单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-07-19	A review of spatial transcriptomics in psoriasis: new insights into cellular contributions 2025-Aug, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2025.102585 PMID:40505496	review	综述了空间转录组学在银屑病研究中的应用及其对细胞贡献的新见解	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了银屑病中特定细胞群、失调通路及组织微环境的新见解	NA	探讨空间转录组学如何帮助更好地理解银屑病及其相关细胞类型	银屑病中的细胞群和组织微环境	digital pathology	psoriasis	spatial transcriptomics (ST), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	gene expression data	NA
342	2025-07-19	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase protects from experimental acute kidney injury 2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00138.2025 PMID:40602784	研究论文	本文研究了甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）在小鼠急性肾损伤（AKI）模型中的保护作用及其潜在治疗靶点	首次揭示了MTAP抑制在AKI中的保护作用，并通过转录组学和单细胞RNA测序数据验证了其在损伤反应中的调节作用	研究仅基于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，尚未进行临床试验验证	探索MTAP在急性肾损伤中的潜在治疗作用	小鼠模型和人类肾脏细胞	生物医学	急性肾损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类肾脏活检样本
343	2025-07-19	Kidney organoids demonstrate that PTH1R drives a cystogenic cAMP-pPKA-pCREB axis in developmental polycystic kidney disease 2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00056.2025 PMID:40602764	研究论文	利用人类多能干细胞衍生的肾脏类器官研究发育性多囊肾病的致病机制，并发现PTH1R作为潜在治疗靶点	首次揭示PTH1R作为G蛋白偶联受体在发育性多囊肾病中驱动囊肿形成的信号级联机制	研究主要基于体外类器官模型，尚未在完整生物体内验证	探索发育性多囊肾病的致病机制并寻找新的治疗靶点	人类诱导多能干细胞衍生的ARPKD类器官、野生型类器官、人类ARPKD组织	干细胞与疾病建模	多囊肾病	单细胞RNA测序、靶向机制研究	肾脏类器官模型	基因表达数据、组织学数据	未明确说明具体样本数量，涉及多种样本类型（类器官、人类组织）
344	2025-07-19	Timp2-modified gelatinhydroxyphenylpropionic acid hydrogels reverse enhanced scleral recovery and suppress myopia development in mice 2025-Aug, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101942 PMID:40677403	研究论文	研究探讨了一种新型的治疗形觉剥夺性近视(FDM)的策略，即使用Timp2修饰的巩膜干细胞(SSC)嵌入明胶-羟基苯丙酸(Gtn-HPA)水凝胶中	通过转录组和单细胞RNA测序分析确定Timp2在FDM进展中的关键作用，并开发了具有优异生物相容性、快速凝胶化和降解特性的SSC-Gtn-HPA水凝胶复合材料	NA	探索一种通过增强巩膜恢复来治疗近视的新型治疗方法	形觉剥夺性近视(FDM)小鼠模型和人巩膜成纤维细胞(HSF)	生物医学工程	近视	转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞行为数据	NA
345	2025-07-19	Single-cell analysis of mature hepatocytes reveals an IRF1-driven restriction of HDV infection 2025-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101429 PMID:40677689	研究论文	通过单细胞RNA测序分析成熟肝细胞，揭示了IRF1驱动的HDV感染限制机制	首次在单细胞水平上揭示了IRF1作为HDV感染的限制因子，并阐明了其抗病毒机制	研究主要基于体外培养的肝细胞样细胞(HLCs)模型，可能与体内真实情况存在差异	探究成熟肝细胞中HDV感染的宿主限制因素	干细胞衍生的肝细胞样细胞(HLCs)和肝癌细胞系	病毒学	肝炎(HDV感染)	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用了对照组和HDV感染的HLCs
346	2025-07-19	cDC1s Promote Atherosclerosis via Local Immunity and Are Targetable for Therapy 2025-Jul-18, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325792 PMID:40444360	研究论文	本研究揭示了传统1型树突状细胞（cDC1s）通过促进局部免疫反应在动脉粥样硬化中的作用，并探索了针对cDC1s的免疫治疗策略	首次明确了cDC1s通过STING依赖的机制促进动脉粥样硬化，并开发了靶向cDC1s的纳米颗粒免疫治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证	阐明cDC1s在动脉粥样硬化发展中的作用机制并开发靶向治疗策略	Ldlr-/-小鼠模型中的cDC1s和T细胞亚群	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、纳米颗粒靶向递送技术	小鼠动脉粥样硬化模型（Ldlr-/-）	基因表达数据、流式细胞数据	多种基因修饰小鼠模型（Xcr1Cre-DTA、Irf8Δ32等）
347	2025-07-19	Tryptamine Metabolism and Functionalization in Gut Commensal Bacteria Expand Human Tryptamine Signaling Responses 2025-Jul-18, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.5c00313 PMID:40577169	研究论文	研究肠道共生细菌中色胺代谢和功能化对人类色胺信号反应的影响	发现了两种以前未表征的代谢物，并揭示了它们在激活人类GPCRs和抑制炎症酶方面的功能	研究仅基于体外和小鼠模型，未涉及人体临床试验	探索肠道微生物分泌的小分子对人类生理的影响	人类粪便来源的细菌培养物和小鼠肠道组织	微生物学	NA	生物活性辅助分离、单细胞RNA测序	NA	化学分析数据、RNA测序数据	人类粪便来源的细菌培养物和小鼠肠道组织
348	2025-07-19	Integrating bulk and single cell sequencing data to identify prognostic biomarkers and drug candidates in HBV associated hepatocellular carcinoma 2025-Jul-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10876-4 PMID:40676059	研究论文	本研究通过整合批量测序和单细胞测序数据，识别了HBV相关肝细胞癌的预后生物标志物和潜在药物候选物	结合101种机器学习模型的平均C指数，开发了最优模型组合，并识别了SPP1、GHR和ESR1作为有潜力的药物靶点	研究样本量有限，仅分析了53个免疫相关关键基因	探索HBV相关肝细胞癌的发病机制及其与免疫系统的相互作用	HBV相关肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	批量测序、单细胞测序(ScRNA-seq)	逐步Cox回归(forward)、RSF	基因表达数据	53个免疫相关关键基因
349	2025-07-19	Identification of a fibroblast-derived gene signature reveals prognostic and therapeutic insights in pancreatic cancer 2025-Jul-18, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01801-0 PMID:40676405	研究论文	本研究基于成纤维细胞特异性基因特征开发了一个预后模型，并识别了可能作为治疗靶点的关键基因	开发了一个包含14个关键基因的成纤维细胞相关预后特征，能有效预测PDAC患者的预后和治疗反应	研究结果需要进一步在更大规模的临床队列中进行验证	开发胰腺导管腺癌(PDAC)的预后模型并识别潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌(PDAC)患者及其癌旁正常组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高维加权基因共表达网络分析, LASSO Cox回归	预后模型	基因表达数据	多个PDAC患者队列(具体数量未明确说明)
350	2025-07-19	GeneSurfer enables transcriptome-wide exploration and annotation of gene co-expression modules in 3D spatial transcriptomics data 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112713 PMID:40678514	研究论文	介绍GeneSurfer，一个用于在3D空间转录组数据中探索和注释基因共表达模块的交互式工具	GeneSurfer提供了在3D空间领域内探索局部转录组范围内基因共表达模式的交互式界面，支持基因过滤、聚类、3D渲染和Gene Ontology注释	未明确提及具体限制	开发工具以探索大规模数据集中的局部基因共表达模式	3D空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用Allen Brain Cell Atlas的数据，未明确提及具体样本数量
351	2025-07-19	Single-cell RNA sequencing reveals hemocyte heterogeneity, differentiation trajectories, and viral tropism in shrimp (Macrobrachium rosenbergii) infected with decapodiridovirus litopenaeus1 2025-Jul-18, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00790-25 PMID:40679295	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了罗氏沼虾在感染十足目虹彩病毒1（DIV1）后血细胞的异质性、分化轨迹和病毒趋向性	首次在单细胞分辨率下构建了DIV1感染下虾血细胞的转录图谱，揭示了血细胞的转录异质性、分化轨迹和免疫应答	NA	研究虾在DIV1病毒感染下的免疫反应机制	罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）的血细胞	基因组学	十足目虹彩病毒1（DIV1）感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
352	2025-07-19	Identification of biomarkers for Laryngeal squamous cell carcinoma through Mendelian randomization and integrated bioinformatics analysis 2025-Jul-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03114-w PMID:40679719	研究论文	通过孟德尔随机化和整合生物信息学分析识别喉鳞状细胞癌的生物标志物	整合多组学数据，全面分析泛凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌预后中的作用，并构建了一个具有临床预测价值的风险模型	样本量相对有限，且仅基于公共数据库数据，未进行大规模临床验证	识别喉鳞状细胞癌的生物标志物并构建预后模型	喉鳞状细胞癌患者的多组学数据	生物信息学	喉鳞状细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, CNV分析, 差异表达分析, GO/KEGG/Metascape富集分析, Lasso-Cox方法, CIBERSORT算法, oncoPredict药物敏感性分析	Lasso-Cox风险模型	RNA-seq数据, scRNA-seq数据, CNV数据	训练集: 114例LSCC样本和12例正常样本；验证集: 270例LSCC样本；scRNA-seq数据: 2例LSCC样本
353	2025-07-19	Multi-omic spatial profiling reveals the unique SARS-CoV-2 lung microenvironment and collagen VI as a predictive biomarker in severe COVID-19 2025-Jul-17, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01699-2023 PMID:40473310	研究论文	通过多组学空间分析揭示SARS-CoV-2肺部微环境的独特性及胶原VI作为重症COVID-19预测生物标志物的作用	首次采用多组学方法综合分析了COVID-19肺部组织的免疫反应和细胞外基质的作用，发现胶原VI的上调与疾病严重程度相关	研究主要基于死后肺组织样本，可能无法完全反映疾病早期动态变化	理解COVID-19肺部微环境相互作用及细胞外基质的致病作用	COVID-19患者和非呼吸系统疾病对照者的死后肺组织及血清样本	数字病理学	COVID-19	Quantseq Bulk RNA测序、Nanostring GeoMX空间转录组学、RNAscope、多重免疫荧光、免疫组化、ELISA	NA	组织样本、血清样本	215名COVID-19患者和54名健康志愿者的血清样本，以及未明确数量的死后肺组织样本
354	2025-07-19	Pericytes change function depending on glioblastoma vicinity: emphasis on immune regulation 2025-Jul-17, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70095 PMID:40674254	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（MCs）的转录组特征，揭示了其在肿瘤不同区域的异质性功能变化	首次揭示了胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（MCs）的空间转录异质性及其与免疫细胞相互作用的动态变化	研究主要基于小鼠和人类样本的体外分析，需要进一步体内实验验证	探究胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（MCs）的功能变化及其与免疫细胞的相互作用	胶质母细胞瘤微环境中的壁细胞（MCs）和免疫细胞	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠和人类胶质母细胞瘤样本
355	2025-07-19	A multi-omic analysis to investigate the causal associations between circulating proteins and risk of spontaneous abortion and their potential implications 2025-Jul-17, JBRA assisted reproduction DOI:10.5935/1518-0557.20250031 PMID:40674570	研究论文	通过多组学分析研究循环蛋白与自然流产风险之间的因果关系及其潜在影响	利用孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，识别与自然流产风险相关的遗传变异及其分子机制	排除了性别间表达差异的蛋白，可能遗漏部分相关蛋白	探究自然流产的遗传基础和潜在治疗靶点	循环蛋白和自然流产风险	生物信息学	自然流产	孟德尔随机化、KEGG通路富集、单细胞转录组学	NA	蛋白质组学数据、单细胞转录组数据	NA
356	2025-07-19	Integrated spatial and single-cell transcriptomics reveal PAK kinase as a therapeutic target in fibroblastic foci and dense fibrosis of IPF 2025-Jul-17, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00022-2025 PMID:40675771	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了PAK激酶作为特发性肺纤维化（IPF）中纤维化灶和致密纤维化的治疗靶点	发现了一种新型肌成纤维细胞群体（++肌成纤维细胞），并揭示了PAK2在纤维化区域的激活及其在纤维化进展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类IPF患者的临床验证尚需进一步研究	探索IPF中纤维化灶和致密纤维化的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织和小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	IPF患者的肺组织样本和博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型
357	2025-07-19	Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC 2025-Jul-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61034-3 PMID:40675986	研究论文	该研究通过整合空间组学技术，揭示了非裔美国人和白人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞微环境和免疫抑制机制	首次结合成像质谱流式和空间转录组学，系统比较了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境差异	样本来源仅限于自我报告的非裔美国人和白人患者，未考虑其他种族群体	探究三阴性乳腺癌临床结局种族差异的生物学机制	自我报告的非裔美国人(BA)和白人(WA)三阴性乳腺癌患者	空间组学	三阴性乳腺癌(TNBC)	成像质谱流式(IMC)和空间转录组学	NA	空间多组学数据	未明确说明具体样本量（BA和WA TNBC患者组织样本）
358	2025-07-19	Modeling tumor relapse using proliferation tracing and ablation transgenic mouse 2025-Jul-17, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-025-00792-1 PMID:40675988	研究论文	该研究利用增殖追踪和消融转基因小鼠模型模拟肿瘤复发，并通过单细胞RNA测序比较原发和复发肿瘤的生态系统	采用双重组酶介导的遗传系统追踪和消增增殖细胞，模拟化疗效果，并通过scRNA-seq揭示复发肿瘤的细胞组成变化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	开发能准确反映肿瘤复发的临床前动物模型，并研究复发肿瘤的细胞和分子特征	PyMT诱导的自发性小鼠乳腺癌模型	肿瘤生物学	乳腺癌	双重组酶介导的遗传系统，scRNA-seq	转基因小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及原发和复发PyMT肿瘤的比较
359	2025-07-19	The role of UBR2 in triple-negative breast cancer and its implications for immune checkpoint blockade therapy 2025-Jul-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03153-3 PMID:40676335	研究论文	探讨UBR2在三阴性乳腺癌(TNBC)中的作用及其对免疫检查点阻断治疗的影响	首次揭示UBR2在TNBC中通过调控PD-L1表达建立免疫抑制微环境的作用机制，并筛选出靶向UBR2功能域的小分子抑制剂	研究主要基于体外实验和数据库分析，临床样本验证有待加强	阐明UBR2在TNBC免疫逃逸中的作用并开发联合免疫治疗新策略	三阴性乳腺癌细胞系和患者样本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, Western blotting	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	来自GEO和TCGA数据库的TNBC患者队列
360	2025-07-19	The impact of neddylation on prognosis in the immune microenvironment of neuroblastoma: a single-cell transcriptomic analysis 2025-Jul-17, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-025-09662-1 PMID:40676385	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了neddylation在神经母细胞瘤免疫微环境中对预后的影响，并建立了一个neddylation相关的预后标志物（NRPS）	首次在神经母细胞瘤中建立了neddylation相关的预后标志物，并通过单细胞RNA测序揭示了不同细胞类型中neddylation评分的差异	研究样本量有限，且未进行实验验证	评估neddylation在神经母细胞瘤预后中的作用，并建立相关的预后标志物	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）	NA	基因表达数据	171,992个细胞分为19个不同的簇