单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3521	2025-05-02	Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping 2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.11.534630 PMID:37090640	research paper	开发了一种名为STalign的方法，用于对齐空间转录组学数据，考虑了部分匹配的组织切片和其他局部非线性畸变	使用微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）技术对齐空间转录组学数据，显著提高了基因表达和细胞类型在匹配空间位置上的对应性	未明确提及具体局限性	解决空间转录组学数据在不同切片、样本和技术之间比较的挑战	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）技术	diffeomorphic metric mapping	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠脑部数据集
3522	2025-05-02	CD38 Mediates Lung Fibrosis by Promoting Alveolar Epithelial Cell Aging 2022-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202109-2151OC PMID:35687485	研究论文	该研究揭示了CD38在促进肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的关键作用	首次发现CD38作为NAD水解酶在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的核心作用，并验证了靶向CD38的治疗潜力	研究主要基于动物模型，人体治疗效果需要进一步验证	探究肺泡上皮细胞CD38在细胞衰老和肺纤维化中的作用机制	特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织和纤维化小鼠模型	呼吸系统疾病研究	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、实时PCR、流式细胞术、Western blotting	小鼠肺纤维化模型	基因表达数据、蛋白质数据	IPF患者肺组织和纤维化小鼠模型
3523	2025-05-01	The mechanism by which MALAT1/CREG1 regulates premature rupture of fetal membrane through autophagy mediated differentiation of amniotic fibroblasts 2025-Aug, Non-coding RNA research IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.ncrna.2025.04.004 PMID:40297152	研究论文	探讨MALAT1/CREG1通过自噬介导的羊膜成纤维细胞分化调节胎膜早破的机制	首次揭示MALAT1通过与CREG1相互作用调节自噬相关分子表达，进而影响羊膜成纤维细胞分化的机制	研究主要基于体外实验和部分临床组织验证，缺乏大规模临床试验验证	探索通过干预成纤维细胞解决羊膜修复相关的科学问题，为临床治疗胎膜早破提供依据	胎膜组织和原代羊膜成纤维细胞	分子生物学	产科疾病	单细胞测序、Sirius染色、荧光染色、拉曼光谱、WB、PCR、RNA Pulldown、RIP、分子对接	NA	分子生物学数据	未明确说明样本数量，涉及临床组织和原代细胞
3524	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing reveals tissue-specific transcriptomic changes induced by perfluorooctanesulfonic acid (PFOS) in larval zebrafish (Danio rerio) 2025-Jun-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137515 PMID:39947082	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究全氟辛烷磺酸（PFOS）对斑马鱼幼虫组织特异性转录组变化的影响	首次在斑马鱼幼虫中应用单细胞RNA测序技术揭示PFOS诱导的组织特异性转录组变化	仅研究了16μM PFOS单一浓度下的效应，未涵盖剂量反应关系	探究PFOS对斑马鱼幼虫发育毒性的分子机制	斑马鱼（Danio rerio）幼虫	基因组学	发育毒性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	受精后3-72小时的斑马鱼幼虫（暴露组与对照组）
3525	2025-05-01	Uncovering differences in cadmium accumulation capacity of different Ipomoea aquatica cultivars at the level of root cell types 2025-Jun, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhaf077 PMID:40297020	research paper	研究不同品种空心菜在根部细胞类型水平上对镉积累能力的差异	首次在单细胞水平揭示了不同品种空心菜根部细胞类型对镉固定和运输的机制差异	研究仅针对两种特定品种的空心菜，结果可能不适用于其他品种	探究空心菜根部细胞类型在镉积累中的作用机制	QLQ(低镉积累)和T308(高镉积累)两种空心菜品种	植物生理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两种空心菜品种的根部细胞
3526	2025-05-01	Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Molecular Features Underlying the Disrupted Neurogenesis Following Traumatic Brain Injury 2025-May, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24671 PMID:39760225	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示创伤性脑损伤后神经发生中断的分子特征	首次在单细胞水平上揭示了创伤性脑损伤后神经干细胞倾向于分化为胶质细胞的分子机制，并发现转录因子Dlx2在调控神经干细胞向神经元分化中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究创伤性脑损伤后神经发生中断的分子机制	小鼠脑室下区神经干细胞及其衍生细胞	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	大规模小鼠神经干细胞样本
3527	2025-05-01	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Developmental Landscape of Wheat Roots 2025-May, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15321 PMID:39763237	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示小麦根尖细胞的转录组异质性和细胞类型组成	首次报道了小麦中国春品种根尖单细胞的scRNA-seq转录组，定义了细胞类型特异性标记基因，并重构了发育轨迹	仅针对小麦中国春品种进行研究，未涵盖其他小麦品种	解析小麦根尖细胞的转录组特征和发育轨迹	小麦中国春品种根尖单细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	小麦中国春品种根尖单细胞
3528	2025-05-01	Myeloid deficiency of Z-DNA binding protein 1 restricts septic cardiomyopathy via promoting macrophage polarisation towards the M2-subtype 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70315 PMID:40289345	研究论文	本研究揭示了Z-DNA结合蛋白1（ZBP1）在脓毒症心肌病中的作用及其通过STAT1-ZBP1轴促进巨噬细胞M2亚型极化的机制	首次发现STAT1-ZBP1轴在巨噬细胞中促进脓毒症心肌病的作用，并证实ZBP1缺失可促进巨噬细胞向M2亚型极化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究ZBP1在脓毒症心肌病中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	LPS处理的小鼠心肌组织、内皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞	心血管疾病	脓毒症心肌病	scRNA-seq、snRNA-seq、免疫荧光、超声心动图	小鼠模型	mRNA测序数据、影像数据	LPS处理的小鼠心肌组织样本
3529	2025-05-01	cGAS/STING signalling in macrophages aggravates obliterative bronchiolitis via an IFN-α-dependent mechanism after orthotopic tracheal transplantation in mice 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70323 PMID:40292672	research paper	研究揭示了cGAS/STING信号通路通过IFN-α2依赖性机制在巨噬细胞中加剧小鼠原位气管移植后的闭塞性细支气管炎	首次阐明cGAS/STING信号通路通过IFN-α2依赖性机制在巨噬细胞中促进闭塞性细支气管炎的进展	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究cGAS/STING信号通路在闭塞性细支气管炎发病机制中的作用	小鼠原位气管移植模型和巨噬细胞	免疫学	闭塞性细支气管炎	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、流式细胞术	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本量的小鼠实验
3530	2025-05-01	Deciphering of intra-tumoural heterogeneity and the interplay between metastasis-associated meta-program and myofibroblasts in gastric cancer 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70319 PMID:40292733	研究论文	通过单细胞和空间转录组学解析胃癌的肿瘤内异质性，并揭示转移相关元程序与肌成纤维细胞的相互作用机制	鉴定了胃癌中的七个元程序（MP1-MP7），特别是MP7与肌成纤维细胞（myCAFs）的相互作用机制及其在免疫逃逸中的作用，为胃癌治疗提供了新的靶点	研究主要基于单细胞和空间转录组学数据，临床样本验证仍需进一步扩大样本量	解析胃癌的肿瘤内异质性及其与肿瘤微环境中肌成纤维细胞的相互作用	胃癌细胞、肌成纤维细胞（myCAFs）、CD8 T细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组学、空间转录组学、体外实验、临床样本分析、患者来源类器官模型（PDOs）	NA	转录组数据、临床数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本和PDOs模型
3531	2025-05-01	Elevated KIF2C Expression Drives Osteosarcoma Progression by Modulating the Wnt/β-Catenin Signaling Pathway and Contributing to an Immunosuppressive Tumor Microenvironment 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70915 PMID:40292920	研究论文	研究KIF2C在骨肉瘤(OS)中的作用及其对肿瘤微环境的影响	首次揭示KIF2C通过调节Wnt/β-catenin信号通路和促进免疫抑制性肿瘤微环境来驱动骨肉瘤进展	研究主要基于公共数据集和体外/体内实验，需要进一步临床验证	探究KIF2C在骨肉瘤发生发展中的作用机制	骨肉瘤细胞和肿瘤微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	KEGG富集分析、GSVA、ssGSEA、ESTIMATE算法、单细胞测序、分子对接和分子动力学	体外细胞模型和体内动物模型	基因表达数据和蛋白质相互作用数据	公共数据集中的骨肉瘤样本和实验模型
3532	2025-05-01	Single-cell transcriptome unveils mesenchymal cell diversity in endometriosis 2025-Apr-30, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf065 PMID:40302519	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了子宫内膜异位症中间充质细胞的多样性及其在疾病发病机制中的关键作用	首次构建了子宫内膜异位症的单细胞图谱，鉴定了六个不同的间充质亚群，并阐明了它们在蛋白质合成、细胞粘附和代谢过程中的功能	样本量较小（仅3个子宫内膜异位症卵巢组织和3个正常卵巢组织），可能影响结果的普遍性	探究子宫内膜异位症中间充质细胞的多样性和功能	子宫内膜异位症和正常卵巢组织中的间充质细胞	单细胞转录组学	子宫内膜异位症	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	3个子宫内膜异位症卵巢组织和3个正常卵巢组织
3533	2025-05-01	Investigation into the Spatial Heterogeneity of Lung Composite Large-Cell Neuroendocrine Carcinoma Spatial Transcriptomic Analysis of Combined Large-Cell Neuroendocrine Carcinoma 2025-Apr-30, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1089/cbr.2025.0043 PMID:40304569	research paper	本研究探讨了肺复合大细胞神经内分泌癌（CoLCNEC）的空间转录组表达模式，并识别了关键基因	利用空间转录组技术（ST）分析了CoLCNEC患者的样本，发现了基因SMC1A在肿瘤区域的显著上调及其在癌细胞迁移、侵袭和细胞周期中的作用	研究仅基于一个CoLCNEC患者的样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	探索CoLCNEC的空间转录组表达模式，识别关键基因并验证其作为治疗靶点的潜力	肺复合大细胞神经内分泌癌（CoLCNEC）患者的肿瘤组织	digital pathology	lung cancer	空间转录组技术（ST）、高通量测序、免疫组化、RT-qPCR、Western blot、流式细胞术	NA	基因表达数据、空间位置数据	一个CoLCNEC患者的样本，包含三种不同成分（LCNEC、腺癌和鳞状细胞癌）
3534	2025-05-01	Decoding Alzheimer's Disease: Single-Cell Sequencing Uncovers Brain Cell Heterogeneity and Pathogenesis 2025-Apr-30, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-04997-0 PMID:40304967	综述	本文系统总结了单细胞转录组和表观基因组方法在阿尔茨海默病研究中的应用，重点关注细胞类型和亚型特异性转录组变化的表征	利用单细胞测序技术揭示了阿尔茨海默病大脑的细胞和分子异质性，并整合多种组学技术阐明疾病轨迹和细胞通讯网络	NA	增强对阿尔茨海默病发病机制的理解，并为精准医学识别新的治疗靶点和生物标志物	阿尔茨海默病患者大脑中的神经元和胶质细胞亚群	数字病理学	老年病	scRNA-seq, ATAC-seq, 空间转录组学	NA	单细胞测序数据	NA
3535	2025-05-01	Integrative Analysis of Lactylation-Associated Features in Abdominal Aortic Aneurysm and Its Immune Microenvironment Utilizing scRNA-seq and Bulk RNA Sequencing 2025-Apr-29, Circulation journal : official journal of the Japanese Circulation Society IF:3.1Q2 DOI:10.1253/circj.CJ-24-0892 PMID:40301103	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究腹部主动脉瘤（AAA）中乳酰化与免疫微环境的关系	首次揭示了乳酰化在不同免疫细胞类型中的异质性及其与免疫反应的关联，并鉴定了8个与乳酰化相关的核心基因	研究结果需要进一步的实验验证，特别是在人类样本中的应用	阐明乳酰化与AAA免疫反应之间的相互关系	腹部主动脉瘤（AAA）患者	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, Bulk RNA测序	机器学习算法（113种组合）	RNA测序数据	NA
3536	2025-05-01	Broad rim lesions are a new pathological and imaging biomarker for rapid disease progression in multiple sclerosis 2025-Apr-29, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03625-7 PMID:40301560	research paper	该研究通过分析多发性硬化症（MS）尸检队列，发现了一种新型病变类型——宽边缘病变，可作为疾病快速进展的生物标志物	首次揭示了宽边缘病变作为MS快速进展的新型病理和影像学生物标志物，并验证了其与疾病进展的关联	研究样本来自尸检队列，可能无法完全反映活体患者的动态病理过程	探索多发性硬化症疾病进展的潜在机制并寻找相关生物标志物	多发性硬化症患者尸检脑组织样本和独立PET研究队列	digital pathology	multiple sclerosis	空间转录组学、PET成像	NA	组织病理学图像、转录组数据、PET影像数据	尸检队列186例，PET研究队列114例
3537	2025-05-01	Clinical Diagnosis and Treatment System for Neurological Psychological Gastrointestinal Diseases Based on Multimodal Artificial Intelligence and Immunology 2025-Apr-29, Current pharmaceutical biotechnology IF:2.2Q3 DOI:10.2174/0113892010359130250413024112 PMID:40304348	research paper	开发了一种基于多模态人工智能和免疫学的神经系统心理胃肠疾病临床诊疗系统，用于预测和辅助治疗结直肠癌	结合神经免疫基因调控设计人工智能多模态胃肠疾病临床信息系统，利用单细胞测序技术和分子模拟技术深入分析生存预测系统中的特征选择生物机制	未提及具体样本量及模型在更广泛人群中的适用性验证	优化结直肠癌的诊疗策略，满足临床定价机构的需求	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	single-cell sequencing, molecular simulation	AI multimodal system	gene expression levels, immune cell status, living habits data	NA
3538	2025-05-01	Autosomal dominant SLURP1 variants cause palmoplantar keratoderma and progressive symmetric erythrokeratoderma 2025-Apr-28, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf049 PMID:39913669	研究论文	该研究通过全外显子测序发现了导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的SLURP1基因新变异	首次发现常染色体显性遗传的SLURP1变异会导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症，并揭示了其作用机制	研究样本量较小（仅3个无亲缘关系的家系）	鉴定导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的新遗传变异	表皮分化障碍患者（包括掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症表型）	遗传学	皮肤疾病	全外显子测序、计算机模拟预测、患者角质形成细胞实验、高分辨率空间转录组学、定量细胞因子分析	NA	基因序列数据、细胞实验数据	3个无亲缘关系的家系
3539	2025-05-01	LAMA4+ CD90+ eCAFs provide immunosuppressive microenvironment for liver cancer through induction of CD8+ T cell senescence 2025-Apr-28, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02162-7 PMID:40289085	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，鉴定了与肝细胞癌预后不良相关的CD90 eCAFs亚型，并揭示了其通过LAMA4诱导CD8+ T细胞衰老的机制	首次鉴定了LAMA4+ CD90+ eCAFs亚型，揭示了其通过ITGA6受体介导的DNA损伤信号通路诱导CD8+ T细胞衰老的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证不足	探究肝细胞癌中肿瘤微环境与免疫系统的相互作用机制	肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组、siRNA转染、Western blot、流式细胞术	自发小鼠肝细胞癌模型(DEN+CCL4诱导)	单细胞转录组数据、空间转录组数据、流式细胞数据	未明确说明样本数量，包含人类肝细胞癌样本和小鼠模型
3540	2025-05-01	Transcriptomic characterization of transitioning cell types in the skin of Atlantic salmon 2025-Apr-28, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02196-w PMID:40289111	research paper	本研究通过单核测序和空间转录组学技术，描述了健康大西洋鲑鱼组织中及伤口愈合过程中间充质基质细胞的转录组特征	首次绘制了伤口愈合过程中潜在分化间充质基质细胞亚群的转录组活性，揭示了不同亚群的空间生态位	研究仅针对大西洋鲑鱼，结果可能不适用于其他物种	探究大西洋鲑鱼皮肤伤口愈合过程中细胞转录组的变化	大西洋鲑鱼的间充质基质细胞（成纤维细胞样成体干细胞）	转录组学	NA	单核测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA