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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2026-06-18 |
In situ spatial transcriptomics reveals novel markers of the limbal stem cell niche and ocular surface epithelia
2026-03-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2026.102792
PMID:41650959
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研究论文 | 利用原位空间转录组学揭示了角膜缘干细胞生态位和眼表上皮的新型标志物 | 首次通过原位空间转录组学技术识别出Krt16和Nkiras1作为角膜缘干细胞和中性粒细胞的新型标志物,避免了单细胞RNA测序中空间定位丢失的问题 | 未明确提及 | 探索角膜缘干细胞的空间定位及其新型标志物,以改善角膜缘干细胞缺乏症的治疗 | 哺乳动物角膜缘干细胞及眼表上皮细胞 | 数字病理学 | 角膜缘干细胞缺乏症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 342 | 2026-06-18 |
Dermal fibroblasts respond to IL-4 and IL-13 and promote T cell recruitment in atopic dermatitis
2026-03-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI196108
PMID:41569693
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研究论文 | 探究真皮成纤维细胞在特应性皮炎中如何响应IL-4和IL-13并促进T细胞募集 | 首次揭示IL-4Rα依赖的免疫作用成纤维细胞(IAFs)在特应性皮炎中的主动免疫角色 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人体内直接证据尚需进一步验证 | 阐明真皮成纤维细胞在2型免疫反应中的功能及其在特应性皮炎中的作用机制 | 人类特应性皮炎皮肤样本及2型炎症小鼠模型 | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类AD皮肤样本及小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 343 | 2026-06-18 |
Enrichment of Neural Crest Cells by Antibody Labeling and Flow Cytometry for Single-Cell Transcriptomics in a Lizard
2026-Mar, Evolution & development
IF:2.6Q2
DOI:10.1111/ede.70030
PMID:41709476
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研究论文 | 提出一种通过抗体标记和流式细胞术富集蜥蜴神经嵴细胞的方法,用于单细胞转录组学研究 | 首次在缺乏转基因工具的非模式脊椎动物(普通壁蜥)中,利用抗体标记结合荧光激活细胞分选(FACS)富集神经嵴细胞,且效果与转基因方法相当 | 方法依赖于特异性抗体,可能对某些物种或组织适用性有限;未提及大规模应用或跨物种验证 | 开发一种无需转基因工具即可富集神经嵴细胞的方法,以拓展单细胞转录组学在发育和演化研究中的应用 | 普通壁蜥(Podarcis muralis)胚胎中的神经嵴细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 抗体标记、荧光激活细胞分选(FACS)、单细胞RNA测序、反转录定量聚合酶链反应 | NA | 单细胞转录组数据、显微图像、qPCR数据 | 壁蜥胚胎样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒(推测) |
| 344 | 2026-06-18 |
STING-induced blood-brain barrier opening combined with radiotherapy potentiates antitumor response in a high-grade glioma model
2026-02-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI198843
PMID:41697735
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研究论文 | 结合STING激动剂8803与放疗可打开血脑屏障并增强抗胶质瘤免疫反应 | 首次证明STING激动剂8803联合放疗能打开血脑屏障,并通过单细胞RNA测序揭示其免疫调节机制 | 治疗效果仅在CT-2A模型中显著,而对放疗耐药的QPP8v模型效果有限 | 评估STING激动剂8803联合放疗在高级胶质瘤治疗中的潜力及机制 | 携带颅内CT-2A或QPP8v胶质瘤的C57BL/6J小鼠 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 携带颅内CT-2A或QPP8v胶质瘤的C57BL/6J小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 345 | 2026-06-18 |
A latent activated olfactory stem cell state revealed by single-cell transcriptomic and epigenomic profiling
2026-02-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102778
PMID:41512864
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研究论文 | 通过单细胞转录组和表观基因组分析,揭示嗅觉上皮中存在一种潜在激活的干细胞状态,这种状态的细胞在损伤响应前已具备表观遗传上的准备 | 首次发现并定义了嗅觉上皮干细胞的一种潜在激活状态,该状态下静息干细胞在基因表达前已具有开放的染色质区域,为损伤诱导的再生提供表观遗传预编程 | 未提及 | 利用单细胞测序识别损伤诱导再生过程中决定嗅觉上皮干细胞命运的转录和表观遗传过程 | 嗅觉上皮干细胞 | 机器学生 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | NA |
| 346 | 2026-06-18 |
Lycium barbarum polysaccharides enhance testicular spermatogenesis in d-galactose-induced aging rats via calcium signaling
2026-02, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.70119
PMID:40939042
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研究论文 | 本文研究了枸杞多糖通过钙信号通路增强D-半乳糖诱导的衰老大鼠睾丸生精功能 | 首次揭示LBP通过调节钙稳态、Hippo和mTOR通路改善衰老睾丸功能,并利用单细胞测序分析钙信号的细胞异质性 | 未明确LBP在人体中的疗效及长期安全性,且仅基于大鼠和细胞模型 | 探究枸杞多糖对D-半乳糖诱导的睾丸功能障碍的保护作用及其机制 | D-半乳糖诱导的衰老雄性大鼠和TM3细胞 | 机器学习 | 老年疾病 | NA | NA | 图像、文本 | 大鼠样本和TM3细胞样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 347 | 2026-06-18 |
Mitochondrial pyruvate metabolism in club cells drives airway inflammation
2026-01-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102742
PMID:41418787
|
研究论文 | 研究气道上皮棒细胞中线粒体丙酮酸代谢如何调控上皮分化和过敏性气道炎症 | 揭示了棒细胞中MPC2缺失通过CXCL17-CXCR4信号与肺泡巨噬细胞交互,抑制CCL17介导的2型炎症,首次阐明线粒体丙酮酸代谢在哮喘发病中的代谢-免疫串扰机制 | 主要基于小鼠OVA诱导哮喘模型,结果在人类哮喘患者中的直接验证有限 | 探究气道棒细胞中丙酮酸代谢控制上皮分化及过敏性气道炎症的机制 | 哮喘患者气道组织、Mpc2条件敲除小鼠及OVA哮喘模型 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 哮喘患者样本(数量未明确)及基因敲除小鼠 | 未明确 | 单细胞RNA测序 | 未明确 | 未明确 |
| 348 | 2026-06-18 |
An innovative in vitro system unveils IGF1R signaling regulating Merkel cell generation
2026-01-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102756
PMID:41455470
|
研究论文 | 建立创新的体外系统,揭示IGF1R信号调控默克尔细胞生成 | 首次建立短期外胚层外植体、小鼠皮肤类器官和人诱导多能干细胞来源的皮肤类器官等多种创新培养系统,并结合单细胞和空间转录组学分析及药理筛选,鉴定IGF1R为默克尔细胞形成的新调控因子 | 未提及具体局限性,但可能涉及类器官培养系统的成熟度、体内外差异及临床转化挑战 | 揭示默克尔细胞发育的调控机制,并建立可靠的体外培养系统 | 默克尔细胞、小鼠皮肤组织、人诱导多能干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、药理筛选 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 小鼠外胚层外植体、小鼠皮肤类器官、人诱导多能干细胞来源的皮肤类器官(具体样本量未说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium |
| 349 | 2026-06-18 |
Spatial transcriptomics mapping of immune cell and TGFβ signalling pathway heterogeneity in testicular germ cell tumours
2026-01, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.70100
PMID:40693358
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研究论文 | 利用空间转录组学分析睾丸生殖细胞肿瘤中免疫细胞和TGFβ信号通路的异质性 | 首次应用空间全转录组学工作流程在组织切片级别解析TGCT中免疫细胞和TGFβ信号通路异质性,揭示GCNIS向肿瘤转变的潜在分子机制 | 样本量有限,仅来自四名患者;结果需在更大队列中验证 | 探究睾丸生殖细胞肿瘤及其前体病变的组织异质性,特别是免疫细胞组成和TGFβ信号通路的作用 | 睾丸生殖细胞肿瘤组织切片(含非精原细胞瘤和精原细胞瘤) | 数字病理学 | 睾丸生殖细胞肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录本序列 | 4例患者组织样本(3例非精原细胞瘤、1例精原细胞瘤),90个以上感兴趣区域 | NanoString | 空间转录组学 | NanoString GeoMx | NanoString GeoMx空间全转录组学工作流程 |
