单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 39637 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2026-05-19 |
Smart Microneedles Regulate Reactive Oxygen Species and Deliver Matrix Metalloproteinases for Pathological Scar Treatment
2026-May-18, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.6c00171
PMID:42148523
|
研究论文 | 该研究开发了一种智能微针，通过调节活性氧和递送基质金属蛋白酶来治疗病理瘢痕，并在兔和猪模型中验证了其疗效 | 首次将病理信号解码与靶向干预相结合，构建了闭环治疗策略；利用ROS响应性水凝胶实现MMP的按需释放 | 未提及长期疗效和安全性评估；仅在动物模型中验证，缺乏人体临床试验数据 | 开发一种能够调节氧化微环境并重塑细胞外基质的智能微针，用于病理瘢痕治疗 | 正常和瘢痕疙瘩组织样本、兔和猪的病理瘢痕模型 | 机器学习 | 皮肤瘢痕 | 单细胞测序、组织学染色 | NA | 单细胞转录组数据、组织学图像 | 患者样本（具体数量未说明）；兔和猪模型样本（具体数量未说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 342 | 2026-05-19 |
Immunopathophysiology of immune checkpoint inhibitor-related pneumonitis: insights from multi-omics and immune profiling
2026-May-18, Immunological medicine
IF:2.7Q2
DOI:10.1080/25785826.2026.2674327
PMID:42148869
|
综述 | 通过多组学和免疫分析揭示免疫检查点抑制剂相关肺炎的免疫病理生理机制 | 综合运用空间转录组学和成像质谱流式技术，深入解析ICI肺炎中免疫细胞互作和肺部损伤的复杂微环境 | 未提及具体局限性 | 综述免疫检查点抑制剂相关性肺炎的免疫病理生理学研究进展 | ICI肺炎患者的外周血、支气管肺泡灌洗液和肺组织 | 机器学习 | 间质性肺炎 | 空间转录组学、成像质谱流式 | NA | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 343 | 2026-05-19 |
GLP1-E2 therapy delays autoimmune diabetes in late-stage prediabetic NOD mice and potentiates low-dose anti-CD3 therapy for enhanced disease protection
2026-May-18, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-026-06750-1
PMID:42149241
|
研究论文 | 研究GLP1-E2疗法联合低剂量抗CD3抗体在晚期糖尿病前期NOD小鼠中延缓自身免疫性糖尿病的效果 | 首次证明GLP1-E2（胰高血糖素样肽-1-17β雌二醇偶联物）能增强低剂量抗CD3抗体的治疗效果，通过同时靶向免疫失调和β细胞脆弱性实现协同保护 | 研究仅在雌性NOD小鼠中进行，未在其他模型或人类中验证，且未探索最优给药方案及长期安全性 | 探究GLP1-E2联合低剂量抗CD3抗体能否通过保护β细胞和调节免疫延缓1型糖尿病进展 | 晚期糖尿病前期雌性NOD小鼠 | 机器学习 | 1型糖尿病 | 空间转录组学、免疫染色 | NA | 图像、基因表达数据 | 雌性NOD小鼠，分为四组：未治疗对照组、抗CD3单药组、GLP1-E2单药组及联合治疗组，每组具体数量未明确 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学用于胰腺组织分析 |
| 344 | 2026-05-19 |
Basp1 Intensifies Neutrophil Migration and NETs Formation in Traumatic Brain Injury
2026-May-18, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-026-05927-4
PMID:42149339
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和动物模型，揭示Basp1在创伤性脑损伤后促进中性粒细胞迁移和NETs形成的关键作用 | 首次发现Basp1特异性上调于TBI后中性粒细胞中，并通过与Vimentin直接相互作用调控细胞骨架重排，为TBI的神经炎症治疗提供新靶点 | 分子机制仍不完全明确，需进一步验证Basp1-Vimentin相互作用的详细通路；样本仅依赖小鼠模型和体外实验，临床转化需更多数据 | 阐明Basp1在中性粒细胞驱动的TBI炎症中的分子机制 | TBI患者外周血和中性粒细胞、小鼠TBI模型 | 机器学习 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、流式细胞术、谱系追踪、蛋白质对接、免疫共沉淀 | 条件敲除小鼠 | 基因表达数据 | TBI患者外周血样本（具体数量未明确）、小鼠模型（数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 345 | 2026-05-19 |
The ATF5-GPER1 axis drives female protection in hepatocellular carcinoma through dual tumor-suppressive and immune-modulatory mechanisms
2026-May-17, Bioscience trends
IF:5.7Q1
DOI:10.5582/bst.2026.01026
PMID:41850858
|
研究论文 | 本研究揭示了ATF5-GPER1轴通过肿瘤抑制和免疫调节双重机制驱动肝细胞癌女性保护作用 | 首次发现ATF5-GPER1轴作为女性特异性保护回路，通过肿瘤内在抑制和免疫重塑双重机制解释肝癌性别二态性 | 未在独立大样本中验证功能机制，缺乏体内动物模型验证 | 阐明肝细胞癌性别二态性的分子机制，识别女性保护基因 | 肝细胞癌患者的转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习, 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO, SVM, 随机森林 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 58名患者的238,982个单细胞，167例组织微阵列样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 346 | 2026-05-19 |
CXCL16 promotes macrophage-driven inflammation and vascular smooth muscle cell phenotypic switching during carotid plaque destabilization
2026-May-17, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116848
PMID:42143937
|
研究论文 | 本研究整合多组GEO数据集和单细胞RNA测序，发现CXCL16通过促进NF-κB依赖的巨噬细胞活化和迁移，以及增强SPP1/骨桥蛋白介导的巨噬细胞-血管平滑肌细胞（VSMC）对话，驱动颈动脉斑块失稳 | 首次整合多组GEO数据集和单细胞RNA测序，提出CXCL16作为颈动脉斑块失稳的诊断生物标志物和潜在治疗靶点，并阐明其通过NF-κB和SPP1/骨桥蛋白通路促进巨噬细胞-血管平滑肌细胞互作的分子机制 | 研究中CXCL16在颈动脉斑块中的致病机制主要基于体外和动物模型，人体中的具体调控网络仍需进一步验证 | 探究CXCL16在颈动脉斑块失稳中的作用机制及其作为诊断生物标志物和潜在治疗靶点的价值 | 颈动脉斑块样本（包括稳定和不稳定斑块）、巨噬细胞、血管平滑肌细胞 | 生物信息学 | 颈动脉粥样硬化、缺血性脑卒中 | 转录组学、单细胞RNA测序、免疫组织化学、细胞共培养、NF-κB抑制实验 | 随机森林、LASSO回归 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、人类组织标本数据 | 多组GEO数据集中的颈动脉斑块样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 347 | 2026-05-19 |
Recombinant humanized type III collagen attenuates recurrent spontaneous abortion by regulating stromal cell decidualization and reinforcing protective immune microenvironment at the maternal-fetal interface
2026-May-17, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116836
PMID:42143931
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示重组人源化III型胶原蛋白通过调节基质细胞蜕膜化和增强母胎界面保护性免疫微环境来减轻复发性自然流产 | 首次在单细胞分辨率下阐明rhCOLIII治疗复发性自然流产的机制，发现其通过激活氧化应激反应通路调控基质细胞功能，并通过APOE-TREM2和BSG-PPIA信号增强抗炎巨噬细胞活性及CD16+ NK细胞丰度 | 研究主要基于小鼠模型，其结论在人类中的直接适用性尚需进一步验证；单细胞分析仅限于妊娠第8天，未能全面覆盖时间动态变化 | 探究rhCOLIII在复发性自然流产中的治疗潜力及其分子机制 | 人子宫内膜/蜕膜组织样本、小鼠RSA模型（CBA/J ♀ × DBA/2 ♂）的子宫组织 | 数字病理学 | 复发性自然流产 | 免疫组织化学、免疫印迹、单细胞RNA测序、多重免疫组织化学、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫组化图像 | 包含健康供体/正常妊娠者和RSA患者的人类样本，以及24只小鼠（RSA组和rhCOLIII治疗组各12只，具体样本数未明确逐项列出） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 348 | 2026-05-19 |
CCL5 at the tumor-bone interface: A lymphocyte-derived gatekeeper against mandibular invasion in oral squamous cell carcinoma
2026-May-17, Oral oncology
IF:4.0Q2
|
研究论文 | 探究CCL5在口腔鳞状细胞癌下颌骨侵犯中的作用及其预后价值 | 首次揭示肿瘤免疫微环境中CCL5和FoxP3表达缺失与骨侵犯的关联，并证实CCL5可作为独立预后标志物 | 未提及 | 分析CCL5与口腔鳞状细胞癌骨侵犯的预后相关性及其免疫机制 | 口腔鳞状细胞癌患者肿瘤组织及免疫微环境 | 数字病理学 | 口腔癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 病理图像 | TCGA队列327例、回顾性队列206例 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | TCGA HNSCC队列RNA-seq数据；单细胞RNA测序数据来源 |
| 349 | 2026-05-19 |
Alleviation of diabetic cardiomyopathy via preventing VCAM1-positive cells from senescence by engineered nanovesicles
2026-May-17, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04555-3
PMID:42144613
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现VCAM1阳性细胞作为糖尿病心肌病的前衰老内皮细胞群体，并设计工程化纳米囊泡靶向递送STING抑制剂以缓解疾病 | 首次鉴定VCAM1作为前衰老细胞的标志物，并利用膜脂工程改造纳米囊泡实现精准靶向递送 | 仅在糖尿病小鼠模型中验证，缺乏临床试验数据 | 探讨靶向前衰老细胞治疗糖尿病心肌病的可行性 | 糖尿病小鼠心脏中的VCAM1阳性前衰老内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 糖尿病小鼠心脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 350 | 2026-05-19 |
Nuclear factor IX promotes endometriosis progression through transcriptional activation of tetraspanin-2
2026-May-16, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-026-02665-x
PMID:42141251
|
研究论文 | 本研究通过整合公共单细胞RNA测序数据和自身RNA测序数据，发现并验证了核因子IX通过转录激活四跨膜蛋白2促进子宫内膜异位症进展的机制 | 首次揭示核因子IX在子宫内膜异位症间质细胞中高表达，并通过转录调控四跨膜蛋白2促进细胞增殖和侵袭，为子宫内膜异位症治疗提供新靶点 | 本研究未提及潜在局限性 | 探究核因子IX在子宫内膜异位症进展中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力 | 子宫内膜异位症间质细胞、正常子宫内膜间质细胞、子宫内膜异位症小鼠模型 | 机器学习 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序，RNA测序，荧光素酶报告基因实验，染色质免疫沉淀实验 | NA | 基因表达数据 | 整合公共数据库与自身样本，具体数量未说明；小鼠模型实验 | NA | 单细胞RNA测序，RNA测序 | NA | NA |
| 351 | 2026-05-19 |
Role of HMGB1 in tumors and its targeted therapy
2026-May-16, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2026.189612
PMID:42144084
|
综述 | 总结了HMGB1在肿瘤中的角色、靶向治疗及其作为生物标志物的应用价值 | 提出了利用单细胞RNA测序、空间转录组学、实时活细胞成像等前沿技术全面研究HMGB1时空动态及其分子调控机制 | 肿瘤异质性、HMGB1双面功能及靶向技术局限性仍构成挑战 | 阐明HMGB1在肿瘤进展中的角色及靶向治疗潜力 | 肿瘤细胞、肿瘤相关巨噬细胞、肿瘤相关中性粒细胞、肿瘤相关成纤维细胞、T细胞 | 机器学习和数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、实时活细胞成像 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 352 | 2026-05-19 |
Spatial Multi-Omics Defines Cancer-associated fibroblasts Subtype Gradients Driving Metabolic Support and Immune Remodeling in Pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-May-16, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218585
PMID:42144098
|
研究论文 | 整合空间转录组学和空间代谢组学，定义胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞亚型梯度，驱动代谢支持和免疫重塑 | 首次整合空间多组学与最优传输模型，揭示了CAF亚型在代谢支持与免疫重塑中的差异功能 | 未提及技术验证的样本量差异或潜在混杂因素 | 阐明CAF的代谢和空间异质性及其临床相关性 | 胰腺导管腺癌组织中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学, 机器学习 | 胰腺癌 | 空间转录组学, 空间代谢组学, 多重免疫荧光 | CNN, 最优传输模型 | 图像, 文本 | PDAC组织样本（未具体说明数量）及独立空间代谢组学队列 | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 353 | 2026-05-19 |
Single-Cell RNA Sequencing Unveils CD8+ T Cell Heterogeneity in the Diffuse Large B-cell Lymphoma Microenvironment: A Systematic Review
2026-May-16, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2026.105381
PMID:42144172
|
综述 | 系统性综述单细胞RNA测序揭示弥漫大B细胞淋巴瘤微环境中CD8+ T细胞的异质性 | 构建了CD8+ T细胞动态耗竭轨迹图谱，揭示了多个功能不同的亚群层次连续性，并识别了与预后及治疗反应相关的生物标志物 | 未进行荟萃分析，未来需要多中心研究验证靶点并标准化单细胞RNA测序分析框架 | 系统综合单细胞RNA测序证据，绘制CD8+ T细胞异质性图谱并探讨其对弥漫大B细胞淋巴瘤的临床意义 | 弥漫大B细胞淋巴瘤肿瘤微环境中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18项符合条件的单细胞RNA测序研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 354 | 2026-05-19 |
Islet inflammatory macrophages drive MSC loss and multiple interactions involved in β-cell adaptation during diabetes
2026-May-16, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2026.156636
PMID:42144182
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示2型糖尿病进展中胰岛炎症巨噬细胞导致间充质干细胞丢失及β细胞适应过程中的多重相互作用 | 首次在糖尿病小鼠模型中揭示巨噬细胞与间充质干细胞之间的旁分泌串扰共同调控β细胞适应，并阐明了TNF-α介导的Wntless下调在其中的关键作用 | 研究基于小鼠模型，结论在人类中的适用性尚需验证 | 探究2型糖尿病进展中非β胰岛细胞（尤其是巨噬细胞和间充质干细胞）在β细胞功能适应中的作用 | 糖尿病小鼠胰岛中的巨噬细胞、间充质干细胞和β细胞 | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 糖尿病小鼠胰岛样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 355 | 2026-05-19 |
Predicting gene-specific regulation with transcriptomic and epigenetic single-cell data
2026-May-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag299
PMID:42143610
|
研究论文 | 提出MetaFR方法，利用单细胞ATAC-seq和RNA-seq数据学习基因特异性调控模型 | 提出MetaFR方法，通过高效回归树在单细胞或元细胞水平建立基因表达预测模型，运行时间和预测性能优于现有方法SCARlink | 单细胞数据固有的稀疏性使分析具有挑战性 | 研究基因特异性调控机制，利用转录组和表观遗传组单细胞数据预测基因表达 | 基因表达预测模型及调控区域 | 机器学习 | NA | 单细胞ATAC-seq、单细胞RNA-seq | 回归树 | 表观遗传数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 356 | 2026-05-19 |
A CSF disease-associated macrophage signature defines progressive multiple sclerosis
2026-May-13, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03861-9
PMID:42129775
|
研究论文 | 本研究结合流式细胞术和单细胞转录组学，揭示了进行性多发性硬化症患者脑脊液中CD14+单核细胞增多，这些细胞呈现边界相关巨噬细胞样特征并与疾病进展相关 | 首次在脑脊液中定义与进行性多发性硬化症相关的疾病相关巨噬细胞特征，并发现这些细胞与神经退行性病变中发现的疾病相关小胶质细胞/巨噬细胞共享部分特性 | 研究为回顾性与前瞻性结合设计，样本量相对有限，且未探讨脑脊液细胞变化的因果关系 | 探究进行性多发性硬化症患者脑脊液中的细胞变化及其作为生物标志物的潜力 | 多发性硬化症患者（包括复发-缓解型和进行性型）及非炎症性对照的脑脊液细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 流式细胞术、单细胞转录组学、ELISA | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、ELISA数据 | 回顾性流式细胞术：299例（169例RRMS，56例PMS，74例对照）；前瞻性单细胞转录组学：35人（11例对照，12例RRMS，12例PMS）；额外阿尔茨海默病对照数据来自公开数据集 | NA | 单细胞RNA-seq、流式细胞术 | NA | NA |
| 357 | 2026-05-19 |
A Spatial Atlas of Muscle-Invasive Bladder Cancer Reveals Lineage-Specific Vulnerabilities and Immune Architecture
2026-May-13, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-26-0099
PMID:42126225
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学、批量RNA和全外显子测序数据，构建了肌层浸润性膀胱癌的空间图谱，揭示了肿瘤内部的管腔-基底轴、谱系特异性脆弱性和免疫结构 | 首次通过空间转录组学揭示MIBC肿瘤内连续有序的管腔-基底轴及其与染色体不稳定性、转录可塑性和治疗敏感性的关联 | 未提及，可能包括样本量限制和空间转录组技术的分辨率局限性 | 构建肌层浸润性膀胱癌的空间图谱，以理解其谱系状态、免疫结构和治疗脆弱性 | 22个肌层浸润性膀胱癌肿瘤样本 | 计算病理学 | 膀胱癌 | 空间转录组学、批量RNA测序、全外显子测序 | NA | 空间基因表达数据、RNA测序数据、全外显子测序数据 | 22个肿瘤样本（空间转录组学），超过3000个肿瘤样本（泛队列分析） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 358 | 2026-05-19 |
Maternal immune activation perturbs the brain epitranscriptome
2026-May-12, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2026.106804
PMID:42128069
|
研究论文 | 本研究揭示了母体免疫激活如何扰动大脑表观转录组，并鉴定出脱甲基酶FTO可作为改善MIA后代行为表型的治疗靶点 | 首次通过空间转录组学和直接RNA测序技术，系统地描述了发育中小鼠大脑中表观转录组调控因子的细胞类型和脑区特异性分布，并阐明了MIA如何改变大脑表观转录组图谱 | 未明确提及研究限制 | 阐明母体免疫激活导致的RNA代谢紊乱的精确机制，并寻找潜在治疗靶点 | 母体免疫激活小鼠模型及其后代 | 机器学习, 数字病理学 | 神经发育障碍 | 空间转录组学, 直接RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 直接RNA测序数据 | 使用MIA小鼠模型及其后代，具体样本量未说明 | NA | 空间转录组学, 直接RNA测序 | NA | NA |
| 359 | 2026-05-19 |
A Perturb-seq screen guided by species divergence uncovers pathways for collateral artery formation
2026-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.29.721711
PMID:42146601
|
研究论文 | 通过物种分化引导的 Perturb-seq 筛选，揭示侧支动脉形成的通路 | 结合豚鼠和小鼠的单细胞 RNA 测序数据，开发 Perturb-seq 平台以发现调控动脉内皮细胞特化的基因，并识别出抑制侧支动脉形成的通路 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，结果在人类中的适用性尚需验证 | 探索侧支动脉形成的发育机制，鉴定能够促进其生长的治疗靶点 | 豚鼠和小鼠的组织内皮细胞，特别是与侧支动脉发育相关的基因表达模式 | 机器学习, 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞 RNA 测序, Perturb-seq | NA | 基因表达数据 | 来自豚鼠和小鼠组织的内皮细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞 RNA 测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞 3' 测序平台 |
| 360 | 2026-05-19 |
BART-spatial unravels biologically significant transcriptional regulators from spatial omics data
2026-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.05.723027
PMID:42146333
|
研究论文 | 提出BART-spatial方法，从空间组学数据中推断有生物学意义的转录调控因子 | 首次整合空间变异性和伪时间信息与公开的转录调控因子结合图谱，从空间组学数据中推断功能性转录调控因子，而传统方法主要针对非空间单细胞数据且忽略空间异质性 | 对转录调控因子低表达的处理仍有限制，且依赖公开的结合图谱可能覆盖不全 | 开发一种计算方法用于从空间组学数据中识别活性转录调控因子 | 空间转录组和空间表观基因组数据中的转录调控因子 | 机器学习 | NA | 空间转录组学、空间表观基因组学 | BART（结合分析预测调控） | 空间组学数据 | 多个空间数据集，来自不同平台 | 10x Genomics, Atera | 空间转录组学, 空间表观基因组学 | 10x Visium, Visium HD, Atera, spatial RNA-ATAC-seq | 10x Visium, Visium HD, Atera平台和空间RNA-ATAC-seq技术 |