单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-10-02	Expression of SARS-CoV-2 Entry Factors in the Pancreas of Normal Organ Donors and Individuals with COVID-19 2020-12-01, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.005 PMID:33207244	研究论文	本研究通过分析胰腺组织中SARS-CoV-2进入因子ACE2的表达模式，探讨COVID-19与糖尿病之间的潜在关联	首次系统评估了人类胰腺在整个生命周期中ACE2的表达分布，并结合COVID-19患者胰腺样本进行验证	内分泌细胞中ACE2的mRNA表达罕见，样本数量有限	探究SARS-CoV-2感染是否通过ACE2直接感染胰腺内分泌细胞导致糖尿病	正常器官捐献者的胰腺组织和COVID-19患者的胰腺组织	病理学研究	COVID-19/糖尿病	scRNA-seq、荧光原位杂交、Western blotting、免疫定位	NA	单细胞RNA测序数据、组织图像数据、蛋白质印迹数据	五个公共scRNA-seq胰腺数据集和COVID-19病例胰腺组织
342	2025-10-01	Decoding chicken growth regulation through multi-omics insights and emerging genetic tools for growth optimization 2025-Oct, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105542 PMID:40652768	综述	本文系统综述了鸡生长性状的遗传调控机制，整合多组学数据和新兴基因工具以促进精准育种	强调单细胞RNA测序在解析生长相关组织细胞异质性中的应用，结合CRISPR/Cas9基因组编辑技术开辟精准育种新途径	现有遗传变异发现尚未充分应用于可持续家禽生产，关键知识空白仍需填补	解析鸡生长性状的遗传调控网络，开发精准育种策略以提升家禽生产效率	鸡的生长性状（体重和生长）及其遗传调控机制	基因组学与生物信息学	NA	多组学（基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR/Cas9基因组编辑、GWAS、QTL定位	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据	NA
343	2025-10-01	[Single-cell transcriptomic analysis reveals immune dysregula-tion and macrophage reprogramming in diabetic foot ulcers] 2025-Sep-30, Zhejiang da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Zhejiang University. Medical sciences DOI:10.3724/zdxbyxb-2025-0464 PMID:41025297	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了糖尿病足溃疡中免疫失调和巨噬细胞重编程的机制	首次构建了糖尿病足溃疡的单细胞图谱，揭示了巨噬细胞在COMPLEMENT和SPP1通路中的关键信号调控作用	样本量相对有限，需要更大规模的研究验证	阐明糖尿病足溃疡中巨噬细胞介导的炎症和组织损伤机制	糖尿病足溃疡患者和非溃疡糖尿病足患者的皮肤组织样本	单细胞转录组学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	无偏聚类分析	单细胞转录组数据	79,272个高质量细胞转录组
344	2025-10-01	Transcriptome Analysis Identified SPP1-Positive Monocytes as a Key in Extracellular Matrix Formation in Thrombi 2025-Sep-30, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.125.044299 PMID:41025474	研究论文	本研究通过转录组分析发现SPP1阳性单核细胞在血栓细胞外基质形成中起关键作用	首次识别出SPP1高表达的单核/巨噬细胞亚群在血栓成熟过程中的核心作用，并揭示其与成纤维细胞的密切通讯	样本量有限（3例血栓用于RNA分析，66例用于验证），且主要基于脑血管血栓研究	探究血栓成熟的分子机制，特别是细胞外基质形成过程	人类血栓样本（来自脑血管和肺动脉）	生物信息学	脑血管疾病	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组织化学、通路富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、组织染色图像	3例脑血管血栓用于RNA分析，66例脑血管血栓用于免疫组化验证，另使用肺动脉血栓单细胞测序数据
345	2025-10-01	YBX1&YBX3 as novel targets to potentiate immune checkpoint blockade response in gliomas 2025-Sep-30, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf227 PMID:41025501	研究论文	本研究揭示了CHK2-YBX1&YBX3调控枢纽在胶质瘤免疫逃避中的关键作用，并提出靶向该枢纽可增强免疫检查点阻断疗法的疗效	首次发现CHK2-YBX1&YBX3形成相互正调控枢纽，并证明靶向该枢纽可解除促炎基因表达抑制，增强抗原呈递和CD8⁺ T细胞增殖	研究主要基于临床前胶质瘤模型，尚未在人体临床试验中验证	探究胶质瘤内在免疫逃避机制并开发联合免疫治疗策略	人源和小鼠胶质瘤细胞系及临床前胶质瘤模型	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	免疫共沉淀-质谱联用、磷酸化蛋白质组学、RNA测序、ChIP-seq、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	蛋白质相互作用数据、转录组数据、表观遗传数据、单细胞测序数据	人源和小鼠胶质瘤细胞系及临床前动物模型
