单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-05-21	Spatial transcriptomics reveals substantial heterogeneity in triple-negative breast cancer with potential clinical implications 2024-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54145-w PMID:39592577	研究论文	利用空间转录组学技术研究三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤组织结构和细胞组成，揭示其高度异质性及潜在的临床意义	首次通过空间转录组学全面解析TNBC肿瘤微环境的空间组织特征，并发现与疾病预后和免疫治疗反应相关的基因特征及九种空间原型	样本量相对有限（92例患者），且空间转录组学技术本身可能存在分辨率限制	探索三阴性乳腺癌的肿瘤空间异质性及其临床相关性	92例三阴性乳腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	三阴性乳腺癌	空间转录组学	逐步聚类分析	空间转录组数据	92例患者肿瘤样本
342	2025-05-21	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-11-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54581-8 PMID:39580490	研究论文	本文介绍了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究金黄色葡萄球菌在生物膜生长过程中的多样性及免疫细胞暴露后的转录适应	开发了BaSSSh-seq方法，能够在单细胞分辨率下捕捉生物膜转录异质性及对不同免疫压力的差异反应	NA	探索生物膜动态及其对环境信号和免疫压力的适应机制	金黄色葡萄球菌生物膜	微生物学	细菌感染	单细胞RNA测序(BaSSSh-seq)	NA	RNA-seq数据	NA
343	2025-05-21	Single-cell transcriptomics unveils molecular signatures of neuronal vulnerability in a mouse model of prion disease that overlap with Alzheimer's disease 2024-11-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54579-2 PMID:39580485	研究论文	利用单细胞转录组学揭示朊病毒疾病小鼠模型中神经元脆弱性的分子特征，并与阿尔茨海默病有重叠	首次在朊病毒疾病模型中应用单细胞转录组学技术识别脆弱神经元亚群，并发现与阿尔茨海默病共享的脆弱性相关转录本	研究仅使用雌性小鼠模型，未验证其他性别或物种的适用性	探究特定神经元对错误折叠蛋白导致的功能障碍和死亡更敏感的原因	朊病毒感染雌性小鼠的活体神经元	神经科学	神经退行性疾病/朊病毒疾病/阿尔茨海默病	单细胞转录组学	小鼠朊病毒疾病模型	基因表达数据	未明确说明数量的朊病毒感染雌性小鼠神经元样本
344	2025-05-21	Immunotherapy that improves response to chemotherapy in high-grade serous ovarian cancer 2024-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54295-x PMID:39578450	研究论文	通过单细胞RNA测序分析高级别浆液性卵巢癌中的肿瘤浸润免疫细胞，发现可增强新辅助化疗反应的潜在靶点	发现并验证了STAB1和FOXP3作为增强化疗反应的潜在靶点，并在小鼠模型中验证了靶向这些分子的治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索提高高级别浆液性卵巢癌对新辅助化疗反应的新方法	高级别浆液性卵巢癌患者和小鼠模型中的肿瘤浸润免疫细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	单细胞转录组数据	64,097个患者细胞和69,781个小鼠模型细胞
345	2025-05-21	Lenalidomide-induced pure red cell aplasia is associated with elevated expression of MHC-I molecules on erythrocytes 2024-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54571-w PMID:39578482	研究论文	该研究探讨了来那度胺在多发性骨髓瘤治疗中引起的纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）的机制	发现来那度胺通过增加红细胞上MHC-I分子的表达，激活CD8 T细胞，从而抑制红细胞生成	研究仅基于一个病例，需要更多样本验证	探究来那度胺诱导PRCA的分子机制	多发性骨髓瘤患者	血液病学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	1例多发性骨髓瘤患者
346	2025-05-21	A developmental biliary lineage program cooperates with Wnt activation to promote cell proliferation in hepatoblastoma 2024-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53802-4 PMID:39567523	研究论文	本研究利用组织学引导和空间转录组学技术，探讨了肝母细胞瘤中发育胆道谱系程序与Wnt激活协同促进细胞增殖的机制	揭示了胚胎胆道转录因子SOX4和生长因子FGF19在肝母细胞瘤增殖异质性中的关键作用，提出了一种非遗传性肿瘤演化机制	研究主要基于体外肿瘤模型，可能无法完全反映体内肿瘤微环境的复杂性	阐明肝母细胞瘤中细胞增殖异质性的分子机制	肝母细胞瘤组织和患者来源的肿瘤类器官	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	空间转录组学	肿瘤类器官模型	转录组数据	NA
