单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3541 - 3560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3541 | 2025-10-06 |
Radiation-induced cellular plasticity primes glioblastoma for forskolin-mediated differentiation
2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2415557122
PMID:40009641
|
研究论文 | 本研究利用辐射诱导的细胞可塑性状态，联合毛喉素促进胶质母细胞瘤细胞分化 | 发现辐射可诱导胶质瘤细胞进入多能状态，为毛喉素介导的分化治疗创造机会 | NA | 探索辐射联合毛喉素对胶质母细胞瘤分化治疗的效果 | 胶质母细胞瘤细胞系、胶质瘤干细胞、小鼠模型 | 肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 极限稀释实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3542 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis
2025-Mar, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02080-x
PMID:39901013
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了肺纤维化中远端肺重塑相关的分子生态位失调 | 开发了基于图像的空间转录组学方法，结合细胞基础和细胞不可知分析，首次在肺纤维化中识别出分子定义的多样化空间生态位 | 研究样本数量相对有限（35个肺组织），且主要关注肺纤维化特定病理阶段 | 解析肺纤维化疾病发病机制中的空间背景和分子变化 | 人类肺组织样本，包括对照和肺纤维化患者的远端肺组织 | 空间转录组学 | 肺纤维化 | 空间转录组学，机器学习，轨迹分析 | 机器学习模型 | 空间基因表达数据，图像数据 | 35个独特肺组织的160万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3543 | 2025-10-06 |
Batch correcting single-cell spatial transcriptomics count data with Crescendo improves visualization and detection of spatial gene patterns
2025-Feb-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03479-9
PMID:40001084
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研究论文 | 提出Crescendo算法用于校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，改善基因空间模式的可视化和检测 | 开发了专门针对空间转录组数据的批次效应校正算法，能够在基因表达水平进行校正，支持跨样本和跨技术的信息整合 | NA | 解决空间转录组数据中的批次效应问题，提高基因空间模式分析的准确性 | 单细胞空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | Crescendo算法 | 基因表达计数数据 | 三个数据集，包含17万至700万个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 3544 | 2025-10-06 |
NKG2D blockade impairs tissue-resident memory T cell accumulation and reduces chronic lung allograft dysfunction
2025-Feb-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.184048
PMID:39989456
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现NKG2D阻断可抑制组织驻留记忆T细胞积累并减轻慢性肺移植功能障碍 | 首次揭示CLAD中细胞毒性CD8+ TRM通过NKG2D介导的克隆扩增机制及其在慢性排斥中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证NKG2D阻断的治疗效果 | 探索慢性肺移植功能障碍的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 肺移植患者的CLAD肺组织、肺引流淋巴结及小鼠原位肺移植模型 | 单细胞生物学 | 肺移植相关疾病 | 单细胞RNA测序, TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据 | CLAD肺组织、肺引流淋巴结及对照组组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3545 | 2025-10-06 |
Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model
2025-Feb-19, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387
PMID:39970235
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研究论文 | 本研究通过抑制YAP蛋白在大型动物模型中实现伤口无疤痕再生 | 首次在与人皮肤结构相似的红杜洛克猪模型中证实单次使用YAP抑制剂维替泊芬可实现无疤痕再生，并揭示了YAP/IL-33信号轴在大型动物伤口再生中的作用机制 | 研究虽在猪模型和人类异种移植模型中验证，但尚未进行人体临床试验 | 探究抑制机械转导对大型动物伤口愈合和再生的影响 | 红杜洛克猪伤口模型和人类新生儿包皮异种移植小鼠模型 | 再生医学 | 皮肤创伤与疤痕 | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 红杜洛克猪伤口模型和人类异种移植模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 3546 | 2025-10-06 |
Defining the regulatory logic of breast cancer using single-cell epigenetic and transcriptome profiling
2025-Feb-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100765
PMID:39914387
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研究论文 | 通过单细胞表观遗传和转录组分析揭示乳腺癌的调控逻辑 | 首次在人类乳腺癌组织中实现匹配的单细胞染色质可及性与转录组分析，识别亚型特异性肿瘤的细胞起源并发现致癌基因上调的调控机制 | 样本量有限，仅包含手术切除后立即处理的乳腺组织 | 解析乳腺癌细胞中导致转录失调的顺式调控元件 | 人类乳腺肿瘤组织、健康乳腺组织和乳腺癌细胞系 | 单细胞多组学 | 乳腺癌 | scATAC-seq, scRNA-seq, 线性混合效应模型 | 线性混合效应模型 | 单细胞表观遗传数据, 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量的人类乳腺肿瘤和健康组织 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 3547 | 2025-10-06 |
Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics
2025-Feb, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02186-3
PMID:38580861
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研究论文 | 提出了一种名为GeneTrajectory的新方法，通过最优传输度量从单细胞数据中推断基因轨迹而非细胞轨迹 | 首次将最优传输距离应用于基因分布间的计算，直接从细胞-细胞图中提取基因程序并定义基因伪时序顺序 | 未明确说明方法对技术噪声和并发基因过程的处理效果的具体量化评估 | 开发能够准确推断单细胞数据中基因时序动态的新计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 最优传输模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3548 | 2025-10-06 |
Acute Communication Between Microglia and Nonparenchymal Immune Cells in the Anti-Aβ Antibody-Injected Cortex
2025-Jan-29, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1456-24.2024
PMID:39741000
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析抗Aβ抗体注射后大脑皮层中免疫细胞的急性反应 | 首次揭示抗Aβ抗体暴露后24小时内小胶质细胞与非实质免疫细胞之间通过TGFβ信号通路的强烈通讯 | 仅观察急性时间点（24小时和3天），缺乏长期效应数据；样本量有限 | 探究抗Aβ抗体对大脑免疫反应的急性影响 | 14月龄APP转基因雄性和雌性小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | APP转基因小鼠皮层组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3549 | 2025-10-06 |
Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.16.628715
PMID:39975293
|
研究论文 | 提出一种结合单细胞基础模型和图学习的基因调控连接预测框架scRegNet | 首次将单细胞基础模型与联合图学习相结合用于基因调控网络推断 | 需要大量已知TF-DNA结合数据，实验获取成本较高且数量有限 | 解决基因调控连接预测问题，推断缺失的调控相互作用 | 基因调控网络和转录因子-DNA结合 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，ChIP-seq | 基础模型，图学习 | 基因表达数据，调控相互作用数据 | 七个单细胞RNA测序基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3550 | 2025-10-06 |
ARTEMIS integrates autoencoders and Schrödinger Bridges to predict continuous dynamics of gene expression, cell population and perturbation from time-series single-cell data
2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634618
PMID:39896674
|
研究论文 | ARTEMIS整合变分自编码器和薛定谔桥模型，从时间序列单细胞数据中预测基因表达、细胞群体和扰动的连续动态 | 将变分自编码器与非平衡扩散薛定谔桥结合，能够重建细胞轨迹、揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化 | 基于单细胞测序数据的破坏性特性，只能获得离散时间点的细胞快照 | 解决单细胞测序数据中细胞轨迹重建和动态过程理解的挑战 | 胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌细胞上皮间质转化过程 | 单细胞数据分析 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE), 非平衡扩散薛定谔桥(uDSB), 前向-后向随机微分方程(SDEs) | 单细胞基因表达数据 | 三个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3551 | 2025-10-06 |
Sexual dimorphism in the mouse bone marrow niche regulates hematopoietic engraftment via sex-specific Kdm5c/Cxcl12 signaling
2025-Jan-21, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182125
PMID:39836478
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研究论文 | 本研究揭示了小鼠骨髓微环境中通过性别特异性Kdm5c/Cxcl12信号调控造血植入的性二态性机制 | 首次发现雄性骨髓微环境通过Kdm5c介导的性二态性机制增强造血植入能力，并证明靶向Kdm5c可改善雌性骨髓微环境功能 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床中得到验证 | 探究骨髓微环境中的性二态性及其对造血植入的调控机制 | 小鼠骨髓微环境中的瘦素受体表达间充质基质细胞(LepR-MSCs) | 造血生物学 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序，骨髓移植，共培养实验 | MSC特异性Kdm5c敲除小鼠模型 | 基因表达数据，细胞功能数据 | 未明确样本数量的小鼠实验 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3552 | 2025-10-06 |
Combinatorial phenotypic landscape enables bacterial resistance to phage infection
2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.13.632860
PMID:39868116
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研究论文 | 通过细菌单细胞RNA测序研究噬菌体感染过程中细菌异质性防御机制的表达分布 | 首次在单细胞水平揭示细菌通过多个相变基因位点的组合表达形成抗噬菌体表型景观 | 仅研究了一种人类病原共生菌和一种裂解性噬菌体的相互作用 | 探究细菌群体中抗噬菌体防御机制的异质性表达及其组合保护效应 | 人类病原共生菌及其感染的裂解性噬菌体 | 单细胞生物学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约50,000个细菌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3553 | 2025-10-06 |
Inhibition of Glutamine Metabolism Suppresses Tumor Progression through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment
2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.10.632174
PMID:39868269
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研究论文 | 本研究通过开发谷氨酰胺代谢拮抗剂前药JHU083，揭示了其通过重塑巨噬细胞免疫微环境抑制肿瘤进展的双重机制 | 开发了在癌组织中特异性生物激活的GLNi前药JHU083，首次在免疫健全小鼠模型中系统评估谷氨酰胺代谢拮抗对肿瘤免疫微环境的影响 | 研究仅限于妇科癌症小鼠模型，尚未进行人体临床试验 | 探究谷氨酰胺代谢拮抗剂对肿瘤免疫微环境的重塑作用及其抗肿瘤机制 | 免疫健全小鼠妇科肿瘤模型、肿瘤微环境中的免疫细胞（特别是巨噬细胞） | 肿瘤免疫学 | 妇科癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外骨髓源性巨噬细胞培养 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 免疫健全小鼠肿瘤模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3554 | 2025-10-06 |
Blockade of LIF and PD-L1 Enhances Chemotherapy in Preclinical PDAC Models
2025-Jan-09, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17020204
PMID:39857986
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研究论文 | 本研究评估了化疗联合LIF和PD-L1双重阻断在胰腺导管腺癌模型中的抗肿瘤效果 | 首次提出化疗联合LIF和PD-L1双重阻断的序贯治疗方案，显著增强抗肿瘤免疫反应 | 仅在临床前模型中进行验证，尚未在人体临床试验中证实 | 探索提高胰腺导管腺癌免疫治疗效果的联合治疗方案 | 胰腺导管腺癌(PDAC)的临床前模型 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 流式细胞术,单细胞RNA测序(scRNA-seq),免疫细胞清除实验 | NA | 基因表达数据,免疫细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3555 | 2025-10-06 |
Targeting the CD74 signaling axis suppresses inflammation and rescues defective hematopoiesis in RUNX1-familial platelet disorder
2025-Jan-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn9832
PMID:39772771
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现CD74信号轴在RUNX1-家族性血小板障碍中的关键作用，并证明靶向该通路可改善造血缺陷 | 首次揭示CD74信号轴在FPD发病机制中的核心作用，并验证靶向CD74及其下游通路可逆转造血分化缺陷 | 样本量相对有限（单细胞RNA测序n=10），需要更大规模研究验证 | 探索RUNX1-家族性血小板障碍的发病机制并开发干预策略 | FPD患者造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | 单细胞基因组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 单细胞RNA测序10个样本，功能分析超过75个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3556 | 2025-10-06 |
CCI: A Consensus Clustering-Based Imputation Method for Addressing Dropout Events in scRNA-Seq Data
2025-Jan-03, Bioengineering (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/bioengineering12010031
PMID:39851305
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研究论文 | 提出一种基于共识聚类的插补方法CCI，用于解决单细胞RNA测序数据中的dropout事件 | 通过基因子集采样进行聚类并汇总结果来定义细胞相似性，利用相似细胞信息进行基因表达水平插补 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的dropout事件问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共识聚类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3557 | 2025-10-06 |
Evolution of a SHOOTMERISTEMLESS transcription factor binding site promotes fruit shape determination
2025-01, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-024-01854-1
PMID:39668212
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研究论文 | 本研究通过活细胞成像和单细胞RNA测序揭示了荠菜果实形状决定机制 | 发现单个顺式调控元件的独立进化决定了果实形状转变 | 研究主要集中于十字花科植物，在其他植物中的普适性有待验证 | 探究器官形态建成的分子机制 | 荠菜果实发育过程 | 植物发育生物学 | NA | 全器官活细胞成像,单细胞RNA测序 | NA | 图像,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3558 | 2025-10-06 |
Linking tumor immune infiltration to enhanced longevity in recurrence-free breast cancer
2025-Jan, ESMO open
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104109
PMID:39765189
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研究论文 | 本研究探讨了B细胞/免疫球蛋白基因特征与乳腺癌患者生存期的关系 | 首次发现14基因IGG特征与乳腺癌患者死亡风险降低41%-47%显著相关，并识别出其中7个关键基因与B细胞/T细胞克隆性密切相关 | 研究基于回顾性数据分析，需要前瞻性研究验证 | 探究肿瘤免疫浸润与乳腺癌患者长期生存的关系 | 9638名乳腺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 空间GeoMx分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，临床数据 | 9638名乳腺癌患者（来自三个数据集） | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 3559 | 2025-10-06 |
Accurate identification of single-cell types via correntropy-based Sparse PCA combining hypergraph and fusion similarity
2025, Journal of applied statistics
IF:1.2Q2
DOI:10.1080/02664763.2024.2369955
PMID:39926175
|
研究论文 | 提出一种基于相关熵的稀疏PCA结合超图和融合相似度的单细胞类型识别新方法CHLSPCA | 创新性地将相关熵与PCA结合处理scRNA-seq数据中的噪声和异常值，并整合超图结构提取局部信息，同时引入高斯核函数和欧氏度量挖掘细胞间相似性信息 | NA | 解决单细胞RNA测序数据的高维度和噪声问题，提高细胞聚类准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA, 稀疏PCA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3560 | 2025-10-06 |
Unsupervised multi-scale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes
2024-Dec-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5671748/v1
PMID:39764102
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研究论文 | 开发了一种无监督多尺度聚类方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞亚型的层次结构 | 构建稀疏细胞-细胞相关性网络，以无监督方式在多尺度分辨率下识别细胞类型和亚型 | NA | 揭示单细胞RNA测序数据中更精细分辨率的细胞景观复杂结构 | 模拟数据、银标准数据、金标准数据以及疾病相关的真实单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多尺度聚类 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |