单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 38053 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2026-04-01 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
|
综述 | 本文回顾了基于图像的细胞表型分析在计算方面的演变，详细介绍了当前流程、讨论了局限性，并强调了未来的发展方向 | 深度学习从根本上重塑了基于图像的细胞表型分析，改进了特征提取、可扩展性和多模态数据整合 | 该领域仍面临重大挑战，需要创新解决方案 | 为研究人员提供导航这一快速发展的领域进展和新挑战的路线图 | 基于图像的细胞表型分析的计算方法 | 计算机视觉 | NA | 显微镜成像 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 342 | 2026-04-01 |
The Dichotomy of Tumor Control by Recruited and Resident Tumor-Associated Macrophages
2025-Jul-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6977440/v1
PMID:40630529
|
研究论文 | 本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞中招募型和驻留型亚群在肿瘤控制中的双重作用，并探索了靶向特定巨噬细胞亚群的治疗策略 | 首次明确区分了驻留性间质巨噬细胞亚群在肿瘤中的促瘤或抑瘤功能，并利用空间转录组学证实了其定位和趋化因子谱的差异，同时提出CCR5阻断作为增强肿瘤控制的新方法 | 研究主要基于小鼠模型，人类肿瘤中的巨噬细胞亚群功能可能有所不同，且CCR5阻断疗法的长期安全性和有效性需进一步验证 | 探究肿瘤相关巨噬细胞不同亚群在肿瘤进展和控制中的作用机制，并开发靶向巨噬细胞的治疗策略 | 肿瘤相关巨噬细胞，包括招募型巨噬细胞和驻留型间质巨噬细胞亚群 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤，肺腺癌 | 空间转录组学，基因敲除小鼠模型，CCR5阻断 | Pf4 Cx3cr1小鼠模型 | 空间转录组数据，免疫组织化学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 343 | 2026-04-01 |
Cell-Type Annotation for scATAC-Seq Data by Integrating Chromatin Accessibility and Genome Sequence
2025-06-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15070938
PMID:40723810
|
研究论文 | 提出了一种名为scAttG的新型深度学习框架，通过整合染色质可及性与基因组序列信息，用于scATAC-seq数据的细胞类型注释 | 首次将图注意力网络（GATs）与卷积神经网络（CNNs）相结合，同时利用染色质可及性信号和基因组序列特征，解决了现有跨组学和组内方法在数据对齐与批次效应方面的局限性 | 论文未明确说明模型在跨物种或跨组织类型应用中的泛化能力，也未详细讨论计算资源需求或运行时间效率 | 开发一种更准确、更稳健的单细胞ATAC-seq数据细胞类型注释方法 | 单细胞ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | scATAC-seq | GAT, CNN | 基因组序列, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 344 | 2026-04-01 |
Single cell RNA sequencing shows that cells expressing Sox9 postnatally populate most skeletal lineages in mouse bone
2025-Jun-03, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf043
PMID:40143416
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪，揭示了小鼠骨骼中Sox9表达细胞在出生后对多数骨骼谱系的贡献 | 首次证明出生后骨骼中的多种成骨细胞前体均源自Sox9表达祖细胞，并鉴定了一类位于软骨膜和生长板软骨柱之间的独特软骨细胞亚群 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类或其他物种中验证 | 探究小鼠骨骼生长过程中成骨细胞谱系的细胞来源 | 小鼠骨骼中的细胞类型，包括生长板软骨细胞、软骨膜细胞和CXCL12富集的网状骨髓基质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序，谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 345 | 2026-04-01 |
Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes
2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654940
PMID:40475580
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学探索了1型糖尿病自然史中胰腺及胰腺引流淋巴结的炎症反应特征 | 首次在人类1型糖尿病中结合空间转录组学与公共单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺及引流淋巴结中淋巴毒素-β等特异性炎症特征 | 样本来源有限，仅包括非糖尿病患者和高风险自身抗体阳性个体，未涵盖疾病所有阶段 | 解析1型糖尿病发病过程中胰腺及引流淋巴结的炎症分子特征 | 人类胰腺组织及胰腺引流淋巴结组织 | 空间转录组学 | 1型糖尿病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 包括非糖尿病患者和高风险自身抗体阳性个体的胰腺及淋巴结样本 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 346 | 2026-04-01 |
Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645306
PMID:40196571
|
研究论文 | 本文比较了三种不同的细胞核分离方法对脑组织单核RNA测序数据质量的影响 | 首次系统评估了不同细胞核分离方法对核完整性和后续snRNA-seq数据质量的影响，揭示了方法依赖性差异 | 研究仅针对脑组织，未涵盖其他组织类型；样本量可能有限 | 评估不同细胞核分离方法对单核RNA测序数据质量的影响 | 脑组织 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确指定样本数量，但涉及脑组织 | NA | 单核RNA-seq | NA | NA |
| 347 | 2026-04-01 |
Smoothie: Efficient Inference of Spatial Co-expression Networks from Denoised Spatial Transcriptomics Data
2025-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.640406
PMID:40060619
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Smoothie的方法，用于从去噪的空间转录组数据中高效推断空间共表达网络 | Smoothie通过高斯平滑去噪空间转录组数据，并构建和整合全基因组共表达网络，利用隐式和显式并行化实现可扩展性，能处理超过1亿个空间解析点 | NA | 从高分辨率空间转录组数据中提取深度生物学见解，包括基因模块检测、功能注释、基因表达与基因组结构关联以及多样本比较 | 空间转录组数据中的基因表达相关性 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 高斯平滑 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 348 | 2026-04-01 |
CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information
2025-02-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15030342
PMID:40149878
|
研究论文 | 提出CellGAT框架，通过整合多组学信息构建细胞通讯网络 | 首次将蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）信息整合到细胞通讯网络推断中，并利用图注意力网络（GAT）和节点嵌入算法 | 未明确提及样本量或数据集的局限性 | 推断细胞间通讯并分析其对下游通路、邻近细胞和药物干预的影响 | 多细胞生物中的细胞通讯网络 | 机器学习 | NA | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | GAT（图注意力网络） | 基因表达数据、PPI信息、蛋白质复合物数据、通路信息 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 349 | 2026-04-01 |
VPS25 Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2025-02-22, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15030323
PMID:40149859
|
研究论文 | 本研究探讨了ESCRT复合体成员VPS25在头颈部鳞状细胞癌中的表达、功能及其在免疫抑制微环境中的作用 | 首次揭示VPS25通过上调PVR表达激活PVR-TIGIT免疫抑制信号轴，促进肿瘤免疫逃逸，并作为免疫治疗反应的潜在预测生物标志物 | 研究主要基于TCGA数据集和细胞系实验，缺乏大规模前瞻性临床队列验证 | 阐明VPS25在头颈部鳞状细胞癌肿瘤进展和免疫微环境调控中的分子机制 | 头颈部鳞状细胞癌组织、CAL27细胞系、肿瘤微环境免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、组织微阵列图像、单细胞转录组数据 | TCGA数据集样本、HNSCC组织微阵列、CAL27细胞系 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 350 | 2026-04-01 |
Molecular heterogeneity and development of the ventral tegmental area
2025-Feb, Current opinion in behavioral sciences
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cobeha.2024.101478
PMID:41908169
|
研究论文 | 本文利用单细胞测序技术研究了腹侧被盖区多巴胺能神经元的分子异质性及其在胚胎发育和成年期的转录特征 | 揭示了腹侧被盖区多巴胺能神经元在发育过程中的高度细胞异质性和分子复杂性 | 未明确提及具体技术限制或样本规模不足 | 探究多巴胺能中脑（包括腹侧被盖区和黑质）的分子异质性及其在发育过程中的变化 | 腹侧被盖区和黑质中的多巴胺能神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 351 | 2026-04-01 |
Deciphering the Complexities of Pulmonary Hypertension: The Emergent Role of Single-Cell Omics
2025-Jan, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0145PS
PMID:39141563
|
综述 | 本文综述了单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的应用，探讨其如何推动对该疾病复杂性的理解 | 利用单细胞转录组学技术，超越传统批量分析的局限，揭示肺动脉高压中细胞亚型的相互作用和转化，为精准医疗提供新靶点 | 单细胞RNA测序分辨率需提升以捕获更精细的细胞变化，处理人体组织样本存在物流障碍，且需整合多种组学方法以全面理解疾病分子机制 | 探讨单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的角色，以促进疾病理解、靶向药物开发和生物标志物发现 | 肺动脉高压中的细胞生态系统，包括内皮细胞、平滑肌细胞、周细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 352 | 2026-04-01 |
Tppp3 is a novel molecule for retinal ganglion cell identification and optic nerve regeneration
2024-12-29, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01917-6
PMID:39734233
|
研究论文 | 本研究探索了Tppp3分子在视网膜神经节细胞神经保护和轴突再生中的作用 | 首次揭示了Tppp3在哺乳动物视网膜神经节细胞轴突再生中的促进作用，并发现其通过上调Bmp4等基因和神经炎症通路发挥作用 | 研究主要基于啮齿类动物模型，尚未在更高等的哺乳动物中进行验证 | 寻找促进中枢神经系统轴突再生的分子调控因子 | 视网膜神经节细胞（RGCs） | 神经科学 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠、猕猴和人类的视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 353 | 2026-04-01 |
Sparse dimensionality reduction for analyzing single-cell-resolved interactions
2024-Dec-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioadv/vbaf230
PMID:41092369
|
研究论文 | 本文提出了一种针对单细胞细胞间相互作用数据的端到端降维工作流程，旨在简化细胞对间相互作用模式的分析 | 采用稀疏降维方法（特别是Boosting Autoencoder）来精确定位与细胞对簇相关的特定配体-受体相互作用，并提供了包含结果可视化的全面工作流程 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 增强单细胞转录组学数据中细胞间相互作用的下游分析 | 单细胞细胞间相互作用数据，特别是基于已知配体-受体相互作用的细胞对 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | Boosting Autoencoder | 单细胞转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 354 | 2026-04-01 |
Evaluating the Utilities of Foundation Models in Single-cell Data Analysis
2024-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.08.555192
PMID:38464157
|
研究论文 | 本文通过综合实验评估了基础模型在单细胞测序数据分析中的性能，并比较了其与任务特定方法的优劣 | 首次对十种单细胞基础模型在八个下游任务中的性能进行全面评估，并提出了一个用于评估训练稳定性、超参数影响的框架 | 研究发现单细胞基础模型并非在所有任务中都优于任务特定方法，这挑战了开发单细胞分析基础模型的必要性 | 评估基础模型在单细胞数据分析中的效用，并为模型预训练和微调提供指导 | 单细胞测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型（如scGPT、Geneformer、CellPLM） | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 355 | 2026-04-01 |
Integrating bulk and single-cell transcriptomics to elucidate the role and potential mechanisms of autophagy in aging tissue
2024-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00996-w
PMID:39414741
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了自噬在血液组织衰老中的关键作用及其潜在机制 | 首次在单细胞分辨率下识别出经典单核细胞是衰老血液中自噬水平升高的主要细胞类型，并发现缺氧是自噬增强的关键驱动因素 | 研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证；样本来源有限，可能无法完全代表所有人群 | 识别自噬与衰老相关性最高的组织，并探索自噬在衰老组织微环境中的功能和机制 | 健康组织样本、不同年龄血液样本、急性髓系白血病（AML）样本 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | bulk RNA-seq, 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 超过7000个正常组织样本、不同年龄血液单细胞数据、2000多个AML bulk RNA-seq样本、多组AML单细胞数据 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 356 | 2026-04-01 |
Non-glycanated ΔDCN isoform in muscle invasive bladder cancer mediates cancer stemness and gemcitabine resistance
2024-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00998-8
PMID:39466536
|
研究论文 | 本研究揭示了非糖基化ΔDCN亚型在膀胱癌干细胞中通过诱导干性表型和赋予吉西他滨化疗耐药性来促进肿瘤进展 | 首次在膀胱癌干细胞中鉴定出非糖基化ΔDCN亚型，并发现其与糖基化DCN在细胞定位和功能上的差异，即ΔDCN在细胞质中促进肿瘤干性和化疗耐药，而糖基化DCN在细胞外基质中抑制干性 | 研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证有限，且ΔDCN的具体作用机制尚未完全阐明 | 阐明DCN在膀胱癌干细胞中的调控作用及其在肌肉浸润性膀胱癌中的机制 | 膀胱癌干细胞、临床组织样本、膀胱癌细胞系 | 癌症生物学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、慢病毒构建、CCK8检测、球体形成实验 | NA | 基因表达数据、临床病理特征、生存数据 | 来自TCGA和GEO数据库的数据，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 357 | 2026-04-01 |
Exploring tumor microenvironment interactions and apoptosis pathways in NSCLC through spatial transcriptomics and machine learning
2024-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-01025-6
PMID:39699801
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和机器学习探索非小细胞肺癌中肿瘤微环境相互作用与细胞凋亡通路 | 结合单细胞测序、空间转录组学、孟德尔随机化和机器学习算法构建预后模型，并通过体外实验验证基因功能 | NA | 探索程序性细胞死亡在非小细胞肺癌中的作用机制及治疗靶点 | 非小细胞肺癌细胞及肿瘤微环境 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, 孟德尔随机化, 多组学分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 358 | 2026-04-01 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals immune suppression subtypes and establishes a novel signature for determining the prognosis in lung adenocarcinoma
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00948-4
PMID:38616208
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，揭示了肺腺癌中的免疫抑制亚型，并建立了一个新的预后特征 | 结合单细胞和bulk RNA测序进行多组学聚类，识别出与不良生存相关的免疫抑制亚型，并发现CDC25C基因作为新的预后生物标志物 | 样本量较小（仅6对配对组织），且未明确说明单细胞测序平台的具体技术细节 | 探索肺腺癌的生物学特性，识别新的生物标志物和治疗靶点 | 肺腺癌（LUAD）患者组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、bulk RNA测序、全外显子组测序 | NA | RNA测序数据 | 6对配对的原发性和邻近肺腺癌组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 359 | 2026-04-01 |
Deciphering the molecular landscape: evolutionary progression from gynecomastia to aggressive male breast cancer
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00964-4
PMID:38888848
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了男性乳腺发育症向男性乳腺癌演进的分子机制，并识别CD13作为关键驱动因子 | 首次在单细胞分辨率下解析男性乳腺发育症与乳腺癌的进化关联，并发现CD13在肿瘤微环境中的核心作用 | 样本量有限，且主要基于测序数据，需要更多临床验证 | 探究男性乳腺发育症向乳腺癌转化的分子机制 | 男性乳腺发育症和男性乳腺癌组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化染色、细胞间通讯分析 | 进化树分析、伪时间分析 | 单细胞转录组数据、基因组变异数据、图像数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及男性乳腺发育症和乳腺癌组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 360 | 2026-04-01 |
Disrupting YAP1-mediated glutamine metabolism induces synthetic lethality alongside ODC1 inhibition in osteosarcoma
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00967-1
PMID:39115605
|
研究论文 | 本研究揭示了YAP1介导的谷氨酰胺代谢是骨肉瘤对抗DFMO治疗的关键旁路机制，并提出联合抑制YAP1可增强DFMO疗效 | 首次阐明了YAP1介导的谷氨酰胺代谢通路在骨肉瘤对DFMO产生耐药性中的作用机制，并提出了DFMO联合YAP1抑制剂（CIL56）或谷氨酰胺酶抑制剂（CB-839）的新型联合治疗策略 | 研究主要基于临床前模型（PDX/CDX）和体外实验，尚未进行临床试验验证 | 探索转移性和复发性骨肉瘤的新治疗靶点 | 骨肉瘤细胞及患者来源的异种移植（PDX）和细胞系来源的异种移植（CDX）模型 | 肿瘤代谢与治疗 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、转录组测序、高通量药物筛选、RNA-seq、代谢组学、Western blot、qPCR、免疫荧光染色、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、转录组测序数据、代谢组数据、分子表达数据 | 涉及MTAP缺失的骨肉瘤患者单细胞数据、复发与非复发患者组织样本，以及PDX/CDX模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |