单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2025-04-25 |
Airway Spatial Transcriptomics in Smoking
2025-Apr-03, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.04.01.25325047
PMID:40236402
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组数据，预测吸烟者肺部细胞间通讯的改变 | 创建了一个框架，通过虚拟单细胞分辨率的空间转录组数据预测吸烟者肺部细胞间通讯的改变 | 样本量较小（3名吸烟者和3名非吸烟者），可能影响结果的普遍性 | 研究吸烟对肺部细胞间通讯的影响 | 吸烟者和非吸烟者的肺部组织样本 | 空间转录组学 | 肺部疾病 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq）和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 3名吸烟者和3名非吸烟者的肺部组织样本 |
| 342 | 2025-04-25 |
Single-cell analysis of the epigenome and 3D chromatin architecture in the human retina
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.28.630634
PMID:39764062
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析研究人类视网膜的基因表达、染色质可及性、DNA甲基化组和3D染色质结构 | 首次在23种视网膜细胞亚类中鉴定了420,824个独特的候选调控元件，并比较了人类和小鼠视网膜细胞的染色质景观 | 未提及具体样本量限制或技术局限性 | 解析人类视网膜的基因调控程序及相关疾病的非编码风险变异 | 人类视网膜、黄斑区和视网膜色素上皮(RPE)/脉络膜 | 表观基因组学 | 眼科疾病 | 单细胞多组学测序 | 深度学习模型 | 单细胞多组学数据 | NA |
| 343 | 2025-04-25 |
scIDPMs: Single-Cell RNA-Seq Imputation Using Diffusion Probabilistic Models
2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3430554
PMID:39093668
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研究论文 | 提出了一种名为scIDPMs的新方法，利用条件扩散概率模型对单细胞RNA测序数据进行缺失值填补 | 首次将条件扩散概率模型应用于单细胞RNA测序数据的缺失值填补，并采用带有注意力机制的深度神经网络优化填补过程 | 未具体说明方法在超大规模数据集上的计算效率 | 解决单细胞RNA测序数据中假零值(丢失事件)导致的基因表达水平被掩盖问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 条件扩散概率模型(conditional diffusion probabilistic models)和带有注意力机制的深度神经网络 | 基因表达数据 | 模拟和真实scRNA-seq数据集(未明确具体数量) |
| 344 | 2025-04-25 |
The Effect of Cuproptosis-Related Proteins on Macrophage Polarization in Mesothelioma is Revealed by scRNA-seq
2025-Apr, Biological trace element research
IF:3.4Q2
DOI:10.1007/s12011-024-04333-y
PMID:39177724
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了铜死亡相关蛋白对间皮瘤中巨噬细胞极化的影响 | 首次发现铜死亡相关基因在间皮瘤中的表达差异，并构建了3基因特征预测模型 | 研究样本量有限，需要进一步临床验证 | 探究铜死亡相关蛋白对间皮瘤进展的影响机制 | 间皮瘤患者样本和细胞系 | digital pathology | mesothelioma | scRNA-seq, LASSO回归分析 | 多基因预测模型 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的间皮瘤样本 |
| 345 | 2025-04-25 |
Integrative single-cell and spatial transcriptomic analyses identify a pathogenic cholangiocyte niche and TNFRSF12A as therapeutic target for biliary atresia
2025-Apr-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001064
PMID:39178365
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研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组分析，识别了胆道闭锁中的致病性胆管细胞生态位，并发现TNFRSF12A作为潜在治疗靶点 | 首次通过单细胞和空间转录组技术全面描绘了胆道闭锁的肝脏细胞图谱，并揭示了TNFRSF12A在疾病中的关键作用 | 样本量相对较小（12例单细胞测序和4例空间转录组样本），且主要在动物模型和类器官中验证发现 | 阐明胆道闭锁中胆管细胞的致病机制并寻找治疗靶点 | 胆道闭锁患者的肝脏组织和小鼠疾病模型 | 数字病理 | 胆道闭锁 | 单细胞RNA测序、空间转录组分析 | 小鼠疾病模型、人类胆道类器官 | RNA测序数据、空间转录组数据 | 12例肝脏组织（9例BA患者和3例对照）的单细胞测序，4例肝脏切片（2例BA患者和2例对照）的空间转录组分析 |
| 346 | 2025-04-25 |
Chronic Rejection After Kidney Transplantation
2025-Apr-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000005187
PMID:39192468
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research paper | 该文章探讨了肾移植后慢性排斥反应的机制及潜在治疗方法 | 揭示了自然杀伤细胞（NK细胞）在抗体介导的排斥反应（AMR）中的关键作用，并探索了靶向CD38的单克隆抗体felzartamab的治疗潜力 | 目前的研究仍处于探索性阶段，许多试验结果尚未明确，且缺乏批准的排斥治疗方案 | 研究肾移植后慢性排斥反应的免疫机制及开发有效治疗方法 | 肾移植患者及相关的免疫机制 | 医学研究 | 肾移植排斥反应 | 免疫组织化学、批量转录组学、空间转录组学和功能遗传学 | NA | 分子和形态学数据 | NA |
| 347 | 2025-02-15 |
A single approach, multiple insights: Harnessing spatial transcriptomics and proteomics to identify novel therapeutic targets of alcohol-associated hepatitis
2025-Apr, Alcohol, clinical & experimental research
DOI:10.1111/acer.70007
PMID:39948688
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 348 | 2025-04-25 |
Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan
2025-Apr, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00840-2
PMID:40164771
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录变化 | 创建了Matn4-mEGFP转基因小鼠系，并利用单细胞RNA测序技术揭示了OPCs在不同状态下的转录组变化，特别是HIF-1α和WNT通路的激活 | 研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证 | 探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的转录组变化 | 小鼠少突胶质前体细胞（OPCs） | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | Matn4-mEGFP转基因小鼠系的皮质OPCs |
| 349 | 2025-04-25 |
MYB74 transcription factor guides de novo specification of epidermal cells in the abscission zone of Arabidopsis
2025-Apr, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-025-01976-0
PMID:40181105
|
研究论文 | 本文揭示了MYB74转录因子在拟南芥脱落区表皮细胞新生过程中的指导作用 | 发现了非表皮残留细胞通过转分化形成表皮细胞的三个阶段过程，并确定了MYB74转录因子在这一过程中的核心作用 | 未明确比较这种机制与伤口愈合途径的具体优势差异 | 探究植物脱落区表皮细胞新生的分子机制 | 拟南芥脱落区的非表皮残留细胞 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量 |
| 350 | 2025-04-25 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Apr-01, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6265058/v1
PMID:40235492
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research paper | 该研究探讨了新生儿MR1T细胞的多样性、细胞毒性及对常见儿童病原体的反应能力 | 揭示了新生儿MR1T细胞在TCR使用上的多样性、较低的细胞毒性以及对多种常见儿童病原体无反应的特点 | 研究样本量较小（n=5），且仅针对特定MR1T细胞亚群进行分析 | 了解新生儿MR1T细胞的免疫特性及其在感染易感性中的作用 | 新生儿和成人的MR1T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | scRNA-seq/scTCR-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 5例新生儿脐带血样本和5例成人样本 |
| 351 | 2025-04-25 |
An expandable synthetic library of human paired antibody sequences
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012932
PMID:40258041
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研究论文 | 本文介绍了一种名为IgHuAb的大型语言模型，用于高通量生成配对人类抗体序列，并创建了一个名为SynAbLib的合成人类抗体库 | 开发了IgHuAb模型和SynAbLib库，显著提高了人类抗体序列的多样性，并验证了其表达效率 | 未提及具体的技术限制或样本量限制 | 解决现有单细胞测序方法在人类抗体序列数据上的高通量和高成本问题 | 人类抗体序列 | 自然语言处理 | NA | 单细胞测序 | 大型语言模型 | 序列数据 | NA |
| 352 | 2025-04-25 |
Oncolytic Virus Infection Modulates Lysine Acetyltransferase in Gliomas: Comprehensive Analysis and Experimental Validation of KAT8 in Glioma
2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70558
PMID:40259204
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research paper | 该研究探讨了溶瘤病毒感染如何调节胶质瘤中的赖氨酸乙酰转移酶，特别是KAT8的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 首次揭示了溶瘤病毒EV-A71感染胶质瘤细胞后KAT8的下调，并验证了KAT8在胶质瘤中的表达与临床病理特征、患者生存率及细胞凋亡的关系 | 研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证，且样本来源有限 | 探索溶瘤病毒感染对胶质瘤中赖氨酸乙酰转移酶的调控机制及其临床意义 | 胶质瘤细胞和胶质瘤组织 | digital pathology | glioma | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据, 临床数据 | TCGA和GTEx数据库中的胶质瘤组织样本及体外培养的胶质瘤细胞系 |
| 353 | 2025-04-25 |
Indoleamine 2,3-dioxygenase 1-mediated immune suppressive status is positively associated with brain metastasis in patients with non-small cell lung cancer
2025-Apr, Journal of the National Cancer Center
IF:7.6Q1
DOI:10.1016/j.jncc.2024.12.004
PMID:40265090
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research paper | 研究探讨了IDO1活性与非小细胞肺癌脑转移患者生存期的关联及其对免疫细胞抗肿瘤功能的负面影响 | 首次揭示了IDO1代谢物在NSCLC脑转移患者中的免疫抑制作用，并发现其与Treg细胞比例及患者生存期显著相关 | 样本量有限（195例），且未探讨IDO1抑制剂的治疗潜力 | 探究IDO1活性与NSCLC脑转移患者生存期的关系及其免疫调节机制 | 非小细胞肺癌伴脑转移患者 | 肿瘤免疫学 | 非小细胞肺癌 | scRNA-seq分析、非靶向代谢组学分析 | NA | 血液/组织样本的代谢物检测数据、单细胞转录组数据 | 195例NSCLC患者（含脑转移病例） |
| 354 | 2025-04-25 |
The single-cell immune landscape of HIV-associated aggressive B-cell lymphoma
2025-Apr, Journal of the National Cancer Center
IF:7.6Q1
DOI:10.1016/j.jncc.2025.02.001
PMID:40265092
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的免疫景观及其独特的基因组和免疫特征 | 首次在单细胞水平上描绘了HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的免疫图谱，发现了恶性B细胞的高增殖和OXPHOS型代谢特征，以及T细胞的衰老样功能障碍 | 样本量相对较小（14例），且仅分析了淋巴结样本 | 阐明HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的基因组和免疫特征 | HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤（主要是弥漫大B细胞淋巴瘤和伯基特淋巴瘤）患者和非HIV感染者的淋巴瘤样本 | 数字病理学 | B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 14例（6例HIV相关DLBCL，5例HIV相关BL，3例非HIV相关DLBCL） |
| 355 | 2025-04-25 |
Whole-Genome Sequencing Reveals Individual and Cohort Level Insights into Chromosome 9p Syndromes
2025-Mar-30, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.28.25324850
PMID:40196253
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序（WGS）对100名来自9p相关综合征家族的个体进行了分析，揭示了染色体9p综合征的个体和群体水平特征 | 首次大规模使用全基因组测序技术研究9p相关综合征，并开发了基于机器学习的预测模型，识别了两个新的晚期复制区域（LRR1和LRR2） | 样本量相对较小（100名个体），且研究依赖于9P-ARCH研究网络的进一步扩展 | 深入理解染色体9p缺失和重复综合征的基因组结构及其在个体间的共性和差异 | 100名来自9p相关综合征家族的个体（包括85名无关先证者） | 基因组学 | 染色体9p综合征 | 全基因组测序（WGS）、机器学习、空间转录组学 | 机器学习模型 | 基因组数据 | 100名个体（85名无关先证者） |
| 356 | 2025-04-25 |
Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue
2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.641951
PMID:40161724
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research paper | 开发了一种名为RAEFISH的新型基于图像的空间转录组技术，实现了全基因组覆盖和单分子空间分辨率 | RAEFISH技术首次在完整组织中实现了全基因组水平的空间转录组分析，同时保持了单分子空间分辨率 | 虽然技术先进，但尚未在更广泛的生物医学应用中验证其普适性 | 开发高覆盖度、高分辨率的空间转录组技术，用于生物医学研究 | 人类和小鼠的转录组，包括蛋白质编码转录本和长链非编码RNA | digital pathology | NA | RAEFISH（基于图像的空间转录组技术） | NA | 图像数据 | 人类23,000种转录本和小鼠22,000种转录本，包括培养细胞和组织切片中的单细胞 |
| 357 | 2025-04-25 |
Androgen Deprivation-Induced TET2 Activation Fuels Prostate Cancer Progression via Epigenetic Priming and Slow-Cycling Cancer Cells
2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645495
PMID:40196510
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研究论文 | 研究探讨了雄激素剥夺诱导的TET2激活通过表观遗传启动和慢循环癌细胞促进前列腺癌进展的机制 | 首次提供了前列腺癌中5hmC动态的单核苷酸分辨率图谱，并确定了TET2作为慢循环癌细胞的关键调节因子及其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于体外和动物模型，需要进一步临床验证 | 探索前列腺癌对雄激素剥夺疗法产生耐药的机制，并寻找新的治疗靶点 | 前列腺癌细胞和模型 | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因组5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)分析 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | NA |
| 358 | 2025-04-25 |
An accelerated human in-vitro aging model mimicsin-vivo aging and facilitates dynamic testing of anti-aging compounds
2025-Mar-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6173768/v1
PMID:40195985
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research paper | 该研究开发了一种加速的人类体外衰老模型，模拟体内衰老并便于动态测试抗衰老化合物 | 通过长期的有丝分裂后培养人类成纤维细胞，真实再现并加速了体内衰老特征，并利用单细胞转录组学揭示了衰老异质性的时间依赖性增加 | 研究主要基于成纤维细胞，可能无法完全代表其他细胞类型的衰老过程 | 开发一种加速的人类体外衰老模型，以研究衰老机制并测试抗衰老化合物的疗效 | 人类成纤维细胞和神经元 | 生物医学 | 衰老相关疾病 | 转录组学、表观遗传学分析、单细胞转录组学 | 体外衰老模型 | 转录组数据、表观遗传数据 | NA |
| 359 | 2025-04-25 |
Genome-wide association meta-analysis identifies 126 novel loci for diverticular disease and implicates connective tissue and colonic motility
2025-Mar-28, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.27.25324777
PMID:40196262
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研究论文 | 通过全基因组关联研究荟萃分析，发现了126个与憩室病相关的新基因位点，并揭示了憩室病与结缔组织生物学和结肠运动之间的联系 | 发现了126个新的憩室病相关基因位点，并通过多种下游分析策略验证了憩室病与结缔组织生物学和结肠运动的关联 | 研究主要基于遗传关联分析，功能验证和机制研究仍需进一步深入 | 探索憩室病的遗传基础和生物学机制 | 憩室病患者及其遗传数据 | 遗传学 | 憩室病 | 全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、蛋白质定量性状位点分析 | NA | 遗传数据、RNA测序数据、手术标本数据 | 大规模的憩室病患者样本 |
| 360 | 2025-04-25 |
Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell RNA-seq data
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645175
PMID:40196550
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research paper | 评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先的方法 | 提出了一个评估框架，用于从scRNA-seq数据中推断遗传祖先，并验证了现有工具的准确性 | scRNA-seq数据中遗传多态性数量有限，变异检测不完美 | 确保单细胞RNA测序数据的遗传同质性，减少分析偏差，并理解祖先特异性调控机制在疾病中的作用 | 196名来自人类细胞图谱的scRNA-seq数据捐赠者 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | ADMIXTURE | RNA-seq数据 | 196名捐赠者 |