单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-07-15	Single-cell RNA sequencing dataset of hearts from wild type and Cyp26b1 knockout mouse embryos 2025-Jul-09, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05497-5 PMID:40634327	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了Cyp26b1基因敲除对小鼠胚胎心脏发育的影响	首次提供了Cyp26b1敲除小鼠胚胎心脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了Cyp26b1缺失对心肌细胞转录组的影响	研究仅在小鼠模型中进行，结果向人类疾病的转化需要进一步验证	探究Cyp26b1在心脏发育中的作用及其与左心室致密化不全(LVNC)的潜在关联	野生型和Cyp26b1敲除小鼠胚胎的心脏组织	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	134,499个高质量细胞(57,923个野生型，62,488个敲除型)，来自E10.5-E13.5四个时间点的小鼠胚胎心脏组织
342	2025-07-15	CEMIP2 sensitizes PDAC to chemotherapy through extracellular matrix remodeling by hyaluronan degradation 2025-Jul-05, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217898 PMID:40623543	研究论文	本文探讨了CEMIP2通过降解透明质酸（HA）和重塑细胞外基质（ECM）来增强胰腺导管腺癌（PDAC）对化疗的敏感性	揭示了CEMIP2通过HA降解机制增强化疗效果的分子机制，并发现其与肿瘤微环境（TME）中免疫细胞亚群的调控相关	CEMIP2的具体作用机制仍需进一步研究，且实验主要基于小鼠模型，临床转化需更多验证	研究CEMIP2在PDAC化疗敏感性中的作用及其机制	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和小鼠模型	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质组数据	临床PDAC标本和小鼠模型
343	2025-07-15	Decoding chicken growth regulation through multi-omics insights and emerging genetic tools for growth optimization 2025-Jul-05, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105542 PMID:40652768	综述	本文综述了鸡生长调控的多组学见解和新兴遗传工具，旨在优化鸡的生长性能	强调了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解决生长相关组织细胞异质性中的应用，以及CRISPR/Cas9介导的基因组编辑在精准育种中的新途径	现有发现对可持续和高效家禽生产的应用有限	加速精准育种方法的发展，以实现可持续和高效的家禽生产，增强全球食品安全	鸡的生长调控机制	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR/Cas9基因组编辑	NA	基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据	NA
344	2025-07-15	Novel Cell-to-Cell Communications Between Macrophages and Fibroblasts Regulate Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis 2025-Jul-01, Diabetes.. IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究探讨了肥胖诱导的脂肪组织纤维化中巨噬细胞和成纤维细胞之间的新型细胞间通讯机制	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群通过分泌Osm调节脂肪组织成纤维细胞胶原基因表达的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据相关性仍需进一步验证	阐明肥胖诱导脂肪组织纤维化的细胞间通讯机制	饮食诱导肥胖小鼠的脂肪组织巨噬细胞和成纤维细胞	细胞生物学	肥胖症	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	转录组数据	饮食诱导肥胖小鼠模型及人类肥胖脂肪组织样本
345	2025-07-15	NRF2 modulates WNT signaling pathway to enhance photodynamic therapy resistance in oral leukoplakia 2025-Jul, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00256-w PMID:40494896	研究论文	本研究探讨了NRF2通过调节WNT信号通路增强口腔白斑光动力疗法耐药性的机制	首次揭示了NRF2通过激活WNT信号通路在口腔白斑光动力疗法耐药性中的关键作用，并验证了p-NRF2作为预测生物标志物的潜力	样本量相对有限（n=117），且机制研究主要在动物模型中进行	阐明口腔白斑对光动力疗法产生耐药性的分子机制	口腔白斑患者样本（PDT敏感型和耐药型）和4NQO诱导的小鼠模型	分子病理学	口腔白斑	单细胞RNA测序	4NQO诱导的小鼠模型	基因表达数据	117例患者样本（3例PDT敏感型+3例PDT耐药型用于测序，117例用于验证）
346	2025-07-15	Validation of Fiber-Dominant Expressing Gene Promoters in Populus trichocarpa 2025-Jun-25, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants14131948 PMID:40647957	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和AspWood数据库的交叉分析，识别了杨树中潜在的木质部纤维主导表达基因，并验证了这些基因启动子在转基因杨树中的组织表达活性	首次在杨树中鉴定并验证了木质部纤维主导表达的基因启动子，为林木育种中特定基因在木材纤维中的表达提供了新工具	研究仅针对杨树(Populus trichocarpa)进行，结果在其他树种中的适用性需要进一步验证	开发适用于林木育种的纤维特异性基因表达工具	杨树(Populus trichocarpa)的木质部纤维	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、激光捕获显微切割技术、RT-qPCR、启动子-GUS报告系统	NA	基因表达数据	32个候选基因(最终验证9个基因的启动子)
347	2025-07-15	Cellular senescence and its association with aldose reductase promote cyst growth in autosomal dominant polycystic kidney disease 2025-Jun-25, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.05.027 PMID:40578685	研究论文	本研究探讨了细胞衰老及其与醛糖还原酶的关联在常染色体显性多囊肾病(ADPKD)中促进囊肿生长的作用	首次揭示了细胞衰老在ADPKD中的直接促囊肿作用，并鉴定AKR1B1(醛糖还原酶)作为Pkd1基因突变相关的SASP因子	研究主要基于小鼠模型，人类ADPKD肾脏样本验证有限	探究细胞衰老在ADPKD发病机制中的作用并开发潜在治疗策略	Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏	肾脏病学	常染色体显性多囊肾病(ADPKD)	单细胞RNA测序	INK-ATTAC转基因小鼠模型	基因表达数据	Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏样本
348	2025-07-15	Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation 2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556 PMID:40545037	研究论文	本文研究了肝细胞载脂蛋白J（ApoJ）通过激活STAT3信号通路加速肝纤维化的机制	揭示了ApoJ通过RanBP2介导的STAT3 SUMO化促进肝纤维化的新机制，并提出了针对ApoJ/STAT3/RanBP2轴的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要在人类患者中进行进一步验证	探究肝细胞ApoJ如何通过STAT3通路调控肝星状细胞激活从而介导肝纤维化	肝细胞、肝星状细胞（HSCs）和肝纤维化过程	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA测序、基因敲除和过表达小鼠模型	基因修饰小鼠模型	RNA测序数据、组织病理学数据	肝硬化患者和健康对照的单细胞RNA测序数据集，以及多种肝纤维化小鼠模型
349	2025-07-15	A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618577 PMID:39463993	meta-analysis	该研究评估了单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因（DEGs）的可重复性，并开发了一种新的非参数元分析方法SumRank，以提高DEGs的预测能力	开发了基于跨数据集相对差异表达排名可重复性的非参数元分析方法SumRank，显著提高了差异表达基因的预测能力	研究中AD和SCZ数据集的基因预测能力较差，可能影响部分结果的可靠性	评估单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因的可重复性，并开发改进的元分析方法	阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）、亨廷顿病（HD）、精神分裂症（SCZ）和COVID-19的单细胞RNA测序研究	生物信息学	神经退行性疾病	scRNA-seq, snATAC-seq	SumRank	基因表达数据	多个已发表研究的单细胞转录组数据集
350	2025-07-15	Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis 2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652535 PMID:40654739	研究论文	本文介绍了一种名为PDI-TCR的新方法，用于识别抗原特异性T细胞受体（TCR），并应用于结核病（TB）患者和健康个体的研究	开发了PDI-TCR方法，结合细胞扩增、TCR测序和统计分析，能够区分抗原特异性TCR与非特异性旁观者激活的TCR	未提及具体样本量限制或技术局限性	识别和监测抗原特异性T细胞，研究结核病中CD4 T细胞的动态和表型	结核病患者和结核分枝杆菌（Mtb）致敏的健康个体的T细胞	免疫学	结核病	PDI-TCR检测、单细胞RNA测序	NA	TCR序列数据、单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
351	2025-07-15	High-resolution comparative single-cell transcriptomics of doublesex -expressing neurons reveals evolutionary conservation and diversity of sexual circuits in Drosophila 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652433 PMID:40654601	研究论文	该研究通过单细胞转录组学比较分析了表达doublesex基因的神经元在不同果蝇物种中的进化保守性和多样性	首次系统比较了不同果蝇物种中表达性别决定基因的神经元细胞类型的转录组特征，揭示了性电路在进化过程中的保守性和多样性	研究仅关注了doublesex表达神经元，可能忽略了其他参与性行为的神经元类型	理解神经回路在进化过程中细胞和分子组成的变化如何导致行为进化	四种具有不同性行为的果蝇物种中表达doublesex基因的神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	四种果蝇物种的雄性个体，以及其中一种物种的雌性个体
352	2025-07-15	Guiding clustering and annotation in single-cell RNA sequencing using the average overlap metric 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652497 PMID:40654835	研究论文	本文提出了一种使用平均重叠度量来比较单细胞RNA测序中差异表达基因排名的方法，以指导细胞聚类和注释	提出平均重叠度量来比较差异表达基因的排名，从而更精确地识别细胞身份	方法在高度相似的T细胞群体中进行了验证，但在其他细胞类型中的适用性尚未广泛测试	改进单细胞RNA测序中的细胞聚类和注释方法	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括已知的T细胞群体数据集和未分类的小鼠胸腺细胞数据
353	2025-07-15	Characterization of hyperoxia-induced senescent lung macrophages in neonatal mice 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.652066 PMID:40654880	研究论文	本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据集，表征了新生小鼠在超氧条件下诱导的衰老肺巨噬细胞的基因表达谱	首次详细描述了超氧诱导的衰老肺巨噬细胞的异质性、组织区室和代谢失调特征	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究支气管肺发育不良(BPD)发病机制中衰老肺巨噬细胞的特征	新生小鼠的肺巨噬细胞	数字病理学	肺病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	来自GSE207866数据集的单细胞RNA测序数据（具体样本数量未明确说明）
354	2025-07-15	Integrated single cell spatial multi-omics landscape of WHO grades 2-4 diffuse gliomas identifies locoregional metabolomic regulators of glioma growth 2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.30.651361 PMID:40654923	研究论文	本研究通过整合单细胞空间多组学数据，揭示了WHO 2-4级弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢调控因子及其与肿瘤生长的关系	首次整合空间转录组学、成像质谱细胞术和质谱成像技术，揭示了胶质瘤边缘与核心区域的代谢差异及其与细胞状态的关系	样本量相对有限，且仅针对特定WHO分级的胶质瘤进行研究	探索弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢依赖性及其与肿瘤恶性行为的关系	WHO 2-4级弥漫性浸润性胶质瘤患者肿瘤组织的核心和边缘区域	数字病理学	胶质瘤	空间转录组学(stRNAseq)、成像质谱细胞术(IMC)、质谱成像(MSI)	NA	空间转录组数据、代谢组数据、蛋白质组数据	WHO 2-4级弥漫性胶质瘤患者(包括IDH突变型少突胶质细胞瘤和IDH野生型星形细胞瘤)
355	2025-07-15	A computational framework for mapping isoform landscape and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.02.651907 PMID:40654841	research paper	提出一个名为SPLISOSM的计算框架，用于从空间转录组数据中检测异构体分辨率模式	SPLISOSM利用多元测试考虑点和异构体水平的依赖性，在稀疏数据上表现出稳健且理论基础的性能	未明确提及具体限制	研究转录多样性的空间协调及其调控机制	小鼠大脑和人类前额叶皮层及胶质母细胞瘤	computational biology	neuropsychiatric disorders, glioblastoma	spatial transcriptomics	multivariate statistical modeling	spatial transcriptomics data	小鼠大脑和人类前额叶皮层及胶质母细胞瘤样本
356	2025-07-15	EnrichSci: Transcript-guided Targeted Cell Enrichment for Scalable Single-Cell RNA Sequencing 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.02.651937 PMID:40654882	研究论文	开发了EnrichSci平台，用于通过转录引导的靶向细胞富集进行可扩展的单细胞RNA测序	结合杂交链式反应RNA FISH与组合索引技术，实现无微流体的靶向细胞类型单核转录组分析	未提及具体的技术限制或应用范围的局限性	解码复杂组织中多种细胞类型的动态调控景观	衰老小鼠脑中的少突胶质细胞	单细胞RNA测序	衰老相关疾病	杂交链式反应RNA FISH与组合索引	NA	单核转录组数据	未提及具体样本数量
357	2025-07-15	INLAomics for Scalable and Interpretable Spatial Multiomic Data Integration 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.02.651831 PMID:40654897	研究论文	开发了一种名为INLAomics的多变量层次贝叶斯框架，用于整合空间转录组学和基于抗体的蛋白质组学数据	INLAomics通过利用组织学特征和从空间转录组数据推断的潜在空间因素，克服了现有方法忽视空间背景、可解释性差和可扩展性挑战的问题	未明确提及具体局限性	解决空间多组学数据整合中的可扩展性和可解释性问题	空间转录组学和抗体蛋白质组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学、抗体蛋白质组学	多变量层次贝叶斯框架	空间多组学数据	多样本数据集（未明确数量）
358	2025-07-15	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.04.652093 PMID:40654944	研究论文	本研究通过时空分析揭示了热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响	结合单细胞核基因组学和空间转录组学平台，首次在区域和细胞类型特异性分辨率上阐明热量限制的抗衰老机制	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究热量限制延缓大脑衰老的分子和细胞机制	小鼠大脑	基因组学	神经退行性疾病	单细胞核基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据、空间转录组数据	36个小鼠大脑的超过500,000个细胞，以及12个老年小鼠脑切片
359	2025-07-15	A human and mouse subpopulation of senescent β-cells induces pathologic dysfunction through targetable paracrine signaling 2025-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.07.648438 PMID:40654723	research paper	该研究揭示了人和小鼠衰老β细胞亚群通过可靶向的旁分泌信号诱导病理功能障碍的机制	通过单细胞RNA测序等技术鉴定了表达特定基因的衰老β细胞亚群，并揭示了其独特的转录和功能特征	研究主要基于小鼠模型和有限的人类胰岛样本，需要在更广泛的人群中验证	探究衰老β细胞的表型和功能异质性，以开发有效的糖尿病治疗策略	人和小鼠的胰腺β细胞	细胞生物学	糖尿病	scRNA-seq, 流式细胞术, 空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据	高脂饮食喂养的小鼠和来自有无2型糖尿病供体的人类胰岛
360	2025-07-15	CRISPRi perturbation screens and eQTLs provide complementary and distinct insights into GWAS target genes 2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.05.651929 PMID:40654604	研究论文	本文通过系统比较CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别与血细胞性状相关的基因调控方面的结果，揭示了这两种方法的互补性和独特性	首次系统比较了CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别非编码变异影响基因方面的效果，揭示了它们在基因调控研究中的互补性	研究主要关注血细胞性状相关的基因组区域，结果可能不适用于其他性状或疾病	比较CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别非编码变异影响基因方面的效果	与血细胞性状相关的数百个基因组区域	基因组学	NA	CRISPRi扰动筛选，单细胞转录组测序，eQTL分析	NA	基因组数据，转录组数据	数百个与血细胞性状相关的基因组区域