346	2025-10-01	Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish 2025-Sep-29, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011875 PMID:41021609	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示三刺棘鱼在精子发生过程中不存在减数分裂性染色体失活现象	首次在三刺棘鱼中发现性染色体在减数分裂期间保持基因表达活性，未观察到MSCI特征	研究仅针对单一物种，需在其他鱼类物种中进一步验证	探究三刺棘鱼是否发生减数分裂性染色体失活及其对Y染色体演化的影响	三刺棘鱼(Gasterosteus aculeatus)的性染色体和精子发生过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光	NA	基因表达数据、图像数据	未明确样本数量，但涉及多个精子发生阶段的分析
347	2025-10-01	Scproca: A Cross-Attention-Enhanced Deep Generative Model for Single-Cell Transcriptomics and Proteomics Integration and Imputation 2025-Sep-29, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3615771 PMID:41021958	研究论文	提出一种基于交叉注意力机制的深度生成模型scProca，用于单细胞转录组学和蛋白质组学数据的整合与填补	通过交叉注意力机制整合细胞间关系，能够处理异质性输入数据，在高度蛋白质稀疏性下仍保持稳健性能	NA	开发能够整合单细胞转录组学和蛋白质组学数据的深度学习方法	单细胞RNA测序数据和转录组学-蛋白质组学共分析数据	机器学习	复杂疾病	scRNA-seq, 转录组学和蛋白质组学共分析	深度生成模型, 交叉注意力机制	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	NA
348	2025-10-01	Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix Domain Containing 1 Promotes Hepatocellular Carcinoma Progression by Regulating Transforming Growth Factor Beta Receptor 1 in the Tumor Immune Microenvironment 2025-Sep-29, Genetic testing and molecular biomarkers IF:1.1Q4 DOI:10.1177/19450265251384161 PMID:41022542	研究论文	本研究探讨线粒体蛋白CHCHD1通过调控TGF-β1信号通路促进肝细胞癌进展的机制	首次揭示CHCHD1在肝细胞癌肿瘤免疫微环境中的作用机制，发现其通过调控TGF-β受体1影响免疫逃逸	研究主要基于细胞系实验，缺乏体内动物模型验证	探究CHCHD1在肝细胞癌进展中的分子机制及免疫调控功能	肝细胞癌组织和SMMC-7721细胞系	癌症生物学	肝细胞癌	转录组分析、单细胞RNA测序、基因集富集分析、免疫浸润分析、Transwell迁移/侵袭实验、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质数据、临床数据	272例肝细胞癌组织和50例正常肝组织
349	2025-10-01	Hypothesis-generating evaluation of multi-armoured oncolytic HSV-1 (VG161) in intrahepatic cholangiocarcinoma: pooled insights from multicentre studies 2025-Sep-29, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335904 PMID:41022576	研究论文	评估多效溶瘤病毒VG161在肝内胆管癌中的安全性和疗效，并探索其免疫机制	首次在晚期肝内胆管癌患者中评估表达IL-12、IL-15和PD-L1拮抗剂的多效溶瘤HSV-1病毒VG161，通过多组学分析揭示肿瘤微环境免疫重塑机制	样本量较小（24例患者），需要更大规模试验验证结果	探索新型溶瘤病毒疫苗VG161在晚期肝内胆管癌患者中的安全性、疗效和免疫机制	晚期肝内胆管癌患者	肿瘤免疫治疗	肝内胆管癌	多组学分析、单细胞转录组学、空间转录组学、超声引导肿瘤内注射	NA	临床数据、肿瘤活检样本、多组学数据	24例晚期肝内胆管癌患者
350	2025-10-01	Interpretable Multi-task Analysis of Single-Cell RNA-seq Data Through Topological Structure Preservation and Data Denoising 2025-Sep-29, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00765-9 PMID:41023370	研究论文	提出一种用于单细胞RNA-seq数据多任务分析的可解释框架scIMTA	实现稀疏高噪声基因表达数据的协作多任务分析，通过生物基础增强可解释性，在保持数据完整性的同时稳健处理丢失事件	NA	解决单细胞转录组测序数据中的拓扑结构保持和丢失事件处理问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq	多任务分析框架	基因表达数据	乳腺癌scRNA-seq数据集
351	2025-10-01	αCGRP deficiency aggravates pulmonary fibrosis by promoting senescence in alveolar type 2 cells 2025-Sep-29, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00361-3 PMID:41023452	研究论文	本研究探讨αCGRP缺乏通过促进肺泡Ⅱ型细胞衰老加重肺纤维化的机制	首次揭示αCGRP缺乏通过扰乱AT2细胞脂质代谢和加速炎症衰老促进肺纤维化的新机制	样本量较小(n=15)，且为回顾性分析	研究αCGRP缺乏是否通过促进AT2细胞衰老加剧肺纤维化	肺纤维化患者、Calca基因敲除大鼠、D-半乳糖诱导的衰老模型	病理机制研究	肺纤维化	免疫组化、单细胞RNA测序、无标记蛋白质组学	基因敲除动物模型	临床数据、组织样本、测序数据	15例肺纤维化患者样本及基因敲除大鼠模型
352	2025-10-01	Distinct cell state ecosystems for nodular lymphocyte-predominant Hodgkin lymphoma 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63339-9 PMID:41006203	研究论文	本研究开发了NLPHL特异性淋巴细胞优势生态型模型，识别出34种不同细胞状态并建立临床相关生物学分类	首次建立NLPHL特异性淋巴细胞优势生态型模型，识别出3种不同的免疫微环境生态型及其临床预后意义	NLPHL为罕见癌症，样本量相对有限（总171例）	深入研究结节性淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤的免疫微环境和罕见淋巴细胞优势细胞	171例NLPHL患者样本中的淋巴细胞优势细胞和免疫微环境细胞	数字病理学	霍奇金淋巴瘤	空间转录组学	LPE生态型模型	转录组数据、蛋白质表达数据	训练队列109例（65% LPE1/2），验证队列62例（61% LPE1/2），总计171例NLPHL样本
353	2025-10-01	Spatially-restricted inflammation-induced senescent-like glia in multiple sclerosis and patient-derived organoids 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63371-9 PMID:41006208	研究论文	本研究探讨多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关系，发现病变区域存在衰老样胶质细胞积累	首次通过单细胞转录组和空间转录组技术揭示MS病变中衰老样胶质细胞的空间分布特征，并利用患者来源的类器官模型验证小胶质细胞对炎症诱导衰老的特殊敏感性	样本数量有限，类器官模型可能无法完全模拟体内复杂环境	探究多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关联及其对疾病进展的影响	多发性硬化症患者脑组织样本和hiPSC来源的神经类器官	神经科学	多发性硬化症	单细胞转录组分析、空间转录组学、hiPSC衍生神经类器官、3T MRI	NA	转录组数据、影像数据	466名患者脑组织样本及hiPSC衍生神经类器官
354	2025-10-01	Comparison of imaging based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed paraffin-embedded tumor samples 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63414-1 PMID:41006245	研究论文	使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本比较三种成像空间转录组学平台的性能	首次系统评估商业空间转录组学平台在肿瘤样本中的表现，并揭示探针设计等参数对数据质量的重要性	研究仅使用肺癌和胸膜间皮瘤样本，样本类型相对有限	评估不同空间转录组学平台在肿瘤生物学研究中的性能差异	肺腺癌和胸膜间皮瘤的福尔马林固定石蜡包埋手术切除样本	空间转录组学	肺癌	空间转录组学（CosMx、MERFISH、Xenium）、批量RNA测序、多重免疫荧光、GeoMx、HE染色	NA	空间转录组数据、图像数据	使用组织微阵列中的肺腺癌和胸膜间皮瘤样本
355	2025-10-01	Aging in mice alters regionally enriched striatal astrocytes 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63429-8 PMID:41006292	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠纹状体中星形胶质细胞随年龄增长的分子变化和区域异质性	首次在单细胞分辨率下识别了纹状体中分子特征不同的星形胶质细胞亚型，并发现背侧纹状体星形胶质细胞表现出更大的年龄相关分子变化	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本；样本数量未明确说明	探究衰老对纹状体星形胶质细胞分子特征和区域分布的影响	年轻和老年小鼠的纹状体星形胶质细胞	神经科学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和老年小鼠（具体数量未说明）
