单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3581	2025-02-13	Mesenchymal Stem Cells Prevent SLC39A14-Dependent Hepatocyte Ferroptosis through Exosomal miR-16-5p in Liver Graft 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411380 PMID:39680749	研究论文	本文研究了间充质干细胞通过外泌体miR-16-5p预防肝移植中SLC39A14依赖的肝细胞铁死亡	首次发现SLC39A14在肝移植中的促铁死亡作用，并揭示了hBMSCs通过外泌体miR-16-5p下调SLC39A14表达的治疗机制	未提及具体样本量及实验设计的局限性	探究肝移植中肝细胞损伤的机制及间充质干细胞的治疗作用	肝移植中的肝细胞及人骨髓来源的间充质干细胞	生物医学	肝移植相关疾病	单细胞RNA测序分析	NA	RNA测序数据	NA
3582	2025-02-13	Aberrant Chitinase 3-Like 1 Expression in Basal Cells Contributes to Systemic Sclerosis Fibrosis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202310169 PMID:39686726	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了系统性硬化症（SSc）中基底细胞异常表达的几丁质酶3样1（Chi3L1）在纤维化过程中的作用，并探讨了其作为潜在生物标志物和治疗靶点的可能性	首次在SSc患者中识别出高表达Chi3L1的基底细胞亚群，并揭示了Chi3L1通过IL-17RA介导的纤维化机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体临床试验中验证Chi3L1和IL-17RA作为治疗靶点的有效性和安全性	探讨系统性硬化症纤维化的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	系统性硬化症患者的皮肤细胞和小鼠模型	生物医学研究	系统性硬化症	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	SSc患者和健康对照的皮肤细胞样本
3583	2025-02-13	Mapping the topography of spatial gene expression with interpretable deep learning 2025-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02503-3 PMID:39849132	研究论文	本文提出了一种名为GASTON的无监督深度学习算法，用于解析空间转录组数据中的基因表达模式	GASTON算法通过同时学习等深度、空间梯度和分段线性表达函数，能够准确识别空间域和标记基因，并解析基因表达的连续梯度和不连续变化	未明确提及具体局限性	解决空间转录组数据稀疏性问题，解析组织切片中的基因表达模式	空间转录组数据	机器学习	NA	空间转录组技术	深度学习	基因表达数据	多个组织样本
3584	2025-02-13	Single Cell RNA-Seq Identifies Cell Subpopulations Contributing to Idiopathic Pulmonary Fibrosis in Humans 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70402 PMID:39928535	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，识别了在特发性肺纤维化（IPF）患者肺中比例显著改变的细胞群体和亚群	首次通过单细胞RNA测序技术全面识别了IPF患者肺中细胞群体和亚群的比例变化，揭示了这些变化在IPF发病机制中的作用	研究未深入探讨这些细胞亚群比例变化的具体分子机制及其对IPF治疗的实际应用价值	探讨特发性肺纤维化（IPF）发病机制中的细胞群体和亚群变化	特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	IPF患者的肺组织样本
3585	2025-02-13	Immune profiling of the macroenvironment in colorectal cancer unveils systemic dysfunction and plasticity of immune cells 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70175 PMID:39934971	研究论文	本研究通过CyTOF和RNA-seq技术，揭示了结直肠癌（CRC）宏观环境中免疫细胞的异质性和系统性功能障碍	首次全面分析了CRC宏观环境中不同组织结构的免疫细胞组成和相互作用，发现了三级淋巴结构（TLS）对免疫治疗反应的影响	研究依赖于特定技术（如CyTOF和RNA-seq），可能限制了结果的广泛适用性	探索CRC宏观环境中免疫细胞的异质性和其对免疫治疗反应的影响	CRC患者的肿瘤、血液和肠道组织结构	数字病理学	结直肠癌	CyTOF, RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光染色	NA	细胞表型和转录数据	包括发现队列和验证队列的CRC患者样本
3586	2025-02-13	Hunger Games: A Modern Battle Between Stress and Appetite 2025-Feb, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.70006 PMID:39936619	综述	本文探讨了压力与食欲之间的相互作用，特别是压力如何影响与饮食失调相关的神经回路，并讨论了遗传倾向和环境因素如何加剧饮食失调的易感性	强调了肠道微生物组在饮食失调研究中的新兴作用，并提出了未来研究的方向，如特定压力源对神经回路的影响以及关键神经肽在人类饮食失调发病机制中的作用	存在未解答的问题，如为什么某些个体对压力具有抵抗力，而其他个体则容易发展为饮食失调	探讨压力与食欲之间的相互作用及其在饮食失调发病机制中的作用	饮食失调（EDs）患者及其相关神经回路	神经科学	饮食失调	单细胞测序、高级人类成像	NA	NA	NA
3587	2025-02-13	A Bi-Specific T Cell-Engaging Antibody Shows Potent Activity, Specificity, and Tumor Microenvironment Remodeling in Experimental Syngeneic and Genetically Engineered Models of GBM 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.18.628714 PMID:39763755	研究论文	本文研究了一种双特异性T细胞接合抗体（BTE）在实验性同源和基因工程胶质母细胞瘤（GBM）模型中的活性、特异性及肿瘤微环境重塑效果	在具有完整免疫系统的原位和基因工程小鼠模型中评估BTE的功能，填补了以往研究主要在免疫缺陷动物模型中进行的空白	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨BTE在胶质母细胞瘤中的治疗机制和效果	胶质母细胞瘤（GBM）	生物医学	胶质母细胞瘤	多色流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、多重免疫荧光、多参数磁共振成像（MRI）	NA	实验数据	多个GBM临床前模型中的小鼠
3588	2025-01-23	Finding and Profiling Renal Cells with Spatial Transcriptomics 2025-Jan-22, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000632 PMID:39836482	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3589	2025-02-13	TGFBR2 High mesenchymal glioma stem cells phenocopy regulatory T cells to suppress CD4+ and CD8+ T cell function 2025-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.07.631757 PMID:39829747	研究论文	本研究通过多方面的分析方法，揭示了TGFBR2高表达的间充质胶质瘤干细胞（GSCs）通过模仿调节性T细胞（Tregs）来抑制CD4+和CD8+ T细胞功能的机制	首次发现并描述了TGFBR2驱动的免疫抑制性GSC状态，并确定了其与TGF-β II型受体的特异性关联	研究主要基于体外实验和患者来源的细胞，尚未在体内模型中验证这些发现	探索胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤微环境的免疫抑制机制，特别是GSCs在其中的作用	胶质母细胞瘤中的间充质胶质瘤干细胞（GSCs）	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序，生物信息学分析，分子和药理学操作	NA	临床和实验数据集，单细胞测序数据	患者来源的GBM神经球和临床GBM标本
3590	2025-02-13	Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma 2025-Jan, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00298-9 PMID:39548236	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了APOBEC3A和APOBEC3B在健康和恶性黏膜上皮中的表达，并通过免疫组织化学、空间转录组学和功能实验验证了关键观察结果	研究发现APOBEC3A的表达主要局限于终末分化细胞，并需要grainyhead-like转录因子3（GRHL3），而在鳞状细胞癌中，GRHL3的表达和活性扩展到一部分进行DNA复制的细胞，同时APOBEC3A的表达也扩展到增殖细胞	研究未涉及APOBEC3A和APOBEC3B在其他类型癌症中的表达和作用	研究APOBEC3A和APOBEC3B在健康和恶性黏膜上皮中的表达及其在肿瘤发展中的作用	健康和恶性黏膜上皮细胞	分子生物学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、空间转录组学	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据、空间转录组数据	NA
3591	2025-02-13	Multi-omics analysis reveals distinct gene regulatory mechanisms between primary and organoid-derived human hepatocytes 2025-Jan-01, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.050883 PMID:39878507	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示了原代人肝细胞和肝类器官来源的肝细胞之间基因调控机制的差异	首次揭示了AP-1因子与肝细胞特异性转录因子（如HNF4A）在调控区域共定位的潜在合作机制，并发现ELF3在肝类器官来源的肝细胞中独特表达且与肝标志基因表达负相关	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内肝细胞的复杂调控网络	研究肝细胞发育和疾病的基因调控机制	原代人肝细胞和肝类器官来源的肝细胞	基因组学	肝病	单细胞转录组分析，染色质可及性分析	NA	单细胞RNA-seq数据，染色质可及性数据	NA
3592	2025-02-13	Bronchoalveolar lavage single-cell transcriptomics reveals immune dysregulations driving COVID-19 severity 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0309880 PMID:39928675	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，揭示了COVID-19严重程度与免疫失调之间的关系	首次使用单细胞转录组学技术对COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液进行二次数据分析，揭示了严重病例中免疫细胞的显著改变及其与疾病严重程度的相关性	研究依赖于二次数据分析，可能受到原始数据质量和样本量的限制	揭示COVID-19严重程度与免疫失调之间的机制	COVID-19患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	COVID-19患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液样本
3593	2025-02-13	Synovial tissue myeloid dendritic cell subsets exhibit distinct tissue-niche localization and function in health and rheumatoid arthritis 2024-12-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.004 PMID:39609125	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学分析，研究了健康人和类风湿性关节炎（RA）患者滑膜组织中树突状细胞（DC）亚群的分布和功能	揭示了RA患者滑膜组织中不同DC亚群在疾病状态下的特定功能和空间定位，为恢复免疫耐受提供了新的治疗靶点	研究主要基于滑膜组织样本，未涉及其他组织或全身性免疫反应	探讨RA患者滑膜组织中DC亚群的功能和空间定位，以寻找恢复免疫耐受的途径	健康人和RA患者的滑膜组织	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、共培养系统	NA	转录组数据	NA
3594	2025-02-13	Tissue-resident natural killer cells support survival in pancreatic cancer through promotion of cDC1-CD8 T activity 2024-Dec-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92672 PMID:39656086	研究论文	本文探讨了通过诱导局部物理损伤（如电离辐射）来揭示免疫疗法益处的方法，特别是通过增加组织驻留自然杀伤细胞（trNK）来支持CD8 T细胞活性，从而改善胰腺导管腺癌（PDAC）的治疗效果	揭示了电离辐射与CCR5抑制剂和PD1阻断联合治疗在PDAC中的新机制，即通过招募类似trNK细胞的NKG2D NK群体来支持CD8 T细胞活性，并发现人类PDAC中存在类似的免疫调节trNK细胞群体	研究主要基于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，尚未在临床环境中验证其治疗效果	探索通过增强CD8 T细胞活性来改善PDAC免疫抑制微环境的策略	小鼠原位PDAC肿瘤和人类PDAC单细胞RNA测序数据	免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类PDAC单细胞RNA测序队列
3595	2025-02-13	Detecting global and local hierarchical structures in cell-cell communication using CrossChat 2024-Dec-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54821-x PMID:39627184	研究论文	本文介绍了一种名为CrossChat的新型计算框架，用于推断和分析细胞间通讯的层次结构	CrossChat框架通过多分辨率聚类方法和树检测方法，首次全面分析了细胞间通讯的全局和局部层次结构	当前方法仅能处理预定义的细胞群，忽略了由信号分子（特别是配体和受体）决定的细胞间通讯的层次结构	研究细胞间通讯的层次结构，以理解复杂组织功能的调控机制	COVID-19患者和小鼠胚胎皮肤的非空间单细胞RNA测序数据，以及小鼠胚胎和小鼠受伤皮肤的空间转录组数据	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（Spatial Transcriptomics）	多分辨率聚类方法，树检测方法	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	两个非空间单细胞RNA测序数据集和两个空间转录组数据集
3596	2025-02-13	iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.29.24305092 PMID:39649598	研究论文	本文介绍了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于推断单细胞转录组学背后的生物学机制	iGTP框架能够建模转录程序空间和不同生物状态之间的蛋白质-蛋白质相互作用的重要性，超越了其他深度学习模型和传统生物信息学方法	未明确提及具体限制	开发一种能够推断单细胞转录组学背后生物学机制的深度学习模型	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	深度学习，图神经网络	Variational AutoEncoder, 图神经网络	单细胞转录组数据	未明确提及样本数量
3597	2025-02-13	Deconvolution of spatial transcriptomics data via graph contrastive learning and partial least square regression 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf052 PMID:39924717	研究论文	本文介绍了一种基于图对比学习和偏最小二乘回归的方法CLPLS，用于解卷积空间转录组数据	CLPLS方法能够整合空间转录组数据和单细胞多组学数据，探索空间表观基因组异质性	当前的空间测序技术分辨率较低，导致每个点包含多个异质细胞	揭示组织内细胞异质性的空间结构	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图对比学习, 偏最小二乘回归	基因表达数据, 染色质可及性数据	模拟和真实数据集
3598	2025-02-13	Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques 2024-Nov, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118622 PMID:39413592	研究论文	本研究探讨了生理剪切应力在健康与动脉粥样硬化条件下对内皮细胞的影响，特别是与动脉粥样硬化保护因子KLK10的关系	揭示了在动脉粥样硬化斑块中，生理剪切应力与动脉粥样硬化保护因子KLK10之间的解耦现象	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探讨生理剪切应力在动脉粥样硬化进展中的作用	健康小鼠、轻度病变小鼠和重度病变小鼠的内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	3D光片成像、计算流体动力学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、成像数据	健康小鼠（C57BL/6）、轻度病变小鼠（Apoe-/-正常饮食）、重度病变小鼠（Apoe-/-高脂饮食）
3599	2025-02-13	Spatial transcriptomic revealed intratumor heterogeneity and cancer stem cell enrichment in colorectal cancer metastasis 2024-Oct-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217181 PMID:39159882	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，揭示了结直肠癌（CRC）原发和转移组织中的肿瘤内异质性，并发现转移组织中癌症干细胞（CSCs）的富集	首次应用空间转录组学技术全面分析CRC原发和转移组织的转录组，发现FOXD1作为新的转移性CSCs标志物，并揭示了转移过程中的去分化-分化过程	研究样本量较小，仅包括两对原发和转移组织，可能限制结果的普适性	探索结直肠癌转移的机制，特别是肿瘤内异质性和癌症干细胞的作用	结直肠癌原发组织和匹配的肝转移组织	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	两对原发和转移组织
3600	2025-02-13	Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics 2024-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02380-w PMID:39187683	研究论文	本文提出了一种名为FlowSig的方法，通过图形因果建模和条件独立性，从单细胞RNA测序（scRNA-seq）或空间转录组学（ST）数据中推断出由通信驱动的细胞间流动	FlowSig方法首次结合图形因果建模和条件独立性，从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动，填补了现有方法论的空白	NA	开发一种能够从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动的方法	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, 空间转录组学	图形因果建模	基因表达数据	新生成的实验性皮质器官样数据和数学建模生成的合成数据