单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3561	2025-02-27	Loss of ATG7 in microglia impairs UPR, triggers ferroptosis, and weakens amyloid pathology control 2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230173 PMID:39945772	研究论文	本文研究了在小鼠模型中，微胶质细胞特异性删除Atg7基因如何影响阿尔茨海默病（AD）中的淀粉样β（Aβ）斑块控制，揭示了Atg7缺失导致未折叠蛋白反应（UPR）减少和氧化应激增加，进而引发铁死亡	首次揭示了Atg7在微胶质细胞中对UPR和氧化应激的调控作用，及其在Aβ斑块控制中的关键角色	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨Atg7在微胶质细胞中对Aβ斑块控制的作用机制	AD小鼠模型中的微胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、生化分析、免疫荧光分析	小鼠模型	基因表达数据、生化数据、图像数据	AD小鼠模型中的微胶质细胞
3562	2025-02-27	Ephrin-B2 acts as a positive regulator of osteogenesis-angiogenesis coupling 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140555 PMID:39894124	研究论文	本研究探讨了Ephrin-B2信号在骨生成-血管生成耦合中的作用及其潜在机制，为牙周组织工程提供指导	通过单细胞转录组数据分析揭示了Ephrin-B2信号在牙周炎中的缺陷，并通过构建过表达Ephrin-B2的成骨细胞与HUVECs共培养系统，证实了Ephrin-B2信号在促进血管生成和牙周骨再生中的积极作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床环境中验证其效果	探索Ephrin-B2信号在骨生成-血管生成耦合中的作用及其潜在机制	牙周组织中的成骨细胞和内皮细胞	组织工程	牙周炎	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	来自公开数据库的单细胞转录组数据（GEO编号：GSE171213）
3563	2025-02-27	Single-cell transcriptional footprint for pseudogene SsCLEC9A is associated with antigen processing and presentation in Sus scrofa 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140629 PMID:39904428	研究论文	本文研究了猪中C型凝集素结构域家族9成员A（CLEC9A）的假基因SsCLEC9A的转录足迹及其在抗原处理和呈递中的作用	首次揭示了猪中唯一的CLEC9A（SsCLEC9A）由于约29.8-44.7百万年前发生的三个突变而成为假基因，挑战了CLEC9A在哺乳动物免疫交叉呈递中的重要性	研究主要集中于猪的DCs，未涉及其他哺乳动物或细胞类型	探讨SsCLEC9A假基因的转录适应及其在抗原处理和呈递中的功能	猪的树突状细胞（DCs）	免疫学	NA	荧光激活细胞分选（FACS）和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及猪的DCs
3564	2025-02-27	Pan-cancer characterization of m6A-mediated regulation of T cell exhaustion dynamics and clinical relevancies in human cancers 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102465 PMID:39995977	研究论文	本文通过整合多组学数据，探讨了m6A修饰在T细胞耗竭（TEX）动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	首次在泛癌水平上揭示了m6A修饰对TEX动态的调控作用，并基于m6A-TEX相互作用识别了三种泛癌亚型，每种亚型具有独特的分子特征、免疫表型和生存结果	研究主要基于多组学数据的整合分析，缺乏实验验证，且样本来源多样，可能存在异质性	探讨m6A修饰在T细胞耗竭动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	T细胞耗竭（TEX）及其与m6A修饰的相互作用	癌症免疫治疗	癌症	多组学数据分析、单细胞RNA测序	NA	多组学数据、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集、免疫治疗数据集	多种细胞系、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集和免疫治疗数据集
3565	2025-02-27	Liver transcriptome analysis reveals PSC-attributed gene set associated with fibrosis progression 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101267 PMID:39996122	研究论文	本研究通过RNA测序分析，识别了与原发性硬化性胆管炎（PSC）相关的胆道纤维化发展的基因特征	揭示了PSC特有的基因特征，这些特征与胆道纤维化的发展相关，可能有助于识别新的生物标志物和治疗靶点	样本量相对较小，且需要进一步的外部验证和机制研究	识别与PSC相关的胆道纤维化发展的基因特征	原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	数字病理学	肝病	RNA测序	NA	RNA测序数据	47例肝活检样本（PSC 16例，PBC 15例，MASLD 16例），外部验证集73例PSC肝活检样本
3566	2025-02-27	CTHRC1 expresses in cancer-associated fibroblasts and is associated with resistance to anti-androgen therapy in prostate cancer 2025-Feb-26, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01624-z PMID:40009323	研究论文	本研究探讨了CTHRC1在前列腺癌中的表达及其在抗雄激素治疗耐药性中的作用	首次揭示了CTHRC1在前列腺癌相关成纤维细胞中的表达，并发现其与抗雄激素治疗耐药性相关	研究数据主要来源于公开数据库，缺乏实验验证	探索CTHRC1在前列腺癌中的表达及其在预后和治疗中的潜在作用	前列腺癌患者及正常对照	数字病理学	前列腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组织化学染色	CIBERSORT算法	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	1999例前列腺癌患者和531例正常对照，以及来自7个前列腺原发肿瘤的62,995个细胞
3567	2025-02-27	Toll-Like Receptor 7 Promotes Periodontal Inflammation and Alveolar Bone Resorption Through the NF-κB Signaling Pathway 2025-Feb-25, Journal of periodontal research IF:3.4Q1 DOI:10.1111/jre.13394 PMID:40007244	研究论文	本文研究了Toll样受体7（TLR7）在牙周炎中的作用及其潜在机制	揭示了TLR7在牙周炎中的新角色，并强调了TLR7-NF-κB轴在疾病发病机制中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中进行验证	探讨TLR7在牙周炎中的作用及其机制	牙周炎患者和健康个体的牙龈组织，小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞	生物医学	牙周炎	单细胞测序，TLR7抑制剂M5049，NF-κB抑制剂PDTC	小鼠牙周炎模型	基因表达数据，炎症反应数据	健康个体和牙周炎患者的牙龈组织样本，小鼠模型
3568	2025-02-27	Targeted delivery of CCL3 reprograms macrophage antigen presentation and enhances the efficacy of immune checkpoint blockade therapy in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-23, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010947 PMID:39988347	研究论文	本研究探讨了CCL3在调节肝细胞癌（HCC）肿瘤免疫微环境（TIME）中的作用，并展示了其通过增强抗原呈递和免疫细胞招募来提高免疫检查点阻断疗法效果的潜力	首次揭示了CCL3在HCC中的免疫调节作用，特别是其在增强巨噬细胞抗原呈递和T细胞激活方面的机制，并展示了其与免疫检查点阻断疗法结合的潜力	研究主要基于临床前模型和体外实验，尚未进行大规模临床试验验证	研究CCL3在HCC肿瘤免疫微环境中的作用及其对免疫治疗效果的增强作用	肝细胞癌（HCC）的肿瘤免疫微环境（TIME）	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多重免疫荧光、共培养系统、共聚焦成像、代谢物检测	NA	基因表达数据、细胞功能数据、代谢数据	人类HCC样本（来自The Cancer Genome Atlas数据库）及临床前HCC模型
3569	2025-02-27	SREBF1-based metabolic reprogramming in prostate cancer promotes tumor ferroptosis resistance 2025-Feb-23, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02354-7 PMID:39988626	研究论文	本研究探讨了前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	通过单细胞测序和转录因子调控网络分析，首次揭示了SREBF1在前列腺癌代谢重编程和铁死亡抵抗中的关键作用，并验证了SREBF1抑制剂的治疗效果	研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证	探讨前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, hdWGCNA, bulk RNA分析	NA	RNA测序数据	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织样本
3570	2025-02-27	Osteocyte connexin hemichannels and prostaglandin E2 release dictate bone marrow mesenchymal stromal cell commitment 2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412144122 PMID:39937859	研究论文	本文揭示了骨细胞连接蛋白43（Cx43）半通道在调控骨髓间充质干细胞和祖细胞（BM-MSPCs）命运决定中的关键作用	首次揭示了Cx43半通道通过释放前列腺素E2（PGE2）调控BM-MSPCs的成骨和成脂分化，提供了骨细胞与BM-MSPCs之间精确调控的通信机制	研究主要基于转基因小鼠模型，尚未在人类细胞或临床样本中验证	探讨骨细胞如何与BM-MSPCs通信以协调骨形成	骨髓间充质干细胞和祖细胞（BM-MSPCs）	细胞生物学	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	两种转基因小鼠模型（R76W和Δ130 to 136）
3571	2025-02-27	Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636743 PMID:39975302	研究论文	本文研究了长期饮酒（CAC）如何增强造血干细胞和祖细胞（HSPCs）向破骨细胞前体的分化能力	首次揭示了CAC通过改变HSPCs的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力	研究主要基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨长期饮酒对造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化能力的影响	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体	生物医学	骨质疏松	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	恒河猴模型
3572	2025-02-27	paraCell: a novel software tool for the interactive analysis and visualization of standard and dual host-parasite single-cell RNA-seq data 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf091 PMID:39988320	研究论文	本文介绍了一种名为paraCell的新型软件工具，用于交互式分析和可视化标准及双宿主-寄生虫单细胞RNA测序数据	paraCell软件工具的创新之处在于其允许用户无需编程技能即可可视化和分析预加载的单细胞数据，且源代码免费提供以支持远程安装	尽管paraCell降低了分析单细胞数据的门槛，但其功能和性能可能受限于预加载数据的质量和多样性	开发一个易于使用的软件工具，以促进寄生虫学领域对单细胞转录组数据的广泛利用	单细胞RNA测序数据，特别是涉及寄生虫及其宿主相互作用的数据	生物信息学	寄生虫感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	包括已发表的Plasmodium和Trypanosoma数据集，以及新生成的Toxoplasma-mouse和Theileria-cow scRNA-seq数据集
3573	2025-02-27	Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.634337 PMID:39975309	研究论文	本文探讨了短读RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，并进行了针对性实验以研究片段长度、PCR升温速率和核糖体耗竭的影响	本文通过实验和数据分析，挑战了先前关于RNA-Seq非均匀性来源的假设，提供了新的见解	研究结果与先前出版物或建议相矛盾，可能需要进一步验证	研究RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，以改进实验协议和分析方法	RNA-Seq数据中的非均匀覆盖现象	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	使用了不同样本质量、PCR循环数、逆转录酶和技术或生物学重复的现有数据集
3574	2025-02-27	Trajectory Inference with Cell-Cell Interactions (TICCI): intercellular communication improves the accuracy of trajectory inference methods 2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf027 PMID:39898810	研究论文	本文介绍了一种名为TICCI的新方法，通过整合细胞间通讯信息来提高单细胞转录组分析中细胞分化轨迹推断的准确性	TICCI通过引入细胞间通讯信息，解决了现有细胞分化轨迹推断算法在高维度、噪声和用户需要特定生物信息方面的挑战	NA	提高单细胞转录组分析中细胞分化轨迹推断的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Louvain分区算法、Chu-Liu算法、改进的扩散拟合时间算法	单细胞RNA测序数据	NA
3575	2025-02-27	Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling 2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635571 PMID:39975088	研究论文	本研究通过人源化小鼠模型，利用空间转录组学分析，揭示了HIV和结核共感染早期的转录模式、免疫反应和形态学改变信号	首次在HIV和结核共感染的人源化小鼠模型中，使用空间转录组学技术揭示早期免疫细胞浸润和转录模式的变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全反映人类感染情况	理解HIV和结核共感染早期免疫细胞浸润和转录模式的变化	人源化小鼠模型	数字病理学	结核病	空间转录组学	NA	转录组数据	人源化小鼠感染后三周的肺样本
3576	2025-02-27	Resolving Resident Colonic Muscularis Macrophage Diversity and Plasticity During Colitis 2025-01-06, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae155 PMID:39102823	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，调查了正常结肠和右旋糖酐硫酸钠诱导的结肠炎中肠肌层固有层的免疫细胞群体，揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性，并验证了其在不同条件下的表型变化	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本的验证相对有限	研究结肠炎期间结肠肌层固有层免疫细胞的多样性和可塑性	结肠肌层固有层的免疫细胞，特别是巨噬细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、免疫组织化学、流式细胞术、细胞谱系追踪	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像、流式细胞术数据	动物模型（小鼠）和人类溃疡性结肠炎患者的样本
3577	2025-02-27	Deciphering the cellular and molecular landscape of pulmonary fibrosis through single-cell sequencing and machine learning 2025-Jan-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06031-8 PMID:39748378	研究论文	本研究利用单细胞测序和机器学习技术，揭示了肺纤维化的复杂细胞和分子机制，旨在提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	通过单细胞测序和机器学习分析，发现了与肺纤维化相关的新的基因特征和免疫细胞特征，并开发了具有更高精度的诊断模型	研究主要基于肺纤维化患者的肺组织样本，样本来源和数量可能限制了结果的普适性	揭示肺纤维化的细胞和分子机制，提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	肺纤维化患者的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序	机器学习	基因表达数据	肺纤维化患者的肺组织样本
3578	2025-02-27	Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV 2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgae369 PMID:38820087	研究论文	本文通过单细胞分析皮下脂肪，揭示了与HIV感染者内脏脂肪量相关的纤维化细胞	首次在HIV感染者中，通过单细胞RNA测序技术，揭示了皮下脂肪中特定细胞类型和转录程序与内脏脂肪量的关系	需要进一步的纵向研究来确定因果关系和机制	研究HIV感染者中皮下脂肪的细胞类型组成和转录程序与内脏脂肪量的关系	HIV感染者	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	92名参与者进行了皮下脂肪活检用于批量RNA测序，43名参与者进行了单细胞RNA测序
3579	2025-02-27	An organotypic atlas of human vascular cells 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03376-x PMID:39566559	研究论文	本研究整合了19个人体器官和组织的单细胞转录组数据，定义了约67,000个细胞中的42种血管细胞状态，揭示了血管细胞在分子水平上的多样性和器官特异性特征	首次系统地定义了人类血管细胞的器官特异性分子特征，并揭示了血管细胞间的分子交流途径	研究主要基于单细胞转录组数据，可能未完全捕捉到蛋白质水平和细胞功能的变化	揭示人类血管细胞在不同器官和组织中的分子特征和功能差异	人类血管细胞，包括内皮细胞和壁细胞	生物信息学	血管疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	约67,000个细胞，来自62名捐赠者
3580	2025-02-27	cfDiffusion: diffusion-based efficient generation of high quality scRNA-seq data with classifier-free guidance 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf071 PMID:39987461	研究论文	本文提出了一种基于扩散模型的新方法cfDiffusion，用于高效生成高质量的scRNA-seq数据，并采用无分类器引导和高级特征缓存机制	cfDiffusion方法通过无分类器引导和缓存机制显著降低了模型开发的训练成本，并在生成多属性单细胞数据方面表现出优越的表达能力和效率	cfDiffusion的推理时间仍然比scDiffusion长	解决传统scRNA-seq模拟数据方法在数据分布和多属性细胞模拟方面的局限性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	扩散模型	基因表达数据	多个测序平台的数据集