356	2025-10-01	Intramuscular enteric glia persist in Hirschsprung disease and undergo neurogenesis in response to GDNF-NCAM1 signaling 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17734-3 PMID:41006492	研究论文	本研究探讨了先天性巨结肠症中肠胶质细胞的分子特征、起源及神经生成潜力	发现先天性巨结肠症病变区域存在CAMK2b+肠外神经胶质细胞，并揭示GDNF通过非经典NCAM1依赖通路促进神经生成	研究主要基于Ednrb基因敲除小鼠模型和人类组织样本，样本量有限	探究先天性巨结肠症中肠胶质细胞的分子特性和神经生成能力	Ednrb-null小鼠和人类先天性巨结肠症组织的肠胶质细胞	分子生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序、免疫组织化学、体外细胞培养	NA	基因表达数据、图像数据	Ednrb-null小鼠模型和人类先天性巨结肠症组织样本
357	2025-10-01	Single-cell RNA-sequencing of BCG naïve and recurrent non-muscle invasive bladder cancer reveals a CD6/ALCAM-mediated immune-suppressive pathway 2025-Sep-26, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01093-3 PMID:41006678	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示CD6/ALCAM信号通路在BCG治疗后复发的非肌层浸润性膀胱癌中的免疫抑制作用	首次发现CD6/ALCAM介导的T细胞与尿路上皮细胞相互作用在BCG耐药中的关键作用	样本量有限，需要在更大队列中验证	探索BCG治疗耐药的非肌层浸润性膀胱癌的免疫机制	非肌层浸润性膀胱癌患者	单细胞测序分析	膀胱癌	单细胞RNA测序、全外显子测序	NA	基因表达数据、临床数据	两个独立的BCG治疗NMIBC队列
358	2025-10-01	Mechanism of sepsis regulation by ELANE via macrophage polarization 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18848-4 PMID:41006720	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证揭示了ELANE基因通过促进巨噬细胞M1极化加剧脓毒症的机制	首次系统性地将ELANE鉴定为脓毒症核心免疫调控基因，并通过单细胞测序和体外实验证实其在巨噬细胞极化中的关键作用	样本量较小（20例患者），且主要基于体外实验，需要更大规模的临床验证	鉴定脓毒症核心免疫调控基因ELANE并探索其通过巨噬细胞极化调控脓毒症的机制	脓毒症患者和健康对照者的外周血样本，以及LPS刺激的巨噬细胞	免疫学	脓毒症	RNA测序、生物信息学分析、单细胞测序、流式细胞术、ELISA	NA	RNA测序数据、单细胞测序数据、蛋白质相互作用数据	20例脓毒症患者和10例健康对照
359	2025-10-01	BiAEImpute: a robust bidirectional autoencoder framework for High-fidelity dropout imputation in single-cell transcriptomics 2025-Sep-26, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11988-x PMID:41013245	研究论文	提出一种基于双向自编码器的单细胞转录组数据缺失值插补方法BiAEImpute	采用行向和列向自编码器协同学习细胞和基因特征，增强插补过程的鲁棒性和准确性	NA	开发有效的单细胞RNA测序数据缺失值插补方法	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	双向自编码器(Bidirectional Autoencoder)	基因表达数据	四个真实scRNA-seq数据集
360	2025-10-01	Single-cell RNA sequencing of endometrium uncovers dynamic characteristics and dysregulation of perivascular CD9+SUSD2+ cells in thin endometrium 2025-Sep-26, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04658-y PMID:41013639	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示薄型子宫内膜中血管周围CD9+SUSD2+细胞的动态特征和功能失调	首次在单细胞水平鉴定薄型子宫内膜中血管周围CD9+SUSD2+细胞作为祖干细胞，并揭示其功能异常机制	样本量较小（正常组n=3，薄型子宫内膜组n=3）	探究薄型子宫内膜中CD9+SUSD2+细胞的分子特征和功能机制	人类子宫内膜组织，特别是血管周围CD9+SUSD2+细胞	单细胞生物学	薄型子宫内膜	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术，Western blotting，多重免疫荧光分析	NA	单细胞转录组数据，蛋白质表达数据，组织学图像	6例子宫内膜样本（3例正常，3例薄型子宫内膜），共59,770个细胞