347	2025-05-21	Subcellular Level Spatial Transcriptomics with PHOTON 2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.10.612328 PMID:39314454	研究论文	本文介绍了一种名为PHOTON的高分辨率空间转录组学方法，用于在亚细胞水平上分析RNA的分布	PHOTON结合了高分辨率成像与高通量测序技术，实现了亚细胞分辨率的空间转录组分析，并揭示了mRNA中mA修饰对压力颗粒分区的功能作用	NA	开发一种能够在亚细胞水平上分析RNA空间分布的方法，以增进对RNA功能与调控的理解	RNA在亚细胞结构（如核仁和压力颗粒）中的分布	空间转录组学	NA	高通量测序，高分辨率成像	NA	RNA测序数据，图像数据	特定细胞类型（如卵巢中的颗粒细胞）及亚细胞结构（如核仁和压力颗粒）
348	2025-05-21	Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination 2024-09-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.016 PMID:38848718	研究论文	本研究利用Stereo-seq和scRNA-seq技术，结合深度学习细胞分割模型，解析了水稻种子萌发过程中胚胎细胞的时空转录组图谱	发现了两种未报道的盾片细胞类型，并揭示了不同胚胎细胞类型在种子萌发过程中的基因表达动态	NA	探究水稻种子萌发过程中胚胎细胞的生物学功能及其调控机制	水稻胚胎细胞	植物生物学	NA	Stereo-seq, scRNA-seq, 原位杂交	深度学习细胞分割模型	转录组数据	吸水后6、24、36和48小时的水稻胚胎样本
349	2025-05-21	An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration 2024-09-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.014 PMID:38843837	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、高分辨率实时成像和短期谱系标记与干预，揭示了小鼠前内脏内胚层（AVE）迁移的分子基础	结合多种技术手段揭示了AVE迁移的分子机制，并发现信号素信号传导对正常AVE迁移的必要性	研究仅针对小鼠模型，未涉及其他物种	阐明前内脏内胚层（AVE）独特迁移行为的分子基础	小鼠胚胎前内脏内胚层（AVE）细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、高分辨率实时成像、晶格光片显微镜	NA	基因表达数据、蛋白质组数据、影像数据	未明确说明样本数量的小鼠胚胎细胞
350	2025-05-21	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.28.601229 PMID:38979200	研究论文	本文开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究生物膜生长过程中的多样性及免疫细胞暴露后的转录适应性	开发了BaSSSh-seq方法，首次在单细胞分辨率下捕捉生物膜的转录异质性及对免疫压力的差异响应	未明确说明方法在其它类型细菌或更复杂环境中的适用性	探索生物膜内细菌亚群的转录异质性及其对免疫压力的适应性	细菌生物膜中的亚群细胞	微生物组学	细菌感染	单细胞RNA测序(BaSSSh-seq)	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量
351	2025-05-21	Deep Transcriptomics Reveals Cell-Specific Isoforms of Pan-Neuronal Genes 2024-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.16.594572 PMID:38826410	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究神经元中基因表达和选择性剪接的多样性	利用CeNGEN联盟生成的深度细胞特异性转录组数据，揭示了泛神经元基因中的细胞特异性剪接变体，并开发了识别细胞特异性表达模式的算法	由于低捕获效率和灵敏度，单细胞RNA测序在分析选择性剪接方面存在挑战	研究神经元中基因表达和选择性剪接的多样性	神经元	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA测序数据	CeNGEN联盟生成的生物重复样本
352	2025-05-21	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.10.588953 PMID:38645099	research paper	该研究探讨了人类特异性增强子HAR在调节神经祖细胞增殖和神经发生能力中的作用，及其对人类大脑皮层发育和复杂性的影响	揭示了人类特异性增强子HAR通过调控WNT信号通路，影响神经祖细胞的行为，从而促进大脑皮层的扩展和复杂性	研究主要基于基因组编辑的小鼠和灵长类模型，可能无法完全模拟人类大脑发育的复杂性	探究人类特异性增强子HAR在人类大脑皮层发育中的功能和作用机制	人类加速区域(HARs)、神经祖细胞(NPCs)、小鼠和灵长类模型、人类和黑猩猩NPCs及皮质类器官	神经科学	NA	基因组编辑、活体成像、谱系分析、单细胞RNA测序	基因组编辑小鼠和灵长类模型、皮质类器官	基因组数据、RNA测序数据、成像数据	基因组编辑的小鼠和灵长类模型、人类和黑猩猩NPCs及皮质类器官
353	2025-05-21	Single-cell profiling reveals a potent role of quercetin in promoting hair regeneration 2023-06-07, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwac062 PMID:37285263	研究论文	本文研究了槲皮素在促进毛发再生中的作用及其分子机制	发现槲皮素通过激活HIF-1α促进毛囊微血管生成和毛发生长	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探索槲皮素促进毛发生长的分子机制及其治疗潜力	小鼠毛囊和皮肤微血管系统	再生医学	脱发	单细胞转录组分析	小鼠模型	转录组数据	NA
354	2025-05-20	Spatial multi-omics analysis of metabolic heterogeneity in zebrafish exposed to microcystin-LR and its disinfection byproducts 2025-Jul-15, Water research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.watres.2025.123599 PMID:40209558	研究论文	本研究采用空间多组学方法，探究了斑马鱼暴露于微囊藻毒素-LR及其消毒副产物后的代谢异质性	首次将空间多组学技术应用于研究环境污染物对斑马鱼的代谢异质性影响	研究仅针对斑马鱼模型，结果可能无法完全反映对人类的影响	探究微囊藻毒素-LR及其消毒副产物的生物效应	斑马鱼	环境毒理学	NA	空间多组学（包括代谢组学、空间代谢组学和空间转录组学）	NA	代谢组数据和转录组数据	NA
355	2025-05-20	TransAnno-Net: A Deep Learning Framework for Accurate Cell Type Annotation of Mouse Lung Tissue Using Self-supervised Pretraining 2025-Jul, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108809 PMID:40315689	研究论文	提出了一种基于自监督预训练的深度学习框架TransAnno-Net，用于小鼠肺组织中细胞类型的准确注释	利用自监督预训练策略减少标注成本，并采用Transformer架构提高模型效率和可迁移性	需要在小规模标注数据集上进行微调，且在处理细胞类型不平衡问题时采用了随机过采样技术	开发一种高效且准确的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法	小鼠肺组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	Transformer	基因表达数据	约100,000个细胞
356	2025-05-20	HKDC1 promotes liver cancer stemness under hypoxia through stabilizing β-catenin 2025-Jun-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001085 PMID:39250463	研究论文	研究发现HKDC1在缺氧条件下通过稳定β-catenin促进肝癌干细胞特性	首次揭示HKDC1在肝癌转移中的特异性作用及其通过稳定β-catenin增强肝癌细胞干性的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探究HKDC1在肝癌转移中的作用及其分子机制	肝癌细胞、肝癌小鼠模型和患者肿瘤样本	癌症研究	肝癌	RNA原位杂交、单细胞RNA-seq分析、代谢组学分析	小鼠肝癌模型	RNA-seq数据、代谢组学数据	2种肝癌小鼠模型及HCC和胆管癌患者肿瘤样本
357	2025-05-20	TREM2 macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2025-Jun-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001098 PMID:39292863	research paper	该研究探讨了垂直袖状胃切除术（VSG）通过TREM2巨噬细胞改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的机制	揭示了VSG通过TREM2巨噬细胞介导的免疫调节机制改善MASH，而非仅依赖体重减轻	研究基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探究减重手术改善MASH的免疫调节机制	小鼠模型中的TREM2巨噬细胞	免疫学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
358	2025-05-20	Comprehensive immunogenomic landscape analysis unveils CD33 + myeloid cell-driven immunomodulatory signatures in melanoma development 2025-Jun, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.155981 PMID:40300524	研究论文	通过免疫基因组学分析揭示了CD33+髓系细胞在黑色素瘤发展中的免疫调节作用	揭示了CD33+髓系细胞通过补体级联成分和趋化因子信号通路在黑色素瘤发病机制中的关键作用	研究主要基于基因组关联研究和单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探讨免疫细胞亚群与癌症发展之间的因果关系	黑色素瘤样本中的髓系细胞亚群	肿瘤免疫学	黑色素瘤	Mendelian Randomization分析、单细胞RNA测序、计算反卷积分析	NA	基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据	612种免疫细胞特征和91种癌症类型的基因组关联研究数据，以及黑色素瘤样本的单细胞RNA测序数据
359	2025-05-20	Single-cell transcriptomics reveal the effects of chemoimmunotherapy on hypopharyngeal cancer and its tumor microenvironment 2025-Jun, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107347 PMID:40319711	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了化学免疫疗法对下咽癌及其肿瘤微环境的影响	揭示了肿瘤微环境异质性与治疗反应的关系，并发现S100A2基因在肿瘤细胞中的高表达与化学免疫疗法效果相关	研究样本量有限，且需要进一步验证S100A2基因的功能机制	探索化学免疫疗法对下咽癌的治疗效果及其分子机制	下咽癌患者的活检样本	数字病理学	下咽癌	单细胞转录组学, bulk RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量的下咽癌患者活检样本
360	2025-05-10	Insights and perspectives on the role of APOC1 inhibition in modulating immunotherapy outcomes in HCC: Commentary on Inhibition of APOC1 promotes the transformation of M2 into M1 macrophages via the ferroptosis pathway and enhances anti-PD1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025-Jun, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103564 PMID:40339430	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA