单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3561	2025-02-21	Comprehensive single-cell analysis deciphered the immunoregulatory mechanism of TPPU in alleviating sepsis-related acute liver injury 2025-Feb-15, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.018 PMID:39956402	研究论文	本研究利用单细胞分析技术探讨了TPPU在缓解脓毒症相关急性肝损伤中的免疫调节机制	首次通过单细胞分辨率全面解析了TPPU对脓毒症相关急性肝损伤的免疫调节作用，揭示了其通过促进抗炎性巨噬细胞和中性粒细胞的扩增以及改变细胞间通讯来发挥保护作用的机制	研究仅限于小鼠模型，未在人体中进行验证	探讨TPPU在缓解脓毒症相关急性肝损伤中的免疫调节机制	脓毒症相关急性肝损伤小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、RNA测序、蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、单细胞数据	小鼠模型
3562	2025-02-21	Interpretable AI for inference of causal molecular relationships from omics data 2025-Feb-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk0837 PMID:39951525	研究论文	本文提出了一种新的工具CIMLA，用于从高维数据中发现分子关系，并应用于阿尔茨海默病的基因调控网络分析	CIMLA工具通过机器学习模型和特征归因模型，在特定假设下估计因果量，从而提供基因调控关系的精确定义，并在处理混杂变量方面表现出更高的鲁棒性和准确性	CIMLA的性能依赖于特定假设，且在实际应用中可能受到数据质量和样本量的限制	从高维数据中发现分子关系，特别是基因调控网络的差异	基因调控网络	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	机器学习模型	高维数据	已发表的单细胞RNA测序数据集，包括患有和未患有阿尔茨海默病的受试者
3563	2025-02-21	ERK plays a conserved dominant role in pancreas cancer cell EMT heterogeneity driven by diverse growth factors and chemotherapies 2025-Feb-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.08.637251 PMID:39975093	研究论文	本文通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息建模，研究了胰腺癌细胞中EMT异质性的信号蛋白水平	使用互信息建模预测了ERK在胰腺癌细胞EMT异质性中的主导作用，并发现JNK在MEK抑制时的补偿作用	单细胞转录组学仅限于基于本体的间接推断，细胞群体水平的研究存在固有困难	研究胰腺癌细胞中EMT异质性的信号通路，以促进化疗反应	胰腺癌细胞和肿瘤	生物信息学	胰腺癌	迭代间接免疫荧光成像，互信息建模	互信息模型	蛋白质测量数据	NA
3564	2025-02-21	NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf074 PMID:39970285	研究论文	本文研究了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺陷背景下对Rett综合征（RTT）中蛋白质稳态和mRNA定位的调控作用及其对自噬失调的影响	揭示了NEAT1在MeCP2功能中的关键作用，特别是通过RNA-RNA相互作用调控自噬基因的表达和亚细胞定位，从而影响自噬复合物的生物发生	研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨NEAT1在MeCP2缺陷导致的Rett综合征中的作用机制	人类神经细胞和RTT患者样本	神经科学	Rett综合征	单细胞RNA测序和分子分析	NA	RNA测序数据	人类神经细胞和RTT患者样本
3565	2025-02-21	Targeting FGFR4 Abrogates HNF1A-driven Metastasis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.06.636643 PMID:39974881	研究论文	本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的机制，并验证了FGFR4抑制剂在减少HNF1A驱动的转移中的有效性	首次发现HNF1A通过上调FGFR4驱动PDAC转移，并验证了FGFR4抑制剂在减少转移中的潜在治疗作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证FGFR4抑制剂的效果	探索HNF1A在PDAC转移中的作用，并寻找针对HNF1A依赖性表型的靶向治疗方法	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞和小鼠模型	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、组织微阵列（TMA）分析、UMAP空间分析、RNA干扰、FGFR4抑制剂（H3B-6527和U3-1784）	小鼠异种移植模型	RNA测序数据、组织微阵列数据	ATCC和患者来源的PDAC细胞、小鼠模型
3566	2025-02-21	Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.31.634947 PMID:39975181	研究论文	本研究探讨了门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制，特别是VCAM-1和表达骨桥蛋白的巨噬细胞的作用	揭示了肝动脉血流增加通过VCAM-1和Spp1+巨噬细胞介导的门管区纤维化的新机制	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制	Sprague-Dawley大鼠	病理生理学	门静脉高压症	microCT、单细胞RNA测序、RNA-FISH	NA	图像、转录组数据	Sprague-Dawley大鼠
3567	2025-02-21	Single-cell Transcriptomics Unravel Stereocilia Degeneration as a Key Contributor to Age-related Vestibular Dysfunction in Mice and Humans 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636113 PMID:39975332	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了年龄相关前庭功能障碍（ARVD）中毛细胞（HCs）老化的分子机制，并指出毛束退化是ARVD的关键因素	首次在单细胞水平上揭示了小鼠和人类前庭毛细胞老化的分子特征，并发现毛束退化在HCs丢失之前发生，强调了机械转导退化在ARVD中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尽管在人类样本中也观察到类似特征，但仍需进一步验证	探究年龄相关前庭功能障碍（ARVD）的分子机制，特别是毛细胞老化的影响	小鼠和人类的前庭毛细胞（HCs）	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	年轻和年老小鼠的前庭毛细胞，以及老年人类前庭毛细胞
3568	2025-02-21	Model Architecture Analysis and Implementation of TENET for Cell-Cell Interaction Network Reconstruction Using Spatial Transcriptomics Data 2025-Feb-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5205 PMID:39968356	研究论文	本文提出了一种基于三重增强的图神经网络（TENET）方法，用于从空间转录组学（ST）数据中重建细胞-细胞相互作用（CCI）网络	提出了一种新的三重增强图神经网络（TENET）方法，结合了多种CCI模式和下游基因调控网络（GRN）作为输入，考虑了全局和局部的细胞及遗传特征	未明确提及具体局限性	实现更全面和精确的细胞-细胞相互作用网络重建	细胞-细胞相互作用网络	机器学习	NA	空间转录组学（ST）	图神经网络（GNN）	空间转录组学数据	真实和合成的ST数据集
3569	2025-02-21	Hypoxia-induced histone methylation and NF-κB activation in pancreas cancer fibroblasts promote EMT-supportive growth factor secretion 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635486 PMID:39974981	研究论文	本文研究了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中缺氧诱导的组蛋白甲基化和NF-κB激活如何促进癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌支持上皮-间质转化（EMT）的生长因子	揭示了缺氧条件下CAFs通过IGF-2和HGF促进PDAC癌细胞EMT的机制，并发现活性氧激活的NF-κB与缺氧依赖性组蛋白甲基化共同作用促进这些生长因子的表达	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨缺氧条件下CAFs如何通过生长因子介导的细胞间通讯促进PDAC癌细胞的EMT	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和癌细胞	癌症生物学	胰腺癌	单细胞转录组分析、抑制剂筛选	NA	转录组数据、小鼠模型数据	患者肿瘤样本和小鼠模型
3570	2025-02-21	Identification of High-Risk Cells in Single-Cell Spatially Resolved Transcriptomics Data Using Deep Transfer Learning 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635803 PMID:39975321	研究论文	本文介绍了一种名为DEGAS的深度迁移学习算法，用于在单细胞空间分辨转录组数据中识别高风险细胞和区域	DEGAS算法通过基因表达数据的潜在表示和领域适应，将疾病属性从患者转移到单个细胞，解决了现有方法无法将单个细胞与疾病属性关联的问题	NA	识别单细胞空间分辨转录组数据中的高风险细胞和区域，以深入了解特定疾病过程	肿瘤样本中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	深度迁移学习	单细胞空间分辨转录组数据	包括10X Genomics Xenium和Nanostring CosMx平台的数据，以及新生成的T2D Xenium数据集和公开的黑色素瘤Xenium数据集
3571	2025-02-21	Nicotinamide N-methyltransferase negatively regulates metastasis-promoting property of cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma 2025-Feb, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12633 PMID:39623600	研究论文	本研究探讨了烟酰胺N-甲基转移酶（NNMT）在肺腺癌（LUAD）中的代谢和表观遗传调控作用	揭示了NNMT在癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的代谢和表观遗传调控功能，扩展了对LUAD转移调控的理解	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探索NNMT在LUAD中的代谢和表观遗传调控机制	肺腺癌（LUAD）及其癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症研究	肺癌	非靶向代谢组学分析、单细胞RNA测序（RNA-seq）、多重免疫荧光分析、染色质免疫共沉淀-PCR	NA	代谢组数据、RNA-seq数据、免疫组化数据	NA
3572	2025-02-21	Mouse gut blueprint: regionality and resilience 2025-Feb, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2025.01.004 PMID:39880712	研究论文	Mayassi及其同事利用空间转录组学创建了小鼠肠道的全面蓝图，探索其在扰动条件下的适应性和恢复力	首次利用空间转录组学技术详细描绘了小鼠肠道的区域化结构及其在外部挑战下的适应性反应	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物的肠道研究	探索小鼠肠道的区域化结构及其在扰动条件下的适应性和恢复力	小鼠肠道	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	未明确提及样本数量
3573	2025-02-21	Decidual stromal cells: fibroblasts specialized in immunoregulation during pregnancy 2025-Feb, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2024.12.007 PMID:39947975	研究论文	本文探讨了蜕膜基质细胞（DSCs）在妊娠期间免疫调节机制中的作用，防止母体免疫系统对胎儿的排斥	通过单细胞RNA测序技术揭示了人类和小鼠DSCs的不同类型及其在正常和病理妊娠中的免疫反应作用	NA	研究蜕膜基质细胞在妊娠期间的免疫调节功能	蜕膜基质细胞（DSCs）	生物医学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类和小鼠的蜕膜基质细胞
3574	2025-02-21	Integrating multiscale mathematical modeling and multidimensional data reveals the effects of epigenetic instability on acquired drug resistance in cancer 2025-Feb, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012815 PMID:39951474	研究论文	本文通过整合多维数据和多尺度数学模型，揭示了表观遗传不稳定性对癌症获得性耐药的影响	开发了一种新的多尺度数学模型，结合了表观遗传和细胞群体动力学，揭示了表观遗传不稳定性在药物耐受性细胞亚群出现和间歇治疗有效性中的关键作用	研究主要基于PC9细胞的数据，可能需要在其他癌症类型中进行验证	研究癌症获得性耐药的生物和动态机制，特别是药物耐受性细胞的作用	药物耐受性细胞（DTP细胞）和肺癌细胞	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序（RNA-seq）	多尺度数学模型	基因组数据	PC9细胞
3575	2025-02-21	Spatial Transcriptomics Reveals Cancer and Stromal Cell Heterogeneity Between Center and Invasive Front of Pancreatic Cancer 2025-Jan-29, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100726 PMID:39889965	研究论文	本研究利用数字空间分析技术比较了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）的转录组特征	首次在空间上揭示了PDAC肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和CAFs的转录异质性，并发现侵袭前沿的细胞具有更高的细胞应激、增殖、糖酵解和上皮-间质转化（EMT）相关通路活性	研究样本量较小，仅包括4个PDAC病例，且未涵盖所有PDAC亚型	探究PDAC肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和CAFs的转录异质性	胰腺导管腺癌（PDAC）的癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胰腺癌	数字空间分析（GeoMx系统）	NA	转录组数据	4个PDAC病例，17个PDAC样本用于免疫组化验证
3576	2025-02-21	FastCCC: A permutation-free framework for scalable, robust, and reference-based cell-cell communication analysis in single cell transcriptomics studies 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635115 PMID:39975391	研究论文	本文介绍了FastCCC，一种无需排列的框架，用于在单细胞转录组学研究中实现可扩展、稳健且基于参考的细胞间通讯分析	FastCCC采用快速傅里叶变换卷积计算p值，无需排列，引入模块化代数操作框架捕捉广泛的细胞间通讯模式，并能利用大规模单细胞参考数据增强用户收集数据集的细胞间通讯分析	NA	开发一种新的方法来检测单细胞转录组学研究中的细胞间通讯，以理解多细胞生物的功能	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学	快速傅里叶变换卷积	单细胞转录组数据	约1600万细胞，涵盖19种不同组织类型和450多种独特细胞类型
3577	2025-02-21	Reversal of inflammatory reprogramming by vasodilator agents in pulmonary hypertension 2025-Jan, ERJ open research IF:4.3Q1 DOI:10.1183/23120541.00486-2024 PMID:39811555	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，评估了肺动脉高压（PAH）患者外周血单核细胞（PBMCs）在血管扩张剂治疗前后的基因表达和网络连接变化，揭示了血管扩张剂对炎症转录和通路的逆转作用	首次通过单细胞RNA测序技术系统地评估了PAH患者PBMCs在血管扩张剂治疗前后的炎症转录和网络连接变化，揭示了血管扩张剂的抗炎活性	样本量较小，特别是对照组和治疗组之间的样本量不平衡，可能影响结果的普遍性	研究血管扩张剂对PAH患者炎症反应的逆转作用，并探索其作为诊断和预后工具的潜力	肺动脉高压（PAH）患者，包括特发性PAH（iPAH）和系统性硬化症相关PAH（sscPAH）患者，以及非PAH对照组	生物信息学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	对照组3人，未治疗的PAH患者4人，PDE5i治疗3个月后的PAH患者7人，PDE5i+macitentan治疗3个月后的PAH患者6人
3578	2025-02-21	Competing endogenous RNA networks in ovarian cancer: from bench to bedside 2025, EXCLI journal IF:3.8Q1 DOI:10.17179/excli2024-7827 PMID:39967908	综述	本文综述了竞争性内源RNA（ceRNA）网络在卵巢癌中的重要性，包括其在癌症发生、治疗、诊断和预后中的作用	提供了关于ceRNA网络在卵巢癌中作用的最新综述，并展望了单细胞RNA测序和个性化医疗时代的未来研究方向	主要基于已有文献的综述，缺乏新的实验数据支持	探讨ceRNA网络在卵巢癌中的作用及其在治疗、诊断和预后中的潜在应用	卵巢癌细胞中的miRNAs、circRNAs、lncRNAs和ceRNAs	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
3579	2025-02-21	SuperSpot: coarse graining spatial transcriptomics data into metaspots 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae734 PMID:39657949	研究论文	本文介绍了一种名为SuperSpot的工作流程，用于将空间转录组学数据中的相邻且转录组相似的斑点聚合成“元斑点”，以减少数据的大小和稀疏性	提出了SuperSpot工作流程，通过图表示和层次聚类方法将空间转录组学数据中的斑点聚合成元斑点，便于分析大规模数据集	未明确提及具体局限性	开发一种方法来简化空间转录组学数据的分析	空间转录组学数据中的斑点	生物信息学	NA	空间转录组学	图表示和层次聚类	空间转录组学数据	数百万个斑点
3580	2025-02-21	FastTENET: an accelerated TENET algorithm based on manycore computing in Python 2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae699 PMID:39570606	研究论文	本文提出了一种基于多核计算的加速版TENET算法，称为FastTENET，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络	FastTENET通过数组计算优化了TENET算法，使其在多核处理器（如GPU）上加速，性能提升高达973倍	尽管FastTENET显著提升了计算速度，但其性能提升依赖于硬件（如GPU）的支持	解决TENET算法在处理大规模单细胞RNA测序数据时计算时间过长的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	TENET算法	基因表达数据	NA