单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-09-18	Cellular cholesterol metabolism rewiring through SREBP2-LXR-mTOR signaling convergence orchestrates T cell fate and keratinocyte apoptosis in oral lichen planus 2025-Sep-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115457 PMID:40957169	研究论文	本研究探讨口腔扁平苔藓中T细胞胆固醇代谢通过SREBP2-LXR-mTOR信号轴重编程调控T细胞命运和角质形成细胞凋亡的机制	首次揭示OLP中T细胞胆固醇代谢异常通过SREBP2-LXR轴失衡和mTOR-STING通路交叉对话驱动疾病进展	NA	阐明胆固醇代谢在口腔扁平苔藓T细胞免疫病理中的作用机制	口腔扁平苔藓患者T细胞、Jurkat T细胞系、角质形成细胞共培养体系	免疫代谢学	口腔扁平苔藓	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术、PCR、免疫共沉淀	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据、细胞功能实验数据	NA
342	2025-09-18	Comparison of single-cell RNA-seq methods to enable transcriptome profiling of neutrophils in clinical samples 2025-Sep-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101173 PMID:40957400	研究论文	比较三种单细胞RNA测序方法在临床样本中性粒细胞转录组分析中的应用性能	首次系统评估10× Genomics、PARSE Biosciences和HIVE技术对临床来源中性粒细胞scRNA-seq的适用性，并建立标准化工作流程	仅评估三种商业平台，未涵盖所有可用scRNA-seq技术	开发适用于临床试验的中性粒细胞可靠转录组分析方法	人血液来源的中性粒细胞	单细胞测序技术	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确样本数量，但评估了三种技术平台
343	2025-09-18	Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs of type 1 diabetes progression 2025-Sep-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ady0080 PMID:40929272	研究论文	通过单细胞多组学和空间转录组学揭示1型糖尿病进展中胰腺细胞类型特异的基因调控程序	首次结合单核多组学和空间转录组学技术，在人类胰腺样本中系统解析1型糖尿病进展过程中的细胞类型特异性表观遗传驱动因子和细胞间通讯变化	样本量相对有限（最多32名捐赠者），且主要基于观察性数据，因果关系需进一步验证	阐明1型糖尿病在胰腺中的细胞类型特异性调控机制	人类胰腺组织样本（来自非糖尿病患者、自身抗体阳性者和1型糖尿病患者）	生物医学信息学	1型糖尿病	单核多组学（snMultiome）、空间转录组学	NA	单细胞多组学数据、空间转录组数据	32名捐赠者（853,005个细胞）
344	2025-09-18	SPP1 exacerbates ischemic stroke by promoting ferroptosis induced brain injury 2025-Sep-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152627 PMID:40957318	研究论文	本研究揭示SPP1通过PI3K/AKT通路加剧脑缺血再灌注损伤中的铁死亡，提出其作为治疗靶点的潜力	首次发现SPP1通过调控PI3K/AKT信号通路促进缺血性脑卒中中的铁死亡，并验证其抑制剂Compound 11的治疗效果	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化潜力需进一步验证	探究SPP1在缺血性脑卒中中的作用机制及治疗靶点价值	HT22细胞系和小鼠MCAO/R模型	病理机制研究	缺血性脑卒中	Western blot, 免疫荧光, 蛋白质组学分析, 电子显微镜, ROS定量	NA	蛋白质表达数据, 显微镜图像, 生化指标	细胞模型和小鼠动物模型（具体数量未明确说明）
345	2025-09-18	Restoring mitochondrial quantity and quality to reverse the Warburg effect and drive neuroblastoma differentiation 2025-Sep-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502483122 PMID:40911595	研究论文	本研究通过恢复线粒体功能，利用视黄酸和线粒体解偶联剂协同促进神经母细胞瘤分化并抑制增殖	提出以线粒体为核心的治疗策略，通过联合使用视黄酸和线粒体解偶联剂恢复线粒体数量和质量，首次证明该策略可驱动肿瘤分化并消除干细胞群体	研究主要基于神经母细胞瘤模型，在其他肿瘤类型中的适用性尚需验证	探索恢复肿瘤中线粒体数量和质量的方法，并研究其是否能驱动肿瘤分化	神经母细胞瘤	肿瘤生物学	神经母细胞瘤	U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪、单细胞RNA测序、电子传递链抑制剂	NA	基因表达数据、代谢数据	原位神经母细胞瘤异种移植模型
346	2025-09-18	Tumor-expressed GPNMB orchestrates Siglec-9+ TAM polarization and EMT to promote metastasis in triple-negative breast cancer 2025-Sep-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2503081122 PMID:40892920	研究论文	本研究揭示了肿瘤表达的GPNMB通过调控Siglec-9+ TAM极化和EMT过程促进三阴性乳腺癌转移的分子机制	首次发现GPNMB-Siglec-9轴作为糖免疫检查点驱动TAM介导的转移，并证实双重抑制Siglec-E和PD-1可有效抑制肿瘤干细胞特性和转移	机制研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类临床转化潜力需进一步验证	探究GPNMB在三阴性乳腺癌转移微环境中的调控机制和治疗靶点价值	三阴性乳腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、单核细胞	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 三维球体共培养技术	NA	基因表达数据	利用公共TNBC scRNA-seq数据集和TNBC队列样本
347	2025-09-18	Multi-Omics Validation of Myelin Water Fraction as a Myelin-Specific MRI Biomarker 2025-Sep-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.27.25334582 PMID:40950466	研究论文	通过多组学方法验证髓鞘水分数（MWF）作为髓鞘特异性MRI生物标志物的生物学相关性	首次整合BMC-mcDESPOT MRI、血浆蛋白质组学和空间转录组学数据，多维度验证MWF的髓鞘特异性	研究仅针对成人脑白质和深部灰质区域，样本来源和年龄范围未明确说明	验证髓鞘水分数（MWF）作为非侵入性髓鞘含量定量生物标志物的生物学特异性	成人脑白质和深部灰质区域	神经影像学	神经系统疾病	BMC-mcDESPOT MRI, SomaScan 7k蛋白质组学, 空间转录组学	NA	MRI影像, 蛋白质组数据, 基因表达数据	NA
348	2025-09-18	Cancer-Associated Fibroblasts in Solid Tumors and Sarcomas: Heterogeneity, Function, and Therapeutic Implications 2025-Sep-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14171398 PMID:40940809	综述	探讨实体瘤和肉瘤中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性、功能及其治疗意义	系统总结CAFs在肉瘤中的研究空白，提出CAFs亚型分析作为患者分层的潜在生物标志物	肉瘤中CAFs研究较少，恶性与非恶性成纤维细胞界限模糊	解析CAFs在肿瘤微环境中的功能及靶向治疗策略	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其亚型	肿瘤生物学	实体瘤与肉瘤	单细胞转录组学	NA	NA	NA
349	2025-09-18	Systematic identification of oscillatory gene expression in single cell types 2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.02.673125 PMID:40950173	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序与新型计算方法，系统识别了单个细胞类型中的振荡基因表达	开发了严格的统计方法识别振荡基因和细胞类型，并发现了胶质细胞等先前被忽视细胞类型中的振荡表达	未在神经元或肌肉细胞中检测到振荡基因表达，可能存在技术或生物学限制	识别和表征单个细胞类型中的振荡基因表达模式	果蝇幼虫的各种细胞类型，包括角质层生成细胞、胶质细胞、神经元和肌肉细胞	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), PCA, UMAP	统计分析方法	单细胞转录组数据	涉及多个幼虫发育阶段的数千个细胞
350	2025-09-18	Analysis of Microarray and Single-Cell RNA-Seq Finds Gene Co-Expression and Tumor Environment Associated with Extracellular Matrix in Epithelial-Mesenchymal Transition in Prostate Cancer 2025-Sep-03, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178575 PMID:40943497	研究论文	通过生物信息学方法分析前列腺癌中上皮-间质转化相关的基因共表达网络及肿瘤微环境	首次结合微阵列和单细胞RNA测序数据重建前列腺癌EMT相关差异表达基因网络	NA	揭示前列腺癌差异表达基因的分子特征及通路，识别潜在生物标志物	前列腺癌(PCa)相关基因表达数据	生物信息学	前列腺癌	微阵列、单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	基于TCGA等公共数据库的样本（具体数量未说明）
351	2025-09-18	Inflammatory Milieu by Crosstalk between Glomerulus and Proximal Tubular Cells in Type 2 Diabetes Mellitus Kidney Disease 2025-Sep, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0535 PMID:40160027	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析诱导型2型糖尿病肾病模型，揭示了肾小球与近端肾小管细胞间串扰引发的炎症微环境及CXCL12介导的T细胞浸润机制	首次将scRNA-seq应用于诱导型（非转基因）T2DKD模型，并发现CXCL12是介导T细胞招募的关键因子	模型虽模拟人类T2DKD特征，但仍需进一步验证其在更广泛人群中的适用性	探究2型糖尿病肾病的发病机制，寻找潜在治疗靶点	诱导型T2DKD小鼠模型及人类肾组织活检样本	生物医学研究	2型糖尿病肾病	scRNA-seq, 组织学分析, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 组织图像, 流式细胞数据	诱导型T2DKD小鼠及对照小鼠，人类肾活检组织
352	2025-09-18	Integrating single-cell transcriptomics, molecular docking, and dynamics simulations to characterize protein kinase X-linked mechanisms in osteosarcoma 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147335 PMID:40907924	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、分子对接和动力学模拟，揭示了PRKX-CDC37相互作用在骨肉瘤中的关键作用，并发现麦角胺作为潜在抑制剂	首次揭示PRKX通过CDC37介导的变构通路驱动骨肉瘤进展，并发现HIS161为中心的催化口袋作为治疗靶点	研究主要基于计算模拟和体外实验，需要进一步体内实验验证	解析PRKX的激活机制并评估其作为生物标志物和治疗靶点的临床潜力	骨肉瘤细胞、PRKX-CDC37蛋白复合物	计算生物学	骨肉瘤	单细胞RNA-seq、分子对接、分子动力学模拟、siRNA敲低	分子动力学模型	基因表达数据、蛋白质结构数据	使用GSE152048单细胞RNA-seq数据集
353	2025-09-18	From Pathophysiology to Innovative Therapies in Eye Diseases: A Brief Overview 2025-Sep-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178496 PMID:40943417	综述	本文综述了眼部疾病从病理生理学到创新疗法的进展，重点关注分子影像和精准治疗技术	整合了高分辨率成像技术（如OCT、MALDI-MSI、空间转录组）与人工智能、基因治疗及干细胞再生方法，推动眼科精准医学发展	这些技术在常规临床应用中仍需进一步验证、监管批准和长期安全性评估	探讨分子影像和先进疗法在眼科精准医学中的潜力和挑战	年龄相关性黄斑变性、糖尿病视网膜病变、青光眼和葡萄膜炎等致盲性眼病	数字病理	眼科疾病	OCT, OCT血管成像, MALDI-MSI, 空间转录组学, 单细胞转录组学, 蛋白质组学	机器学习	影像, 分子数据	NA
354	2025-09-18	Comprehensive analysis of a lipid metabolism-related gene signature for ulcerative colitis 2025-Aug-31, Translational pediatrics IF:1.5Q2 DOI:10.21037/tp-2025-161 PMID:40949920	研究论文	本研究通过生物信息学分析识别了与溃疡性结肠炎相关的脂质代谢基因标志物，并评估其诊断潜力	结合多组学数据和机器学习方法，首次构建了基于脂质代谢相关基因的溃疡性结肠炎诊断模型	研究依赖于公共数据库的回顾性数据，缺乏独立临床队列验证	识别溃疡性结肠炎的诊断生物标志物并探索脂质代谢在疾病发生中的分子机制	溃疡性结肠炎患者和健康对照的组织与血液样本	生物信息学	溃疡性结肠炎	差异表达分析、WGCNA、机器学习、scRNA-seq、CIBERSORT、xCell	机器学习模型	基因表达数据	来自GEO数据库的UC患者和健康对照样本（具体数量未明确说明）
355	2025-09-18	Identification of metabolic driver genes and targeted drug screening for lung adenocarcinoma metastasis at the single-cell resolution 2025-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-484 PMID:40950658	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序识别肺腺癌转移中的代谢驱动基因，并基于此构建预后风险模型和筛选靶向药物	在单细胞分辨率下解析肺腺癌转移的代谢异质性，识别关键代谢驱动基因并验证特定药物（如胆酸）的抑制迁移效果	NA	解码肿瘤转移进展中的代谢驱动因素，优化肺腺癌预后预测并筛选特异性靶向药物	肺腺癌（LUAD）肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理	肺癌	scRNA-seq, NMF算法	预后风险模型	单细胞RNA测序数据	NA
356	2025-09-18	Thyroid differentiation score-related genes and prognostic model for thyroid cancer 2025-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-460 PMID:40950686	研究论文	本研究构建了一个基于甲状腺分化评分（TDS）相关基因的甲状腺癌预后风险模型，并探索了潜在生物标志物	首次建立包含ATP2C2、MCEMP1、FAM111B和UST的四基因风险模型，并发现UST通过p53信号通路在CD4+记忆细胞中发挥作用的新机制	研究基于TCGA单一数据集，需要外部验证数据进一步确认模型的泛化能力	构建甲状腺癌的预后预测模型并探索相关生物标志物	甲状腺癌（THCA）患者	生物信息学	甲状腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、功能富集分析	LASSO-Cox回归模型	基因表达数据	TCGA-THCA数据集中的样本
357	2025-09-18	Identification of mechanosensitive ion channel-related molecular subtypes and key genes for ovarian cancer 2025-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-1219 PMID:40950697	研究论文	本研究通过机械敏感性离子通道相关基因对卵巢癌进行分子亚型分类并鉴定关键基因	首次从机械敏感性离子通道角度识别卵巢癌的分子亚型和关键基因	研究基于TCGA数据库回顾性数据，需进一步实验验证	阐明机械敏感性离子通道在卵巢癌中的功能作用	卵巢癌患者	生物信息学	卵巢癌	RNA测序，单细胞RNA测序	LASSO和Cox回归分析	基因表达数据和临床数据	TCGA数据库中的卵巢癌样本
358	2025-09-18	BIRC5 expression correlates with immunosuppressive phenotype and predicts inferior response to immunotherapy in lung adenocarcinoma 2025-Aug-31, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2025-216 PMID:40950902	研究论文	本研究探讨BIRC5（survivin）在肺腺癌中的表达及其对临床预后和肿瘤微环境的影响，特别是与免疫治疗反应的关系	首次系统揭示BIRC5高表达与免疫抑制表型（如CD8+ T细胞减少和Tregs增加）及免疫检查点抑制剂疗效下降的关联	样本量有限（仅54例接受ICB治疗的患者），且为回顾性分析，需进一步前瞻性验证	评估BIRC5在肺腺癌中的临床意义、肿瘤微环境特征及对免疫治疗反应的预测价值	肺腺癌（LUAD）患者组织样本及非小细胞肺癌（NSCLC）接受免疫检查点阻断（ICB）治疗的患者	肿瘤免疫学	肺癌	转录组测序、单细胞测序、免疫浸润分析、log-rank检验、Cox回归分析	NA	临床数据、转录组数据、单细胞测序数据	535例LUAD样本、59例正常肺组织、54例接受ICB治疗的NSCLC患者
359	2025-09-18	Cross-platform transcriptomic data integration identifies an overactive neuro-immune signature in human osteoarthritis synovium 2025-Aug-30, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.08.013 PMID:40889615	研究论文	通过跨平台转录组数据整合分析，识别人类骨关节炎滑膜中过度活跃的神经免疫特征	首次采用加权Z检验整合多平台转录组数据，揭示STAT1、FLI1和VDR调控的神经免疫信号网络，并构建滑膜-背根神经节互作组	研究基于公共数据库的二次分析，样本量有限（N=139），且仅针对终末期骨关节炎	解析骨关节炎滑膜的转录表型，重点关注与疼痛相关的信号通路	人类非骨关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织	生物信息学	骨关节炎	微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序、多组学数据整合	加权Z检验、基因调控网络分析	转录组数据	153例总样本（质量控制后139例）
360	2025-09-18	Machine learning integration of bulk and single-cell RNA-seq data reveals glycolytic heterogeneity in colorectal cancer 2025-Aug-30, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-03007-6 PMID:40884604	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据，揭示了结直肠癌中糖酵解代谢的异质性	首次通过多组学数据和机器学习框架识别出具有高糖酵解状态（HGS）的肿瘤亚群，并发现其与不良临床预后的关联	NA	系统探索结直肠癌糖酵解代谢的调控机制和细胞多样性	结直肠癌组织和细胞	机器学习	结直肠癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	机器学习特征选择算法	基因表达数据	多中心队列样本