单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 32324 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2025-11-05 |
In vivo differentiation of embryonic cells devoid of key reprogramming factors
2025-Oct-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116498
PMID:41171758
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析斑马鱼NPS突变细胞在野生型胚胎中的命运，揭示了NPS在发育重编程和分化中的关键作用 | 发现部分细胞能够绕过短暂全能性阶段直接获得中间发育状态，揭示了NPS在协调核质重编程中的新机制 | 研究仅限于斑马鱼胚胎模型，未在其他物种中验证 | 探究NPS因子在发育重编程和细胞分化过程中的功能 | 斑马鱼胚胎中的NPS突变细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 342 | 2025-11-05 |
Multi-omic profiling reveals age-related immune dynamics in healthy adults
2025-Oct-29, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09686-5
PMID:41162704
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研究论文 | 通过多组学分析揭示健康成年人年龄相关的免疫动态变化 | 首次在300多名健康成年人中建立单细胞RNA测序数据集，揭示T细胞亚群中稳健的非线性转录重编程现象 | 样本主要来自健康成年人，未涵盖疾病状态或更广泛的年龄范围 | 理解年龄对免疫系统动态变化的影响 | 300多名25至90岁健康成年人的外周免疫细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白质组数据,流式细胞数据 | 300多名健康成年人，其中96人进行为期2年的纵向追踪 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 343 | 2025-11-05 |
GZMK+CD8+ T cells target a specific acinar cell type in Sjögren's disease
2025-Oct-28, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.08.014
PMID:41162286
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了干燥综合征中特定腺泡细胞选择性丢失和GZMK⁺CD8⁺ T细胞的作用机制 | 首次发现PRR4⁺CST3⁺WFDC2⁻浆黏液腺泡细胞在干燥综合征中的选择性丢失，并揭示了GZMK⁺CD8⁺ T细胞通过亚细胞溶解效应机制损害线粒体完整性和激活先天免疫信号的新途径 | 研究样本仅限于人类小唾液腺，需要进一步验证在其他外分泌腺中的普遍性 | 探索干燥综合征中不同细胞类型的复杂相互作用及其在疾病病理中的作用 | 人类小唾液腺组织、患者来源的原代上皮细胞和自体T细胞 | 数字病理学 | 干燥综合征 | 单细胞转录组学、空间转录组学、空间免疫表型分析、体外细胞实验 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、空间定位数据 | 人类小唾液腺样本（包括非干燥综合征和干燥综合征患者） | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 344 | 2025-11-05 |
Integrating bulk and single-cell transcriptome to identify novel gene markers for germinal center B cells (GCB) subtype of diffuse large B-cell lymphoma
2025-Oct-22, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06517-5
PMID:41120675
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研究论文 | 本研究开发了一个包含19个基因对的定性特征(19-GPS)，用于区分弥漫性大B细胞淋巴瘤的GCB亚型与非GCB亚型 | 基于基因相对表达顺序(REO)开发稳定的定性特征，克服批次效应和样本质量变异的影响 | NA | 识别GCB亚型DLBCL的新型基因标志物 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤(GCB亚型) | 生物信息学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 四个独立数据集 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 345 | 2025-11-05 |
egal-1 and microtubules promote regeneration polarity in planarians
2025-Oct-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204668
PMID:41099308
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了涡虫头部与尾部再生极性决定的新机制 | 首次发现Egal-1和微管系统共同调控涡虫纵向肌肉纤维中notum基因的不对称表达，从而决定再生极性 | 对纵向肌肉纤维内具体分子机制的理解仍不完整 | 探究涡虫头部与尾部再生极性决定的分子机制 | 涡虫（planarians）及其纵向肌肉细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，RNA干扰，药物处理 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 346 | 2025-11-05 |
PMEPA1-Mediated Treg Cell Impairment Promotes Endometrial Stromal Invasion via Excessive PI3K/AKT Signaling in Endometriosis
2025-Oct, Current medical science
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s11596-025-00125-0
PMID:41100035
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研究论文 | 本研究揭示了PMEPA1通过过度激活PI3K/AKT信号通路损害调节性T细胞功能，从而促进子宫内膜异位症中子宫内膜基质细胞的侵袭能力 | 首次阐明PMEPA1在调节性T细胞中的具体作用机制及其通过PI3K/AKT信号通路影响子宫内膜异位症病理过程的分子机制 | 样本量较小（仅3例患者进行单细胞测序），需要更大规模研究验证 | 探究PMEPA1调控调节性T细胞功能及其在子宫内膜异位症发病机制中的作用 | 子宫内膜异位症患者的卵巢异位病灶和正常在位子宫内膜组织、外周血单核细胞来源的原代人调节性T细胞 | 单细胞生物学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 细胞共培养 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 3例子宫内膜异位症患者的配对异位卵巢病灶和在位子宫内膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 347 | 2025-11-05 |
Publisher Correction: Investigation of the relationship between COVID-19 disease and semen parameters in idiopathic male infertility patients
2025-Oct, European review for medical and pharmacological sciences
DOI:10.26355/eurrev_202510_37463
PMID:41182310
|
更正 | 本文是对已发表文章中参考文献列表错误的更正说明 | NA | 由于排版最终化过程中的内部错误，导致最终PDF中无意插入了另一篇文章的错误参考文献 | 更正已发表文章中的参考文献错误 | NA | NA | COVID-19 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 348 | 2025-11-05 |
PreDigs: A Database of Context-specific Cell Type Markers and Precise Cell Subtypes for Digestive Cell Annotation
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf066
PMID:40795159
|
研究论文 | 开发了一个用于消化系统细胞注释的数据库PreDigs，包含124个单细胞RNA测序数据集和142种细胞类型的标记物 | 构建了首个针对消化系统的细胞标记物数据库，统一了细胞亚型识别和命名标准，并提供了三种不同应用场景的细胞类型标记物 | 数据库主要基于单细胞RNA测序数据，可能不包含其他组学数据；细胞注释的准确性依赖于原始数据的质量 | 建立标准化的消化系统细胞注释数据库，促进胃肠道肿瘤细胞异质性研究 | 消化系统细胞，特别是胃肠道肿瘤相关细胞 | 生物信息学 | 胃肠道肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 单细胞RNA测序数据 | 超过340万个细胞，来自124个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 349 | 2025-11-05 |
Cross-expression meta-analysis of 695 brain samples reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells
2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.17.613579
PMID:39345494
|
研究论文 | 通过695个脑样本的跨表达元分析，揭示空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 提出跨表达分析新方法，避免基因列表筛选或细胞类型注释，直接从空间相邻细胞中发现协调表达的基因对 | NA | 研究空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 成年小鼠脑组织样本 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 约2500万个细胞，695个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 8种不同技术平台 |
| 350 | 2025-11-05 |
Inhibition of DKK-1 by WAY262611 Inhibits Osteosarcoma Metastasis
2025-May-02, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0744
PMID:39781890
|
研究论文 | 本研究验证小分子抑制剂WAY262611通过抑制DKK-1激活Wnt信号通路，从而抑制骨肉瘤转移 | 首次证明小分子DKK-1抑制剂在体内外均能抑制骨肉瘤转移并诱导成骨分化 | NA | 评估DKK-1抑制剂对骨肉瘤转移的抑制作用 | 骨肉瘤细胞系和患者来源的骨肉瘤异种移植模型 | NA | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 351 | 2025-11-05 |
Integrated Spheroid-to-Population Framework for Evaluating PFHpA-Associated Metabolic Dysfunction and Steatotic Liver Disease
2025-Mar-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5960979/v1
PMID:40092438
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研究论文 | 本研究通过整合3D肝球体模型和人群队列数据，评估PFHpA暴露与代谢功能障碍相关脂肪性肝病的关系 | 开发了从球体到人群的整合框架，结合单细胞转录组学和多组学数据揭示PFHpA诱导MASLD的分子机制 | 研究主要基于肥胖青少年队列，结果可能不适用于其他人群 | 阐明短链PFAS同系物PFHpA在MASLD发病机制中的作用 | 肥胖青少年队列和3D人肝球体模型 | 生物医学研究 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞转录组学, 多组学分析, 3D球体培养 | LUCID模型 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据, 临床数据 | Teen-LABS队列中接受减肥手术的肥胖青少年 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 352 | 2025-11-05 |
STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.636505
PMID:40027655
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研究论文 | 提出了一种用于评估空间转录组学数据聚类性能的计算框架STEAM | 开发了首个专门针对空间转录组学数据聚类性能评估的计算流程，结合机器学习分类和预测方法，支持多样本训练和跨重复样本的聚类一致性评估 | NA | 解决空间转录组学数据聚类结果验证困难的问题，提供标准化评估框架 | 空间转录组学数据的聚类算法性能 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，机器学习分类 | 机器学习分类算法 | 空间转录组学数据，空间蛋白质组学数据 | 多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 353 | 2025-11-05 |
Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634791
PMID:39975330
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研究论文 | 开发了一种整合bulk DNA-seq和单细胞RNA-seq数据的方法TUSV-int，用于反卷积和系统发育推断 | 首次整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据，同时支持SNV、CNA和SV多种变异类型的反卷积和系统发育树重建 | 依赖于数据质量，scDNA-seq成本和技术挑战限制了大规模应用 | 解决肿瘤系统发育重建中不同测序技术的局限性，提高克隆结构解析能力 | 肿瘤细胞克隆和变异类型 | 生物信息学 | 乳腺癌 | DNA测序, RNA测序, 整数线性规划 | 整数线性规划(ILP) | 基因组测序数据, 转录组测序数据 | 已发表的乳腺癌数据集 | NA | bulk DNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 354 | 2025-11-05 |
MetaLigand: A database for predicting non-peptide ligand mediated cell-cell communication
2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633094
PMID:39868215
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研究论文 | 开发了一个用于预测非肽配体介导的细胞间通讯的数据库和工具MetaLigand | 首个专门针对非肽配体的数据库工具，整合了从头合成和补救合成途径，改进了预测准确性 | NA | 研究非肽配体介导的细胞间通讯机制 | 233种非肽配体及其生物合成酶、转运蛋白基因和受体基因 | 生物信息学 | 年龄相关性黄斑变性 | 转录组数据分析，单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据，scRNA-seq数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 355 | 2025-11-05 |
Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types
2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.02.530774
PMID:39803528
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研究论文 | 开发了一种结合统计和生物物理模型的混合方法，从基因表达模式预测皮层神经元类型的电生理活动 | 首次将统计模型与基于Hodgkin-Huxley的生物物理模型相结合，通过可解释的稀疏线性回归模型将离子通道基因表达与生物物理模型参数直接关联 | 面临数学模型与实验数据不匹配的挑战，模型验证依赖于多模态Patch-seq数据的质量和完整性 | 建立基因表达与皮层神经元类型生理特性之间的联系机制 | 多种皮层细胞类型的神经元 | 计算神经科学 | NA | 单细胞转录组学, Patch-seq, 模拟推理 | Hodgkin-Huxley模型, 稀疏线性回归模型 | 多模态电生理和基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 356 | 2025-11-05 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病进展中的关键驱动作用 | 首次在ACM中发现炎症-纤维化空间生态位，并证实抗IL-1β抗体治疗可改善疾病表型 | 研究样本量有限，主要基于动物模型验证 | 探索ACM疾病进展机制并评估靶向IL-1β的治疗潜力 | ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | ACM患者和对照供者心肌样本 | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 357 | 2025-11-05 |
Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612119
PMID:39314416
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研究论文 | 通过纵向多组学分析揭示健康成年人年龄相关的免疫细胞动态变化 | 首次在300多名健康成年人中进行长达两年的纵向多组学免疫分析，建立了包含1600多万个PBMCs单细胞RNA测序数据的免疫健康图谱 | 研究样本仅包括健康成年人，未涵盖疾病状态或更广泛年龄范围的人群 | 探究健康人类免疫系统在生命周期中的基础性变化 | 300多名健康成年人，其中96名年轻和老年成年人接受为期两年的年度疫苗接种跟踪 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白质组数据,流式细胞数据 | 300多名健康成年人，1600多万个PBMCs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 358 | 2025-11-05 |
A second wave of Notch signaling diversifies the intestinal secretory lineage
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.15.603542
PMID:39071399
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了小肠中罕见分泌细胞CHEs的命运特化机制 | 发现Notch信号通路在分泌谱系中发生第二波激活以特化CHEs细胞群体 | CHEs细胞在大鼠和人类中存在但小鼠中缺失，限制了部分实验模型的适用性 | 探究小肠分泌细胞谱系多样化的分子机制 | 大鼠和人类小肠中的C FTR高表达细胞(CHEs) | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序, 伪时间轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 359 | 2025-11-05 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
|
研究论文 | 评估Element Biosciences的亲和性测序技术在单细胞RNA-seq中准确读取同聚物序列并改进多聚腺苷酸化位点分析的能力 | 首次利用亲和性碱基化学测序技术准确读取单细胞RNA-seq文库中的同聚物引物序列，实现配对末端比对和多聚腺苷酸化位点的直接独立分配 | 与单端比对相比，配对末端比对并未持续提高读取映射率，且存在低水平伪影 | 改进单细胞RNA-seq文库的表征和分析方法 | 单细胞RNA-seq文库 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 亲和性测序 | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq, DNA测序 | Element Aviti, Illumina测序平台 | Element Aviti亲和性测序仪 |
| 360 | 2025-11-05 |
GZMK+CD8+ T cells Target A Specific Acinar Cell Type in Sjögren's Disease
2024-Jul-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3601404/v2
PMID:38196575
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析健康与疾病状态下的人类小唾液腺，揭示了干燥综合征中特定腺泡细胞被靶向的机制 | 首次发现新型浆黏液腺泡细胞类型，并鉴定出GZMK+CD8+ T细胞特异性靶向其中一类腺泡细胞的免疫机制 | 未明确说明样本数量和技术平台的详细配置信息 | 解析干燥综合征的发病机制和细胞靶向特性 | 人类小唾液腺组织 | 数字病理学 | 干燥综合征 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |