targeting glycolysis in esophageal squamous cell carcinoma: single-cell and multi-omics insights for risk stratification and personalized therapy 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1559546 PMID:40115255	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多组学方法，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）中糖酵解介导的机制，重点关注风险分层和治疗机会	提出了一个基于糖酵解的七基因风险评分模型，用于ESCC患者的风险分层和个性化治疗指导	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨ESCC中糖酵解代谢的作用及其在风险分层和个性化治疗中的应用	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、Western blotting	非负矩阵分解（NMF）、Cox回归	RNA测序数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的数据集
3600	2025-03-23	Identification and validation of up-regulated TNFAIP6 in osteoarthritis with type 2 diabetes mellitus 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82985-5 PMID:39733138	研究论文	本研究通过转录组分析探讨了2型糖尿病（T2DM）与骨关节炎（OA）之间的关系，并验证了TNFAIP6在T2DM相关OA中的上调表达	首次在转录水平上研究了T2DM与OA之间的关系，并发现TNFAIP6在T2DM相关OA中的关键作用	研究主要基于RNA测序数据，缺乏更深入的分子机制验证	探讨T2DM与OA之间的分子关联，寻找潜在的诊断和治疗靶点	2型糖尿病（T2DM）和骨关节炎（OA）患者	生物信息学	骨关节炎	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据	大鼠软骨细胞和人类关节软骨样本