| 350 | 2026-06-18 |
Innate Immune-Cloaked Microgel-Coated Mesenchymal Stromal Cells Reverse Persistent Pulmonary Fibrosis via Reparative Macrophages
2026-01, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202504590
PMID:40984773
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研究论文 | 本研究提出一种基于先天免疫检查点材料的策略,通过CD47自我标记激动剂功能化的柔软微凝胶涂层包裹间充质基质细胞,有效逃避组织驻留巨噬细胞的清除,并通过旁分泌机制逆转肺部持续性纤维化损伤 | 首次将先天免疫检查点材料与微凝胶涂层相结合,实现间充质基质细胞的免疫隐身,并通过单细胞RNA测序鉴定出介导修复作用的过渡性抗原呈递巨噬细胞亚群 | 未提及 | 开发一种能逃避先天免疫清除并调节宿主免疫成分的治疗策略,用于治疗慢性纤维化疾病 | 间充质基质细胞和肺部纤维化模型小鼠 | 机器学习 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 未提及 | 基因表达数据 | 未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于单细胞RNA测序的10x Chromium系统 |
| 351 | 2026-06-18 |
Bioinformatics Analysis of Transcriptomic Data (Bulk and scRNA-Seq) for Immuno-Oncology
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4734-9_18
PMID:41028272
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综述 | 本文综述了用于免疫肿瘤学的转录组数据(包括bulk和scRNA-Seq)的生物信息学分析方法 | 系统性地总结了大规模高通量数据(如NGS、scRNA-seq和质谱流式技术)在免疫学中的应用,涵盖免疫细胞异质性、基因表达谱和免疫受体库分析等多方面,为研究者提供全面的分析指南 | 仅为综述性介绍,缺乏具体实验验证或案例分析,且未深入讨论各方法的技术局限性和特定应用场景 | 提供用于免疫肿瘤学研究的生物信息学工具和技术的全面指南,帮助研究者进行有效的数据分析和解读 | 免疫系统中的细胞异质性、基因表达模式、免疫受体库以及多组学整合的调控网络 | 机器学习 | 肺癌 | NGS, 单细胞RNA测序, 质谱流式技术 | NA | 文本 | NA | Illumina, 10x Genomics | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | NA |
| 352 | 2026-06-18 |
Molecular and Chromatin Accessibility Programs Underlying Epithelial Injury and Impaired Regeneration in Neonatal Necrotizing Enterocolitis
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2026.101730
PMID:41571092
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研究论文 | 该研究利用多组学框架揭示新生儿坏死性小肠结肠炎中上皮损伤和再生障碍的分子及染色质可及性程序 | 首次整合转录组、染色质可及性和空间转录组学,全面解析NEC中肠上皮损伤的机制,并发现Ezh2是维持LGR5+肠干细胞身份和再生的关键表观遗传调控因子 | 研究基于小鼠模型,结论需要人类样本验证;WNT信号再激活的治疗策略尚未在体内验证其长期效果和安全性 | 阐明新生儿坏死性小肠结肠炎中上皮再生缺陷的分子机制,识别治疗靶点以恢复上皮再生 | 新生小鼠NEC模型及肠道组织,包括肠上皮干细胞、过渡扩增细胞和肠内分泌细胞等细胞类型 | 数字病理学 | 新生儿坏死性小肠结肠炎 | bulk RNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq, MERFISH | NA | 转录组、染色质可及性、空间转录组数据 | 新生小鼠NEC模型组与对照组,每组样本数量文中未明确说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 353 | 2026-06-18 |
Analysis of immune and autophagy-related genes and their regulatory mechanisms in osteoporosis patients post-menopause
2026, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2026.1783374
PMID:42305270
