单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-05-09	The development and potent antitumor efficacy of CD44/CD133 dual-targeting IL7Rα-armored CAR-T cells against glioblastoma 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217541 PMID:39952598	研究论文	开发了一种针对CD44和CD133的双靶向IL7Rα装甲CAR-T细胞，用于治疗胶质母细胞瘤	首次开发了针对CD44和CD133的双靶向CAR-T细胞，并加入了IL7Rα装甲，增强了抗肿瘤效果	研究仍处于临床前阶段，尚未进行人体试验	开发一种新型CAR-T细胞疗法，以克服胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和免疫抑制微环境	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）、患者样本、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和胶质母细胞瘤类器官（GBOs）	免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	CAR-T细胞	测序数据、细胞表型数据	患者来源的GSCs、异种移植模型和GBOs
342	2025-05-09	X-scPAE: An explainable deep learning model for embryonic lineage allocation prediction based on single-cell transcriptomics revealing key genes in embryonic cell development 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109787 PMID:39946788	research paper	介绍了一种基于单细胞转录组学的可解释深度学习模型X-scPAE，用于预测胚胎细胞谱系分配并识别关键基因	结合PCA和注意力机制的自编码器模型，利用CGA算法解释基因表达差异，显著提高了预测准确性	未提及模型在其他物种或更广泛细胞类型中的适用性	理解细胞分化过程并减少人类早期妊娠流产	人类和小鼠的单细胞转录组数据	machine learning	NA	single-cell transcriptomics	PCA-based deep learning attention autoencoder (X-scPAE)	gene expression data	NA
343	2025-05-09	Upregulation of LSP1 in AML cells enhances AML resistance to sorafenib and promotes apoptosis in CD8+ T cells 2025-Mar-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114255 PMID:39952006	研究论文	本研究通过RNA-seq分析识别了急性髓系白血病(AML)中的两种免疫相关亚型，并发现LSP1作为AML患者的重要预后标志物，影响索拉非尼的敏感性及CD8+ T细胞功能	首次揭示LSP1作为AML免疫相关标志物，与患者预后、临床特征及索拉非尼敏感性显著相关，并影响CD8+ T细胞功能	研究主要基于RNA-seq和scRNA-seq数据分析，缺乏体内实验验证	探索AML肿瘤微环境中的免疫抑制机制并寻找新的免疫治疗靶点	急性髓系白血病(AML)患者样本及CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包含AML患者分组(Cluster 1和Cluster 2)
344	2025-05-09	Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636 PMID:39946238	研究论文	提出了一种名为scResolve的计算协议，用于从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱	开发了scResolve协议，利用集群计算环境加速数据处理，实现从多细胞分辨率数据中恢复单细胞基因表达谱	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	基因表达数据	NA
345	2025-05-09	PbImpute: Precise Zero Discrimination and Balanced Imputation in Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar-10, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.4c02125 PMID:39957720	研究论文	提出了一种名为PbImpute的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中精确区分和平衡填充零值	PbImpute通过结合零膨胀负二项分布模型与静态和动态修复机制，实现了在技术性丢失和生物零值之间的最优平衡	未明确提及具体限制，但可能依赖于数据质量和初始参数设置	解决单细胞RNA测序数据中的零值问题，提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	ZINB, 图嵌入神经网络	基因表达数据	模拟和真实的scRNA-seq数据集（如PBMC）
346	2025-05-09	Single-cell copy number calling and event history reconstruction 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf072 PMID:39946094	research paper	开发了一种名为SCICoNE的统计模型和MCMC算法，用于从浅层全基因组DNA测序数据中进行单细胞拷贝数分析	SCICoNE能够重建肿瘤中拷贝数事件的历史，并利用这些进化关系识别单个细胞的拷贝数谱	仅在模拟数据和两种乳腺癌样本上进行了评估，样本量有限	开发精确的癌症诊断和治疗方法	单细胞拷贝数变异	基因组学	乳腺癌	单细胞测序，浅层全基因组DNA测序	MCMC算法	DNA测序数据	两个乳腺癌样本
347	2025-05-09	GCLink: a graph contrastive link prediction framework for gene regulatory network inference 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf074 PMID:39960893	research paper	提出了一种名为GCLink的图对比链接预测框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	引入图对比学习策略，整合基因的特征和邻域信息以学习其表示，减少对样本量的依赖并提升预测潜在基因调控相互作用的能力	未明确提及具体局限性，但可能依赖于已知基因调控相互作用的质量和数量	开发一种新的方法来更准确地推断基因调控网络，特别是在样本量有限的情况下	基因调控网络（GRNs）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	GCLink（图对比链接预测模型）	基因表达数据	未明确提及具体样本量，但实验基于真实scRNA-seq数据集
348	2025-05-09	Targeting enteric glial CRF-R1/Cx43 attenuates stress-induced accelerated colonic motility 2025-Mar, Journal of pharmacological sciences IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jphs.2025.01.009 PMID:39929591	研究论文	本研究探讨了肠神经胶质细胞中的CRF-R1/Cx43在应激诱导的结肠运动加速中的作用	首次揭示了肠神经胶质细胞中CRF-R1的表达及其通过Cx43激活在应激诱导结肠运动反应中的机制	研究仅使用雄性C57BL/6小鼠，未考虑性别差异或其他品系动物的反应	阐明应激诱导结肠运动加速的分子机制	肠神经胶质细胞(EGCs)及其CRF-R1/Cx43信号通路	神经胃肠病学	胃肠功能紊乱	免疫荧光、单细胞RNA测序	小鼠应激模型	分子表达数据、运动功能数据	雄性C57BL/6小鼠(具体数量未说明)
349	2025-05-09	Leveraging prior knowledge to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-sequencing data 2025-Mar, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00088-3 PMID:39939367	综述	本文探讨了如何利用先验知识从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络，以提高网络的可靠性	提出整合先验知识的方法来增强基因调控网络推断的可靠性，并提出了标准化的基准测试框架	未提及具体实验验证或实际应用效果	提高从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的准确性	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
350	2025-05-09	Sciatic nerve stimulation enhances NK cell cytotoxicity through dopamine signaling and synergizes immunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101212 PMID:39951881	研究论文	研究探讨了坐骨神经刺激通过多巴胺信号增强NK细胞毒性，并与免疫疗法协同作用治疗三阴性乳腺癌的效果	首次揭示了坐骨神经刺激通过D1样多巴胺受体-cAMP-PKA-CREB信号通路增强NK细胞毒性，并与抗PD-1疗法协同抑制肿瘤生长	研究仅在TNBC小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究坐骨神经刺激对三阴性乳腺癌抗肿瘤免疫反应及免疫疗法效果的影响	三阴性乳腺癌小鼠模型	癌症免疫治疗	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	未明确说明具体样本量，使用4T1肿瘤模型小鼠
351	2025-05-09	An international perspective on the future of systemic sclerosis research 2025-Mar, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-024-01217-2 PMID:39953141	review	本文综述了系统性硬化症（SSc）研究的国际视角，探讨了当前挑战、最新进展及未来方向	整合单细胞RNA测序、空间生物学、人工智能等前沿技术探索SSc早期发病机制	缺乏经过验证的生物标志物和可靠的动物模型，疾病分类和临床异质性带来挑战	推动系统性硬化症的机制理解并开发个性化治疗方案	系统性硬化症的发病机制、诊断方法和治疗策略	医学研究	系统性硬化症（系统性自身免疫病）	单细胞RNA测序、二代测序、空间生物学、转录组学、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组分析、人工智能	NA	多组学数据	NA
352	2025-05-09	TCL1A in naïve B cells as a therapeutic target for type 1 diabetes 2025-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105593 PMID:39946833	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术等方法，探讨了T1D患者中B细胞的作用，并开发了一种靶向TCL1A的siRNA纳米药物用于治疗T1D	发现T1D早期患者中naïve B细胞数量增加且TCL1A表达上调，开发了靶向Tcl1a mRNA的siRNA纳米药物，有效减少naïve B细胞数量并改善T1D小鼠的葡萄糖不耐受	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探讨B细胞在T1D发病机制中的作用，并开发新的治疗方法	T1D患者、NOD小鼠及健康对照	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、磷酸化蛋白微阵列分析	siRNA纳米药物	RNA序列数据、蛋白质磷酸化数据	新诊断的T1D患者、相对对照及年龄匹配的健康对照
353	2025-05-09	Spatial profiling of the interplay between cell type- and vision-dependent transcriptomic programs in the visual cortex 2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421022122 PMID:39946537	research paper	研究探讨了视觉经验对初级视觉皮层L2/3细胞类型空间组织和转录组程序的影响	应用多任务理论揭示了L2/3细胞类型的空间分区与基因表达谱的连续性之间的关系，并描述了视觉剥夺引起的两种独立基因程序	研究仅关注了L2/3细胞类型，未涉及其他皮层细胞类型	探究早期视觉经验对哺乳动物新皮层神经元细胞类型组织和转录组程序的影响	初级视觉皮层(V1)的L2/3细胞类型	神经科学	NA	空间转录组分析、单核RNA测序	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量
354	2025-05-09	Uncovering endothelial to mesenchymal transition drivers in atherosclerosis via multi-omics analysis 2025-Feb-17, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-025-04571-5 PMID:39956907	研究论文	通过多组学数据分析，识别动脉粥样硬化中内皮细胞向间充质细胞转化的驱动因子	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和微阵列数据，识别出七个新的EndMT候选基因	研究依赖于公开数据集，实验验证仅限于qPCR分析	识别动脉粥样硬化中内皮细胞向间充质细胞转化的调控因子	人类斑块中的内皮细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列, qPCR, western blotting	NA	基因表达数据	公开数据集GSE159677、GSE118446和GSE56309
355	2025-05-09	Age-Associated B Cells in Autoimmune Diseases: Pathogenesis and Clinical Implications 2025-Feb-17, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-025-09021-w PMID:39960645	review	本文综述了年龄相关B细胞（ABCs）在自身免疫疾病中的发病机制和临床意义	探讨了ABCs在自身免疫疾病中的多种功能及其作为预后、诊断和治疗靶点的潜力	需要进一步研究和验证ABC靶向治疗的有效性	研究ABCs在自身免疫疾病中的作用及其潜在治疗策略	年龄相关B细胞（ABCs）及其在自身免疫疾病中的功能	免疫学	自身免疫疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
356	2025-05-09	A method for the identification of lactate metabolism-related prognostic biomarkers and its validations in non-small cell lung cancer 2025-Feb-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85620-z PMID:39962075	研究论文	本研究提出了一种识别乳酸代谢相关预后生物标志物的新方法，并在非小细胞肺癌中进行了验证	提出了一种结合Cox弹性网络回归与遗传算法（GA-EnCox）的新方法，用于预测预后并优化关键生物标志物的选择	现有方法构建的预后预测模型多基于单一模型，预后性能有限	研究乳酸代谢相关生物标志物及其对非小细胞肺癌患者预后的影响	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq	GA-EnCox	RNA-Seq数据	多个NSCLC队列数据
357	2025-05-09	Cooperative Hedgehog/GLI and JAK/STAT signaling drives immunosuppressive tryptophan/kynurenine metabolism via synergistic induction of IDO1 in skin cancer 2025-Feb-17, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02101-6 PMID:39962447	研究论文	本研究揭示了Hedgehog/GLI和JAK/STAT信号通路通过协同诱导IDO1驱动皮肤癌中免疫抑制性色氨酸/犬尿氨酸代谢的机制	首次发现IDO1作为GLI-STAT协同活性的靶基因，并揭示了其在皮肤癌免疫抑制中的作用	研究主要基于体外和部分临床样本分析，需要更多体内实验验证	探究HH-IL6信号通路是否通过激活免疫逃逸机制促进皮肤癌发展	基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤	癌症生物学	皮肤癌	qPCR、Western blot、染色质免疫沉淀、亚硫酸氢盐焦磷酸测序、HPLC-MS、流式细胞术、RNA-seq分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、表观遗传数据、代谢物数据	人类BCC和黑色素瘤模型及患者样本
358	2025-05-09	Identification of pro-fibrotic cellular subpopulations in fascia of gluteal muscle contracture using single-cell RNA sequencing 2025-Feb-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05889-y PMID:39962491	研究论文	通过单细胞RNA测序技术识别臀肌挛缩症筋膜中的促纤维化细胞亚群	首次应用单细胞RNA测序技术研究深筋膜纤维化中的细胞异质性，并识别出两种促纤维化的巨噬细胞亚群SPP1 MP和ECM-like MP	研究仅针对臀肌挛缩症相关的纤维化筋膜，未涵盖其他类型的筋膜纤维化疾病	探究深筋膜纤维化的细胞机制及其在臀肌挛缩症等肌筋膜疾病中的作用	臀肌挛缩症患者的纤维化筋膜样本与非纤维化对照筋膜样本	数字病理学	臀肌挛缩症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但包括臀肌挛缩症患者的纤维化筋膜样本和非纤维化对照样本
359	2025-05-09	Radiogenomic method combining DNA methylation profiles and magnetic resonance imaging radiomics predicts patient prognosis in skull base chordoma 2025-Feb-17, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01836-w PMID:39962547	研究论文	结合DNA甲基化谱和磁共振成像放射组学预测颅底脊索瘤患者预后的放射基因组学方法	首次将DNA甲基化谱与MRI放射组学特征结合，开发了一种非侵入性且方便的预后分类方法	样本量较小，尤其是验证队列中的患者数量有限	开发一种有效的预后分类方法以改善脊索瘤患者的康复和管理	颅底脊索瘤患者	数字病理学	脊索瘤	DNA甲基化分析、MRI放射组学、单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化数据、MRI图像	40名患者的脊索瘤组织样本和122名患者的验证队列
360	2025-05-09	Identification and characterization of cell niches in tissue from spatial omics data at single-cell resolution 2025-Feb-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57029-9 PMID:39956823	研究论文	提出了一种名为scNiche的计算框架，用于从单细胞分辨率的空间组学数据中识别和表征细胞微环境	开发了scNiche框架，能够有效且稳健地识别细胞微环境，并在性能上优于现有方法	未提及具体局限性	解码组织中细胞微环境的特征、结构和功能	人类三阴性乳腺癌的空间蛋白质组学数据和小鼠肝脏的空间转录组学数据	空间组学	三阴性乳腺癌, 肝衰竭	空间组学数据, 单细胞分辨率	scNiche	空间蛋白质组学数据, 空间转录组学数据	未提及具体样本数量