单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-07-06	Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement 2025-May, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-025-01581-3 PMID:39893595	研究论文	研究机械转导对正畸牙齿移动过程中牙周韧带基因表达变化的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了Mkx在牙周韧带中的表达及其在机械刺激下的功能	研究主要基于大鼠模型，人类样本数据较少	探讨Mkx在牙周韧带机械转导中的作用及其对骨重塑的影响	大鼠和人类牙周韧带细胞	分子生物学	牙科疾病	单细胞RNA测序, RT-qPCR	NA	基因表达数据	野生型大鼠牙周韧带细胞及人类牙周韧带细胞
342	2025-07-06	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5977005/v1 PMID:39989953	research paper	该研究评估了基因型分型去复用方法在单核多组学测序实验中的表现，特别是在存在环境RNA/DNA污染的情况下	开发了ambisim，一种能够灵活控制环境分子比例并生成真实联合snRNA/snATAC数据的基因型感知读取水平模拟器	研究主要基于模拟数据，虽然也应用于两个真实数据集，但样本量可能有限	评估和改进单核多组学测序实验中的样本去复用方法	单核RNA测序(snRNA-seq)和单核ATAC测序(snATAC-seq)数据	生物信息学	NA	单核多组学测序(snRNA/snATAC assays)	NA	基因组测序数据	两个真实的联合snRNA/snATAC数据集
343	2025-07-06	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.06.636969 PMID:39975005	research paper	本文评估了在单核多组学测序实验中环境污染物对基于基因型的去复用方法的影响，并开发了一个新的模拟器ambisim来模拟环境分子比例	开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成真实的联合snRNA/snATAC数据	研究主要基于模拟数据，实际数据验证有限	评估环境污染物对单核多组学测序实验中去复用方法的影响	单核多组学测序数据，特别是snATAC-seq和联合snRNA/snATAC实验	生物信息学	NA	单核多组学测序，snATAC-seq，snRNA-seq	NA	测序数据	两个联合snRNA/snATAC数据集
344	2025-07-06	Identification of prognostic biomarkers related to epithelial-mesenchymal transition and anoikis in hepatocellular carcinoma using transcriptomics and single-cell sequencing 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1600546 PMID:40612108	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞测序技术，探索了上皮-间质转化（EMT）和失巢凋亡相关基因在肝细胞癌（HCC）中的作用，并鉴定了五个预后生物标志物	首次结合EMT和失巢凋亡相关基因，利用单细胞RNA测序和多种生物信息学分析方法，鉴定了五个新的HCC预后生物标志物	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源有限（主要依赖公共数据库）	探索EMT和失巢凋亡相关基因在HCC中的作用机制并寻找预后生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者样本	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序, RT-qPCR, WGCNA	风险评分模型, 列线图	转录组数据, 单细胞测序数据	TCGA-HCC、ICGC-LIPI-JP和GSE149614数据集中的HCC样本
345	2025-07-06	Recent advances in biomarker detection of oral squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1597086 PMID:40612351	综述	本文全面探讨和评估了口腔鳞状细胞癌生物标志物检测的前沿技术及其未来发展潜力	综述了包括单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感器技术和人工智能等新兴技术在生物标志物检测中的应用	存在临床验证缺口、高实施成本和分析复杂性等可扩展性障碍	提高口腔鳞状细胞癌的早期检测率，改善患者预后和生活质量	口腔鳞状细胞癌的生物标志物	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感器技术、人工智能	NA	NA	NA
346	2025-07-06	A novel, rapid, and practical prognostic model for sepsis patients based on dysregulated immune cell lactylation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1625311 PMID:40612938	研究论文	本研究基于免疫细胞乳酸化修饰失调，开发了一种新型、快速且实用的脓毒症患者预后模型	首次系统揭示了乳酸化修饰在脓毒症进展中的动态变化模式，并构建了首个基于乳酸化相关枢纽基因的预后预测模型	模型验证仅采用单中心前瞻性队列（N=51），需要更大规模多中心研究进一步验证	探索脓毒症进程中乳酸化修饰的动态变化并开发预后预测模型	脓毒症患者的血液转录组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序、机器学习算法、伪时间轨迹重建	基于k-means聚类和机器学习算法的预后模型	转录组数据	训练队列未明确样本量，验证队列包含51例脓毒症患者
347	2025-07-06	Applications and Prospects of Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics in Cervical Cancer 2025, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/bmri/1532745 PMID:40612935	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在宫颈癌研究中的最新进展及其应用前景	探讨了scRNA-seq和ST技术在揭示宫颈癌异质性、肿瘤微环境、肿瘤进化轨迹及治疗抗性机制方面的创新应用	未提及具体实验数据或样本量的限制	旨在通过scRNA-seq和ST技术更深入地理解宫颈癌的异质性和肿瘤微环境，以开发更有效的治疗和预防策略	宫颈癌（CC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
348	2025-07-06	Bridging aging, immunity, and atherosclerosis: novel insights into senescence-related genes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557266 PMID:40612944	研究论文	该研究通过RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，识别了与衰老相关的基因作为动脉粥样硬化的生物标志物，并探讨了这些基因在免疫细胞浸润和巨噬细胞分化中的作用	首次结合多种机器学习算法（LASSO、SVM和RF）筛选衰老相关基因，并通过单细胞RNA测序构建AS斑块的细胞图谱，揭示了衰老血管细胞与巨噬细胞的互作机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，人类样本的临床验证不足	探索衰老相关基因在动脉粥样硬化中的作用及其作为诊断标志物的潜力	人类组织RNA测序数据和小鼠主动脉斑块	生物信息学	心血管疾病	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光	LASSO、SVM、RF	RNA测序数据、单细胞数据	未明确说明人类样本数量，使用ApoE-/- AS小鼠模型
349	2025-07-06	Single-cell atlas of human skin implicates APOE pro-inflammatory signaling in diabetic foot ulcers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1591944 PMID:40612951	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究糖尿病足溃疡(DFU)患者皮肤组织中APOE+成纤维细胞的作用及其与疾病进展的关联	首次在DFU患者中鉴定出APOE过表达的成纤维细胞亚群，并揭示其在糖尿病发生和发展中的潜在作用	研究样本量未明确说明，且体外实验结果需要在体内进一步验证	探究糖尿病足溃疡的分子机制和潜在治疗靶点	人类皮肤组织中的成纤维细胞	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学染色, 体外实验	NA	RNA测序数据, 图像数据	NA
350	2025-07-06	Biallelic variants in POPDC2 cause a novel autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and variable hypertrophic cardiomyopathy 2024-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.04.24309755 PMID:39006410	研究论文	研究发现POPDC2基因的双等位基因变异会导致一种新型常染色体隐性遗传综合征，表现为心脏传导缺陷和可变性肥厚型心肌病	首次将POPDC2基因的双等位基因变异与人类心脏传导缺陷和肥厚型心肌病联系起来，并揭示了其分子机制	患者肌肉活检未显示明显的肌病，且样本量较小（4个家族）	探究POPDC2基因变异与心脏传导缺陷和肥厚型心肌病的关联	4个携带POPDC2双等位基因变异的家族	遗传学	心血管疾病	同源建模、电生理研究、单细胞RNA测序	NA	遗传数据、电生理数据、RNA测序数据	4个家族（具体人数未明确）和超过100万人的群体遗传数据
351	2025-07-06	Identification of a novel de novo mutation in SOX4 for syndromic tooth agenesis 2024-04-30, Clinical oral investigations IF:3.1Q1 DOI:10.1007/s00784-024-05659-6 PMID:38684576	研究论文	本研究通过全外显子测序等技术，鉴定了一个与Coffin-Siris综合征（CSS）患者牙齿发育不全相关的新SOX4突变，并探索了其潜在的调控机制	首次报告了SOX4错义突变导致综合征性牙齿发育不全，并验证了Sox4在小鼠牙齿发育过程中的高表达及其在牙齿发育通路中的核心作用	研究仅针对一名中国CSS患者，样本量较小，且未进行功能实验验证突变的具体机制	鉴定CSS患者牙齿发育不全的致病突变并探索其调控机制	Coffin-Siris综合征（CSS）患者和小鼠牙齿发育过程	遗传学	Coffin-Siris综合征	全外显子测序、Sanger验证、单细胞RNA测序、荧光原位杂交（FISH）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	基因组数据、RNA测序数据	一名中国CSS患者和小鼠牙齿发育样本
352	2025-07-05	Microglial intervention in ischemic stroke: Roles and intervention strategies 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01166 PMID:39995094	综述	本文综述了小胶质细胞在缺血性卒中中的双重作用及其潜在干预策略	探讨了小胶质细胞动态激活和极化状态对卒中疾病进程的影响，并提出了多种实验性治疗方法和潜在治疗剂	NA	研究小胶质细胞在缺血性卒中中的作用及干预策略	小胶质细胞及其在缺血性卒中中的动态功能状态	神经科学	缺血性卒中	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
353	2025-07-05	Blood-brain barrier disruption and neuroinflammation in the hippocampus of a cardiac arrest porcine model: Single-cell RNA sequencing analysis 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01269 PMID:40146000	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究心脏骤停猪模型中血脑屏障破坏和海马神经炎症的细胞和分子机制	首次使用单细胞转录组分析揭示心脏骤停后海马区的细胞亚群变化、细胞通讯网络及分子机制，特别是发现了一组表达S100A8的活化小胶质细胞亚群	研究仅关注心脏骤停后6和24小时的时间点，未涵盖更长的恢复期	探索心脏骤停后脑损伤的细胞和分子机制，为神经保护和修复提供新靶点	心室颤动诱导心脏骤停的猪模型海马组织	神经科学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Western blotting、qRT-PCR、免疫荧光染色	猪心脏骤停模型	单细胞转录组数据	心脏骤停后6和24小时以及假手术对照猪的海马组织
354	2025-07-05	A single-cell landscape of the regenerating spinal cord of zebrafish 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01163 PMID:40326988	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了斑马鱼脊髓损伤后再生过程中的细胞和分子机制	首次在单细胞水平上解析了斑马鱼脊髓再生过程中不同细胞群体的动态变化和分子特征	研究仅聚焦于斑马鱼模型，结果向哺乳动物转化的适用性尚需进一步验证	探索斑马鱼脊髓再生的细胞和分子机制	斑马鱼脊髓损伤模型	再生医学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同损伤阶段的斑马鱼脊髓细胞群体
355	2025-07-05	Uncovering common transcriptional features shared by mature peripheral blood PMN-MDSCs and tumor-infiltrating neutrophils in humans 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2521396 PMID:40590753	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类外周血中的成熟PMN-MDSCs与肿瘤浸润中性粒细胞在转录特征上的相似性	首次通过scRNA-seq技术鉴定了PMN-MDSCs和TANs共有的转录特征，揭示了它们在免疫抑制和促肿瘤特性上的相似性	研究样本主要来自非小细胞肺癌患者和G-CSF治疗供体，可能限制了结果的普适性	探索人类循环系统中的mPMN-MDSCs与肿瘤相关中性粒细胞之间的转录相似性	人类外周血中的成熟PMN-MDSCs和肿瘤相关中性粒细胞(TANs)	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	来自NSCLC患者和G-CSF治疗供体的mPMN-MDSCs样本
356	2025-07-05	Single-cell transcriptomic profiling of the whole colony of Botrylloides diegensis: insights into tissue specialization and blastogenesis 2025-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204265 PMID:40406997	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对Botrylloides diegensis整个群体进行了转录组分析，揭示了细胞异质性并鉴定了细胞和组织标记物	首次对Botrylloides diegensis整个群体进行单细胞转录组测序，鉴定了29个主要细胞簇，并揭示了组织特化和发育轨迹	研究仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	理解Botrylloides diegensis的发育、组织功能和再生机制	Botrylloides diegensis群体的所有细胞（包括个体、芽体和血管被膜）	发育生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	一个完整的Botrylloides diegensis群体（包含多种细胞类型）
357	2025-07-05	Single-cell landscape of immunological responses in patients with juvenile idiopathic arthritis 2025-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101577 PMID:40605976	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究青少年特发性关节炎（JIA）患者免疫细胞的异质性及其功能变化	揭示了JIA患者中干扰素和急性炎症反应的紊乱，特别是在系统性JIA（sJIA）患者中更为显著，并识别了sJIA中独特的配体-受体对	样本量较小（14名JIA患者和4名健康个体），可能影响结果的普遍性	理解JIA患者免疫系统的细胞异质性及其功能变化	青少年特发性关节炎（JIA）患者和健康个体的外周血免疫细胞	生物医学研究	青少年特发性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	14名JIA患者和4名健康个体的外周血样本
358	2025-07-05	Blood and urine-based biomarkers in prostate cancer: Current advances, clinical applications, and future directions 2025-Sep, The journal of liquid biopsy DOI:10.1016/j.jlb.2025.100305 PMID:40606769	综述	本文全面概述了前列腺癌（PCa）当前和新兴的诊断、预后和预测生物标志物，强调了它们的临床应用和未来前景	介绍了新兴技术如机器学习和单细胞组学在生物标志物发现中的应用，以及人工智能驱动模型在预测复发和治疗反应中的潜力	尽管介绍了多种生物标志物，但部分新兴技术如单细胞RNA测序和空间转录组学在临床实践中的应用仍处于探索阶段	探索前列腺癌更准确的生物标志物，以提高早期检测、个性化治疗和监测的能力	前列腺癌（PCa）患者	数字病理学	前列腺癌	液体活检（ctDNA和CTCs）、单细胞RNA测序、空间转录组学	人工智能驱动模型（如复制压力特征RSS）	血液和尿液样本	NA
359	2025-07-05	Scalable inference of transcriptional variability with BASiCS 2025-Aug-21, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2025.112157 PMID:40479909	研究论文	本文介绍了一种扩展的BASiCS模型，用于单细胞RNA测序数据的可扩展贝叶斯推断	提出了一种分治推理方案，使BASiCS能够处理大规模数据集，并在准确性和可扩展性上优于标准MCMC和变分推理方法	未提及该方法在特定生物场景或复杂细胞类型中的适用性限制	开发可扩展的贝叶斯推断方法用于单细胞RNA测序数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	BASiCS（贝叶斯层次模型）	基因表达数据	未明确提及具体样本量，但针对大规模数据集
360	2025-07-05	Cellular Landscape of Synovial Chondromatosis Synovium Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500034RR PMID:40600952	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示滑膜软骨瘤病滑膜的细胞景观	首次使用单细胞RNA测序技术全面描绘了滑膜软骨瘤病（SC）的细胞组成和转录特征，发现了新的成纤维细胞亚群和巨噬细胞表型转变，以及增殖性免疫细胞群体的动态变化	研究样本量可能有限，且功能验证实验尚未进行	解析滑膜软骨瘤病的细胞基础和病理机制	健康个体和滑膜软骨瘤病患者的滑膜组织	单细胞测序	滑膜软骨瘤病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康个体和SC患者的滑膜组织（具体数量未明确说明）