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研究论文 | 分析绝经后骨质疏松症中免疫和自噬相关基因及其调控机制,并构建诊断模型 | 首次整合免疫和自噬相关差异表达基因,基于CDK2、DDIT3和MAPK3个核心基因构建并验证了高预测准确度(AUC=0.91)的诊断模型,并通过单细胞RNA测序和假时间分析揭示了基因在骨髓间充质干细胞分化过程中的动态表达 | 研究基于公开数据库和动物模型,需要更多临床样本验证;核心基因的功能机制尚需进一步实验验证 | 识别绝经后骨质疏松症中连接免疫细胞和自噬的关键基因,并构建诊断模型 | 绝经后骨质疏松症患者 | 机器学习 | 骨质疏松症 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | NA | 基因表达数据 | 公共数据库数据及卵巢切除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 354 | 2026-06-18 |
Identification of potential drug target genes for atopic dermatitis leveraging Mendelian randomization, single-cell transcriptomics, and spatial transcriptomics
2026, Archives of medical science : AMS
IF:3.0Q1
DOI:10.5114/aoms/208855
PMID:42305302
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研究论文 | 通过整合孟德尔随机化、单细胞转录组学和空间转录组学,识别特应性皮炎的潜在药物靶点基因 | 首次结合孟德尔随机化、共定位分析、单细胞RNA测序和空间转录组数据,系统筛选特应性皮炎的潜在药物靶点基因 | 未提供明确的局限性信息 | 识别特应性皮炎的潜在药物靶点基因 | 特应性皮炎患者及对照组的遗传数据、单细胞转录组和空间转录组数据 | 机器学习和基因组学 | 特应性皮炎 | 孟德尔随机化、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、遗传变异数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 | GWAS数据集:病例22,474例,对照774,187例;独立验证队列:病例10,788例,对照30,047例 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 355 | 2026-06-18 |
CD4/CD8 ratio is associated with structural reorganization of vaccine-induced immune responses in people living with HIV
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1821444
PMID:42305530
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研究论文 | 单细胞RNA测序分析揭示CD4/CD8比值与HIV感染者疫苗诱导免疫反应的结构重组相关 | 首次通过单细胞RNA测序与配对TCR分析,结合蛋白互作网络拓扑结构,揭示CD4/CD8比值定义的不同免疫状态下疫苗诱导免疫反应的网络级组织差异 | 未提及具体限制 | 探究HIV感染者中CD4/CD8比值如何影响疫苗诱导的免疫反应及其分子机制 | HIV感染者与健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞生物学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序、配对TCR分析、蛋白互作网络分析、Bulk BCR分析 | NA | 单细胞转录组数据、TCR/BCR序列数据 | HIV感染者和健康对照者外周血单个核细胞样本,共采集两次(首次和第二次mRNA疫苗后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 356 | 2026-06-18 |
A machine learning integrated multi-omics framework for risk prediction and target discovery in insomnia aggravated sepsis induced acute lung injury
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1721749
PMID:42305536
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研究论文 | 该研究通过整合多组学数据和机器学习方法,揭示了失眠加剧败血症诱导急性肺损伤的关键生物标志物PTPN6及其潜在机制 | 首次将失眠与败血症诱导的急性肺损伤关联起来,利用孟德尔随机化确立因果关系,并通过机器学习(随机森林、SVM、KNN)结合SHAP可解释性建模识别核心基因PTPN6,发现其通过调节巨噬细胞极化和JAK/STAT3信号通路发挥抑制作用 | 需要进一步的机制研究和全面临床验证以完全阐明涉及的复杂调控网络 | 识别失眠加剧败血症诱导急性肺损伤的关键生物标志物并阐明其分子机制 | 失眠与败血症诱导急性肺损伤的因果关系及分子通路 | 机器学习 | 急性肺损伤 | 孟德尔随机化、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序 | 随机森林、SVM、KNN | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 小鼠模型(LPS诱导的SALI模型) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 357 | 2026-06-18 |
Irofulven and RSL3 synergistically target ferroptosis-related gene PTGR1 to treat head and neck squamous cell carcinoma
2026-Jan, Open life sciences
IF:1.7Q3
DOI:10.1515/biol-2025-1332
PMID:42306048
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研究论文 | 研究铁死亡相关基因PTGR1在头颈部鳞状细胞癌中的作用,并发现Irofulven与RSL3的协同治疗策略 | 首次构建基于铁死亡相关基因的预后模型,并结合单细胞RNA测序分析肿瘤分类风险评分,发现Irofulven靶向PTGR1并与铁死亡诱导剂RSL3协同治疗HNSCC | 基于数据库分析和体外实验,未进行体内验证或大规模临床试验 | 评估铁死亡作为HNSCC生物标志物和治疗靶点的潜力,开发联合治疗策略 | 头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)细胞系和数据库样本 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | LASSO回归模型 | 基因表达数据、DNA甲基化数据、突变数据、单细胞转录组数据 | 来自公共数据库的HNSCC样本(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 358 | 2026-06-18 |
Pathogenic mechanisms of RPGR mutations in X-linked retinitis pigmentosa: integrating clinical pedigree and single-cell transcriptomics
2026, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2026.1814462
PMID:42306097
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研究论文 | 通过整合临床家系分析和单细胞转录组学,阐明RPGR突变导致X连锁视网膜色素变性的致病机制 | 首次将临床家系与单细胞转录组分析相结合,揭示RPGR功能缺失突变通过破坏纤毛运输-光转导轴、激活应激反应并阻滞光感受器分化而致病的分子机制 | 单细胞转录组数据来源于视网膜类器官模型,可能无法完全模拟体内真实病理过程 | 鉴定X连锁视网膜色素变性中的RPGR致病突变并阐明光感受器变性的细胞与分子机制 | 中国X连锁视网膜色素变性家系三代成员及RPGR突变视网膜类器官 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 全外显子测序, 桑格测序, 单细胞RNA测序 | 无特定模型 | 测序数据 | 一个中国XLRP家系共三代成员 | 无明确信息 | 单细胞RNA测序 | 无明确信息 | 无明确信息 |
| 359 | 2026-06-18 |
Deciphering the role of per- and polyfluoroalkyl substances in prostate cancer: a multi-omics and computational toxicology approach
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1786248
PMID:42306304
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研究论文 | 采用多组学和计算毒理学方法揭示全氟和多氟烷基物质在前列腺癌发展中的作用机制 | 首次将PFOA和PFOS的毒理基因组数据与前列腺癌转录组数据整合,构建基于机器学习的10基因预后模型,并利用单细胞和空间转录组学识别CDC20为核心靶点,结合分子对接探索天然化合物干预可能性 | 研究主要依赖计算预测和单一DU145细胞系验证,缺乏多种模型和实验系统的进一步确认 | 阐明全氟和多氟烷基物质暴露与前列腺癌分子关联机制并开发预后模型 | PFOA、PFOS暴露与前列腺癌的分子靶点及核心基因CDC20 | 计算毒理学 | 前列腺癌 | 毒理基因组学、转录组学、单细胞RNA测序、空间转录组学、分子对接 | 机器学习 | 毒理基因组数据、转录组数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 | DU145前列腺癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 360 | 2026-06-18 |
Deciphering the cellular landscape and genetic underpinnings of fiber diameter determined by dermal papilla cells in fine-wool sheep
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1764812
PMID:42306303
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research paper | 通过单细胞RNA测序构建细毛羊皮肤组织转录图谱,揭示真皮乳头细胞在毛囊发育及纤维直径决定中的潜在分子机制 | 首次在细毛羊中利用单细胞RNA测序解析毛囊微环境的细胞景观,并鉴定真皮乳头细胞三种状态及其对纤维直径的调控机制 | 未明确说明局限性 | 阐明细毛羊纤维直径的细胞与分子调控机制,为超细毛羊精准育种提供参考 | 六只半同胞细毛羊的皮肤组织细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 6只细毛羊的59732个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |