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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2026-05-16 |
Glioblastoma Stem Cells as Targets for Emerging Precision Immunotherapies and Molecular Treatments
2026-Apr-26, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15090783
PMID:42121884
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综述 | 探讨胶质母细胞瘤干细胞作为新兴精准免疫疗法和分子治疗靶点的研究进展 | 整合类器官培养、单细胞与空间转录组学、多组学和高分辨率成像等技术,并结合数据科学,构建神经干细胞及恶性干细胞样状态分子图谱,揭示发育程序、细胞可塑性和微环境信号在胶质瘤发生中的作用 | 综述性质,未提及具体实验验证或临床应用数据,可能缺乏对不同技术整合的量化评估 | 阐述胶质母细胞瘤干细胞在精准免疫治疗和分子治疗中的靶向潜力,提供改进肿瘤建模、早期检测和个性化治疗的概念与技术框架 | 胶质母细胞瘤干细胞 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学 | NA | NA |
| 342 | 2026-05-16 |
Unique nasal cell states induced by common pediatric respiratory viruses
2026-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.20.719671
PMID:42079074
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研究论文 | 通过单细胞 RNA 测序构建了 132 名五岁以下儿童的鼻粘膜细胞图谱,揭示了 SARS-CoV-2、鼻病毒和呼吸道合胞病毒(RSV)感染诱导的独特鼻细胞状态和粘膜免疫程序 | 首次在单细胞分辨率下系统比较三种常见儿童呼吸道病毒对鼻粘膜的重塑作用,发现了 RSV 感染中一种先前未描述的鳞状样上皮亚型,并整合哮喘全基因组关联数据识别出与儿童哮喘风险相关的 hillock 样鳞状上皮亚群 | 未提及 | 解析儿童常见呼吸道病毒如何以细胞分辨率重塑鼻粘膜,并探究这些变化与疾病严重程度及哮喘风险的关联 | 五岁以下儿童鼻粘膜上皮细胞和免疫细胞,涵盖 SARS-CoV-2、鼻病毒、RSV 感染及未感染对照组 | 数字病理学 | 呼吸道病毒感染、儿童哮喘 | 单细胞 RNA 测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 132 名儿童,335174 个鼻粘膜上皮和免疫细胞 | 10x Genomics | 单细胞 RNA 测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞 3' 测序 |
| 343 | 2026-05-16 |
Spatial Biology Evolution: Past, Present and Future of Mapping Life in Context
2026-Apr-22, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15090743
PMID:42121845
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综述 | 本文回顾了空间生物学从19世纪组织化学起源到现代空间多组学技术的发展历程,并探讨了其在理解组织微环境、细胞通讯及疾病机制中的关键作用 | 系统整合了空间生物学从经典免疫组化到高通量空间多组学的技术演变,提出‘空间法医学’概念,并强调多重免疫荧光、空间转录组学和蛋白质组学之间的功能共生关系 | 未具体讨论不同空间生物学技术在实际应用中的比较优势或数据整合的具体计算挑战 | 探讨空间生物学技术的演进及其在揭示组织微环境结构和功能中的必要性,以推动疾病机制理解和药物开发 | 空间生物学技术、组织微环境、细胞通讯机制 | 计算病理学 | 癌症、常见病、罕见病 | 空间多组学、多重免疫荧光、空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 基因组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 344 | 2026-05-16 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis on Multi-Subtypes of Idiopathic Inflammatory Myopathy Reveals Pathologic Hallmarks Associated With Stromal Stem and Immune Cells in Damaged Skeletal Muscles
2026-Apr-20, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70185
PMID:42007840
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研究论文 | 利用单细胞转录组学分析揭示特发性炎症性肌病亚型中受损骨骼肌的病理特征与基质干细胞和免疫细胞的关系 | 首次在多个特发性炎症性肌病亚型中进行单细胞转录组分析,识别出MEF2C表达减少与肌纤维生成延迟相关,以及CXCL10+成纤维细胞通过CCL19-CCR7/CCRL2轴招募M1样巨噬细胞等新机制 | 每个亚型样本量较小(n=3-5),结果需在更大队列中验证 | 研究特发性炎症性肌病不同亚型的致病特征 | 健康对照者和四种特发性炎症性肌病亚型患者的受累骨骼肌和外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | 特发性炎症性肌病 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 细胞培养 | NA | 单细胞转录组数据, 图像 | 健康对照5例,每种特发性炎症性肌病亚型3-5例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 345 | 2026-05-16 |
Single-cell transcriptomics and RNAi screening define a hierarchical program of planarian eye regeneration
2026-Apr-09, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117245
PMID:41964952
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和RNAi筛选定义了涡虫眼再生的层级程序 | 首次结合单细胞转录组学和大规模RNAi筛选,系统揭示了涡虫眼再生的完整层级序列及每个步骤的调控基因 | 信息不足,无法确定 | 阐明涡虫眼再生的分子机制和层级调控程序 | 涡虫眼再生过程中的细胞类型和基因 | 计算机视觉 | 年龄相关退行性眼病 | 单细胞RNA测序,RNA干扰筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 信息不足,无法确定 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 346 | 2026-05-16 |
Heterogeneity and clinical relevance of group 2 innate lymphoid cells subsets in nasal polyps
2026-Apr-07, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2026.03.021
PMID:41956382
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研究论文 | 本研究探究鼻息肉中2型固有淋巴样细胞亚群的异质性及其与临床严重程度的相关性 | 首次鉴定出鼻息肉中ILC2的四个功能亚群(迁移性、过渡性、炎症性和耗竭样),并揭示其与CT评分及症状严重度的关联 | 未提及具体限制 | 明确鼻息肉中ILC2亚群的异质性及其与临床特征的关系 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻息肉组织和外周血样本 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6个鼻息肉样本和4个外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 347 | 2026-04-04 |
Alignment of spatial transcriptomics slices across diseases, platforms and conditions
2026-Apr-02, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-026-01634-w
PMID:41928322
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 348 | 2026-05-16 |
Multiomic, Histologic, and scRNA-seq Profiling of Pleural Mesothelioma Reveals Negative Prognosis Associated With a Novel Uncommitted Molecular Phenotype
2026-04, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2025.11.019
PMID:41319863
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研究论文 | 通过多组学、组织学和单细胞RNA测序分析恶性胸膜间皮瘤,发现与一种新的未定型分子表型相关的负面预后 | 首次发现恶性胸膜间皮瘤中存在一种新的未定型恶性细胞状态,该状态在双相型肿瘤中富集,并识别了TGF-β和GAS6-AXL信号通路作为候选驱动因子 | 样本量有限(40例患者93个样本),且未对发现的候选生物标志物进行进一步实验验证和临床验证 | 阐明恶性胸膜间皮瘤不同组织学类型背后的生物学机制,识别候选驱动因子和预后生物标志物 | 40例恶性胸膜间皮瘤患者的93个肿瘤样本,包括上皮样型、双相型和肉瘤样型 | 数字病理学 | 胸膜间皮瘤 | 单细胞RNA测序、全外显子组测序、RNA测序、光学基因组图谱、空间转录组学、组织学分析 | NA | 基因表达数据、拷贝数变异数据、空间转录组数据、组织学图像 | 40例患者93个样本 | 10x Genomics, Illumina, BGI | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 全外显子组测序, RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq, BGI MGISEQ | 10x Chromium单细胞3'基因表达文库, Illumina NovaSeq6000测序, BGI MGISEQ-2000测序 |
| 349 | 2026-05-16 |
Deciphering the Cellular and Metabolic Landscape of Lymph Node Metastasis in Breast Cancer Using Single-Cell and Spatial Multi-Omics
2026-04, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2026.01.002
PMID:41580234
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研究论文 | 利用单细胞和空间多组学构建乳腺癌淋巴结转移的细胞和代谢图谱 | 首次全面描绘了淋巴结转移微环境的单细胞图谱,鉴定了早期播散癌细胞亚群,揭示了恶性转化过程中的代谢重编程和免疫调控网络,并通过计算药物重定位识别了潜在治疗靶点 | 数据来源主要是单细胞RNA测序和空间转录组学,缺乏功能验证实验;药物重定位结果需进一步临床验证 | 阐明乳腺癌淋巴结转移的细胞组成和分子机制,为转移性患者提供靶向治疗新见解 | 78例原发性乳腺癌及其配对淋巴结转移样本中的上皮细胞、淋巴细胞、巨噬细胞等 | 单细胞组学、空间转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、计算药物重定位 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 78例原发性乳腺癌及其配对淋巴结转移样本,4个转移淋巴结组织切片 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 350 | 2026-05-16 |
Single-Cell Network Analysis Reveals Cell-Type-Specific Pathology following Retinal Detachment
2026-04, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.12.015
PMID:41621620
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞图形高斯模型分析,揭示视网膜脱离后细胞类型特异性的病理变化 | 首次利用单细胞图形高斯模型分析视网膜脱离后的细胞类型特异性基因模块,发现糖酵解、细胞凋亡、细胞外基质组织和白细胞迁移等通路在不同细胞类型中的差异调控 | T细胞浸润的发现仍属初步,需进一步验证;样本量可能有限 | 阐明视网膜脱离后细胞类型特异性病理机制,为理解视力障碍提供新见解 | 视网膜脱离患者的视网膜组织 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | 图形高斯模型 | 基因表达数据 | 视网膜脱离患者的视网膜组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 351 | 2026-05-16 |
A comprehensive benchmarking study on computational tools for cross-omics label transfer from single-cell RNA to ATAC data
2026-04-01, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkag026
PMID:41655240
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研究论文 | 该研究对27种计算工具进行了全面基准测试,评估它们从单细胞RNA数据到ATAC数据的跨组学标签转移性能 | 首次系统评估27种跨组学标签转移工具,涵盖多种人类和小鼠组织数据,并提出未来方法发展建议 | 研究发现数据不平衡、跨组学差异和半监督策略可能负面影响模型性能,且仅基于特定数据集评估 | 系统比较不同计算工具在scRNA-seq到scATAC-seq标签转移中的表现,为方法开发提供指导 | 27种计算工具在多种人类和小鼠组织单细胞数据上的标签转移性能 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | CNN, LSTM, 深度学习 | 单细胞基因表达数据, 单细胞染色质可及性数据 | 多种人类和小鼠组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台用于单细胞RNA和ATAC数据生成 |
| 352 | 2026-05-16 |
Oxidative stress reprograms benign prostatic hyperplasia microenvironments: insights from integrative multi-omics and machine learning
2026-Apr-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08055-8
PMID:41923163
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研究论文 | 结合多组学和机器学习,揭示氧化应激在良性前列腺增生微环境中的重编程作用,并识别相关生物标志物 | 首次整合多组学(批量转录组、单细胞RNA-seq、空间转录组)和机器学习,系统分析氧化应激在良性前列腺增生中的细胞程序变化,并实验验证ACOX2的功能 | 样本量适中,结果应视为假设生成性质,需在更大独立人群队列中验证 | 识别氧化应激相关的良性前列腺增生生物标志物,并表征与氧化应激相关的基质细胞状态 | 良性前列腺增生组织和细胞样本,包括批量转录组数据集(12例BPH、16例对照)、单细胞RNA-seq(124,616个细胞)和空间转录组数据,以及WPMY-1前列腺基质细胞 | 机器学习 | 前列腺疾病(良性前列腺增生) | 多组学(批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组)、机器学习 | WGCNA、四种机器学习算法(具体未明确,但包括诊断列线图)、一致性聚类 | 转录组数据、单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据 | 12例BPH和16例对照的批量转录组样本;124,616个细胞的单细胞RNA-seq数据 | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组 | NA | NA |
| 353 | 2026-05-16 |
Dual-targeted lipid nanoparticles for TET3 siRNA delivery: nanobiotechnology strategy to remodel tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma
2026-Apr-01, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04312-6
PMID:41923247
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TET3在肝细胞癌M2型肿瘤相关巨噬细胞中高表达,并开发了双靶向脂质纳米颗粒递送TET3 siRNA,重塑肿瘤免疫微环境 | 首次揭示TET3通过羟甲基化增强IRF4转录活性驱动M2极化,并构建巨噬细胞特异性双靶向脂质纳米颗粒实现精准递送 | 未在更多临床样本中验证该策略的有效性和安全性,且纳米颗粒的长期毒性有待评估 | 鉴定肝细胞癌免疫抑制微环境的关键表观遗传调控因子并开发靶向纳米治疗平台 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的M2型肿瘤相关巨噬细胞和CD8+ T细胞 | 机器学习和纳米生物技术 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、siRNA递送 | NA | 单细胞转录组数据 | 肝细胞癌组织样本(未明确数量)和动物模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 354 | 2026-04-02 |
Spatial transcriptomics of urothelial carcinoma with basal/squamous differentiation identifies Galectin-7 as a specific marker of squamous lineage commitment
2026-Mar-31, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04927-z
PMID:41917522
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 355 | 2026-05-16 |
Tumor-infiltrating immature innate lymphoid cells in colorectal cancer are biased toward ILC1/tissue-resident NK cell differentiation
2026-Mar-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71085-9
PMID:41896575
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序等技术分析结直肠癌及腹膜转移患者的肿瘤浸润未成熟先天淋巴细胞偏向ILC1/组织驻留NK细胞分化的特征 | 首次揭示结直肠癌及腹膜转移肿瘤中未成熟先天淋巴细胞(nILC)转录组偏向分化为ILC1/组织驻留NK细胞,并通过共培养实验验证其分化能力 | 未明确说明研究的局限性 | 探究结直肠癌及腹膜转移中先天淋巴细胞的功能及其分化偏向 | 结直肠癌及腹膜转移患者的肿瘤样本 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、分化实验 | NA | 基因表达数据 | 11名患者用于单细胞RNA测序,8名用于流式细胞术,24名用于分化实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 356 | 2026-05-16 |
Splicing variants in MYRF cause partial loss of function in the retinal pigment epithelium leading to nanophthalmos
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.194681
PMID:41746734
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研究论文 | 研究MYRF基因剪接变异导致视网膜色素上皮部分功能丧失从而引发小眼球症的机制 | 首次揭示MYRF基因C端剪接变异作为低效等位基因引起孤立性小眼球症,支持组织特异性阈值效应,并阐明MYRF C末端在RPE中的独特作用 | 未在人类患者RPE细胞中直接验证变体的功能影响,且动物模型仅限于小鼠 | 探究MYRF基因变异导致孤立性小眼球症与综合征性疾病的分子机制差异 | MYRF基因C端变异(dG-MYRF)及剪接变异,人RPE细胞,小鼠模型 | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类RPE细胞系,小鼠胚胎(E15.5、E17.5、P0) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 357 | 2026-05-16 |
Ultra-precision deconvolution of spatial transcriptomics decodes immune heterogeneity and fate-defining programs in tissues
2026-Mar-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70645-3
PMID:41862467
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研究论文 | 提出UCASpatial,一种用于空间转录组数据的超精度反卷积算法,揭示组织中的免疫异质性和命运决定程序 | 首次利用基于熵的加权方法实现空间转录组的超精度反卷积,能够准确识别低丰度细胞亚群并区分转录异质性细胞亚群 | 未提及具体局限性,但可能涉及算法对复杂组织微环境的普适性验证 | 开发并验证一种高精度空间转录组反卷积算法,用于解码复杂组织中的免疫细胞空间组织与功能特化 | 人类结直肠癌样本和小鼠伤口愈合模型(C57BL/6小鼠) | 计算机视觉 | 结直肠癌,伤口愈合相关疾病 | 空间转录组学反卷积算法 | 基于熵的加权模型 | 空间转录组数据 | 人类结直肠癌样本和小鼠伤口愈合模型(C57BL/6小鼠) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 358 | 2026-05-16 |
Fel d 1-Expressing Plant-Derived Bioparticle: A Novel Treatment for Cat Allergy
2026-Mar-19, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70280
PMID:41856757
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研究论文 | 本研究评估了一种由植物来源生物颗粒表达的Fel d 1过敏原(Fel d 1 eBP)对猫过敏的过敏原性和免疫原性 | 首次利用植物源生物颗粒表达猫主要过敏原Fel d 1,并证明其低过敏原性和诱导耐受的潜力,为猫过敏的过敏原免疫治疗提供了新候选方案 | 样本量较小(仅12名猫过敏者和12名非特应性对照),且为开放标签的0期研究,缺乏双盲对照和长期随访数据 | 探究Fel d 1 eBP的过敏原性和免疫调节特性,评估其作为猫过敏免疫治疗候选物的可行性 | 猫过敏受试者和非特应性对照者的T细胞、B细胞、嗜碱性粒细胞、单核细胞、幼稚B细胞和皮肤反应 | 数字病理学 | 猫过敏 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名猫过敏受试者和12名非特应性对照者的细胞样本,以及20名猫过敏个体的皮肤测试 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 359 | 2026-05-16 |
Müller glia-mediated regeneration restores neuronal diversity and retinal circuit organization in the adult zebrafish
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.15.711785
PMID:41889825
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研究论文 | 该研究通过诱导谱系追踪、单细胞RNA测序和形态学分析,发现成年斑马鱼中Müller胶质介导的再生能恢复神经元多样性和视网膜回路组织 | 首次在单细胞水平系统评估了成年斑马鱼Müller胶质介导的再生神经元与原生神经元的分子和结构相似性,揭示了损伤背景对再生神经元比例的影响 | 未详细说明再生神经元与原生神经元之间剩余差异的长期演变,且仅针对特定损伤模型(光照损伤和NMDA损伤) | 阐明Müller胶质来源的再生神经元能否恢复丢失神经元的身份、多样性和结构特征 | 成年斑马鱼视网膜中的Müller胶质及其再生神经元 | 再生神经科学 | 视网膜损伤 | 单细胞RNA测序、诱导谱系追踪、形态学分析 | NA | 单细胞转录组数据、形态学数据 | 成年斑马鱼视网膜样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 360 | 2026-05-16 |
Single-cell multi-omic analysis of mitochondrial mutational mosaicism and dynamics
2026-03-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70399-y
PMID:41839886
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研究论文 | 通过单细胞ATAC-seq和POLG敲入HEK293细胞系,引入scmtMPM和scwMSS两个指标,研究线粒体DNA突变嵌合体和动态变化 | 首次提出scmtMPM和scwMSS两种指标,实现单细胞层面线粒体DNA突变负荷和体细胞嵌合体的量化分析 | 研究主要基于细胞系和有限的人类样本,突变景观的临床应用需进一步验证 | 揭示单细胞水平线粒体DNA突变景观的异质性和动态变化 | 人类健康供体和线粒体疾病患者样本中的单个细胞 | 机器学习 | 线粒体疾病 | 单细胞ATAC-seq | NA | 测序数据 | 人类健康供体和线粒体疾病患者样本,具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |