单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-05-21	Effects of ER-phagy regulatory genes on the microenvironment of hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02649-2 PMID:40381129	研究论文	本研究通过综合分析方法探讨了ER自噬调控基因对肝细胞癌微环境的影响	结合单细胞测序数据、孟德尔随机化和生物信息学分析，首次阐明了ER自噬基因与HCC微环境中免疫细胞含量的因果关系	未明确说明样本量大小，且研究结果需要进一步实验验证	阐明ER自噬调控基因在肝细胞癌微环境中的作用并构建预后模型	肝细胞癌微环境中的T细胞、树突状细胞、巨噬细胞和单核细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞测序、孟德尔随机化、生物信息学分析	预后预测模型	测序数据	NA
342	2025-05-21	Machine learning and single-cell analysis uncover distinctive characteristics of CD300LG within the TNBC immune microenvironment: experimental validation 2025-May-17, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01690-3 PMID:40382513	研究论文	通过机器学习和单细胞分析揭示CD300LG在三阴性乳腺癌免疫微环境中的独特特征，并进行实验验证	首次将机器学习与单细胞测序技术结合，系统性地识别并验证CD300LG作为TNBC的新型预后生物标志物及其在免疫微环境中的调控作用	研究主要基于转录组和单细胞数据，缺乏体内功能实验验证CD300LG的具体分子机制	探究CD300LG在三阴性乳腺癌肿瘤微环境中的功能及其作为治疗靶点的潜力	三阴性乳腺癌患者的转录组数据、单细胞测序数据及免疫微环境特征	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、CIBERSORT/ssGSEA/TIDE/TCGA算法	四种未指明具体类型的机器学习算法	转录组数据、单细胞测序数据、免疫组化图像	未明确说明样本数量的TNBC患者数据集（含独立验证集）
343	2025-05-21	Mendelian randomization analysis reveals potential association between allergic rhinitis and nasopharyngeal carcinoma 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02658-1 PMID:40382519	研究论文	通过孟德尔随机化分析等方法，研究了过敏性鼻炎与鼻咽癌之间的潜在关联，并详细分析了鼻咽癌的免疫微环境和分子机制	首次通过孟德尔随机化分析揭示过敏性鼻炎与鼻咽癌的潜在关联，并利用单细胞测序等技术鉴定了独特的B细胞亚群及其时空分布特征	研究结果需要进一步实验验证，且样本量和人群多样性可能有限	探索鼻咽癌的免疫微环境特征及其与并发症的关联	鼻咽癌患者及其免疫微环境	医学研究	鼻咽癌	孟德尔随机化分析、单细胞测序、基因表达谱分析、时空分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	未明确说明样本量
344	2025-05-21	BAX-mediated ammonia-driven cell death: a novel prognostic and therapeutic target in clear cell renal cell carcinoma 2025-May-17, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00764-3 PMID:40382614	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，构建了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的氨相关特征（AS），并探讨了其在预后评估和治疗靶点中的潜在应用	首次揭示了BAX介导的氨驱动细胞死亡在ccRCC中的作用，并构建了氨相关预后模型，为克服免疫抑制和改善临床预后提供了新的治疗策略	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验和临床验证来确认其临床应用的可行性	探讨氨相关细胞死亡在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者样本和细胞系	癌症研究	肾细胞癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞增殖、克隆形成、迁移和侵袭实验	氨相关特征（AS）预后模型	基因表达数据、单细胞测序数据	多个独立队列，包括TCGA、PMID 35,440,542队列、E-MTAB-1980和GSE29609
345	2025-05-21	Navigating single-cell RNA-sequencing: protocols, tools, databases, and applications 2025-May-17, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00044-5 PMID:40382658	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的协议、工具、数据库及其应用，探讨了数据分析、解释和多组学数据整合的挑战	强调了增强单细胞水平分辨率和准确性的创新技术，并探讨了scRNA-seq在药物发现、肿瘤微环境等领域的应用	讨论了scRNA-seq在数据分析和多组学数据整合方面的复杂性挑战	优化scRNA-seq方法并理解单细胞世界及其动态	单细胞RNA测序技术及其应用	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
346	2025-05-21	A single-cell transcriptomic atlas of immune cells in Wilson disease identifies copper-specific immune regulation 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112450 PMID:40384935	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了威尔逊病（WD）患者免疫细胞的转录组图谱，揭示了铜特异性免疫调控的机制	首次在单细胞水平上描绘了WD患者的免疫景观，并发现了铜代谢异常对免疫细胞功能和造血发育的影响，为铜凋亡在癌症治疗中的应用提供了新见解	研究仅基于外周血单个核细胞（PBMCs），未涉及其他组织或器官的免疫细胞	探究铜代谢异常对免疫调控和造血发育的影响，以及铜凋亡与免疫调控的关系	威尔逊病患者的免疫细胞	单细胞转录组学	威尔逊病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	未明确提及样本数量，研究对象为WD患者和健康对照（HDs）的外周血单个核细胞
347	2025-05-21	Overcoming myeloid-driven resistance to CAR T therapy by targeting SPP1 2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646202 PMID:40236117	research paper	该研究探讨了SPP1+巨噬细胞在CAR T细胞治疗抵抗中的作用，并提出通过靶向SPP1来克服这种抵抗	首次揭示了SPP1+巨噬细胞在CAR T细胞治疗抵抗中的关键作用，并展示了抗SPP1抗体在克服抵抗中的潜力	研究主要基于胶质瘤患者和小鼠模型，结果在其他实体瘤中的普适性需要进一步验证	探索CAR T细胞治疗实体瘤抵抗的机制并寻找克服方法	胶质瘤患者和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠模型	RNA测序数据	41名胶质瘤患者和小鼠模型
348	2025-05-21	Subcellular level spatial transcriptomics with PHOTON 2025-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59801-3 PMID:40368943	研究论文	介绍了一种名为PHOTON的方法，结合高分辨率成像和高通量测序，实现亚细胞水平空间转录组分析	PHOTON方法首次实现了在亚细胞分辨率下进行空间转录组分析，能够精确捕获目标细胞类型的转录组以及亚细胞区室内的RNA内容	NA	通过转录组学视角理解亚细胞分子动态	RNA的亚细胞定位及其功能	空间转录组学	NA	高分辨率成像, 高通量测序	NA	图像, 转录组数据	NA
349	2025-05-21	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域的特异性	首次使用MERFISH技术结合深度学习核分割，在空间单细胞分辨率下研究人类胎儿皮层的分子、细胞和结构发育	研究仅涵盖胎儿发育期间的七个时间点，可能无法全面反映整个发育过程	探索人类大脑皮层分层和区域分子特异性的空间关系	人类胎儿大脑皮层	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交）和单核RNA测序	深度学习	空间单细胞转录组数据	超过1800万个单细胞，涵盖七个发育时间点的八个皮层区域
350	2025-05-21	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	研究论文	研究人类特异性增强子HARE5如何通过调控神经前体细胞的增殖和神经发生能力来精细调节大脑皮层发育和连接	揭示了人类特异性增强子HARE5通过调控WNT信号通路影响大脑皮层发育的新机制	研究主要基于小鼠和灵长类动物模型，人类大脑发育的复杂性可能未被完全模拟	探索人类特异性DNA序列对人类大脑皮层发育和复杂性的影响	人类、小鼠和黑猩猩的神经前体细胞及大脑皮层	神经科学	NA	基因组编辑、单细胞RNA测序、活体成像	小鼠和灵长类动物模型、皮质类器官	基因组数据、RNA测序数据、影像数据	多种动物模型和细胞系
351	2025-05-21	Smooth muscle cells and fibroblasts in the ascending aorta exhibit minor differences between embryonic origins in angiotensin II-driven transcriptional alterations 2025-May-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99862-4 PMID:40360730	研究论文	研究探讨了升主动脉中平滑肌细胞和成纤维细胞在血管紧张素II驱动下的转录变化，比较了不同胚胎起源细胞的差异	发现了新的成纤维细胞亚群，其中SHF来源的成纤维细胞在细胞外基质相关基因表达上与nSHF来源的存在差异	研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变前期阶段，未涉及疾病进展的后期变化	探究不同胚胎起源细胞对AngII的谱系特异性反应	升主动脉中的平滑肌细胞(SMCs)和成纤维细胞	心血管疾病研究	胸主动脉病变	单细胞RNA测序	Mef2c-Cre R26RmT/mG小鼠模型	转录组数据	AngII输注3天前后的升主动脉细胞
352	2025-05-21	Activity-dependent development of the body's touch receptors 2025-May-13, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.04.015 PMID:40381613	research paper	该研究揭示了神经元活动在体感神经元发育中的作用，特别是Piezo2和Na1.6通道对机械感觉终末器官形成的影响	首次证明了机械刺激引发的神经元活动在早期生命中塑造机械感觉终末器官成熟的作用	研究主要关注Piezo2和Na1.6通道，可能还有其他未被发现的机制参与这一过程	探究神经元活动在体感神经元发育中的作用机制	体感神经元和机械感觉终末器官	神经科学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除	基因敲除模型	基因表达数据、电生理数据	使用基因敲除小鼠模型进行研究
353	2025-05-21	Molecular and genetic characterization of sex-linked orange coat color in the domestic cat 2025-May-12, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2025.04.055 PMID:40378841	研究论文	本研究揭示了家猫性连锁橙色被毛颜色的分子和遗传特征，发现其由ARHGAP36基因的异常表达引起	首次确定性连锁橙色被毛颜色由5-kb缺失导致ARHGAP36基因的异位表达，揭示了其在PKA通路中的抑制作用	研究局限于家猫模型，未在其他哺乳动物中验证该机制的普适性	解析家猫性连锁橙色被毛颜色的遗传机制	家猫性连锁橙色被毛颜色相关基因	遗传学	NA	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	胎儿猫皮肤样本（具体数量未说明）
354	2025-05-21	Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08952-w PMID:40335695	research paper	该研究揭示了蓝斑核周围异质性GABA能神经元如何调控觉醒和探索行为	首次在蓝斑核树突区发现转录、空间和功能多样的GABA能神经元群体，并阐明其通过调控蓝斑核放电模式来控制全局觉醒水平	研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证	探索局部神经调节输入如何控制蓝斑核功能及其在觉醒调控中的作用	蓝斑核(LC)及周围(peri-LC)的神经元	神经科学	神经精神疾病	病毒追踪技术、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、神经电生理数据	行为实验小鼠
355	2025-05-21	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	研究论文	本研究利用单细胞技术探讨了3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的作用	揭示了大规模染色体畸变是肿瘤发生的早期事件，而单基因癌基因事件则发生在晚期，并且MYC在疾病进展中可成为克隆性驱动因素	研究仅针对已知MYC、MYCN和PRDM6改变的3/4组髓母细胞瘤病例	解析3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的相互作用	3/4组髓母细胞瘤	数字病理学	髓母细胞瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）、单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）和空间转录组学	群体遗传学模型	单细胞测序数据、空间转录组数据	一组已知MYC、MYCN和PRDM6改变的3/4组髓母细胞瘤病例
356	2025-05-21	Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement 2025-May, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-025-01581-3 PMID:39893595	研究论文	研究机械转导对正畸牙齿移动过程中牙周韧带基因表达变化的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了Mkx在机械刺激下的功能及细胞群变化，并发现Mkx可能对牙周韧带在机械刺激中具有保护作用	研究仅基于大鼠模型，人类样本仅进行了RT-qPCR验证，样本量和多样性有限	阐明Mkx在机械转导中的作用及牙周韧带在正畸牙齿移动中的细胞和分子变化	野生型大鼠牙周韧带及人类牙周韧带细胞	生物医学	牙科疾病	单细胞RNA测序, RT-qPCR	NA	基因表达数据	野生型大鼠牙周韧带在0天、1周和2周后的样本，人类牙周韧带细胞
357	2025-05-21	Integrating Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis to Investigate the Role of Ferroptosis in Ischemic Stroke and the Molecular Mechanisms of Immune Checkpoints 2025-May, World neurosurgery IF:1.9Q2 DOI:10.1016/j.wneu.2025.123908 PMID:40118372	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨了铁死亡在缺血性卒中中的作用及免疫检查点的分子机制	首次结合单细胞测序和机器学习算法识别了与缺血性卒中相关的关键铁死亡基因，并验证了其诊断价值	研究仅基于公开数据集GSE247474，未进行独立队列验证	探索铁死亡在缺血性卒中中的分子机制并寻找早期诊断标志物	缺血性卒中患者的星形胶质细胞和T细胞亚群	生物信息学	缺血性卒中	单细胞转录组测序	Lasso回归和支持向量机	基因表达数据	来自GSE247474数据集的样本（具体数量未说明）
358	2025-05-21	Glial changes and gene expression in Alzheimer's disease from snRNA-Seq and spatial transcriptomics 2025-May, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251330320 PMID:40267277	研究论文	该研究通过整合单核RNA测序数据和空间转录组学数据，量化了阿尔茨海默病(AD)中前额叶皮层和颞叶回中的细胞变化	首次整合SEA-AD的单核测序数据与空间转录组学来量化AD中的细胞变化，并揭示了胶质细胞在AD进展中的关键作用	研究仅关注前额叶皮层和颞叶回区域，可能无法完全代表AD在所有脑区的病理变化	理解阿尔茨海默病进展中的细胞动态变化	前额叶皮层和颞叶回中的神经元、胶质细胞和免疫细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单核RNA测序(snRNA-Seq)和空间转录组学	NA	基因表达数据	来自SEA-AD数据库的样本(具体数量未明确说明)
359	2025-05-21	The cell-intrinsic circadian clock is dispensable for lateral posterior clock neuron regulation of Drosophila rest-activity rhythms 2025-May, Neurobiology of sleep and circadian rhythms DOI:10.1016/j.nbscr.2025.100124 PMID:40386580	研究论文	研究果蝇休息-活动节律中侧后时钟神经元（LPNs）的分子钟功能和神经元活动的作用	使用遗传工具进行高度选择性的细胞特异性操作，发现LPNs在缺乏细胞内在分子钟的情况下仍能传递昼夜节律信息	研究仅针对果蝇的LPNs，结果可能不适用于其他物种或神经元类型	探究侧后时钟神经元在调节休息-活动节律中的作用	果蝇的侧后时钟神经元（LPNs）	神经科学	NA	基因沉默、CRISPR	NA	行为数据	果蝇的约240个大脑时钟神经元
360	2025-05-21	Identification of druggable genetic targets for prostate cancer risk based on mendelian randomization and single-cell RNA sequencing 2025-Apr-30, International urology and nephrology IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s11255-025-04525-y PMID:40304996	研究论文	本研究通过孟德尔随机化、共定位分析和单细胞RNA测序技术，识别与前列腺癌风险相关的可药物化遗传靶点	整合多种高级遗传分析技术（MR、共定位、单细胞RNA测序）进行靶点验证，首次发现BAK1等5个基因在前列腺癌T细胞/巨噬细胞中富集	BAK1靶点可能引起血小板计数增加的副作用，其他靶点的临床转化潜力需进一步验证	识别可作为治疗靶点或诊断标志物的前列腺癌相关可药物化基因	2608个可药物化基因（来自eQTLs与可药物基因组数据库交叉筛选）	生物信息学	前列腺癌	孟德尔随机化(MR)、共定位分析、单细胞RNA测序、表型全基因组关联研究(PheWAS)	NA	基因组数据（GWAS、eQTLs）、单细胞转录组数据	NA（基于公共GWAS数据库和单细胞测序数据）