单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-09-06	Cellular interactions and Ion channel signatures in atrial fibrillation remodeling: insights from single-cell analysis and machine learning 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1615574 PMID:40894480	研究论文	通过单细胞分析和机器学习探究心房颤动中心肌细胞相互作用和离子通道特征	首次结合单细胞RNA测序与机器学习算法（LASSO和SVM）系统揭示AF结构重塑中的细胞亚型分化轨迹及离子通道标志物ANO1/GRIK2	研究样本量有限，未进行实验验证预测的药物靶向效果	阐明心房颤动结构重塑和电重塑的细胞分子机制	心房颤动患者和窦性心律对照者的心房成纤维细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 机器学习(LASSO/SVM), GO/KEGG/GSEA富集分析	LASSO, SVM	单细胞转录组数据，微阵列数据	未明确样本数量（AF患者与SR对照组心房成纤维细胞）
342	2025-09-06	eQTL and multi-omics integration reveal PPIH as a prognostic and immunotherapeutic biomarker 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1647722 PMID:40895540	研究论文	通过整合多组学数据识别PPIH作为跨癌种的预后和免疫治疗生物标志物	首次通过孟德尔随机化整合eQTL与GWAS数据，结合单细胞转录组分析揭示PPIH在肿瘤微环境中的新功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅局限于肝癌细胞系	系统识别跨癌种生物标志物并评估其临床应用潜力	多癌种患者数据（食管腺癌、胃癌、肾透明细胞癌等）及肝癌细胞系	生物信息学	多癌种（泛癌）	孟德尔随机化、多组学整合分析、单细胞转录组测序、体外实验	NA	基因组、转录组、单细胞数据	多种癌症类型的GWAS和eQTL汇总统计数据，具体样本量未明确说明
343	2025-09-06	A fusion ORF3a-E subgenomic RNA involved in SARS-CoV-2 infection efficacy by influencing cellular protein synthesis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1619538 PMID:40895568	研究论文	本文发现SARS-CoV-2的一种新型亚基因组RNA（ORF3a-E-sgRNA）通过调控细胞蛋白合成影响病毒感染效率	首次鉴定出同时编码ORF3a和E蛋白的融合型亚基因组RNA，并揭示其通过促进核糖体蛋白RPS3表达增强病毒翻译能力的机制	NA	探究SARS-CoV-2亚基因组RNA在病毒感染过程中的功能机制	SARS-CoV-2病毒及其感染的16HBE人支气管上皮细胞系	病毒学	COVID-19	单细胞测序	NA	RNA测序数据	SARS-CoV-2感染的细胞系（未注明具体样本数量）
344	2025-09-06	The osteosarcoma immune microenvironment in progression: PLEK as a prognostic biomarker and therapeutic target 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1651858 PMID:40895569	研究论文	本研究通过多组学分析发现PLEK是骨肉瘤中与免疫浸润和代谢重编程相关的关键预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次将PLEK鉴定为骨肉瘤免疫微环境中的核心调控枢纽，并揭示其在连接免疫应答与代谢重编程中的双重功能	研究主要基于回顾性数据分析，实验验证仅限于体外模型，缺乏体内功能验证和临床前瞻性研究	识别骨肉瘤中的免疫代谢生物标志物，并探讨PLEK在肿瘤微环境中的调控作用	骨肉瘤组织样本、肿瘤浸润免疫细胞（特别是巨噬细胞）、TCGA/GTEx数据库转录组数据	肿瘤免疫学	骨肉瘤	RNA-seq、单细胞RNA-seq、qRT-PCR、Western blot、siRNA敲低、细胞共培养	蛋白相互作用网络分析、GO/KEGG富集分析、CytoHubba算法	转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质表达数据	多个骨肉瘤转录组数据集（含TCGA/GTEx数据）和单细胞RNA-seq数据集（GSE162454），实验验证使用临床OS样本
345	2025-09-06	Targeting macrophages and ion homeostasis in T2D: new genes and therapeutic pathways identified 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1514243 PMID:40895573	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习探索2型糖尿病中巨噬细胞特异性基因表达与异常血单价无机阳离子浓度相关基因的交叉作用，识别关键基因和潜在治疗靶点	整合scRNA-seq与机器学习方法，首次系统鉴定巨噬细胞与离子稳态相关基因（ABRGs）在T2D中的交叉作用网络，并揭示STAT3和特定miRNA的核心调控作用	样本量有限（44例患者），且仅为观察性研究，需进一步实验验证机制	识别2型糖尿病的新型基因标志物和治疗靶点	2型糖尿病患者的胰岛细胞（27例非糖尿病患者和17例T2D患者）	生物信息学	2型糖尿病	scRNA-seq, 机器学习, ssGSEA, 免疫反应富集分析（IREA）	GBM（梯度提升机）	单细胞RNA测序数据	44例人类胰岛样本（27 ND + 17 T2D）
346	2025-09-06	Transcriptomic features of immune inflammation and neural plasticity associated with early neurological improvement in acute ischemic stroke patients with large vessel occlusion 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1581758 PMID:40896336	研究论文	本研究通过转录组分析探讨大血管闭塞性急性缺血性卒中患者早期神经功能改善的外周血mRNA特征及机制	首次揭示ENI组存在免疫激活与神经可塑性抑制的动态平衡，发现NOD样受体/Toll样受体等新型信号通路关联	样本量较小（仅20例患者），回顾性研究设计可能存在选择偏倚	探究血管内取栓后早期神经功能改善的分子机制以指导个体化治疗	大血管闭塞性急性缺血性卒中患者	生物信息学	脑血管疾病	mRNA转录组测序、生物信息分析、蛋白质互作网络分析	NA	转录组数据	20例患者（13例ENI组，7例非ENI组）
347	2025-09-06	Marker genes reveal dynamic features of cell evolving processes 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf185 PMID:40896714	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据揭示细胞演化过程中标记基因的动态特征	发现关键基因在分支点前后呈现不同的统计特征和表达模式，并揭示调控强度、爆发大小和频率沿伪时间轨迹的变化规律	NA	揭示细胞命运决定过程中动态特征并补充现有标记基因筛选方法	小鼠胚胎细胞、小鼠胚胎成纤维细胞、人类骨髓和肠道类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	四个单细胞RNA测序数据集
348	2025-09-06	Natural killer cell subpopulations in the peripheral blood of single ventricle/hypoplastic left heart syndrome patients via single-cell RNA sequencing 2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2025.10524 PMID:40893145	研究论文	通过单细胞RNA测序分析单心室/左心发育不全综合征患者外周血中的自然杀伤细胞亚群	发现两个新的NK细胞亚群，这些亚群无法通过传统scRNA-seq流程或流式细胞术检测，并揭示了与免疫应答异质性和应激适应相关的独特基因表达谱	样本量较小（仅3例患者和3例健康对照），且使用去标识化样本可能限制临床相关性分析	探究SV/HLHS患者NK细胞的免疫学特征及其在疾病并发症中的作用	单心室/左心发育不全综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞中的自然杀伤细胞	免疫学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	3例SV/HLHS患者和3例健康对照的PBMC样本
349	2025-09-06	Silencing RPL11 attenuates acute kidney injury by suppressing tubular apoptosis and macrophage-driven inflammation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1642446 PMID:40895534	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，揭示核糖体蛋白RPL11在急性肾损伤（AKI）中的关键作用及其机制	首次发现RPL11作为AKI核心调控因子，并开发了肾脏靶向纳米干预技术沉默RPL11	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化需进一步验证	探究RPL11在急性肾损伤发病机制中的作用并开发治疗策略	小鼠肾脏组织、HK-2人肾小管上皮细胞系	分子病理学	急性肾损伤	scRNA-seq, RNA-seq, siRNA转染, Western blotting, qPCR, 流式细胞术	NA	基因组数据、蛋白质数据、细胞成像数据	小鼠AKI模型和HK-2细胞模型（具体数量未明确说明）
350	2025-09-06	Dysregulated Immune Responses in Sepsis: Insights From Treg-Related Gene Expression 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S523019 PMID:40896540	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了脓毒症中调节性T细胞（Treg）的动态变化及CD82基因的新作用，并开发了一个高精度的诊断基因标志物	首次发现CD82在脓毒症Treg细胞中的上调表达及其免疫调节作用，并利用多数据集整合机器学习构建了七基因诊断模型	CD82的具体作用机制尚需进一步实验验证，研究样本量有限且主要依赖公共数据库	阐明脓毒症中Treg细胞的免疫调节机制并寻找新的诊断标志物	脓毒症患者外周血样本和CLP小鼠模型	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, 流式细胞术, RT-qPCR, 机器学习（SVM, LASSO, random forest）	集成学习模型	基因表达数据	380个样本（来自三个GEO数据集）加患者和小鼠实验样本
351	2025-09-06	Correction: Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1671133 PMID:40909286	correction	对先前发表的关于矽肺损伤肺中应激诱导EMT样上皮亚群驱动免疫激活的单细胞与空间转录组学研究进行更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
352	2025-09-06	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.590643 PMID:38712198	研究论文	通过整合单核RNA测序和空间转录组数据，构建了人类海马体的分子图谱	首次结合snRNA-seq和SRT技术，在保留细胞结构组织的同时解析海马体细胞类型的分子特征和空间分布	研究仅基于10名神经典型成年捐赠者的样本，样本量相对有限	揭示人类海马体的细胞类型分子特征和空间组织结构	人类前海马体组织	空间转录组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF)	NMF	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据	10名成年神经典型捐赠者的海马体组织切片
353	2025-09-06	Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques 2024-Nov, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118622 PMID:39413592	研究论文	本研究通过比较健康与动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切力的转录组响应，揭示动脉粥样斑块中保护性因子KLK10与剪切力信号解耦的机制	首次发现动脉粥样硬化病变中生理剪切力与保护性因子KLK10的表达解耦，并鉴定出疾病状态下内皮细胞亚群的炎症和凋亡特征	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；单细胞测序样本量有限	探究动脉粥样硬化动脉对生理剪切力保护性效应的响应机制	小鼠动脉内皮细胞（健康C57BL/6、轻度病变Apoe-/-正常饮食、重度病变Apoe-/-高脂饮食模型）	心血管生物学	心血管疾病	3D光片成像、计算流体动力学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、成像数据	三组小鼠模型（具体数量未明确说明）
354	2025-09-06	Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments 2024-09-15, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08804-2 PMID:39278970	研究论文	本研究结合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，探索二硫键死亡相关基因在缺血性脑卒中中的作用机制及其与免疫病理特征的相关性	首次将二硫键死亡（disulfidptosis）机制与缺血性脑卒中研究结合，并利用多算法机器学习模型和单细胞通讯网络分析揭示基因与免疫微环境的相互作用	研究主要基于公共数据库和体外模型，缺乏大规模临床样本验证	探究二硫键死亡相关基因在缺血性脑卒中发病机制中的作用及免疫关联	缺血性脑卒中患者外周血样本、体外氧糖剥夺（OGD）模型小胶质细胞	生物信息学与计算生物学	缺血性脑卒中	单细胞测序、机器学习算法（LASSO/随机森林/SVM-RFE）、氧糖剥夺模型	LASSO, Random Forest, SVM-RFE, 诺莫图预测模型	基因表达数据、单细胞测序数据	GEO数据库中缺血性脑卒中患者外周血样本（未明确数量）及体外细胞模型
355	2025-09-06	Osr1-mediated mesothelial transition of liver mesenchymal cells exacerbates fibrotic liver damage 2024-Sep-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.02.024 PMID:38414241	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪揭示肝星状细胞在损伤后向间皮细胞样状态逆转的过程，并发现靶向Osr1可减轻肝纤维化	首次发现肝星状细胞在损伤后发生间质-间皮转化（MMT），并鉴定出关键转录因子Osr1调控这一过程	研究主要基于小鼠NASH模型，人类临床相关性需进一步验证	探究慢性肝病中肝纤维化的形成机制并寻找治疗靶点	肝星状细胞（HSCs）及其转化产生的损伤相关中间细胞（DIHMs）	数字病理学	肝纤维化/肝硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体内谱系追踪，双重组酶系统	NA	基因表达数据	NASH模型小鼠（具体数量未在摘要中说明）
356	2025-09-06	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024, BMC methods DOI:10.1186/s44330-024-00015-2 PMID:40893796	研究论文	介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因	提出模块化决策树步骤和On-Target Fraction指标，显著提升紧密相关细胞类型的标记基因选择性能	NA	开发可扩展的数据驱动方法，以最小必要且充分的标记基因组合实现细胞类型身份的最大分类精度	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scRNA-seq	random forest	基因表达数据	包含数百万细胞的大规模scRNA-seq图谱数据集（人脑、肾脏和肺）
357	2025-09-06	A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers 2023-12, Neuropathology and applied neurobiology IF:4.0Q1 DOI:10.1111/nan.12942 PMID:37812061	研究论文	本研究通过高通量单细胞RNA测序技术鉴定人脑周细胞的特异性标志物	首次使用EasySci单细胞转录组测序方法发现SLC6A12和SLC19A1作为人脑周细胞的新标志物，并验证其抗体在FFPE组织中的适用性	在其他人体器官（肾、肺、肝、肌肉）的探索性样本中免疫组化未显示相同的周细胞样染色模式	鉴定和优化人脑周细胞的通用组织学标志物	人和小鼠脑部不同区域的单细胞RNA表达谱及FFPE人脑组织	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（EasySci）、免疫印迹、免疫组化	NA	单细胞转录组数据、蛋白质数据、图像数据	人和小鼠多个脑区域样本及多器官（脑、肾、肺、肝、肌肉）FFPE组织样本
358	2025-09-06	Graph deep learning for the characterization of tumour microenvironments from spatial protein profiles in tissue specimens 2022-12, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-022-00951-w PMID:36357512	研究论文	利用图神经网络分析组织样本中的空间蛋白质谱以表征肿瘤微环境	提出基于局部子图的图神经网络方法，捕捉与临床结果相关的独特细胞相互作用，相比基于细胞类型局部组成的深度学习方法显著提升预测准确性	NA	识别与癌症复发和患者生存相关的空间模式	人类头颈癌和结直肠癌组织样本	数字病理	癌症	40-plex免疫荧光成像	图神经网络（GNN）	空间蛋白质谱图像数据	NA
359	2025-09-06	JAG1-NOTCH4 mechanosensing drives atherosclerosis 2022-09-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo7958 PMID:36044575	研究论文	本研究揭示了JAG1-NOTCH4机械感应通路通过调节内皮细胞异质性促进动脉粥样硬化的机制	首次发现JAG1-NOTCH4信号通路在感知紊乱血流中的作用，并证明其通过调控内皮细胞亚群促进动脉粥样硬化	NA	探究紊乱血流通过JAG1-NOTCH4信号通路促进动脉粥样硬化的分子机制	猪和小鼠动脉、培养的人冠状动脉内皮细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、光片成像	NA	基因表达数据、成像数据	多种动物模型和细胞培养样本
360	2025-09-06	MAST: a flexible statistical framework for assessing transcriptional changes and characterizing heterogeneity in single-cell RNA sequencing data 2015-Dec-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0844-5 PMID:26653891	研究论文	提出一种针对单细胞RNA测序数据的灵活统计框架MAST，用于评估转录变化和表征异质性	采用两部分广义线性模型处理双峰表达数据，并引入细胞检测率作为混杂变异调整因子	NA	解决单细胞转录组数据中的随机丢失和双峰分布问题，提供更准确的差异表达分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	广义线性模型(GLM)	基因表达数据	NA