单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-09-18	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-Jul-10, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	本研究整合空间转录组和单核RNA测序数据，提升阿尔茨海默病相关表型的空间差异基因表达分析能力	首次将空间转录组与单核RNA测序数据整合，实现皮层分层和细胞类型特异性的差异基因表达分析	空间转录组数据样本量较小，可能限制统计效力	增强阿尔茨海默病相关表型的空间差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病相关的β淀粉样蛋白、神经纤维缠结密度和认知衰退表型	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)、CeLEry工具、线性混合模型	线性混合模型	基因表达数据	436例死后大脑的背外侧前额叶皮层组织，约150万个细胞
342	2025-09-18	WFDC3 identified as a prognostic and immune biomarker in pancreatic cancer 2025-May-08, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2025.12444 PMID:40350979	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了WFDC3在胰腺癌中的促癌作用及其作为预后和免疫生物标志物的潜力	首次系统评估WFDC家族在胰腺癌中的作用，并明确WFDC3通过诱导上皮-间质转化和抑制T细胞毒性促进肿瘤转移和免疫逃逸	NA	探究WFDC家族特别是WFDC3在胰腺癌发生发展中的具体作用和机制	胰腺癌（PAAD）组织和细胞	生物信息学	胰腺癌	RNA测序（bulk和single-cell）、功能富集分析、免疫浸润评估、CCK-8、EdU、transwell、免疫荧光、流式细胞术、LDH释放测定、Western blot、qRT-PCR、LASSO回归	LASSO回归模型	RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的多个数据集
343	2025-09-18	Investigating pulmonary neutrophil responses to inflammation in mice via flow cytometry 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae189 PMID:39212489	研究论文	本文描述了一种通过流式细胞术评估小鼠肺部中性粒细胞表型的详细实验方案	提供从肺组织和气腔分离单细胞并采用全面染色技术进行细胞表面标记和胞内成分分析的逐步操作指南	NA	探索中性粒细胞在生理和病理条件下在肺部的复杂功能	小鼠肺部中性粒细胞	NA	炎症性疾病	流式细胞术	NA	细胞数据	NA
344	2025-09-18	YBX1/CD36 positive feedback loop-mediated lipid accumulation drives metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105798 PMID:40083711	研究论文	本研究揭示了YBX1/CD36正反馈环路在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中驱动脂质积累的新机制	首次发现YBX1与CD36之间存在正反馈调控关系，并证明该环路促进肝脏脂质积累	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，人类临床验证尚需进一步研究	探究MASLD的发病机制及YBX1在该疾病中的作用	肝细胞、小鼠模型、人类肝脏样本	肝脏代谢疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞测序、透射电子显微镜、生物学和组织学分析	基因敲除小鼠模型	测序数据、显微图像、组织学数据	基因敲除小鼠和LOXP小鼠模型，原代肝细胞，人类肝脏样本
345	2025-09-18	Analysis of head and neck cancer scRNA-seq data identified PRDM6 promotes tumor progression by modulating immune gene expression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1596916 PMID:40936897	研究论文	通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据，发现PRDM6通过调控免疫基因表达促进肿瘤进展	首次揭示PRDM6在诱导免疫应答基因表达促进肿瘤细胞增殖中的新功能，并发现HPV病毒癌蛋白通过上调PRDM6表达与HPV阳性头颈癌相关	NA	探索头颈鳞状细胞癌的免疫机制及肿瘤进展驱动因素	头颈癌患者样本的单细胞RNA测序数据	生物信息学	头颈癌	scRNA-seq, IRIS3调控子推断工具	NA	单细胞RNA测序数据	头颈癌患者样本（数量未明确说明）
346	2025-09-18	MAIT Cells with High PFN1 Expression Mediate Immune Activation and Metabolic Reprogramming in Psoriasis 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S535795 PMID:40948612	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和遗传分析，揭示了MAIT细胞及其高表达基因PFN1在银屑病免疫激活和代谢重编程中的关键作用	首次发现MAIT细胞中PFN1高表达与银屑病风险相关，并系统揭示了其通过IL6-JAK-STAT3信号通路和糖酵解途径介导免疫代谢异常	样本量较小（3例银屑病 vs 2例对照），且PFN1表达与银屑病风险无显著遗传共定位	探索银屑病的细胞和分子机制，重点关注免疫细胞功能异常和代谢重编程	银屑病患者皮肤组织中的免疫细胞，特别是MAIT细胞亚群	生物信息学	银屑病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, eQTL-based Mendelian randomization, 富集分析	NA	单细胞转录组数据、批量RNA测序数据、遗传数据	5例样本（3例银屑病患者，2例健康对照）
347	2025-09-18	Enhancing natural killer cell anti-tumour activity through macrophage manipulation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1656925 PMID:40948757	综述	本文综述了通过调控巨噬细胞增强自然杀伤细胞抗肿瘤活性的策略	聚焦巨噬细胞与NK细胞互作在肿瘤免疫中的双向调节作用，并探讨利用表型重极化、选择性清除等技术增强NK细胞功能的治疗新策略	NA	探讨肿瘤微环境中巨噬细胞与NK细胞的相互作用机制及治疗应用	巨噬细胞和自然杀伤细胞（NK细胞）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学	NA	NA	NA
348	2025-09-18	Multi-omics approach to personalised treatment: insights into thrombus-derived exosome regulation in cardiomyocyte ferritinophagy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1607355 PMID:40948766	研究论文	本研究通过多组学方法揭示血栓来源外泌体通过'FENDRR-m6A-NCOA4'轴调控心肌细胞铁蛋白自噬的机制及其与免疫炎症反应的关联	首次发现冠状动脉血栓外泌体中的lncRNA FENDRR通过m6A修饰调控铁蛋白自噬，并揭示免疫细胞通过该通路参与心肌损伤的免疫炎症反应	NA	系统分析1型心肌梗死中铁蛋白自噬的机制及其与免疫炎症反应的潜在联系	1型心肌梗死患者的冠状动脉血栓样本及心肌细胞模型	多组学分析	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序、RIP、FISH、ChIP、m6A甲基化实验	NA	RNA序列数据、功能实验数据	1型心肌梗死患者的冠状动脉血栓样本
349	2025-09-18	Dissecting the immune evasion and therapeutic resistance mechanisms in EGFR/TP53 co-mutated non-small cell lung cancer: implications for targeted and immunotherapy strategies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1652213 PMID:40948762	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析EGFR/TP53共突变非小细胞肺癌的免疫逃逸和治疗抵抗机制	首次在单细胞层面揭示EGFR/TP53共突变NSCLC中恶性细胞亚群通过协同作用驱动CD8+ T细胞耗竭和免疫排斥微环境形成的转录调控网络	样本量较小（仅4例进行单细胞测序），需更大队列验证和功能研究支持临床转化	探究EGFR/TP53共突变非小细胞肺癌的分子机制及治疗策略	非小细胞肺癌患者肿瘤样本	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序, NGS	NA	RNA测序数据	40例NSCLC患者肿瘤样本（其中4例进行单细胞测序）
350	2025-09-18	Integrative transcriptomic and machine learning analyses identify HDAC9 as a key regulator of mitochondrial dysfunction and senescence-associated inflammation in diabetic nephropathy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1627173 PMID:40948769	研究论文	通过整合转录组学和机器学习分析，识别HDAC9作为糖尿病肾病中线粒体功能障碍和衰老相关炎症的关键调控因子	首次整合bulk RNA-seq、WGCNA、机器学习方法和scRNA-seq数据，系统性鉴定糖尿病肾病中与线粒体功能障碍及衰老相关的枢纽基因，并功能验证HDAC9的致病作用	研究主要基于体外细胞模型（HK-2细胞），缺乏体内动物实验验证；样本来源和数量未明确说明	探究糖尿病肾病中线粒体功能障碍、细胞衰老和炎症的分子机制，并寻找潜在诊断标志物和治疗靶点	糖尿病肾病（DN）患者肾脏组织样本和高糖诱导的HK-2细胞系	生物信息学	糖尿病肾病	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, SVM机器学习, siRNA基因敲低	SVM	转录组数据	NA
351	2025-09-18	Research trends and hotspots in the tumor microenvironment of ovarian cancer: a bibliometrics and visualization study from 2005 to 2024 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1605695 PMID:40948776	文献计量学研究	通过对2005-2024年卵巢癌肿瘤微环境研究的文献计量与可视化分析，揭示该领域的研究趋势和热点	首次系统性地对卵巢癌TME领域进行长达20年的文献计量分析，并识别出关键研究热点如免疫检查点抑制剂和单细胞RNA测序技术	研究基于WoSCC数据库的1720篇文章，可能未涵盖所有相关文献	分析卵巢癌肿瘤微环境领域的研究发展趋势和热点主题	卵巢癌肿瘤微环境相关研究文献	文献计量学	卵巢癌	文献计量分析、可视化分析	NA	文献数据	1720篇相关文章来自WoSCC数据库
352	2025-09-18	Single-cell profiling delineates the tumor microenvironment and immunological networks in patient-derived uterine leiomyosarcoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1653096 PMID:40948800	研究论文	通过单细胞RNA测序描绘了子宫平滑肌肉瘤的肿瘤微环境和免疫网络	首次构建了子宫平滑肌肉瘤的单细胞图谱，识别了转移易感细胞亚群(U11-EDARADD)和以耗竭CD8+T细胞、M2巨噬细胞及N2中性粒细胞为主的免疫抑制微环境	研究基于单个初治患者的转移病灶样本，样本量较小	解析子宫平滑肌肉瘤的肿瘤微环境特征和免疫抑制机制	子宫平滑肌肉瘤患者转移病灶和正常子宫肌层组织	单细胞组学	子宫平滑肌肉瘤	scRNA-seq, 多重免疫荧光(mpIF), CNV分析	NA	单细胞转录组数据	1例ULSA患者的多个转移病灶（盆腔、直肠、腹膜、膀胱）和5例正常子宫肌层对照
353	2025-09-18	Deciphering the role of myofibroblasts in microvascular invasion of hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1596181 PMID:40949143	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示肌成纤维细胞在肝细胞癌微血管侵袭中的关键作用及潜在机制	首次在单细胞层面系统解析肌成纤维细胞亚群（特别是MF2细胞）通过CAMK2N1基因调控血管生成和MVI形成的机制	研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于细胞系水平	阐明肝细胞癌微血管侵袭的细胞群体和分子网络机制	肝细胞癌患者样本和HCC细胞系	癌症生物学	肝细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq, 功能富集分析, 细胞通讯分析, 细胞轨迹分析, CCK-8, 划痕实验, transwell实验	Seurat, DAVID, CellChat, Monocle 2	单细胞RNA测序数据, bulk RNA测序数据, 实验数据	来自公共数据库的HCC单细胞和RNA-seq数据集（具体样本数未明确说明）
354	2025-09-18	Integrating microarray data and single-cell RNA-seq reveals correlation between kit and nmyc in mouse spermatogonia stem cell population 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1634347 PMID:40950403	研究论文	本研究整合微阵列数据和单细胞RNA测序，揭示小鼠精原干细胞群体中Kit与Nmyc基因的关联及其在分化中的关键作用	结合WGCNA和scRNA-seq技术，首次系统揭示Kit基因在RA信号通路介导的精原干细胞分化中的核心调控作用	研究仅限于小鼠模型，需进一步通过基因编辑技术和人类模型验证治疗潜力	解析精原干细胞的分子特征及其在精子发生中的调控机制	小鼠睾丸样本中分离的精原干细胞	生殖生物学	男性不育症	CD49f-MACS分选、矩阵选择、免疫细胞化学、基因本体富集分析、WGCNA、scRNA-seq、PPI网络构建	NA	基因表达数据（微阵列和单细胞RNA测序）	小鼠睾丸样本中分离的精原干细胞群体
355	2025-09-18	Comprehensive analysis of the papillary thyroid carcinoma identifies CSGALNACT1 as a proliferation driver and prognostic biomarker 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1638348 PMID:40950406	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据，构建甲状腺乳头状癌高分辨率细胞图谱，并鉴定CSGALNACT1作为增殖驱动因子和预后生物标志物	首次在PTC中构建包含29个细胞亚群的高分辨率图谱，发现CSGALNACT1是上皮细胞特异性独立预后基因并验证其促增殖功能	研究仅基于20个人类甲状腺样本，样本量相对有限	解析甲状腺乳头状癌的细胞异质性并确定预后决定因素	人类甲状腺组织样本（健康与肿瘤组织）	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), LASSO回归, 伪时序分析	Cox比例风险模型, LASSO回归模型	单细胞转录组数据	20个人类甲状腺样本
356	2025-09-18	Identification of Novel Biomarkers Associated with Corticosteroid Resistance in Asthma by Bioinformatics Analysis and Experimental Validation 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S527640 PMID:40951447	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证识别与哮喘中皮质类固醇抵抗相关的新型生物标志物	首次结合WGCNA和差异表达分析识别TNS1、ABCC4和TNFRSF21作为香烟烟雾诱导的哮喘皮质类固醇抵抗的关键生物标志物，并发现TNS1促进巨噬细胞M2极化的新机制	研究基于公共数据库和有限样本验证，需进一步扩大临床样本和功能实验确认机制	探索香烟烟雾诱导的哮喘皮质类固醇抵抗的潜在生物标志物和治疗靶点	哮喘患者、哮喘小鼠模型和Raw264.7细胞系	生物信息学	哮喘	RNA-seq, 差异表达分析, WGCNA, GO/KEGG富集分析, ROC分析, CIBERSORT, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	GSE230048和GSE13896数据集（样本数量未明确说明），哮喘患者和小鼠模型验证样本
357	2025-09-18	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617088 PMID:39416029	研究论文	开发了Vispro工具，用于提升Visium空间转录组学图像分析质量	首个端到端全自动图像处理工具，集成四个关键模块处理基准标记和组织区域	NA	解决空间转录组学图像中基准标记和背景区域干扰的问题	10x Visium空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA
358	2025-09-18	Status of single-cell RNA sequencing for reproductive toxicology in zebrafish and the transcriptomic trade-off 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100463 PMID:38846809	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在斑马鱼生殖毒理学中的应用现状及其与传统方法的权衡	scRNA-seq技术为识别罕见细胞亚型及毒物暴露影响提供了新颖的细胞水平视角	scRNA-seq在生殖毒理学领域仍属未充分开发利用的技术，且需权衡与传统方法的利弊	探索scRNA-seq在生殖毒理学，特别是斑马鱼模型中的应用潜力与挑战	斑马鱼性腺组织及毒物暴露下的细胞表达谱	生殖毒理学	NA	scRNA-seq, NGS	NA	转录组数据	NA
359	2025-09-18	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.10.588953 PMID:38645099	研究论文	研究人类特异性增强子HAR.324对WNT信号受体FZD8的调控作用及其在皮质发育中的功能	首次通过基因编辑小鼠和灵长类模型证明人类特异性HAR增强子通过调控神经祖细胞增殖能力精细调节皮质发育和连接性	NA	探索人类加速区域(HARs)在人类特异性皮质发育中的功能贡献	基因编辑小鼠、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞、皮质类器官	发育生物学	NA	基因编辑、活体成像、谱系分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、成像数据	多种基因编辑动物模型和细胞模型（具体数量未明确说明）
360	2025-09-18	Intestinal epithelial adaptations to vertical sleeve gastrectomy defined at single-cell resolution 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110805 PMID:38309446	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术揭示了垂直袖状胃切除术（VSG）对小鼠小肠上皮细胞类型特异性基因表达和代谢通路的调控作用	首次在单细胞分辨率下系统定义VSG对肠道上皮不同细胞谱系的影响，并发现VSG特异性恢复线粒体呼吸和细胞代谢通路	研究基于小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性仍需验证	探究垂直袖状胃切除术（VSG）对肠道上皮细胞的分子水平适应机制	小鼠小肠上皮细胞	单细胞组学	肥胖与糖尿病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	验证性小鼠模型（具体数量未明确说明）