单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-05-10	Integrating transcriptomics and scPagwas analysis predicts naïve CD4 T cell-related gene DRAM2 as a potential biomarker and therapeutic target for colorectal cancer 2025-Feb-21, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13731-x PMID:39984869	研究论文	本研究通过整合转录组学和scPagwas分析，预测了与naïve CD4 T细胞相关的基因DRAM2作为结直肠癌的潜在生物标志物和治疗靶点	首次将单细胞转录组学与scPagwas算法结合，识别出DRAM2基因在结直肠癌进展中的关键作用，并实验验证了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于转录组数据分析，需要更多实验验证DRAM2基因的具体作用机制	探索结直肠癌与naïve CD4 T细胞的关系，寻找生物标志物和治疗靶点	结直肠癌患者样本中的naïve CD4 T细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学, scPagwas算法, 加权基因共表达网络分析	SMR算法	转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了结直肠癌患者的单细胞和批量转录组数据
342	2025-05-10	Analysis of thyroid carcinoma composition and spatial architecture in the progression of dedifferentiation, lymphatic metastasis, and gastric metastasis 2025-Feb-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06252-5 PMID:39984992	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了甲状腺癌及其转移过程中的细胞组成和空间结构变化	首次揭示了高表达SFRP4的肿瘤特异性髓系细胞与甲状腺癌去分化和不良预后的相关性，并鉴定了CD44+PKHD1L1+细胞作为ATC-LM和ATC-GM的潜在标志物	胃肠道转移样本较为罕见，样本量有限	探索甲状腺癌及其转移过程中的空间分布特征和潜在机制	甲状腺乳头状癌(PTC)、未分化甲状腺癌(ATC)、ATC相关淋巴转移(ATC-LM)和罕见的ATC相关胃转移(ATC-GM)	数字病理学	甲状腺癌	空间转录组学、免疫荧光染色	NA	空间基因表达数据	包含PTC、ATC、ATC-LM和ATC-GM等多种病理类型的样本
343	2025-05-10	Human spindle-shaped urine-derived stem cell exosomes alleviate severe fatty liver ischemia-reperfusion injury by inhibiting ferroptosis via GPX4 2025-Feb-21, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04202-y PMID:39985001	研究论文	研究探讨了不同亚型尿液来源干细胞(USCs)的异质性，发现梭形USCs(SS-USCs)及其外泌体通过GPX4蛋白抑制铁死亡，显著缓解严重脂肪肝缺血再灌注损伤(IRI)	首次发现SS-USCs及其外泌体通过分泌含GPX4蛋白的外泌体抑制铁死亡，显著改善脂肪肝IRI	研究主要基于动物模型，尚未进行临床试验验证	探索治疗严重脂肪肝缺血再灌注损伤的最适细胞亚型	梭形尿液来源干细胞(SS-USCs)和米形尿液来源干细胞(RS-USCs)	干细胞治疗	脂肪肝	scRNA-seq, Bulk RNA-seq, 质谱分析	大鼠脂肪肝移植模型、小鼠脂肪肝IRI模型、脂肪肝细胞缺氧-复氧模型	转录组数据、蛋白质组数据	多种动物模型和细胞模型(具体数量未明确说明)
344	2025-05-10	Therapeutic implications of endoplasmic reticulum stress gene CCL3 in cervical squamous cell carcinoma 2025-Feb-20, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09949-3 PMID:39976849	研究论文	本研究探讨了内质网应激基因CCL3在宫颈鳞状细胞癌中的治疗意义，通过分子分型和预后模型的构建，揭示了CCL3在肿瘤进展中的关键作用	发现CCL3基因在宫颈鳞癌中的关键作用，并构建了基于分子亚型的精准预后模型	研究主要基于TCGA和GSE数据集，可能需要更多独立队列验证	探索内质网应激相关基因在宫颈鳞癌中的治疗潜力	宫颈鳞状细胞癌患者样本和细胞系	肿瘤学	宫颈癌	全基因组表达谱分析、scRNA-seq、功能实验	Lasso Cox回归模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA数据集和GSE39001数据集中的宫颈鳞癌样本，以及GSE168652单细胞数据集
345	2025-05-10	Corticosteroid premedication on anti-tumor effect of immune checkpoint blockade in murine hepatocellular carcinoma models 2025-Feb-20, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009704 PMID:39979068	research paper	研究探讨了皮质类固醇预给药对双重免疫检查点阻断（dICB）在小鼠肝细胞癌模型中抗肿瘤效果的影响	首次在小鼠模型中系统评估了不同剂量皮质类固醇预给药对dICB抗肿瘤效果的影响，并通过单细胞RNA测序分析了T细胞亚群的变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	评估皮质类固醇预给药是否会削弱双重免疫检查点阻断疗法的抗肿瘤效果	小鼠肝细胞癌（HCC）模型	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠肿瘤模型（原位BNL 1MEA.7R.1和皮下Hepa1-6）	基因表达数据、肿瘤重量数据、免疫细胞分析数据	未明确说明具体样本数量，但使用了两种不同的小鼠肝癌模型
346	2025-05-10	STANCE: a unified statistical model to detect cell-type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57117-w PMID:39979358	research paper	提出了一种名为STANCE的统一统计模型，用于检测空间转录组学中的细胞类型特异性空间可变基因	STANCE模型在线性混合效应模型框架下整合了基因表达、空间位置和细胞类型组成信息，确保组织旋转不变的结果，并采用两阶段方法进行检测	未明确提及具体限制，但可能涉及模型对数据质量和规模的依赖	检测空间转录组学中的细胞类型特异性空间可变基因	空间转录组学数据中的基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	线性混合效应模型	基因表达数据	公共数据集
347	2025-05-10	A novel HVEM-Fc recombinant protein for lung cancer immunotherapy 2025-Feb-20, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03324-8 PMID:39979981	研究论文	本文研究了一种新型HVEM-Fc重组蛋白在肺癌免疫治疗中的效果及其机制	首次评估HVEM-Fc重组蛋白在肺癌模型中的抗肿瘤效果，并探索其与PD-1抑制剂的联合治疗效果	研究主要基于小鼠模型和体外器官模型，尚未进行人体临床试验	评估HVEM-Fc重组蛋白在肺癌免疫治疗中的潜力	C57BL/6小鼠肺癌模型、KP原位小鼠肺癌模型、非小细胞肺癌(NSCLC)器官模型	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠模型和器官模型样本数量未明确说明
348	2025-05-10	Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model 2025-Feb-19, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387 PMID:39970235	研究论文	通过抑制YAP蛋白调节机械传导，在猪模型中实现无疤痕伤口再生	首次在大型动物（红杜洛克猪）模型中验证YAP抑制对伤口再生的效果，并发现IL-33信号轴的作用	研究主要基于动物模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	探索机械传导调节在伤口再生和疤痕预防中的作用	红杜洛克猪伤口模型和人类新生儿包皮移植模型	再生医学	皮肤创伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间蛋白质组学分析	动物模型（猪和裸鼠）	基因表达数据和蛋白质数据	红杜洛克猪伤口模型和人类新生儿包皮移植模型
349	2025-05-10	Single-cell RNA-seq and pathological phenotype reveal the functional atlas and precise roles of Sox30 in testicular cell development and differentiation 2025-Feb-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07442-1 PMID:39971903	研究论文	通过单细胞RNA测序和病理表型分析，揭示了Sox30在睾丸细胞发育和分化中的功能图谱和精确作用	首次详细描述了Sox30在睾丸细胞中的具体功能，特别是在初级精母细胞分化中的作用，并揭示了Sox30缺失对细胞间通讯和转录因子网络的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	阐明Sox30在睾丸细胞发育和分化中的精确作用机制	小鼠睾丸细胞	单细胞测序	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及野生型和Sox30缺失型小鼠的睾丸细胞
350	2025-05-10	Unravelling genotype-phenotype correlations in Stargardt disease using patient-derived retinal organoids 2025-Feb-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07420-7 PMID:39971915	研究论文	利用患者来源的视网膜类器官研究Stargardt病的基因型-表型相关性	首次使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，成功模拟了STGD1的病理特征并揭示了基因型与表型之间的相关性	研究仅涉及两名单等位基因未解决的STGD1患者和一名双等位基因受影响对照，样本量较小	探究STGD1的细胞和分子特征及其基因型-表型相关性	STGD1患者和对照的iPSCs来源的视网膜类器官	遗传性视网膜疾病研究	Stargardt病	iPSC技术、视网膜类器官培养、scRNA-Seq、全基因组测序、长读长RNA测序	视网膜类器官模型	基因测序数据、单细胞RNA测序数据、RNA-seq数据	两名单等位基因未解决的STGD1患者和一名双等位基因受影响对照
351	2025-05-10	Polycystic ovary syndrome and epithelial-mesenchymal transition: Mendelian randomization and single-cell analysis insights 2025-Feb-19, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01617-2 PMID:39972362	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞RNA测序结合孟德尔随机化分析，探索了与多囊卵巢综合征(PCOS)中上皮-间质转化(EMT)相关的关键基因及其分子调控机制	首次从转录组学和单细胞RNA测序角度结合孟德尔随机化分析，鉴定出与PCOS风险降低相关的三个EMT相关基因(NUCB2、PGF、CRIM1)，并发现成纤维细胞是PCOS病理中的关键细胞群	研究仅基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探索PCOS中EMT相关关键基因及其分子调控机制	多囊卵巢综合征(PCOS)患者样本	生物信息学	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析	NA	转录组数据	公共数据库中的PCOS样本数据
352	2025-05-10	Comprehensive analysis of long non-coding RNA and mRNA expression patterns during seminiferous tubules maturation in Guanzhong dairy goats 2025-Feb-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11320-7 PMID:39966702	research paper	本研究通过测序和分析关中奶山羊生精小管在两个发育阶段（45天未成熟和240天成熟）的lncRNA和mRNA表达模式，揭示了与精子发生相关的关键基因和信号通路	首次在关中奶山羊中鉴定了生精小管发育不同阶段的lncRNA和mRNA表达谱，并构建了lncRNA-mRNA互作网络	研究仅关注了两个发育阶段，未能涵盖更广泛的发育时间点	探究lncRNA和mRNA在奶山羊生精小管成熟过程中的表达模式和功能	关中奶山羊生精小管组织	转录组学	NA	RNA-seq, 单细胞转录组测序	NA	转录组数据	两个发育阶段（45天和240天）的奶山羊生精小管样本
353	2025-05-10	Integration of single-cell and spatial transcriptomics reveals fibroblast subtypes in hepatocellular carcinoma: spatial distribution, differentiation trajectories, and therapeutic potential 2025-Feb-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06192-0 PMID:39966876	research paper	该研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了肝细胞癌中成纤维细胞的亚型、空间分布、分化轨迹及其治疗潜力	首次在肝细胞癌中鉴定出三种成纤维细胞亚群，并揭示其空间分布和分化轨迹，特别是VEGFA+CAFs在肿瘤内部的独特作用	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	深入理解肝细胞癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的多样性和功能	肝细胞癌患者样本中的癌症相关成纤维细胞	digital pathology	hepatocellular carcinoma	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptome analysis	machine learning model	RNA-seq data	182个HCC样本（88个训练集，94个验证集），超过120万个细胞
354	2025-05-10	Integrated analysis reveals that EGR1 promotes epithelial IL33 production in T2 asthma 2025-Feb-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06116-y PMID:39966984	研究论文	通过整合生物信息学分析和转录分析，揭示了EGR1在T2型哮喘中促进上皮细胞IL33产生的机制	首次发现EGR1作为上皮细胞源性基因直接调控IL33的产生，为T2型哮喘的发病机制提供了新见解	研究主要基于体外细胞系和小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究过敏原暴露触发气道上皮细胞释放IL33的分子机制	BEAS-2B细胞系和HDM诱导的小鼠哮喘模型	生物信息学	哮喘	bulk RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-PCR, 双荧光素酶报告基因检测	siRNA敲低和过表达质粒	RNA测序数据	NA
355	2025-05-10	Precise gene expression deconvolution in spatial transcriptomics with STged 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf087 PMID:39970279	研究论文	提出了一种名为STged的新型计算框架，用于从空间转录组学数据中精确解卷积细胞类型特异性基因表达谱	STged通过整合基于图的空间相关性和参考基因特征，超越了传统的细胞类型解卷积方法，能够重建混合点中的细胞类型特异性基因表达谱	NA	解决空间转录组学中细胞类型特异性基因表达模式被掩盖的问题	人类胰腺导管腺癌、人类鳞状细胞癌数据集以及小鼠肾脏组织	数字病理学	胰腺癌、鳞状细胞癌	空间转录组学	非负最小二乘回归框架	基因表达数据	人类和小鼠组织样本
356	2025-05-10	[Chitinase-like protein Ym2 regulates olfactory epithelium homeostasis and olfactory behavior in mice] 2025-Feb-07, Zhonghua er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Chinese journal of otorhinolaryngology head and neck surgery DOI:10.3760/cma.j.cn115330-20240423-00226 PMID:39979086	research paper	研究Ym2蛋白在小鼠嗅觉上皮稳态和嗅觉行为中的作用	首次揭示Ym2在嗅觉上皮稳态和嗅觉行为中的关键作用，并通过单细胞RNA测序和免疫染色等方法验证其表达差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究Ym2蛋白在嗅觉上皮稳态和嗅觉行为中的功能	年轻和老年小鼠的嗅觉上皮细胞	分子生物学	嗅觉功能障碍	单细胞RNA测序、免疫染色、RNAscope原位杂交、埋藏食物颗粒测试	Ym2敲除小鼠模型	RNA测序数据、免疫染色图像、行为测试数据	年轻和老年小鼠的嗅觉上皮组织
357	2025-05-10	SCEMENT: scalable and memory efficient integration of large-scale single-cell RNA-sequencing data 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf057 PMID:39985442	research paper	提出了一种名为SCEMENT的可扩展且内存高效的大规模单细胞RNA测序数据整合方法	SCEMENT通过扩展线性回归模型至无监督稀疏矩阵设置，实现了对大规模单细胞RNA测序数据的高效整合，显著提升了运行时间和内存使用效率	未提及具体的数据集规模上限或对特定类型数据的适应性限制	开发一种能够高效整合大规模单细胞RNA测序数据的算法	大规模单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	线性回归模型	单细胞RNA测序数据	数十至数百个真实单细胞RNA测序数据集
358	2025-05-10	Single-cell transcriptomic atlas of different endometriosis indicating that an interaction between endometriosis-associated mesothelial cells (EAMCs) and ectopic stromal cells may influence progesterone resistance 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70216 PMID:39968688	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究不同类型子宫内膜异位症的转录组差异，探讨间皮细胞与异位基质细胞相互作用对孕酮抵抗的影响	首次建立跨类型子宫内膜异位症的单细胞RNA图谱，发现卵巢子宫内膜异位症中存在间皮细胞，并揭示FN1-AKT通路介导的细胞间通讯机制	样本量较小（仅6例患者），未涉及更广泛人群验证	探究不同类型子宫内膜异位症的分子特征差异及孕酮抵抗机制	腹膜型、深部浸润型和卵巢型子宫内膜异位症组织样本	单细胞转录组学	子宫内膜异位症	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	6例患者的手术活检样本
359	2025-05-10	A Review and New Insights Into Spermatogenesis From Single-Cell RNA Sequencing 2025-Feb, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene DOI:10.1111/rda.70019 PMID:39985199	综述	本文综述了精原干细胞（SSCs）的识别进展，并利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）提供了关于SSCs发育轨迹的新见解	利用单细胞RNA测序技术详细分类细胞亚群，挖掘不同细胞类型中特异性表达的基因，并准确识别特定细胞类型	睾丸中存在高度的细胞异质性，缺乏特定的分子标记（尤其是家畜中），这阻碍了对SSCs维持、自我更新和分化机制的进一步研究	探讨精原干细胞的识别及其发育轨迹	精原干细胞（SSCs）及其在精子发生中的作用	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
360	2025-05-10	Progress in Assessing Retinal Microglia Using Single-Cell RNA Sequencing 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-76550-6_24 PMID:39930187	research paper	比较两种视网膜细胞制备方法和三种数据库整合算法，以评估视网膜微胶质细胞	比较了两种视网膜细胞制备方法和三种数据库整合算法，发现Pap/Whole解离产生的活化微胶质细胞比例较小，且Harmony整合方法在这些数据集上获得了最高的Silhouette分数	研究仅针对健康视网膜中的微胶质细胞，未涉及视网膜退化过程中的变化	评估视网膜微胶质细胞的研究方法，优化单细胞RNA测序的数据分析流程	视网膜微胶质细胞	digital pathology	retinal degeneration	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	NA