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当前共找到 33948 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2025-12-10 |
Spatial transcriptomics analysis uncovers ER stress in MANF-deficient Purkinje cells underlying alcohol-induced cerebellar neurodegeneration in mice
2025-Dec-03, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02162-1
PMID:41339935
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析，揭示了MANF缺陷的浦肯野细胞在酒精诱导的小鼠小脑神经退行性变中ER应激的作用 | 首次结合PC特异性MANF敲除小鼠模型、空间转录组学和高通量原位分析，揭示了MANF在酒精诱导的ER应激和神经退行性变中的性别特异性保护作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的直接适用性尚需验证；性别差异的机制未完全阐明 | 探究MANF在保护浦肯野细胞免受酒精诱导的ER应激和神经退行性变中的作用 | PC特异性MANF敲除小鼠模型，成年动物 | 空间转录组学 | 酒精使用障碍 | 空间转录组学，高通量原位分析，Xenium原位分析 | PC特异性MANF敲除小鼠模型 | 基因表达数据，行为数据，分子和细胞数据 | 未明确指定样本数量，但涉及成年小鼠动物模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 342 | 2025-12-10 |
Single cell and spatial transcriptomic profiling of the type 2 diabetic coronary microcirculation and myocardium
2025-Dec, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-025-01144-7
PMID:41203872
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探究了2型糖尿病小鼠冠状动脉微循环和心肌的转录组差异，揭示了与脂肪生成、脂肪酸代谢和氧化磷酸化相关的基因上调 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面解析2型糖尿病中冠状动脉微血管疾病的转录组特征，并识别出关键调控基因如Angplt4、Ephx2、Hmgcs2、Acot2、Pdk4和Ech1 | 研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，且样本规模有限，可能无法完全反映人类疾病的复杂性 | 探究2型糖尿病中冠状动脉微血管疾病的转录组差异，识别新的治疗靶点通路 | 2型糖尿病小鼠的冠状动脉微循环和周围心肌组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 343 | 2025-12-10 |
Characteristics linking ischemia-reperfusion to chronic lung allograft dysfunction in lung transplantation: A single-cell bioinformatics analysis
2025-Dec, Transplant immunology
IF:1.6Q3
DOI:10.1016/j.trim.2025.102326
PMID:41232781
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq数据，揭示了肺移植中缺血再灌注损伤与慢性肺移植物功能障碍之间的细胞和分子联系 | 首次利用单细胞生物信息学分析，系统描绘了IRI到CLAD过程中的细胞动态变化和信号通路交互，特别是发现了上皮细胞的铜死亡激活和巨噬细胞的纤维化转变 | 研究结果需要动物模型和临床样本的进一步验证，且数据来源于公共数据库，可能存在样本异质性 | 探究肺移植中缺血再灌注损伤与慢性肺移植物功能障碍之间的细胞和分子联系机制 | 肺移植相关的细胞群体，包括上皮细胞、Club细胞和髓系细胞 | 数字病理学 | 肺移植相关并发症 | 单细胞RNA-seq | Louvain聚类、UMAP可视化、Augur方法、CellChat、MEBOCOST、pySCENIC | 单细胞转录组数据 | 整合自GSE220797和GSE224210数据集，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 344 | 2025-12-10 |
distQTL: distribution quantitative trait loci identification by population-scale single-cell data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf155
PMID:41323105
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研究论文 | 本文提出了一种名为distQTL的新方法，利用Fréchet回归和群体规模单细胞RNA测序数据来识别分布定量性状位点 | 该方法首次将Fréchet回归应用于单细胞eQTL分析，使用完整的经验分布作为响应对象，而非简单的汇总统计量如均值，从而能更精细地解析转录调控异质性 | NA | 研究遗传变异如何影响基因表达，特别是通过识别分布定量性状位点来揭示细胞类型特异性调控 | 来自982名供者的外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名供者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 345 | 2025-12-10 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013692
PMID:41325434
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研究论文 | 本文介绍了lr-kallisto，一种用于长读长测序数据的转录本定量方法，旨在解决转录异构体准确量化的问题 | 开发了lr-kallisto，将kallisto方法适配于长读长技术，并证明外显子捕获能提高定量准确性 | 未明确提及具体样本量或实验验证范围，可能受限于长读长数据特性和遗传变异复杂性 | 实现长读长测序数据中转录异构体的快速准确定量 | RNA转录本，特别是全长转录异构体 | 自然语言处理 | NA | ONT长读长测序，外显子捕获 | kallisto适配模型 | 长读长RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 长读长RNA测序 | ONT平台 | Oxford Nanopore长读长测序技术，结合外显子捕获 |
| 346 | 2025-12-10 |
A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells
2025-Dec-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12370-7
PMID:41326993
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于甘露醇的缓冲液（PBS-M），用于改善高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序质量 | 提出了一种低盐度磷酸盐缓冲液补充D-甘露醇（PBS-M）的新方法，有效减少细胞死亡和环境mRNA，从而在高盐度海洋生物中实现更高质量的单细胞RNA测序 | NA | 提高高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序数据质量和细胞代表性 | 海鞘（Ciona robusta）的血细胞，并在第二种海鞘物种中进行了验证 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 347 | 2025-12-10 |
Characterizing Stage-Specific Cellular Dynamics and Microenvironmental Remodeling in Lung Adenocarcinoma by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Nov-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510847
PMID:41313751
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，系统分析了肺腺癌不同阶段的细胞组成和转录状态，揭示了肿瘤微环境从早期免疫激活到晚期免疫抑制的动态重塑过程 | 识别了晚期肺腺癌中一个独特的缺氧适应上皮肿瘤细胞亚群（C5），并揭示了缺氧驱动的功能趋同模型，其中不同的肿瘤微环境成分共同进化以促进免疫逃逸和肿瘤进展 | 研究整合了公开数据集，可能存在批次效应；样本量可能限制了对罕见细胞亚群的全面表征 | 阐明肺腺癌进展过程中阶段特异性的细胞动态和微环境重塑机制 | 肺腺癌患者标本，涵盖早期和晚期阶段 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 整合了早期患者标本和公开的晚期疾病数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 348 | 2025-12-10 |
Deep Learning-Based Quality Control Using Subcellular RNA Spatial Distribution Patterns for Cell Segmentation in Spatial Transcriptomics Data
2025-Nov-27, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202500885
PMID:41311019
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习的质量控制方法，利用亚细胞RNA空间分布模式来评估和改进空间转录组学数据中的细胞分割结果 | 首次利用亚细胞RNA空间分布模式通过深度神经网络进行细胞分割的质量控制，并能识别部分分割或合并的细胞，结合Transformer方法提升分割性能 | 方法主要针对基于测序的空间转录组学数据，在真实数据中的泛化能力可能需要进一步验证 | 提高空间转录组学数据中细胞分割的准确性和质量 | 空间转录组学数据中的细胞分割结果 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学测序 | 深度神经网络, Transformer | 空间转录组学数据 | 合成数据和真实Stereo-seq数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 349 | 2025-12-10 |
Monocyte/macrophage-derived NLRP3 Promotes the Onset and Progression of Ankylosing Spondylitis Via the NOD-like Receptor Pathway
2025-Nov-26, Journal of clinical immunology
IF:7.2Q1
DOI:10.1007/s10875-025-01961-4
PMID:41291215
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研究论文 | 本研究探讨了单核细胞/巨噬细胞来源的NLRP3通过NOD样受体通路在强直性脊柱炎发病和进展中的作用 | 首次在AS中鉴定出经典单核细胞-巨噬细胞-炎症巨噬细胞分化轨迹，并揭示NLRP3通过NOD样受体信号通路驱动疾病进展 | 研究主要基于生物信息学分析和单细胞测序验证，缺乏体内功能实验验证NLRP3的具体作用机制 | 阐明强直性脊柱炎的致病通路并探索潜在治疗策略 | 强直性脊柱炎患者和非AS患者的血液样本、GEO转录组数据集、AS患者和骨折对照患者的骨髓样本 | 生物信息学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞测序、转录组分析、GSEA通路分析 | 逻辑回归分析、t检验 | 血液检测数据、转录组数据、单细胞测序数据 | AS患者和非AS患者的血液样本、GEO数据集、AS患者和骨折对照患者的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 350 | 2025-11-16 |
Spatial Transcriptomics and Proteomics of Mycosis Fungoides Biopsies from Skin of Color Patients Reveal Biomarkers and Potential Treatment Targets
2025-Nov-17, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.608
PMID:41237899
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 351 | 2025-12-10 |
Four Decades of Inquiry Into the Genetic Bases of Specific Reading Disability
2025-Nov-11, Journal of speech, language, and hearing research : JSLHR
DOI:10.1044/2025_JSLHR-25-00050
PMID:41091061
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研究论文 | 本研究通过系统梳理过去四十年与特定阅读障碍相关的候选基因，并分析其进化保守性、发育表达模式和功能网络，以探究阅读障碍的遗传基础 | 挑战了存在阅读特异性基因的观念，提出特定阅读障碍反映了在人类特有大脑结构中运作的古老进化神经机制被破坏，并识别了发育表达转换和功能网络 | 研究基于文献综述和生物信息学分析，缺乏直接的实验验证，且候选基因列表可能不完全 | 探究特定阅读障碍的遗传基础，填补对阅读能力遗传结构理解的知识空白 | 175个与特定阅读障碍及阅读相关过程相关的候选基因 | 自然语言处理 | 特定阅读障碍 | 文献综述、生物信息学分析、发育转录组分析、单细胞转录组分析、功能通路分析 | NA | 基因序列数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | NA | Allen Institute for Brain Science | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | Allen Brain Atlas | Allen Brain Atlas 发育和单细胞转录组数据集 |
| 352 | 2025-12-10 |
GPC3-based circular RNA vaccine suppresses hepatocellular carcinoma progression by activating adaptive immune responses
2025-Nov-07, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001605
PMID:41201153
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研究论文 | 本研究开发了一种基于环状RNA（circRNA）的靶向GPC3的肝癌疫苗，并通过结合TLR4激动剂佐剂，在小鼠模型中验证了其抑制肿瘤进展、激活适应性免疫应答的疗效和机制 | 首次开发了靶向GPC3的circRNA癌症疫苗，克服了传统mRNA疫苗的不稳定性和递送效率问题，并通过结合TLR4佐剂增强了抗肿瘤免疫应答 | 研究主要基于小鼠模型，其疗效和安全性在人体中尚未验证；机制研究虽深入，但临床转化路径仍需探索 | 开发一种更稳定、高效的circRNA癌症疫苗，用于治疗肝细胞癌（HCC） | 肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境（TME） | 免疫治疗，癌症疫苗 | 肝细胞癌 | 环状RNA疫苗设计，TLR4激动剂佐剂，多重免疫荧光，单细胞测序，空间转录组学，质谱流式细胞术 | NA | 测序数据，成像数据，流式细胞数据 | 小鼠模型（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 353 | 2025-12-10 |
Heterogeneous generation and expansion of epidermal-resident memory T cells in individuals allergic to nickel
2025-Nov-06, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf427
PMID:41206452
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研究论文 | 本研究探讨了镍过敏个体在反复暴露于镍后，表皮驻留记忆T细胞的异质性生成和扩增机制 | 首次通过重复斑贴试验结合单细胞RNA测序，揭示了镍过敏个体表皮中CD4+和CD8+ TRM细胞的克隆扩增、分化异质性及耗竭样群体的存在 | 无法将特定T细胞亚型与临床反应严重程度相关联，样本量较小（仅12名参与者） | 研究反复镍暴露如何影响镍过敏个体的临床反应及表皮TRM细胞的积累和分化 | 镍过敏个体的表皮T细胞 | 免疫学 | 过敏性接触性皮炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名镍过敏参与者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 354 | 2025-12-10 |
Atomistic TCR-ligand interactions instruct memory T-cell differentiation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686789
PMID:41279151
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序、TCR-pMHC相互作用的生物物理测量和结构分析，揭示了T细胞受体（TCR）与配体之间的原子水平相互作用如何指导记忆T细胞的分化命运 | 首次在分子水平上系统地将TCR的机械转导特性（如力依赖性结合）与记忆T细胞亚群（TCM与TEM）的分化联系起来，并提出了“双极性”克隆型的概念 | 研究基于小鼠模型和单一的流感病毒表位（NP），其在人类其他病原体或癌症抗原中的普适性仍需验证 | 阐明初始CD8 T细胞在抗原刺激后分化为不同记忆T细胞亚群（中央记忆TCM与效应记忆TEM）的分子机制 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型，这些克隆特异性识别由H-2D呈递的流感A病毒（IAV）免疫显性表位NP | 免疫学 | 传染病（流感病毒感染） | 单细胞转录组测序、TCR测序、生物物理测量（力依赖性相互作用）、结构分析 | NA | 转录组数据、序列数据、生物物理测量数据、结构数据 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 355 | 2025-12-10 |
scFPC-DE: Robust Differential Expression Analysis Along Single Cell Trajectories via Functional Principal Component Analysis
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.686374
PMID:41279951
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研究论文 | 本文提出了一种基于功能数据分析的单细胞轨迹差异表达分析方法scFPC-DE，用于识别沿伪时间轨迹的时间差异表达基因 | 通过功能主成分分析建模基因表达作为伪时间函数，有效捕捉共享的基因表达变异和伪时间结构，同时缓解零膨胀问题 | 未明确说明方法在复杂轨迹或多分支轨迹中的适用性，以及计算效率方面的潜在限制 | 开发一种稳健的单细胞轨迹差异表达分析方法，以更准确地识别时间差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达沿伪时间轨迹的变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 功能主成分分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 356 | 2025-12-10 |
Atacformer: A transformer-based foundation model for analysis and interpretation of ATAC-seq data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.685753
PMID:41279458
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研究论文 | 本文介绍了Atacformer，一种基于Transformer的基础模型，用于分析和解释ATAC-seq数据 | Atacformer是首个为scATAC-seq数据设计的基于Transformer的基础模型，能够生成单个顺式调控元件的嵌入表示，并支持跨模态对齐和RNA数据推算 | 模型在scATAC-seq数据上的迁移学习潜力尚未充分探索，且现有工具在处理大规模复杂数据集时存在限制 | 开发一个基础模型以解决scATAC-seq数据统一分析和下游任务（如聚类、细胞类型注释和参考映射）的挑战 | scATAC-seq实验数据，包括公共存储库中的近10,000个实验 | 机器学习 | NA | ATAC-seq, scATAC-seq, RNA-seq | Transformer | 基因组数据（原始片段文件、BED文件） | 近10,000个scATAC-seq实验 | NA | single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 357 | 2025-12-10 |
CeDNe: A multi-scale computational framework for modeling structure-function relationships in the C. elegans nervous system
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683805
PMID:41279576
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CeDNe的开源计算框架，用于整合秀丽隐杆线虫神经系统的多尺度数据并建模其结构-功能关系 | 开发了首个统一的开源计算框架，能够将解剖学、分子和成像数据集整合到基于图的表示中，并在单一计算环境中实现跨组学层的多模态数据分析 | 框架目前主要针对秀丽隐杆线虫开发，在其他生物神经网络中的通用性需要进一步验证 | 建立神经回路结构与功能之间的联系，实现多尺度神经回路分析 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 计算神经科学 | NA | 计算建模、网络分析、神经动力学模拟 | 图神经网络、动力学网络模型 | 连接组数据、单细胞转录组数据、神经肽-受体分布数据、全脑神经活动成像数据、行为数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 358 | 2025-12-10 |
COL8A1 regulates endothelial phenotype in inflammatory endothelial-to-mesenchymal transition
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00339.2025
PMID:41042748
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研究论文 | 本研究探讨了胶原蛋白VIII的α1链（COL8A1）在炎症诱导的内皮-间质转化（EndMT）中的作用及其机制 | 揭示了COL8A1在炎症性EndMT中的双相调控作用，并阐明其通过NF-κB/Snail信号通路调节内皮稳定性的新机制 | 研究主要基于体外细胞模型（HAECs），体内功能验证和临床相关性需要进一步研究 | 探究COL8A1在炎症性血管病理（如动脉粥样硬化）中内皮-间质转化过程中的调控作用 | 小鼠和人类内皮细胞，特别是人主动脉内皮细胞（HAECs） | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光分析，基因敲低，过表达 | NA | RNA-seq数据，图像数据 | 未明确指定具体样本数量，涉及小鼠和人类内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 359 | 2025-12-10 |
The evolving nosology of myeloid neoplasms: the semi-centennial of the 1976 French-American-British classification
2025-Nov, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02746-9
PMID:40858808
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综述 | 本文回顾了髓系肿瘤分类系统自1976年FAB分类以来的50年演变历程，重点探讨了二代测序技术对分类的影响以及未来单细胞测序和多组学技术的整合前景 | 从历史视角系统分析髓系肿瘤分类学的演变，并首次提出基于克隆造血不确定潜能（CHIP）的细胞水平达尔文主义概念框架 | 作为历史回顾性分析，缺乏原始实验数据支持；未涉及具体临床验证研究 | 追溯髓系肿瘤分类系统的发展历史，探讨新技术对疾病定义和治疗策略的影响 | 髓系肿瘤分类系统（特别是FAB分类及其后续演进） | 血液病理学 | 髓系肿瘤 | 二代测序技术，单细胞测序，多组学技术 | NA | 文献与分类标准文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 360 | 2025-12-10 |
Injury-induced connexin 43 expression regulates endothelial wound healing
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00153.2025
PMID:41060772
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研究论文 | 本研究探讨了损伤诱导的连接蛋白43（Cx43）表达在调节内皮伤口愈合中的作用 | 首次证明大动脉内皮机械损伤会诱导间隙连接蛋白Cx43的表达，并揭示了Cx43磷酸化对内皮细胞迁移和增殖能力的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证；单细胞RNA-seq分析仅针对18小时损伤时间点 | 阐明Cx43在内皮损伤后伤口愈合中的分子机制 | 小鼠颈动脉内皮细胞 | 血管生物学 | 血管疾病 | RNA-seq，单细胞RNA-seq | 基因敲除小鼠模型（EC-Cx43 KO），磷酸化位点突变模型 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | 10829个细胞（来自野生型和EC-Cx43 KO小鼠颈动脉） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |