单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27818 篇文献，本页显示第 3561 - 3580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3561 | 2025-03-25 |
Lysozyme modulates inflammatory responses to exacerbate the severity of rheumatoid arthritis
2025-Apr-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114427
PMID:40056513
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研究论文 | 该研究探讨了溶菌酶（LYZ）在类风湿性关节炎（RA）中的作用及其作为早期RA诊断生物标志物或治疗靶点的潜力 | 首次揭示了LYZ在早期RA患者血浆和滑膜巨噬细胞中的高表达，并通过基因敲除和沉默实验验证了LYZ在RA炎症调控中的作用 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在更大规模的人类临床样本中验证LYZ的临床应用价值 | 探索RA的新治疗靶点或生物标志物以改善治疗效果 | 早期RA患者、CAIA小鼠模型和MH7A细胞 | NA | 类风湿性关节炎 | 血浆蛋白质组学、滑膜液单细胞测序分析、RNA-Seq | CAIA小鼠模型 | 蛋白质表达数据、基因表达数据 | 未明确说明样本数量，涉及早期RA患者、CAIA小鼠和MH7A细胞 |
| 3562 | 2025-03-25 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals a Stereoscopic Response of Rice Leaf Cells to Magnaporthe oryzae Infection
2025-Mar-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202416846
PMID:40123572
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研究论文 | 该研究利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的三维响应 | 首次构建了水稻叶片的单细胞转录组图谱，揭示了细胞特异性和多维度的免疫响应机制 | NA | 研究水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的免疫响应机制 | 水稻叶片细胞和稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae) | 植物病理学 | 稻瘟病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 236,708个单细胞转录组 |
| 3563 | 2025-03-25 |
Exosomal PKM2: A Noninvasive Diagnostic Marker Linking Macrophage Metabolic Reprogramming to Gastric Cancer Pathogenesis
2025-Mar-24, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70056
PMID:40126044
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research paper | 该研究探讨了血浆外泌体PKM2作为胃癌诊断标志物的潜力及其在肿瘤微环境中通过调控巨噬细胞代谢重编程促进胃癌发展的机制 | 首次揭示外泌体PKM2通过抑制SCAP多聚泛素化激活SREBP1相关脂质合成通路促进胃癌发展的分子机制 | 样本量相对有限（216例），且机制研究主要在细胞水平进行 | 探究外泌体PKM2在胃癌诊断和发病机制中的作用 | 胃癌患者和健康供体的血浆样本（216例）及肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤生物学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序、Kaplan-Meier分析 | NA | 血液样本、单细胞转录组数据 | 216例血液样本（胃癌患者和健康对照） |
| 3564 | 2025-03-25 |
Time, the final frontier
2025-Mar-24, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70025
PMID:40126098
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研究论文 | 本文主张将时间动态整合到癌症研究中，强调从传统的终点实验向数据驱动的连续方法的根本转变 | 提出将时间动态整合到癌症研究中，开发先进的活体成像技术、创新的时间组学方法和新型计算工具 | 未提及具体的技术实施细节或实验验证结果 | 探索肿瘤的时间动态变化，以更全面地理解肿瘤的异质性和进化 | 肿瘤及其微环境 | 数字病理学 | 癌症 | 活体成像技术、时间组学方法 | NA | 时间序列数据 | NA |
| 3565 | 2025-03-25 |
Halofuginone Disrupted Collagen Deposition via mTOR-eIF2α-ATF4 Axis to Enhance Chemosensitivity in Ovarian Cancer
2025-Mar-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202416523
PMID:40126173
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研究论文 | 研究通过靶向胶原重塑细胞外基质（ECM）来增强卵巢癌化疗敏感性的策略 | 发现Halofuginone（HF）通过mTOR-eIF2α-ATF4轴抑制COL1A1产生，破坏胶原沉积并促进CD8+ T细胞浸润，从而增强化疗敏感性 | NA | 探索靶向ECM重塑以增强卵巢癌化疗敏感性的策略 | 卵巢癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和细胞外基质（ECM） | 癌症研究 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3566 | 2025-03-25 |
Single-Cell Analysis Clarifies Pathological Heterogeneity in Tenosynovial Giant Cell Tumor and Identifies Biomarkers for Predicting Disease Recurrence
2025-Mar-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415835
PMID:40126353
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析弥漫型和局限型腱鞘巨细胞瘤的转录差异，揭示疾病复发预测的生物标志物 | 发现D-TGCT中独特的肿瘤细胞簇及其通过COL6A3-(ITGAV+ITGB8)相互作用调控成纤维细胞分化的机制，并鉴定出预测疾病复发的生物标志物ROR1和PRKD1 | NA | 阐明弥漫型腱鞘巨细胞瘤的侵袭性行为机制并寻找疾病复发预测标志物 | 人类弥漫型(D-TGCT)和局限型(L-TGCT)腱鞘巨细胞瘤病变组织 | 单细胞组学 | 腱鞘巨细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 3567 | 2025-03-25 |
eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis
2025-Mar-24, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC
PMID:40126452
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research paper | 该研究探讨了eNAMPT作为人类和临床前IPF治疗靶点的潜力，并评估了ALT-100单克隆抗体的治疗效果 | 首次将eNAMPT鉴定为肺纤维化的新型DAMP和治疗靶点，并展示了ALT-100单抗的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要更大规模的临床试验验证 | 探索eNAMPT在肺纤维化中的作用并评估其作为治疗靶点的潜力 | IPF患者和小鼠模型 | NA | 肺纤维化 | bulk和单细胞RNA测序 | NA | 血液、PBMCs、肺组织样本 | IPF患者样本和C57Bl6小鼠模型 |
| 3568 | 2025-03-25 |
Endothelial-like cancer-associated fibroblasts facilitate pancreatic cancer metastasis via vasculogenic mimicry and paracrine signalling
2025-Mar-23, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333638
PMID:40122596
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research paper | 该研究识别了一种新型的前肿瘤性癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型，该亚型通过血管生成拟态和旁分泌信号促进胰腺癌转移 | 发现FAPα+CD144+内皮样CAFs(endoCAFs)并通过CD144-β-catenin-STAT3信号轴阐明其促进转移的机制，开发了靶向siRNA递送纳米系统 | 未明确说明样本量大小，且机制研究主要在动物模型中进行 | 鉴定胰腺导管腺癌(PDAC)中具有血管生成拟态功能的新型CAF亚型并探索其促转移机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)微环境中的FAPα+CD144+内皮样CAFs | 肿瘤微环境 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、mIHC、细胞因子阵列分析、RNA测序、IP-质谱、ChIP和荧光素酶分析 | KPC小鼠模型(LSL-KrasG12D/+, LSL-Trp53R172H/+和Pdx1-Cre) | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA |
| 3569 | 2025-03-25 |
Mapping molecular landscapes in triple-negative breast cancer: insights from spatial transcriptomics
2025-Mar-22, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04057-3
PMID:40119898
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review | 本文综述了空间转录组学在三阴性乳腺癌肿瘤微环境研究中的应用及其在精准医学中的潜力 | 利用空间转录组学技术揭示三阴性乳腺癌的肿瘤微环境异质性，识别空间生物标志物，并预测免疫治疗反应 | 需要进一步发展空间转录组学技术、计算工具和多中心合作以促进其临床应用 | 探讨空间转录组学在三阴性乳腺癌研究中的应用及其对精准医学的贡献 | 三阴性乳腺癌的肿瘤微环境 | digital pathology | breast cancer | spatial transcriptomics | AI-based spatial analysis | transcriptomic data | NA |
| 3570 | 2025-03-25 |
Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells
2025-Mar-22, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.70021
PMID:40120139
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research paper | 该研究揭示了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中通过介导效应调节性T细胞（eTregs）的分化来阻碍PD-1阻断反应的机制 | 首次阐明了JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进eTregs分化，从而导致免疫逃避和抗PD-1治疗抵抗的具体机制 | 研究主要基于HGSOC样本，其他类型卵巢癌或实体瘤的适用性需要进一步验证 | 阐明JAG2+ TANs在HGSOC肿瘤免疫抑制微环境中的作用机制 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者样本和肿瘤相关中性粒细胞 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | 多重免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外共培养系统、肿瘤移植小鼠模型 | 患者来源肿瘤类器官（PDTOs）模型和异种移植模型 | 临床样本数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据 | 304例HGSOC样本（274例构成两个独立队列，30例用于建立PDTOs） |
| 3571 | 2025-03-25 |
DNA methylation changes during acute COVID-19 are associated with long-term transcriptional dysregulation in patients' airway epithelial cells
2025-Mar-21, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00215-5
PMID:40119174
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研究论文 | 本研究通过DNA甲基化和单细胞RNA测序技术，探讨了COVID-19患者急性期DNA甲基化变化与长期转录调控异常的关系 | 首次揭示了COVID-19急性期DNA甲基化变化与长期呼吸道基因表达失调的关联，特别是纤毛功能相关基因的持续抑制 | 样本量相对较小(n=19患者)，长期随访样本更少(n=5) | 阐明SARS-CoV-2感染后持续健康影响的分子机制 | COVID-19患者和对照组的鼻上皮细胞 | 表观遗传学 | COVID-19 | 酶促DNA甲基化测序，单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组甲基化数据，单细胞转录组数据 | 急性期：19例患者(14例scRNA-seq)和14例对照(10例scRNA-seq)；随访期：3个月(n=7)和12个月(n=5)；验证队列：15例(感染后6个月) |
| 3572 | 2025-03-25 |
SENSITIVITY BASED MODEL AGNOSTIC SCALABLE EXPLANATIONS OF DEEP LEARNING
2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.21.639516
PMID:40093081
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research paper | 本文介绍了一种名为SensX的模型无关可解释AI框架，用于解释深度学习模型的内部机制 | SensX在准确性和计算时间上优于当前最先进的XAI方法，并能扩展到解释具有超过150,000个特征的视觉变换器模型 | NA | 开发一种可扩展的模型无关解释方法，以揭示深度学习模型从数据中学到的机制关系 | 深度学习模型（特别是视觉变换器模型和用于单细胞RNA-seq数据注释的DNNs） | machine learning | NA | single-cell RNA-seq | DNNs, ViT | gene expression data, facial images | NA |
| 3573 | 2025-03-25 |
Analysis of Head and Neck Cancer scRNA-seq Data Identified PRDM6 Promotes Tumor Progression by Modulating Immune Gene Expression
2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.04.641548
PMID:40093183
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研究论文 | 通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据，发现PRDM6通过调节免疫基因表达促进肿瘤进展 | 首次揭示了PRDM6在促进肿瘤细胞增殖中的新作用，并发现HPV病毒致癌蛋白上调PRDM6表达 | 研究样本量有限，未进行大规模临床验证 | 探索头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因的调控机制及其在肿瘤进展中的作用 | 头颈鳞状细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 头颈癌 | scRNA-seq | IRIS3 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 3574 | 2025-03-25 |
Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration for comprehensive human reference atlas
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.637075
PMID:40093094
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research paper | 本文系统评估了单细胞多模态数据整合方法，用于构建全面的人类参考图谱 | 开发了可解释的机器学习工具scOMM，并系统评估了整合策略，提高了细胞类型识别和分辨率 | 研究主要关注肾脏皮层，可能不适用于所有复杂组织 | 评估单细胞多模态数据整合方法在构建人类参考图谱中的应用 | 119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者的肾脏皮层 | single-cell analysis | NA | scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq | interpretable machine learning (scOMM) | single-cell multimodal data | 119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者 |
| 3575 | 2025-03-25 |
Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping
2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.01.18.25320755
PMID:40093202
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research paper | 提出了一种名为jaxQTL的高效单细胞eQTL映射框架，用于分析大规模单细胞转录组数据 | jaxQTL使用高效的基于计数的模型，能够识别低表达eGenes，并提高了对远端eQTLs的检测能力 | 虽然jaxQTL提高了eQTL的检测能力，但尚未完全解决GWAS与eQTLs之间的缺失联系 | 开发一种高效的单细胞eQTL映射方法，以识别疾病相关的eQTLs | 单细胞转录组数据中的eQTLs | 生物信息学 | 类风湿性关节炎 | scRNA-seq | 负二项模型 | 单细胞转录组数据 | 982个样本 |
| 3576 | 2025-03-25 |
Asymmetric Histone Inheritance Regulates Differential Transcription Re-initiation and Cell Fate Decisions in Mouse Olfactory Horizontal Basal Cells
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.02.641101
PMID:40093102
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠嗅觉上皮中细胞分裂模式和组蛋白遗传模式，揭示了不对称组蛋白遗传在成年干细胞谱系中的生物学意义 | 首次在哺乳动物成年干细胞谱系中发现不对称组蛋白遗传现象，并阐明其与组织再生和动物行为的关联 | 研究仅聚焦于小鼠嗅觉水平基底细胞，其他干细胞系统的适用性尚待验证 | 探索哺乳动物中表观遗传的机制及其在细胞命运决定中的作用 | 小鼠嗅觉上皮的水平基底细胞(HBCs) | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠嗅觉上皮组织 |
| 3577 | 2025-03-25 |
Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.04.640006
PMID:40093165
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，解码了果蝇腿部运动神经元回路的发育过程 | 开发了新型计算工具ConnectionMiner，首次实现了通过整合转录组和连接组数据来解析神经回路组装机制 | 研究仅针对果蝇腿部运动系统，结论在其他神经系统中的普适性有待验证 | 解析运动神经元回路在发育过程中如何建立连接 | 果蝇腿部运动神经元和前运动神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq)，电子显微镜连接组学 | ConnectionMiner(新型计算工具) | 基因表达数据，神经连接数据 | 多个时间点的果蝇腿部运动神经元单细胞数据 |
| 3578 | 2025-03-25 |
CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.15.638331
PMID:40027773
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研究论文 | 介绍了一种名为CITEgeist的新工具，该工具利用抗体捕获技术从同一组织切片中解卷积空间转录组数据 | CITEgeist通过直接利用同一组织切片的细胞表面蛋白测量，避免了依赖scRNA-seq参考的限制，提供了一种经济高效且生物学基础坚实的替代方案 | 未明确提及具体限制，但可能依赖于抗体捕获技术的可用性和质量 | 开发一种无需scRNA-seq参考的空间转录组数据解卷积方法 | 空间转录组数据，特别是密集肿瘤微环境中的细胞类型解析 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 抗体捕获技术，空间转录组学 | 数学优化模型 | 空间转录组数据 | 模拟数据和来自正在进行临床试验的ER+乳腺癌肿瘤的临床样本 |
| 3579 | 2025-03-25 |
Proinflammatory immune cells disrupt angiogenesis and promote germinal matrix hemorrhage in prenatal human brain
2024-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01769-2
PMID:39349662
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research paper | 该研究揭示了产前人类大脑中促炎性免疫细胞如何破坏血管生成并促进生发基质出血的机制 | 首次展示了小胶质细胞与新生血管的年龄依赖性相互作用，并发现GMH患儿CD45细胞中活化的中性粒细胞和单核细胞通过产生促炎因子破坏血管完整性 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外分析，需要进一步验证这些发现在活体人类大脑中的适用性 | 探究早产儿生发基质出血(GMH)的发病机制 | 产前小鼠和人类大脑组织、早产儿CD45免疫细胞 | 神经发育疾病研究 | 生发基质出血(GMH) | 单细胞转录组学、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类早产儿样本 |
| 3580 | 2025-03-25 |
Twin study identifies early immunological and metabolic dysregulation of CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-09-27, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adj8094
PMID:39331727
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体分析，比较了多发性硬化症（MS）患者及其同卵双胞胎的CD8+ T细胞克隆，揭示了MS早期免疫和代谢失调的特征 | 首次在MS患者及其同卵双胞胎中，通过单细胞分析揭示了CD8+ T细胞的免疫和代谢异常，为MS的早期诊断和治疗提供了新靶点 | 研究样本量有限，且主要基于同卵双胞胎，可能无法完全代表更广泛的人群 | 探讨CD8+ T细胞在多发性硬化症（MS）病理中的作用及其早期免疫和代谢变化 | 同卵双胞胎中的CD8+ T细胞克隆，包括血液和脑脊液样本 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 高通量单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，T细胞受体数据 | 同卵双胞胎对及独立的MS患者验证队列 |