单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-06-16	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用从头细胞模拟方法，提出Proseg算法，显著提高了细胞边界的推断速度和形态学合理性	仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，可能需要更多平台验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割模型(Proseg)	空间转录组数据	肾细胞癌患者样本数据
342	2025-06-16	DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133 PMID:40465796	研究论文	该研究开发了一个名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型，用于基于批量RNA-seq数据估计恶性细胞比例的预测区间	DeepDeconUQ首次将不确定性量化整合到癌细胞比例预测中，使用单细胞RNA测序数据和符合性分位数回归来产生可靠的预测区间	NA	改进癌症组织中恶性细胞比例的估计方法，为癌症诊断、预后和治疗决策提供更可靠的数据	癌症组织中的恶性细胞比例	数字病理学	癌症	批量RNA-seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	深度神经网络, 分位数回归神经网络	RNA-seq数据	模拟和真实癌症数据集
343	2025-06-16	siHIF-1α-loaded micellar nanoparticles inhibit M1 macrophage activation to ameliorate chronic rhinosinusitis 2025-May-31, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.433 PMID:40456494	研究论文	研究通过负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒调节巨噬细胞极化和铁死亡，以改善慢性鼻窦炎(CRS)的慢性炎症和免疫失调	首次利用MNP_siHIF-1α纳米颗粒靶向抑制HIF-1α/TFRC-ROS轴，从而调控巨噬细胞极化和铁死亡，为CRS提供了一种新型精准治疗方法	需要进一步验证长期安全性和临床转化潜力	探究MNP_siHIF-1α调控巨噬细胞极化和铁死亡的分子机制，开发CRS新型疗法	慢性鼻窦炎(CRS)小鼠模型和Raw264.7巨噬细胞系	纳米医学	慢性鼻窦炎	scRNA-seq, ChIP, 双荧光素酶报告基因检测, 流式细胞术, DLS, 凝胶阻滞实验	CRS小鼠模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	CRS小鼠模型（具体数量未明确说明）和Raw264.7细胞系
344	2025-06-16	scDown: A Pipeline for Single-Cell RNA-Seq Downstream Analysis 2025-May-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26115297 PMID:40508102	research paper	介绍了一个名为scDown的单细胞RNA测序下游分析流程，用于自动化细胞分化和通讯分析	开发了一个集成多种分析工具（如细胞比例差异分析、细胞间通讯分析、伪时间分析和RNA速度分析）的R包，支持Seurat和Scanpy注释的数据，并在一个罕见遗传性神经发育障碍数据集中发现了新的神经元炎症信号特征	未明确说明流程的计算效率或在大规模数据集上的适用性	开发一个自动化单细胞RNA测序下游分析流程，以促进细胞分化和通讯研究	单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	一个已发表的数据集（具体样本量未说明）
345	2025-06-16	Modeling the Transitional Phase of Epithelial Cells Reveals Prognostic and Therapeutic Targets in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-May-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111813 PMID:40507294	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）进展过程中上皮细胞过渡阶段的特征，并构建了一个基于基因的风险评分模型	识别了PDAC进展中高度增殖的上皮细胞过渡亚群，构建了基因风险评分模型，并揭示了肿瘤微环境中特定成纤维细胞亚群与过渡上皮细胞间的相互作用	研究样本量未明确说明，且模型验证仅限于qPCR，缺乏更广泛的临床验证	寻找PDAC从早期阶段向侵袭性阶段转变的生物标志物，以改善临床管理	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的上皮细胞和肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR	Lasso Cox回归模型	基因表达数据	NA
346	2025-06-16	Single-Cell Sequencing: An Emerging Tool for Biomarker Development in Nuclear Emergencies and Radiation Oncology 2025-May-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111801 PMID:40507282	综述	本文探讨了单细胞测序技术在核紧急情况和放射肿瘤学中作为生物标志物开发新兴工具的应用	强调了单细胞测序技术在提供高分辨率细胞多样性和异质性视图方面的创新性，特别是在识别辐射暴露相关生物标志物方面的潜力	单细胞RNA测序技术在辐射研究领域仍处于新兴阶段	探讨辐射剂量测定的当前方法及与辐射暴露相关的生物标志物，并关注NGS技术在放射治疗和紧急事件中的发展	辐射暴露后的细胞和生物标志物	生物信息学	放射肿瘤学	NGS, 单细胞测序, scRNA-seq	NA	基因序列数据	NA
347	2025-06-16	Potential Role of SESN3 in Linking Heart Failure with Preserved Ejection Fraction and Chronic Obstructive Pulmonary Disease via Autophagy Dysregulation 2025-May-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26115174 PMID:40507985	研究论文	本研究探讨了SESN3通过自噬失调在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）和慢性阻塞性肺疾病（COPD）之间的潜在联系	首次提出SESN3介导的自噬可能是HFpEF和COPD的共同机制，并验证了其在心脏和肺组织中的系统性作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	识别HFpEF和COPD的共同致病机制并验证其系统性作用	HFpEF心脏组织和COPD肺组织	分子病理学	心血管疾病	转录组分析、WGCNA、LASSO回归、scRNA-seq、qPCR、Western blotting	HFpEF小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
348	2025-06-16	Molecular Characterization of Atypical Fibroxanthoma and Pleomorphic Dermal Sarcoma 2025-May-27, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111785 PMID:40507266	综述	本文综述了非典型纤维黄色瘤（AFX）和多形性真皮肉瘤（PDS）的分子特征，包括它们的分子组成、基因表达和预后生物标志物	首次整合了包括单细胞RNA测序在内的多种分子数据集，讨论了这些肿瘤的分子驱动因素和预后生物标志物	由于这些肿瘤的罕见性，相关研究较少，分子特征的全面理解仍有待深入	探讨AFX和PDS的分子特征及其预后生物标志物	非典型纤维黄色瘤（AFX）和多形性真皮肉瘤（PDS）	分子病理学	皮肤肉瘤	外显子测序、批量RNA测序、靶向DNA测序、DNA甲基化分析、拷贝数分析、scRNA-seq	NA	分子数据	NA
349	2025-06-16	PRRX1 is a key regulator in the phenotypic transition between human normal dermal and keloid fibroblasts 2025-May-16, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.05.002 PMID:40517126	research paper	该研究探讨了人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织之间的差异，以找出影响伤口愈合结果的关键因素	发现了PRRX1在调节正常和瘢痕疙瘩成纤维细胞表型转变中的关键作用，并利用三维人类瘢痕疙瘩模型在组织水平上进一步验证了这一作用	研究主要聚焦于PRRX1的作用，可能忽略了其他潜在的关键因素	理解人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织之间的差异，以促进无疤痕伤口愈合的临床治疗	人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织	digital pathology	scarring	spatial transcriptomics (ST), histological imaging	three-dimensional human keloid model	transcriptomics data, histological images	人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织样本
350	2025-06-16	Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study 2025-May-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002342 PMID:40146255	研究论文	本研究评估了基于患者来源类器官（PDOs）的新辅助化疗（NAC）在临界可切除胰腺癌（BRPC）中的临床疗效和安全性	利用PDOs进行药物敏感性测试，调整NAC方案，并探索了吉西他滨耐药的潜在机制	单臂试点研究，样本量较小（19例患者）	评估PDOs指导的NAC在BRPC中的临床疗效和安全性，并探索吉西他滨耐药的分子机制	临界可切除胰腺癌（BRPC）患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq分析	NA	临床数据和单细胞转录组数据	19例BRPC患者
351	2025-06-16	Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue 2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641951 PMID:40161724	研究论文	开发了一种名为RAEFISH的新型图像空间转录组技术，能够在完整组织中实现全基因组水平的覆盖和单分子空间分辨率	RAEFISH技术结合了全转录组覆盖和高空间分辨率的优势，克服了现有技术在覆盖范围或分辨率上的限制	尽管技术先进，但可能仍存在样本处理复杂性和成本较高的问题	开发一种能够在完整组织中实现高覆盖和高分辨率空间转录组分析的技术	人类和小鼠的转录组，包括几乎所有蛋白质编码转录本和数千种长链非编码RNA	空间转录组学	NA	RAEFISH（Reverse-padlock Amplicon Encoding FISH）	NA	图像数据	针对23,000种人类转录本和22,000种小鼠转录本进行了分析
352	2025-06-16	A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638726 PMID:40027680	研究论文	本研究比较了空间转录组学中识别差异表达基因的统计方法，提出了一种新的广义评分检验（GST）方法	提出了一种在广义估计方程（GEEs）框架下的广义评分检验（GST）方法，有效整合空间相关性，提高了差异基因表达的准确性	研究主要针对空间转录组数据，可能不适用于其他类型的转录组数据	开发一种更稳健的统计方法，用于空间转录组数据中的差异基因表达分析	空间转录组数据中的差异表达基因	生物信息学	乳腺癌, 前列腺癌	空间转录组学（ST）	广义估计方程（GEEs）, 广义评分检验（GST）	基因表达数据	NA
353	2025-06-16	Viral Circuit Tracing in Biomedical Pain Research: Methods, Protocols, and Applications 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_3 PMID:40515898	研究论文	本文综述了病毒回路追踪技术在疼痛研究中的方法、协议和应用	详细介绍了AAV、狂犬病毒和HSV等病毒追踪工具在疼痛相关神经回路研究中的应用，并探索了与光遗传学、化学遗传学和单细胞RNA测序的新兴整合	NA	解析疼痛处理和调制的神经回路，为疼痛管理开发精准干预措施	疼痛相关神经回路，如PAG-DR通路和杏仁核中心回路	生物医学研究	疼痛相关疾病	病毒追踪技术（AAV、狂犬病毒、HSV）、光遗传学、化学遗传学、单细胞RNA测序	NA	神经回路数据	NA
354	2025-06-16	Application of Single-Cell RNA Sequencing in Investigating Virus-Host Interactions 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_9 PMID:40515904	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在研究病毒与宿主相互作用中的应用	利用scRNA-seq技术在单细胞水平上分析宿主和病毒转录本及宿主-病毒相互作用，揭示了病毒感染过程中宿主细胞的分子变化机制	NA	深入研究病毒与宿主之间的相互作用，为病毒感染的诊断和治疗提供新思路和方法	宿主细胞和病毒	基因组学	病毒感染	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
355	2025-06-15	Biomarkers Related to Interferon-γ Pathway in Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury and the Potential Molecular Mechanisms 2025-Jul, Cardiovascular toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12012-025-09999-x PMID:40346414	研究论文	研究干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤（MIRI）中的分子机制及其潜在生物标志物	通过挖掘转录组和单细胞测序数据，鉴定了与干扰素-γ通路相关的两个关键基因Myd88和Trp53作为MIRI的生物标志物，并揭示了其在细胞通讯和伪时间分析中的作用	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	阐明干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤中的分子机制	心肌缺血再灌注损伤（MIRI）	生物信息学	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个数据集（GSE160516、GSE83472、GSE227088）和182个干扰素-γ通路相关基因
356	2025-06-15	From cells to clinic: Single-cell transcriptomics shaping the future of orthopedics 2025-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.05.001 PMID:40510239	review	探讨单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）在骨科研究和临床实践中的潜在影响	scRNA-seq技术能够精细表征细胞亚群的变化及其在疾病进展中的作用，为骨科疾病研究提供新视角	NA	评估scRNA-seq技术在骨科研究和临床实践中的应用前景	骨关节炎、类风湿性关节炎、椎间盘退变和骨肉瘤等骨科疾病	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
357	2025-06-15	Antlers on does: An unexpected role of macrophages in deer biology 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424448122 PMID:40512783	研究论文	该研究揭示了雄激素通过巨噬细胞调控鹿角生长的分子机制	首次发现巨噬细胞在鹿角生成中的关键作用，并证明通过局部注射CCL2、自体巨噬细胞或LPS可诱导雌鹿长角	雄激素调控巨噬细胞募集的具体信号通路尚未完全阐明	探索雄激素调控鹿角再生的分子机制	梅花鹿（雄性和雌性）及裸鼠移植模型	发育生物学	NA	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、组织学分析	NA	RNA测序数据、组织学图像	梅花鹿样本及裸鼠移植模型（具体数量未说明）
358	2025-06-15	Refinement of histologic subtypes and identification of biomarkers linked to unfavorable prognosis in cholangiocarcinoma: The ENSCCA registries' framework for digital twin advancement 2025-Jun-16, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001425 PMID:40513068	研究论文	研究胆管癌的组织学亚型细化及与不良预后相关的生物标志物，通过建立欧洲胆管癌组织学注册表框架推进数字孪生技术	通过多中心数字化欧洲胆管癌组织学注册表，识别了PASHIGH LBD iCCA亚型作为独立的不良预后预测因子，并展示了该亚型在空间转录组学和免疫组化中的特定分子特征	样本量相对有限（293例患者），且仅选择了18例进行空间转录组学分析	研究胆管癌的组织学异质性及其临床相关性，识别与不良预后相关的组织生物标志物	胆管癌患者（293例）及其组织样本、CT扫描数据和血清学数据	数字病理学	胆管癌	免疫组化、CT扫描、形态学和放射组学技术、空间转录组学分析	NA	组织样本、CT图像、血清学数据	293例胆管癌患者（其中112例有CT扫描数据，18例进行空间转录组学分析）
359	2025-06-15	Endothelial CLEC5A drives barrier dysfunction and vascular leakage responsible for lung injury in bacterial pneumonia and sepsis 2025-Jun-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7589 PMID:40498836	研究论文	研究揭示了CLEC5A在调节内皮屏障功能中的重要性，并指出内皮CLEC5A可作为肺炎或败血症细菌感染的治疗靶点	首次发现内皮CLEC5A在驱动屏障功能障碍和血管渗漏中的作用，并验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CLEC5A在内皮屏障功能障碍和血管损伤中的作用	小鼠模型中的内皮细胞和CLEC5A基因	分子生物学	肺炎, 败血症	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	CLEC5A缺陷小鼠和野生型小鼠
360	2025-06-15	Early differentiation of committed erythroid cells defined by miR-144/451 expression 2025-Jun-12, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae057 PMID:39777529	research paper	该研究通过miR-144/451-eGFP敲入小鼠模型，定义了骨髓中共同髓系祖细胞（CMPs）内miR-144/451表达对红细胞早期分化的标志作用	首次利用miR-144/451-eGFP报告基因系统揭示CMPs中红细胞定向祖细胞的早期分化特征，并发现CD53表达缺失与红细胞谱系定向相关	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证人类造血系统中的保守性	阐明红细胞谱系定向祖细胞在髓系发育早期的分子特征	miR-144/451-eGFP敲入小鼠的骨髓祖细胞	造血发育生物学	红细胞发育相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因敲入模型	转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明数量的miR-144/451-eGFP+祖细胞