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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2026-06-09 |
Quantitative RNA spatial profiling using single-molecule RNA FISH on plant tissue cryosections
2026-Jun-08, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2026.101943
PMID:42252663
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研究论文 | 提出一种优化的单分子RNA荧光原位杂交方法(cryo-smFISH),用于植物组织冰冻切片中单个mRNA分子的可视化和定量 | 开发了适用于植物组织冰冻切片的稳健smFISH方案,结合深度学习算法实现细胞核和细胞质中RNA丰度的精确定位,并可与免疫荧光联合使用 | 标题和摘要未提及明显局限性 | 开发简单且稳健的smFISH方法,用于植物组织冰冻切片中RNA的空间定量分析 | 植物组织冰冻切片中的单个mRNA分子 | 数字病理学 | NA | 单分子RNA荧光原位杂交 (smFISH) | 深度学习算法 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 342 | 2026-06-09 |
SpaVGMC: A Unified Representation Learning Framework via Structural and Semantic Alignment in Spatial Transcriptomics
2026-Jun-08, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.6c01121
PMID:42253102
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研究论文 | 提出SpaVGMC统一表示学习框架,通过结构对齐和语义对齐来改进空间转录组学中的空间域识别 | 首次将结构化变分推理、结构信息对齐和语义对齐三者结合,在无数据增强的情况下通过分布感知对比学习组织全局转录语义,有效解决局部过平滑和拓扑保真度受损问题 | 未明确提及局限性,但可能依赖空间转录组数据的质量,且在大规模数据集上的计算效率有待验证 | 提升空间域识别的准确性和可解释性,克服当前方法在拓扑保持和全局语义建模上的不足 | 多个空间转录组数据集中的空间域 | 数字病理学、机器学习 | 不适用 | 空间转录组学 | 结构化变分自动编码器 | 空间转录组数据 | 多个空间转录组数据集,具体样本数未说明 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 343 | 2026-06-09 |
Integrative single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals a baicalein-responsive 10-gene signature for non-small cell lung cancer
2026-Jun-07, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102853
PMID:42251782
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研究论文 | 整合单细胞和空间转录组学分析,揭示黄芩素响应性非小细胞肺癌10基因特征 | 首次整合网络药理学、单细胞RNA测序、批量转录组学、空间转录组学和机器学习,鉴定了黄芩素在非小细胞肺癌中的10基因诊断特征,并利用空间转录组学确认了所有基因在肿瘤组织中的显著高表达 | 未提及明确的局限性 | 探究黄芩素在非小细胞肺癌肿瘤微环境中的分子靶点和细胞类型特异性效应 | 非小细胞肺癌患者 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,分子对接,分子动力学模拟 | 共识聚类,机器学习 | 基因表达数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 344 | 2026-06-09 |
Spatial Transcriptomics Open a New Era of Pan-Cancer Analysis
2026-Jun-07, Cancer investigation
IF:1.8Q3
DOI:10.1080/07357907.2026.2681845
PMID:42252208
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综述 | 综述空间转录组学在泛癌分析中的关键进展及其对临床转化的启示 | 首次系统总结空间转录组学在解码跨癌症空间生态系统保守性与差异性、绘制驱动基因异质性图谱、追踪转移演化及建立新型空间分子分类中的突破性应用 | 多癌症数据集整合困难及临床转化效率不足仍是当前挑战 | 探讨空间转录组学在推动泛癌精准诊断和治疗分层中的潜力 | 泛癌(多种癌症类型) | 数字病理学 | 泛癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 345 | 2026-06-09 |
Emerging applications of long-read sequencing in hematological malignancies: highlights from the 2025 ASH annual meeting
2026-Jun-07, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-026-00942-y
PMID:42252388
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综述 | 综述长读长测序在血液恶性肿瘤中的新兴应用,重点介绍2025年美国血液学会年会的进展 | 全面总结了长读长测序在血液恶性肿瘤中的最新应用,包括快速全基因组测序、自适应采样、全长RNA测序和单细胞RNA测序等新技术在亚型分类、结构变异检测和融合转录本解析方面的突破 | 长读长测序的成本和准确性仍然是其在常规临床诊断中广泛应用的障碍 | 评估长读长测序技术在血液恶性肿瘤诊断和精准治疗中的潜力 | 血液恶性肿瘤 | 机器学习 | 血液恶性肿瘤 | 长读长测序, 全基因组测序, 全长RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 长读长测序 | NA | NA |
| 346 | 2026-06-09 |
Heterogeneity of macrophages in PD-1/PD-L1 inhibitor therapy: a single-cell perspective
2026-Jun-07, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-026-00956-2
PMID:42252409
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综述 | 从单细胞角度全面总结巨噬细胞在PD-1/PD-L1抑制剂治疗中的异质性及其对抗肿瘤疗效、耐药性和免疫相关不良事件的影响 | 首次从单细胞视角系统阐述巨噬细胞在PD-1/PD-L1抑制剂治疗中的多重功能角色,揭示具有独特基因特征和功能可塑性的疾病特异性巨噬细胞亚群 | NA | 总结巨噬细胞在PD-1/PD-L1抑制剂治疗中的异质性和功能作用,探讨靶向巨噬细胞提高免疫治疗准确性的潜在价值 | 巨噬细胞在PD-1/PD-L1抑制剂治疗中的角色 | 自然语言处理 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 347 | 2026-06-09 |
Multi-omic profiling identifies TREM2+ lipid-laden macrophages as inflammatory drivers and therapeutic targets of colorectal cancer liver metastasis
2026-Jun-06, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218657
PMID:42250756
|
研究论文 | 通过多组学分析鉴定TREM2+脂质负载巨噬细胞作为结直肠癌肝转移的炎症驱动因子和潜在治疗靶点 | 首次整合CyTOF、单细胞和空间转录组学、脂质组学等多组学技术,发现并表征了促进结直肠癌肝转移免疫逃逸和微环境重塑的TREM2+脂质负载巨噬细胞亚群,并验证了其炎症信号通路及靶向治疗潜力 | 未提及具体限制,该研究仍需在更大队列和临床环境中进一步验证TREM2靶向治疗的有效性和安全性 | 阐明结直肠癌肝转移中肿瘤相关巨噬细胞的特定亚群及其在免疫抑制和肿瘤进展中的作用 | 结直肠癌肝转移的肿瘤相关巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 结直肠癌 | CyTOF, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 脂质组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据, 脂质组数据, CyTOF数据 | 小鼠模型及离体器官型肿瘤模型,具体样本量未详述 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 348 | 2026-06-09 |
Charting the human-specific properties of gene expression networks in the infant prefrontal cortex
2026-Jun-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aea3316
PMID:42234754
|
研究论文 | 通过比较新生儿黑猩猩、人类和恒河猴的脑样本,利用单细胞转录组学和表观基因组学,揭示了人类婴儿前额叶皮层基因表达网络中的人类特异性特性 | 首次利用稀有新生儿黑猩猩样本进行跨物种比较,识别出人类婴儿特异性转录程序,并发现其与自闭症和帕金森病风险基因的关联 | NA | 探究人类婴儿期是否具有特异性转录程序,以及这些程序与神经疾病易感性的关系 | 人类、黑猩猩和恒河猴婴儿的前额叶皮层样本 | 数字病理学 | 自闭症, 帕金森病 | 单细胞转录组学, 单细胞表观基因组学 | NA | 单细胞转录组与表观基因组数据 | 稀有新生儿黑猩猩、年龄匹配的人类和恒河猴脑样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | NA |
| 349 | 2026-06-09 |
Single-cell transcriptomics reveals the hemocyte atlas and molecular mechanisms underlying the growth-immunity trade-off in Litopenaeus vannamei
2026-Jun-05, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2026.111494
PMID:42250742
|
研究论文 | 使用单细胞转录组学揭示凡纳滨对虾血细胞图谱及生长-免疫权衡的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析(WGCNA)系统比较快速生长组和缓慢生长组的血细胞图谱,揭示了生长-免疫权衡的细胞和分子基础,并识别了上游调控网络 | 未提及 | 阐明凡纳滨对虾个体生长异质性的细胞和分子调控机制,特别是生长-免疫权衡的机制 | 凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)的快速生长组和缓慢生长组 | 单细胞转录组学 | 无 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、加权基因共表达网络分析(WGCNA) | NA | 单细胞转录组数据 | 快速生长组和缓慢生长组样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 350 | 2026-06-09 |
MYC-Driven Glycolysis in TNFRSF4+ CD4+ T Cells Underlies Heightened Rejection Susceptibility of Cardiac vs. Renal Allografts
2026-Jun-05, Circulation journal : official journal of the Japanese Circulation Society
IF:3.1Q2
DOI:10.1253/circj.CJ-25-0880
PMID:42252199
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现,心脏移植物中TNFRSF4+ CD4+ T细胞的MYC驱动糖酵解导致其排斥易感性高于肾脏移植物 | 首次揭示MYC驱动糖酵解在心脏移植物特异性TNFRSF4+ CD4+ T细胞扩增中的关键作用,解释了心脏与肾脏移植物排斥易感性的差异机制 | 未明确说明,但可能包括动物模型与临床应用的转化限制以及样本量有限 | 探究心脏移植物比肾脏移植物更易发生排斥反应的分子机制 | 巴马小型猪的心脏和肾脏同种异体移植组织,临床人类心脏组织(正常与急性排斥),小鼠心脏移植模型 | 机器学习 | 移植物排斥反应 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 巴马小型猪模型(数量未明确),临床人类心脏组织(正常与急性排斥样本),小鼠心脏移植模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序技术 |
| 351 | 2026-06-09 |
Patient-derived lymphoma spheroids reveal predictive markers of glofitamab resistance in relapsed/refractory B-NHL
2026-Jun-04, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025031309
PMID:41746860
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研究论文 | 利用患者来源的淋巴瘤球体预测复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤对glofitamab的耐药性标志物 | 首次通过三维患者来源淋巴瘤球体模型,结合多参数流式细胞术、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学,识别出CD8+ T细胞耗竭和功能活跃的Tfh细胞是glofitamab耐药的关键因素 | 未提及,但可能包括样本量有限(39个样本)、体外模型与临床反应的相关性需进一步验证等 | 识别glofitamab双特异性抗体在复发/难治性B-NHL中的耐药预测标志物 | 39例复发/难治性B-NHL患者样本,以及48例患者预处理RNA测序数据 | 数字病理学 | B细胞非霍奇金淋巴瘤 | 多参数流式细胞术,单细胞RNA测序,索引编码空间蛋白质组学,功能分析 | NA | 图像,文本,基因表达数据 | 39个患者来源淋巴瘤球体样本,48例患者预处理RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 352 | 2026-06-09 |
Chemotherapy induces an IL1β-dependent neutrophil recruitment and activation that promote chemoresistance in metastatic ovarian cancer
2026-Jun-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014253
PMID:42236112
|
研究论文 | 本研究揭示了化疗诱导的IL1β依赖性中性粒细胞招募和激活促进转移性卵巢癌的化疗耐药性 | 首次通过体内外实验证明化疗诱导的IL1β依赖性中性粒细胞积聚驱动高级别浆液性卵巢癌(HGSC)的化疗耐药性,并阐明了IL1β-IL1R1轴通过肿瘤相关成纤维细胞诱导CXCL2趋化因子吸引中性粒细胞的机制 | 主要基于小鼠模型和有限的患者样本,尚未评估该通路在多种化疗方案或更大队列中的普适性 | 探究化疗诱导的肿瘤微环境(TME)重塑如何影响HGSC的化疗响应性,并明确其分子机制 | 高级别浆液性卵巢癌(HGSC)肿瘤组织样本、小鼠转移性HGSC模型、患者配对化疗前后的网膜肿瘤标本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、流式细胞术、免疫荧光、抗体介导的细胞耗竭 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、细胞表型数据 | HGSC患者配对化疗前后数据集、化疗耐药同源重组完整型小鼠转移性HGSC模型(包括野生型、IL1β缺陷、IL1R1缺陷小鼠)、患者配对网膜肿瘤标本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序(单细胞RNA-seq) | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 353 | 2026-06-09 |
Systemic pre-conditioning favors effector over exhausted CD8 T-cell subsets following Sup2-IL33 armored CAR T-cell therapy
2026-Jun-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013020
PMID:42236119
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研究论文 | 研究系统性预条件对表达Sup2-IL33细胞因子的装甲CAR T细胞治疗黑色素瘤的影响 | 将系统性预条件与Sup2-IL33细胞因子装甲CAR T细胞结合,发现这种联合策略能促进效应CD8 T细胞而非耗竭CD8 T细胞亚群的形成,从而提高抗肿瘤效果 | 在B16F10黑色素瘤免疫活性小鼠模型中进行,临床推广前需在更多实体瘤模型中验证 | 评估系统性预条件对CAR T细胞的影响,以及与Sup2和IL-33细胞因子装甲联合使用的效果 | B16F10黑色素瘤小鼠模型中的TRP1特异性CAR T细胞 | 数字病理学, 机器学习 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 发光成像 | RNA速度轨迹分析 | 图像, 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 354 | 2026-06-09 |
Smart Microneedles Regulate Reactive Oxygen Species and Deliver Matrix Metalloproteinases for Pathological Scar Treatment
2026-Jun-02, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.6c00171
PMID:42148523
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研究论文 | 开发智能微针通过调控活性氧和递送基质金属蛋白酶治疗病理性疤痕 | 首次将单细胞测序与智能响应性材料结合,构建闭环治疗策略,实现病理信号解码与精准干预同步 | 仅在兔和猪模型验证,缺乏临床试验数据;微针的长期稳定性和安全性未详细评估 | 探究病理性疤痕形成机制并开发新型治疗方法 | 病理性疤痕(瘢痕疙瘩)组织及兔、猪疤痕模型 | 机器学习 | 皮肤病 | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 患者疤痕组织样本(未明确具体数量)及兔、猪模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 355 | 2026-06-09 |
Spatiotemporal role of GLI2 in driving SHH-medulloblastoma tumorigenesis
2026-Jun-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag033
PMID:41706711
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研究论文 | 探究GLI2在驱动SHH型髓母细胞瘤发生中的时空作用 | 首次揭示GLI2过表达单独即可驱动胚胎Math1+前体细胞形成SHH型髓母细胞瘤,并阐明了MAPK通路在其中的关键作用 | NA | 阐明GLI2扩增在SHH型髓母细胞瘤发生中的作用机制及其时空窗口 | GLI2扩增的SHH型髓母细胞瘤小鼠模型及人类肿瘤样本 | 机器学习 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 新型小鼠模型及人类肿瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 356 | 2026-06-09 |
Toward a multiomics framework for understanding symbiotic nitrogen fixation
2026-Jun, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2026.01.008
PMID:41820103
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综述 | 本文综述了通过多组学框架(如端粒到端粒基因组、单细胞和空间转录组学、表观基因组学等)理解共生固氮作用的最新进展,并提出人工智能引导的路线图以推动非豆科作物的工程改造 | 提出人工智能引导的整合序列、染色质可及性和表达数据的路线图,用于优先调控元件、设计紧凑编辑集并指导非豆科作物的细胞类型特异性部署 | 该框架主要基于描述性数据,缺乏实验验证,且从模型到实际非豆科作物的转化仍存在挑战 | 减少对合成氮肥的依赖,通过生物固氮的工程化部署实现可持续农业 | 共生固氮相关植物(包括豆科和非豆科作物),以及放线菌共生系统 | 机器学习 | NA | 端粒到端粒基因组组装、泛基因组分析、单细胞转录组学、空间转录组学、表观基因组学、3D基因组图谱、人工智能 | AI模型(未指定具体类型) | 序列、染色质可及性、基因表达、细胞状态、三维基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 357 | 2026-06-09 |
Platelet hyperactivation drives oxidized mitochondrial DNA-induced neutrophil extracellular traps formation in biliary atresia
2026-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2026.101832
PMID:41856250
|
研究论文 | 研究了胆道闭锁中血小板过度激活驱动氧化线粒体DNA诱导的中性粒细胞胞外陷阱形成及潜在的治疗靶点 | 首次揭示血小板过度激活通过释放氧化线粒体DNA促进NET形成,并发现S100A8/A9作为治疗靶点用paquinimod抑制可改善小鼠生存率 | 研究主要基于回顾性临床数据和动物模型,尚需进一步验证在人体的治疗效果和长期安全性 | 探究血小板过度激活在胆道闭锁中驱动NET介导炎症的机制及S100A8/A9靶向治疗潜力 | 胆道闭锁患者血小板和中性粒细胞,以及RRV注射诱导的胆道闭锁小鼠模型 | 机器学习 | 新生儿胆道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 435例胆道闭锁患者(其中236例血小板计数升高)及小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 358 | 2026-06-09 |
Elevation of liver elasticity following radiofrequency ablation reflects neutrophil-mediated abscopal effect in liver cancer
2026-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2026.101824
PMID:41881314
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研究论文 | 本文研究射频消融后肝脏弹性升高与中性粒细胞介导的远隔效应在肝癌中的关联 | 首次将射频消融后肝脏弹性变化与中性粒细胞免疫反应联系起来,并发现CD40激动剂可作为增强抗肿瘤免疫的辅助策略 | 未提及具体局限性 | 探究射频消融后肝脏弹性动态变化与中性粒细胞反应的相关性,并探索潜在的辅助治疗策略 | 肝细胞癌患者和肝癌小鼠模型 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、多组学分析、多重免疫荧光染色、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、影像数据 | 102例患者和每组4-6只小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 359 | 2026-06-09 |
anndataR improves interoperability between R and Python in single-cell transcriptomics
2026-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag288
PMID:42108549
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研究论文 | anndataR 提升了单细胞转录组学中 R 和 Python 之间的互操作性 | 允许 R 用户原生读写 H5AD 文件,并将其转换为 SingleCellExperiment 或 Seurat 对象,确保 Python 和 R 之间长期互操作性 | 未明确指出 | 促进单细胞转录组学数据在 R 和 Python 之间的互操作 | H5AD 文件格式的单细胞转录组数据集 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 360 | 2026-06-09 |
Single-Cell RNA-Seq Combined With Bulk RNA-Seq Revealed the Involvement of Pancreatic Cancer Tissue-Resident Macrophages in Tumour Progression and the Immunotherapy Response
2026-Jun, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71212
PMID:42210511
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和批量RNA测序揭示胰腺癌组织驻留巨噬细胞在肿瘤进展和免疫治疗反应中的作用 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据,识别并表征了胰腺癌中特定的组织驻留巨噬细胞亚群,并建立了TAM评分系统,发现TRM_C4评分可预测免疫治疗反应,为靶向特定巨噬细胞亚群增强免疫治疗效果提供了新策略 | 未在独立临床队列中进行验证,且研究主要基于公开数据库数据,缺乏前瞻性实验验证 | 表征胰腺癌肿瘤相关巨噬细胞的异质性,探究组织驻留巨噬细胞在肿瘤进展和免疫治疗反应中的功能作用 | 胰腺癌组织驻留巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | 测序数据 | 来自GEO和TCGA数据库的胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |